MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 chromosome

Total Repeats: 369

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018626	CTGTGG	2	12	4820	4831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406592925
2	NC_018626	GAGAAA	2	12	8592	8603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
3	NC_018626	AGGAAG	2	12	11322	11333	50 %	0 %	50 %	0 %	406592930
4	NC_018626	AAGAGT	2	12	12925	12936	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406592930
5	NC_018626	ATAGTT	2	12	13147	13158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406592930
6	NC_018626	AAAAGC	2	12	17202	17213	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406592933
7	NC_018626	TCAAGC	2	12	22575	22586	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406592938
8	NC_018626	TAAGTG	2	12	29026	29037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592941
9	NC_018626	TTTTTA	2	12	39395	39406	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406592953
10	NC_018626	CGATTT	2	12	40265	40276	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592955
11	NC_018626	GATAAA	2	12	40416	40427	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406592955
12	NC_018626	TGCTGG	2	12	44638	44649	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406592960
13	NC_018626	AAATCA	2	12	48435	48446	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406592964
14	NC_018626	CTTATC	2	12	54350	54361	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406592968
15	NC_018626	TTGTTC	2	12	61393	61404	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406592974
16	NC_018626	TTATGG	2	12	62215	62226	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406592974
17	NC_018626	ATTTGG	2	12	62599	62610	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406592974
18	NC_018626	AAGTTG	2	12	65556	65567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592976
19	NC_018626	TTAGGA	2	12	68978	68989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592979
20	NC_018626	TAGGGC	2	12	72891	72902	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	406592984
21	NC_018626	CCTGAT	2	12	72916	72927	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406592984
22	NC_018626	TGTTTC	2	12	74972	74983	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406592987
23	NC_018626	GCTGAT	2	12	80122	80133	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406592990
24	NC_018626	AACGCC	2	12	80982	80993	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406592991
25	NC_018626	ATGGGT	2	12	84247	84258	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406592994
26	NC_018626	TCAAAA	2	12	85856	85867	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406592997
27	NC_018626	GATATC	3	18	90678	90695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593000
28	NC_018626	CATTTC	2	12	90909	90920	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406593000
29	NC_018626	TTGGGG	2	12	91261	91272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406593000
30	NC_018626	CTTTTG	2	12	91958	91969	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406593000
31	NC_018626	CCAGCC	2	12	93021	93032	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	406593001
32	NC_018626	ACCACA	2	12	98149	98160	50 %	0 %	0 %	50 %	406593006
33	NC_018626	TGAATA	2	12	102245	102256	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406593013
34	NC_018626	CTCTTC	2	12	103758	103769	0 %	50 %	0 %	50 %	406593014
35	NC_018626	AAATTA	2	12	107017	107028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406593018
36	NC_018626	TAAAGG	2	12	108803	108814	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406593021
37	NC_018626	GTAAAG	2	12	112599	112610	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406593028
38	NC_018626	ATTCCT	2	12	115334	115345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406593035
39	NC_018626	TGCATT	2	12	124543	124554	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593047
40	NC_018626	TATACT	2	12	124750	124761	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406593048
41	NC_018626	ATATGA	2	12	127939	127950	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406593051
42	NC_018626	AGCAAC	2	12	129710	129721	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406593052
43	NC_018626	TTTCTT	2	12	131861	131872	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406593054
44	NC_018626	TGATTC	2	12	134307	134318	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593055
45	NC_018626	TGTTTT	2	12	145494	145505	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406593067
46	NC_018626	ATAGGC	2	12	146896	146907	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406593070
47	NC_018626	AAGTAA	2	12	147778	147789	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406593075
48	NC_018626	CTCTAT	2	12	152264	152275	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406593077
49	NC_018626	TGGATT	2	12	160783	160794	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406593084
50	NC_018626	AAGAGA	2	12	166601	166612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406593089
51	NC_018626	TAAAGA	2	12	173106	173117	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406593095
52	NC_018626	GTTTTT	2	12	173444	173455	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406593096
53	NC_018626	TGCTGG	2	12	174140	174151	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406593098
54	NC_018626	GATAGA	2	12	174428	174439	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406593098
55	NC_018626	ACCAAC	2	12	182832	182843	50 %	0 %	0 %	50 %	406593105
56	NC_018626	TCCCTG	2	12	183826	183837	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	406593106
57	NC_018626	GCCTTG	2	12	190236	190247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406593112
58	NC_018626	CAAAGG	2	12	194677	194688	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	406593114
59	NC_018626	TGCAGA	2	12	202228	202239	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406593122
60	NC_018626	AAAGAC	2	12	205358	205369	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406593127
