MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 chromosome

Total Repeats: 789

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018626	GAAAA	2	10	3356	3365	80 %	0 %	20 %	0 %	406592925
2	NC_018626	AGGAG	2	10	4413	4422	40 %	0 %	60 %	0 %	406592925
3	NC_018626	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	406592927
4	NC_018626	AACAT	2	10	7325	7334	60 %	20 %	0 %	20 %	406592928
5	NC_018626	TTTGT	2	10	8605	8614	0 %	80 %	20 %	0 %	406592929
6	NC_018626	AAGAA	2	10	9571	9580	80 %	0 %	20 %	0 %	406592929
7	NC_018626	ATAAA	2	10	13046	13055	80 %	20 %	0 %	0 %	406592930
8	NC_018626	AACTC	2	10	13490	13499	40 %	20 %	0 %	40 %	406592930
9	NC_018626	GTTTT	2	10	13560	13569	0 %	80 %	20 %	0 %	406592930
10	NC_018626	GAAAC	2	10	14328	14337	60 %	0 %	20 %	20 %	406592931
11	NC_018626	AATAG	2	10	17069	17078	60 %	20 %	20 %	0 %	406592933
12	NC_018626	GCCTA	2	10	19905	19914	20 %	20 %	20 %	40 %	406592936
13	NC_018626	AGTGT	2	10	21119	21128	20 %	40 %	40 %	0 %	406592937
14	NC_018626	GCCAC	2	10	29446	29455	20 %	0 %	20 %	60 %	406592942
15	NC_018626	ATAAA	2	10	34285	34294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018626	AAGGA	2	10	38577	38586	60 %	0 %	40 %	0 %	406592952
17	NC_018626	CCATA	2	10	38784	38793	40 %	20 %	0 %	40 %	406592952
18	NC_018626	CTTTA	2	10	38950	38959	20 %	60 %	0 %	20 %	406592952
19	NC_018626	CTTTC	2	10	43213	43222	0 %	60 %	0 %	40 %	406592958
20	NC_018626	ACAAA	2	10	43875	43884	80 %	0 %	0 %	20 %	406592959
21	NC_018626	TATGG	2	10	44285	44294	20 %	40 %	40 %	0 %	406592960
22	NC_018626	TTGTC	2	10	45144	45153	0 %	60 %	20 %	20 %	406592960
23	NC_018626	TCTTT	2	10	46093	46102	0 %	80 %	0 %	20 %	406592962
24	NC_018626	AGCCC	2	10	47090	47099	20 %	0 %	20 %	60 %	406592963
25	NC_018626	TCAAA	2	10	47445	47454	60 %	20 %	0 %	20 %	406592963
26	NC_018626	TCTAT	2	10	49564	49573	20 %	60 %	0 %	20 %	406592965
27	NC_018626	TTTGG	2	10	51478	51487	0 %	60 %	40 %	0 %	406592965
28	NC_018626	TTTTG	2	10	52487	52496	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018626	TTTTC	2	10	55347	55356	0 %	80 %	0 %	20 %	406592969
30	NC_018626	GTAAG	2	10	57395	57404	40 %	20 %	40 %	0 %	406592972
31	NC_018626	TTAAT	2	10	57967	57976	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018626	TCTTT	2	10	59381	59390	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018626	AAAAT	2	10	60186	60195	80 %	20 %	0 %	0 %	406592974
34	NC_018626	TAGTT	2	10	62788	62797	20 %	60 %	20 %	0 %	406592974
35	NC_018626	GAATG	2	10	62804	62813	40 %	20 %	40 %	0 %	406592974
36	NC_018626	GACGC	2	10	63144	63153	20 %	0 %	40 %	40 %	406592974
37	NC_018626	TCCTA	2	10	64853	64862	20 %	40 %	0 %	40 %	406592976
38	NC_018626	AGAAA	2	10	70109	70118	80 %	0 %	20 %	0 %	406592980
39	NC_018626	GGATA	2	10	70917	70926	40 %	20 %	40 %	0 %	406592982
40	NC_018626	CACTT	2	10	71100	71109	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_018626	ATAGC	2	10	74356	74365	40 %	20 %	20 %	20 %	406592986
42	NC_018626	TGCAT	2	10	75216	75225	20 %	40 %	20 %	20 %	406592987
43	NC_018626	GCACA	2	10	77189	77198	40 %	0 %	20 %	40 %	406592988
44	NC_018626	AATTT	2	10	77712	77721	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018626	AGTTC	2	10	79146	79155	20 %	40 %	20 %	20 %	406592989
46	NC_018626	CGTAT	2	10	81515	81524	20 %	40 %	20 %	20 %	406592991
