MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci MN chromosome

Total Repeats: 48

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018627	ATTTAA	2	12	33591	33602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018627	TTTTAA	2	12	42714	42725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018627	ATTATA	2	12	77753	77764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018627	TTCATG	2	12	83052	83063	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_018627	TTTCTT	2	12	123031	123042	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018627	TTCCGT	2	12	148020	148031	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018627	AGAAAA	2	12	163055	163066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018627	TTTTTA	2	12	210481	210492	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018627	TAAAGA	2	12	226837	226848	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018627	ATTATA	2	12	239707	239718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018627	TTGAAT	2	12	244020	244031	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018627	ATATAA	2	12	261771	261782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018627	GGGAAA	2	12	267737	267748	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018627	TAAGAA	2	12	277656	277667	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018627	TGAAAA	2	12	334311	334322	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018627	ATTTTT	2	12	368711	368722	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018627	AAAATC	2	12	393716	393727	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_018627	GACTGT	2	12	422123	422134	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_018627	AAAAAT	2	12	467663	467674	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018627	TATAAT	2	12	487009	487020	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018627	TTAATT	2	12	504711	504722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018627	AAATAA	2	12	584539	584550	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018627	TATTTT	2	12	653389	653400	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018627	CTTTTG	2	12	653447	653458	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_018627	AAATAC	2	12	659004	659015	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_018627	CAATCT	2	12	659590	659601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018627	AAGGGA	2	12	700684	700695	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018627	ATTAAT	2	12	703374	703385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018627	GGAAAA	2	12	726133	726144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018627	TAAAAG	2	12	736944	736955	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018627	ATTTTA	2	12	749635	749646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018627	TAACCT	2	12	791019	791030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018627	CTATGT	2	12	811305	811316	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018627	TTGATT	2	12	817982	817993	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018627	ATTTTA	2	12	947649	947660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018627	ATCTAT	2	12	962941	962952	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_018627	ATAAAA	2	12	979389	979400	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018627	TTTTCT	2	12	1010327	1010338	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_018627	AAATAA	2	12	1015549	1015560	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018627	TCGCTT	2	12	1018408	1018419	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018627	TTATCC	2	12	1019311	1019322	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018627	AAATTT	2	12	1021444	1021455	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018627	CTTTGT	2	12	1032887	1032898	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_018627	TAATTT	2	12	1099787	1099798	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018627	AAAATA	2	12	1138284	1138295	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018627	TACAGA	2	12	1150962	1150973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018627	GTTAAA	2	12	1163888	1163899	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018627	CCTTCG	2	12	1166676	1166687	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.