61	NC_018626	TATTAC	2	12	206360	206371	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406593129
62	NC_018626	AGGAAA	2	12	207746	207757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406593129
63	NC_018626	CAGGAA	2	12	209269	209280	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	406593131
64	NC_018626	AATGGT	2	12	221501	221512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406593141
65	NC_018626	CTTCAG	2	12	221896	221907	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406593141
66	NC_018626	AGTAGA	2	12	222233	222244	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406593141
67	NC_018626	AGGAGT	2	12	222515	222526	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	406593141
68	NC_018626	GCCAAC	2	12	226263	226274	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406593143
69	NC_018626	AAGACC	2	12	227260	227271	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406593145
70	NC_018626	ATATTT	2	12	228599	228610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406593146
71	NC_018626	AATTGA	2	12	230786	230797	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406593150
72	NC_018626	ATTTTG	2	12	232828	232839	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406593152
73	NC_018626	TGCGAA	2	12	235218	235229	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406593154
74	NC_018626	TAGGAA	2	12	235745	235756	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406593154
75	NC_018626	TTTCCT	2	12	244790	244801	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406593163
76	NC_018626	TTTAGG	2	12	245398	245409	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406593164
77	NC_018626	TAAAAG	2	12	245490	245501	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406593164
78	NC_018626	GTTAAT	2	12	257021	257032	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406593177
79	NC_018626	TTTCAT	2	12	257536	257547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406593177
80	NC_018626	GACTTT	2	12	257999	258010	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593178
81	NC_018626	AATTTA	2	12	258620	258631	50 %	50 %	0 %	0 %	406593179
82	NC_018626	GTGTAA	2	12	261389	261400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406593180
83	NC_018626	TATTTC	2	12	271217	271228	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406593188
84	NC_018626	TGAAAA	2	12	272391	272402	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406593191
85	NC_018626	TCTAGA	2	12	273312	273323	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593192
86	NC_018626	CTGTTT	2	12	275507	275518	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406593194
87	NC_018626	TTTTAT	2	12	276207	276218	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406593194
88	NC_018626	CTAAGT	2	12	279050	279061	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593197
89	NC_018626	AGCACG	2	12	284078	284089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406593201
90	NC_018626	GGATTA	2	12	290110	290121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406593205
91	NC_018626	ATAGAA	2	12	290650	290661	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406593205
92	NC_018626	GATTTA	2	12	294186	294197	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406593207
93	NC_018626	TCTTTT	2	12	294401	294412	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406593207
94	NC_018626	TTTTTG	2	12	297887	297898	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406593208
95	NC_018626	ATTTGT	2	12	300865	300876	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406593210
96	NC_018626	GGTTAC	2	12	303980	303991	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406593212
97	NC_018626	TAGCCA	2	12	305810	305821	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406593213
98	NC_018626	TGGGGG	2	12	306783	306794	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	406593213
99	NC_018626	GTTATT	2	12	312820	312831	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406593218
100	NC_018626	TATGGC	2	12	314036	314047	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406593219
101	NC_018626	ACCAAT	2	12	323573	323584	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406593222
102	NC_018626	TGTTGC	2	12	329098	329109	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	406593224
103	NC_018626	ACCCTG	2	12	333734	333745	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	406593230
104	NC_018626	AGCAAT	2	12	333779	333790	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406593230
105	NC_018626	TTGACT	2	12	339778	339789	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593236
106	NC_018626	ATGTTC	2	12	342083	342094	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593238
107	NC_018626	TATTAA	2	12	344303	344314	50 %	50 %	0 %	0 %	406593240
108	NC_018626	ATGATC	2	12	345931	345942	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593240
109	NC_018626	GCTAAA	2	12	346629	346640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406593241
110	NC_018626	CCTTTT	2	12	349747	349758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406593244
111	NC_018626	CTAAAG	2	12	350219	350230	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406593244
112	NC_018626	GCTGAT	2	12	355979	355990	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406593252
113	NC_018626	CTAAAT	2	12	359749	359760	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406593255
114	NC_018626	AATTCC	2	12	360737	360748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406593255
115	NC_018626	GAATGT	2	12	364356	364367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406593259
116	NC_018626	TCTATG	2	12	371533	371544	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593264
117	NC_018626	GTTTTT	2	12	372608	372619	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406593266
118	NC_018626	AGAAAA	2	12	373277	373288	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	406593266
119	NC_018626	CTTAGG	2	12	376667	376678	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406593269
120	NC_018626	TAGGTG	2	12	380267	380278	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406593272