47	NC_018626	GAAAA	2	10	82726	82735	80 %	0 %	20 %	0 %	406592992
48	NC_018626	AGGAA	2	10	84725	84734	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018626	CTTTT	2	10	85614	85623	0 %	80 %	0 %	20 %	406592996
50	NC_018626	CAAAG	2	10	87085	87094	60 %	0 %	20 %	20 %	406592998
51	NC_018626	AACAA	2	10	87252	87261	80 %	0 %	0 %	20 %	406592998
52	NC_018626	AGAAA	2	10	87322	87331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018626	AAAGA	2	10	89158	89167	80 %	0 %	20 %	0 %	406593000
54	NC_018626	TTTTC	2	10	90173	90182	0 %	80 %	0 %	20 %	406593000
55	NC_018626	ATAAC	2	10	90782	90791	60 %	20 %	0 %	20 %	406593000
56	NC_018626	TGGCA	2	10	93267	93276	20 %	20 %	40 %	20 %	406593001
57	NC_018626	AATTA	2	10	93931	93940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018626	TGTTT	2	10	94992	95001	0 %	80 %	20 %	0 %	406593003
59	NC_018626	TCACC	2	10	96566	96575	20 %	20 %	0 %	60 %	406593004
60	NC_018626	AAAAT	2	10	96701	96710	80 %	20 %	0 %	0 %	406593004
61	NC_018626	TTAAT	2	10	97745	97754	40 %	60 %	0 %	0 %	406593005
62	NC_018626	ATTTG	2	10	98928	98937	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018626	AAAAT	2	10	99649	99658	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018626	ATTAC	2	10	102877	102886	40 %	40 %	0 %	20 %	406593014
65	NC_018626	CTACA	2	10	103251	103260	40 %	20 %	0 %	40 %	406593014
66	NC_018626	AATTA	2	10	104798	104807	60 %	40 %	0 %	0 %	406593016
67	NC_018626	CTATA	2	10	105788	105797	40 %	40 %	0 %	20 %	406593017
68	NC_018626	TGTTA	2	10	107708	107717	20 %	60 %	20 %	0 %	406593019
69	NC_018626	CTTTT	2	10	108331	108340	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018626	AGCTT	2	10	108442	108451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018626	GTTTG	2	10	108749	108758	0 %	60 %	40 %	0 %	406593021
72	NC_018626	AGTTA	2	10	115554	115563	40 %	40 %	20 %	0 %	406593036
73	NC_018626	AGTTT	2	10	116044	116053	20 %	60 %	20 %	0 %	406593037
74	NC_018626	TAAGA	2	10	116478	116487	60 %	20 %	20 %	0 %	406593038
75	NC_018626	TTTGC	2	10	116959	116968	0 %	60 %	20 %	20 %	406593039
76	NC_018626	TGAAA	2	10	117963	117972	60 %	20 %	20 %	0 %	406593039
77	NC_018626	TTTAC	2	10	119156	119165	20 %	60 %	0 %	20 %	406593042
78	NC_018626	AATTA	2	10	122049	122058	60 %	40 %	0 %	0 %	406593045
79	NC_018626	CTTTT	2	10	122845	122854	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_018626	GAGAT	2	10	123401	123410	40 %	20 %	40 %	0 %	406593046
81	NC_018626	GTCAA	2	10	124719	124728	40 %	20 %	20 %	20 %	406593048
82	NC_018626	TAGGG	2	10	127191	127200	20 %	20 %	60 %	0 %	406593051
83	NC_018626	AACTT	2	10	128123	128132	40 %	40 %	0 %	20 %	406593051
84	NC_018626	TTCTT	2	10	131327	131336	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_018626	TGTCA	2	10	132008	132017	20 %	40 %	20 %	20 %	406593054
86	NC_018626	GAGGT	2	10	133636	133645	20 %	20 %	60 %	0 %	406593055
87	NC_018626	AAAAG	2	10	135414	135423	80 %	0 %	20 %	0 %	406593056
88	NC_018626	TAAAA	2	10	135695	135704	80 %	20 %	0 %	0 %	406593056
89	NC_018626	GATTT	2	10	137954	137963	20 %	60 %	20 %	0 %	406593058
90	NC_018626	TTGTT	2	10	138296	138305	0 %	80 %	20 %	0 %	406593058
91	NC_018626	AAGAA	2	10	138777	138786	80 %	0 %	20 %	0 %	406593058
92	NC_018626	TTCTT	2	10	139370	139379	0 %	80 %	0 %	20 %	406593060
93	NC_018626	CTTTG	2	10	141274	141283	0 %	60 %	20 %	20 %	406593062
