MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci MN chromosome

Total Repeats: 399

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018627	AATC	2	8	5411	5418	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018627	GAAT	2	8	6849	6856	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018627	TAAA	2	8	17023	17030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018627	TTTC	2	8	17680	17687	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018627	TTTC	2	8	31651	31658	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_018627	GCAG	2	8	32007	32014	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018627	TCTA	2	8	32055	32062	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_018627	AATT	2	8	32379	32386	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018627	TTAA	2	8	32419	32426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018627	TTAA	2	8	33509	33516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018627	AGAT	2	8	33552	33559	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018627	TCAA	2	8	37774	37781	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_018627	GTCG	2	8	44193	44200	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_018627	AAGA	2	8	48048	48055	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018627	ATAA	2	8	49526	49533	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018627	AAAG	2	8	52606	52613	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018627	TTTA	2	8	52616	52623	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018627	AAAG	2	8	54784	54791	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018627	GTTT	2	8	59890	59897	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018627	TATG	2	8	59905	59912	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018627	CTTT	2	8	64564	64571	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_018627	TAAT	2	8	77657	77664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018627	TATT	2	8	77674	77681	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018627	TTAA	2	8	77683	77690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018627	TAAA	2	8	77714	77721	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018627	ATTA	2	8	77731	77738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018627	TAAA	2	8	80498	80505	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018627	AAAG	2	8	83478	83485	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018627	CAAG	2	8	84835	84842	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_018627	TTTA	2	8	87391	87398	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018627	ATAA	2	8	87446	87453	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018627	ATGT	2	8	93628	93635	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018627	ATAC	2	8	99186	99193	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_018627	AACA	2	8	99357	99364	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_018627	TGAT	2	8	99625	99632	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018627	TTAA	2	8	107106	107113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018627	CCGC	2	8	111348	111355	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
38	NC_018627	ATTT	2	8	122751	122758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018627	AAAG	2	8	122926	122933	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018627	TAAT	2	8	123095	123102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018627	TTAA	2	8	128510	128517	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018627	CTGG	2	8	128661	128668	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_018627	TTTA	2	8	128687	128694	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018627	ACTT	2	8	130853	130860	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_018627	TAGT	2	8	140246	140253	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018627	TTAT	2	8	146087	146094	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018627	TTAT	2	8	146122	146129	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018627	GTAA	2	8	146143	146150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018627	ATTT	3	12	147530	147541	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018627	AAAG	2	8	148627	148634	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018627	AATG	2	8	148920	148927	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018627	GATG	2	8	159371	159378	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018627	GTAG	2	8	159397	159404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018627	TAAA	2	8	164508	164515	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018627	AAAT	2	8	164566	164573	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018627	ACTT	2	8	164619	164626	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_018627	CTTT	2	8	169018	169025	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_018627	TAGT	2	8	170076	170083	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018627	TTCC	2	8	170388	170395	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_018627	AAGA	2	8	173673	173680	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018627	TAAA	2	8	179357	179364	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018627	TTTA	2	8	179417	179424	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018627	AACT	2	8	179433	179440	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_018627	GATT	2	8	187300	187307	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018627	AGAT	2	8	191787	191794	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018627	GTTT	2	8	193720	193727	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018627	TATT	2	8	195446	195453	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018627	TAAA	3	12	195477	195488	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018627	GTTT	2	8	196527	196534	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018627	CACT	2	8	198175	198182	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_018627	CTTT	2	8	198429	198436	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_018627	ATTA	2	8	198446	198453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018627	CTTT	2	8	198603	198610	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_018627	AATC	2	8	198611	198618	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_018627	ATTA	2	8	198748	198755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018627	TAAT	2	8	201076	201083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018627	TAAA	2	8	204089	204096	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018627	TTTA	2	8	205658	205665	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018627	GTTT	2	8	211870	211877	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018627	AAAG	2	8	213265	213272	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018627	CATA	2	8	213542	213549	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_018627	ATGT	2	8	213658	213665	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018627	AAGA	2	8	222927	222934	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018627	CACG	2	8	226676	226683	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_018627	AACA	2	8	226744	226751	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_018627	ATTA	2	8	232249	232256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018627	CTTG	2	8	238174	238181	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_018627	GAAT	2	8	238225	238232	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018627	AATT	2	8	238364	238371	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018627	TTTC	2	8	238464	238471	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_018627	ATAA	2	8	239847	239854	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018627	GTTT	2	8	240896	240903	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018627	TCAT	2	8	241126	241133	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_018627	AGGA	2	8	244056	244063	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018627	TAAA	2	8	263024	263031	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018627	GTTC	2	8	266711	266718	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_018627	TAAT	2	8	266814	266821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018627	AATT	2	8	266829	266836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018627	TAAT	2	8	267906	267913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018627	TAAA	2	8	268020	268027	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018627	TTGT	2	8	274648	274655	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018627	AAAT	2	8	276693	276700	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018627	TACT	2	8	281024	281031	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_018627	AATT	2	8	281045	281052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018627	TGTA	2	8	281088	281095	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018627	GTTT	2	8	281997	282004	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018627	ATTT	2	8	289650	289657	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018627	TAAT	3	12	289697	289708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018627	TAGA	2	8	291533	291540	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018627	TATT	2	8	291567	291574	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018627	TATT	2	8	291616	291623	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018627	AATG	2	8	299717	299724	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018627	GTTT	2	8	299866	299873	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018627	ATTG	2	8	301271	301278	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018627	TTGA	2	8	301342	301349	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018627	GATT	2	8	307598	307605	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018627	GGGA	2	8	310465	310472	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018627	AGGA	2	8	319129	319136	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018627	AAAG	2	8	330045	330052	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018627	CAGA	2	8	340341	340348	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_018627	TGAT	2	8	340367	340374	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018627	TATT	2	8	342552	342559	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018627	AGTA	2	8	346220	346227	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018627	ATAA	2	8	346374	346381	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018627	TCTT	2	8	347139	347146	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_018627	ATTT	2	8	351686	351693	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018627	TAGT	2	8	351741	351748	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018627	ATAC	2	8	353950	353957	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_018627	TTTG	2	8	359242	359249	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018627	GCTT	2	8	360590	360597	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_018627	TTAA	2	8	369499	369506	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018627	ATCT	2	8	372514	372521	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_018627	AACT	2	8	373358	373365	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_018627	TAAT	2	8	387042	387049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018627	AAGA	2	8	387077	387084	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018627	ATTA	2	8	387102	387109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018627	AAAC	2	8	388414	388421	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_018627	GTTT	2	8	398759	398766	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018627	TAAT	2	8	398800	398807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018627	AAAG	2	8	401789	401796	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018627	ATTA	2	8	415022	415029	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018627	CAAT	2	8	417673	417680	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_018627	ATTT	2	8	417727	417734	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018627	AATA	2	8	418847	418854	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018627	CTTT	2	8	422546	422553	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_018627	GTAA	2	8	422629	422636	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018627	TTTA	2	8	422682	422689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018627	ACGA	2	8	433203	433210	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_018627	TTTC	2	8	433365	433372	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_018627	TCAT	2	8	433419	433426	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.