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229	NC_018626	CTTTGA	2	12	687328	687339	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593558
230	NC_018626	ACGATG	2	12	693719	693730	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406593560
231	NC_018626	GCTAAT	2	12	709040	709051	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593572
232	NC_018626	CTCCAC	2	12	713326	713337	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	406593577
233	NC_018626	ATTCAG	2	12	716480	716491	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593581
234	NC_018626	TCATAA	2	12	717557	717568	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406593582
235	NC_018626	TAACTG	2	12	717877	717888	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593582
236	NC_018626	GGAAAA	2	12	718327	718338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406593582
237	NC_018626	TTCTCA	2	12	726948	726959	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406593589
238	NC_018626	AATCTG	2	12	726985	726996	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593589
239	NC_018626	AACCGC	2	12	733990	734001	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406593595
240	NC_018626	TAGCTA	2	12	734634	734645	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593596
241	NC_018626	TCTATT	2	12	735419	735430	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406593598
242	NC_018626	TATTTT	2	12	735596	735607	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406593598
243	NC_018626	TCCGCA	2	12	736000	736011	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	406593598
244	NC_018626	AGCTAC	2	12	738628	738639	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406593601
245	NC_018626	AGTTTC	2	12	739571	739582	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593602
246	NC_018626	ATCGGG	2	12	746264	746275	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	406593606
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250	NC_018626	AATACA	2	12	757337	757348	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406593615
251	NC_018626	CCATAT	2	12	758881	758892	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406593616
252	NC_018626	TGGATG	2	12	759036	759047	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406593616
253	NC_018626	TCTAAC	2	12	760883	760894	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406593618
254	NC_018626	AAGCAA	2	12	763314	763325	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406593619
255	NC_018626	GTCACT	2	12	769594	769605	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406593620
256	NC_018626	AAGATA	2	12	774169	774180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406593624
257	NC_018626	ATCCTA	2	12	774564	774575	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406593624
258	NC_018626	CCTTTA	2	12	780350	780361	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406593629
259	NC_018626	GCTTTT	2	12	782617	782628	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406593632
260	NC_018626	TGAATA	2	12	785723	785734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406593633
261	NC_018626	CACCAG	2	12	791603	791614	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406593636
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264	NC_018626	GGTGTT	2	12	796792	796803	0 %	50 %	50 %	0 %	406593644
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283	NC_018626	CTTATT	2	12	845686	845697	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406593690
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332	NC_018626	TTTCTG	2	12	1000353	1000364	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406593826
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336	NC_018626	TACCAC	2	12	1019647	1019658	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	406593839
337	NC_018626	TAAAGC	2	12	1026035	1026046	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406593846
338	NC_018626	TAGGGA	2	12	1031496	1031507	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	406593850
339	NC_018626	ATACGA	2	12	1032312	1032323	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406593852
340	NC_018626	TTTTCT	2	12	1043510	1043521	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406593864
341	NC_018626	TTGGTT	2	12	1043904	1043915	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406593865
342	NC_018626	TTTTAA	2	12	1049019	1049030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406593867
343	NC_018626	TGAATA	2	12	1049649	1049660	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406593868
344	NC_018626	GTAAAG	2	12	1053010	1053021	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406593869
345	NC_018626	ATATCC	2	12	1061769	1061780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406593877
346	NC_018626	TTTGCA	2	12	1070452	1070463	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406593883
347	NC_018626	GCTTTT	2	12	1070534	1070545	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406593883
348	NC_018626	TCAGAT	2	12	1072486	1072497	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593884
349	NC_018626	GATAAT	2	12	1077148	1077159	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406593888
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351	NC_018626	GTTTTT	2	12	1083292	1083303	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406593897
352	NC_018626	CATTGC	2	12	1084163	1084174	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406593898
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354	NC_018626	ATGACT	2	12	1100190	1100201	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593910
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359	NC_018626	GAGAAG	2	12	1136227	1136238	50 %	0 %	50 %	0 %	406593941
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363	NC_018626	AAAATC	2	12	1142244	1142255	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406593946
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369	NC_018626	CACAGG	2	12	1158037	1158048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406593962

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.