94	NC_018626	AGAAA	2	10	143311	143320	80 %	0 %	20 %	0 %	406593065
95	NC_018626	AAAGA	2	10	145976	145985	80 %	0 %	20 %	0 %	406593067
96	NC_018626	TTTTA	2	10	148155	148164	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018626	CGTTT	2	10	149654	149663	0 %	60 %	20 %	20 %	406593076
98	NC_018626	ATTTT	2	10	149794	149803	20 %	80 %	0 %	0 %	406593076
99	NC_018626	ACCAT	2	10	151825	151834	40 %	20 %	0 %	40 %	406593077
100	NC_018626	CAGAA	2	10	152790	152799	60 %	0 %	20 %	20 %	406593078
101	NC_018626	TTCAT	2	10	153360	153369	20 %	60 %	0 %	20 %	406593078
102	NC_018626	AAAGG	2	10	154190	154199	60 %	0 %	40 %	0 %	406593079
103	NC_018626	ATAGG	2	10	155882	155891	40 %	20 %	40 %	0 %	406593081
104	NC_018626	TTTGA	2	10	155968	155977	20 %	60 %	20 %	0 %	406593081
105	NC_018626	AAGGT	2	10	160909	160918	40 %	20 %	40 %	0 %	406593084
106	NC_018626	TTTTG	2	10	161848	161857	0 %	80 %	20 %	0 %	406593086
107	NC_018626	GGGGC	2	10	161995	162004	0 %	0 %	80 %	20 %	406593086
108	NC_018626	TAAAT	2	10	164474	164483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018626	AAATG	2	10	166401	166410	60 %	20 %	20 %	0 %	406593089
110	NC_018626	GGGGA	2	10	168176	168185	20 %	0 %	80 %	0 %	406593090
111	NC_018626	TTTTC	2	10	169225	169234	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018626	CTGTT	2	10	169704	169713	0 %	60 %	20 %	20 %	406593092
113	NC_018626	AATGA	2	10	169739	169748	60 %	20 %	20 %	0 %	406593092
114	NC_018626	AGGGG	2	10	171155	171164	20 %	0 %	80 %	0 %	406593093
115	NC_018626	ATTTT	2	10	173198	173207	20 %	80 %	0 %	0 %	406593096
116	NC_018626	GAGAG	2	10	173215	173224	40 %	0 %	60 %	0 %	406593096
117	NC_018626	CAAAA	2	10	173545	173554	80 %	0 %	0 %	20 %	406593097
118	NC_018626	CGCAT	2	10	173916	173925	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_018626	CTAAG	2	10	181157	181166	40 %	20 %	20 %	20 %	406593104
120	NC_018626	TTTTC	2	10	181757	181766	0 %	80 %	0 %	20 %	406593104
121	NC_018626	GGTAC	2	10	183752	183761	20 %	20 %	40 %	20 %	406593106
122	NC_018626	AGGGA	2	10	186940	186949	40 %	0 %	60 %	0 %	406593111
123	NC_018626	AGGAA	2	10	187963	187972	60 %	0 %	40 %	0 %	406593112
124	NC_018626	TTCTT	2	10	188342	188351	0 %	80 %	0 %	20 %	406593112
125	NC_018626	CTCTG	2	10	189496	189505	0 %	40 %	20 %	40 %	406593112
126	NC_018626	GTGAA	2	10	190107	190116	40 %	20 %	40 %	0 %	406593112
127	NC_018626	GATAA	2	10	190985	190994	60 %	20 %	20 %	0 %	406593112
128	NC_018626	CCCTT	2	10	193189	193198	0 %	40 %	0 %	60 %	406593113
129	NC_018626	TTTTA	2	10	193890	193899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018626	AGTTA	2	10	194180	194189	40 %	40 %	20 %	0 %	406593114
131	NC_018626	TTATT	2	10	194200	194209	20 %	80 %	0 %	0 %	406593114
132	NC_018626	CCCTA	2	10	195253	195262	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_018626	AGGGT	2	10	197124	197133	20 %	20 %	60 %	0 %	406593116
134	NC_018626	TGGAT	2	10	197565	197574	20 %	40 %	40 %	0 %	406593116
135	NC_018626	CTAAA	2	10	197622	197631	60 %	20 %	0 %	20 %	406593116
136	NC_018626	CTTTA	2	10	197925	197934	20 %	60 %	0 %	20 %	406593116
137	NC_018626	AAAAT	2	10	198102	198111	80 %	20 %	0 %	0 %	406593116
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387	NC_018626	TAAAA	2	10	564449	564458	80 %	20 %	0 %	0 %	406593452
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