MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 chromosome

Total Repeats: 14387

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018626	CGA	2	6	170	175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592922
2	NC_018626	AGA	2	6	188	193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592922
3	NC_018626	CTT	2	6	225	230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592922
4	NC_018626	TCT	2	6	331	336	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592922
5	NC_018626	ATG	2	6	546	551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592922
6	NC_018626	TAT	2	6	553	558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592922
7	NC_018626	ATG	2	6	579	584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592922
8	NC_018626	TGT	2	6	640	645	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592922
9	NC_018626	ATG	2	6	659	664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592922
10	NC_018626	ACA	2	6	950	955	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592922
11	NC_018626	AGC	2	6	964	969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592922
12	NC_018626	GTG	2	6	981	986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592922
13	NC_018626	AGC	3	9	1000	1008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592922
14	NC_018626	CTA	2	6	1011	1016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592922
15	NC_018626	GGT	2	6	1020	1025	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592922
16	NC_018626	CTT	2	6	1128	1133	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592922
17	NC_018626	CTT	2	6	1225	1230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
18	NC_018626	ACA	2	6	1365	1370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592923
19	NC_018626	ATG	2	6	1413	1418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
20	NC_018626	TTA	2	6	1512	1517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592923
21	NC_018626	TAG	2	6	1576	1581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
22	NC_018626	TAG	2	6	1714	1719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
23	NC_018626	CTA	2	6	1768	1773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592923
24	NC_018626	TTC	2	6	1789	1794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
25	NC_018626	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592923
26	NC_018626	CTT	2	6	2056	2061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
27	NC_018626	GAA	2	6	2067	2072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592923
28	NC_018626	TGA	2	6	2128	2133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
29	NC_018626	GAT	2	6	2146	2151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592923
30	NC_018626	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592923
31	NC_018626	CTT	2	6	2206	2211	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592923
32	NC_018626	TAA	2	6	2368	2373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592923
33	NC_018626	GAA	2	6	2415	2420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592923
34	NC_018626	AGT	2	6	2643	2648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592924
35	NC_018626	TTA	2	6	2656	2661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
36	NC_018626	TCC	2	6	2685	2690	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592924
37	NC_018626	TTC	2	6	2778	2783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592924
38	NC_018626	TTA	2	6	2803	2808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
39	NC_018626	AGA	2	6	2934	2939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592924
40	NC_018626	TAT	2	6	2972	2977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
41	NC_018626	TAT	2	6	3006	3011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592924
42	NC_018626	GAA	2	6	3217	3222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
43	NC_018626	ATG	2	6	3422	3427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
44	NC_018626	AGT	2	6	3489	3494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
45	NC_018626	CTT	2	6	3543	3548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592925
46	NC_018626	CAA	2	6	3628	3633	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592925
47	NC_018626	ATG	2	6	3661	3666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
48	NC_018626	ATC	2	6	3779	3784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592925
49	NC_018626	TGG	2	6	3892	3897	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592925
50	NC_018626	AGA	2	6	4143	4148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
51	NC_018626	TAA	2	6	4209	4214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592925
52	NC_018626	GAA	2	6	4246	4251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
53	NC_018626	AGC	2	6	4284	4289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592925
54	NC_018626	TAA	2	6	4313	4318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592925
55	NC_018626	CTT	2	6	4450	4455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592925
56	NC_018626	ATG	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
57	NC_018626	GAT	2	6	4525	4530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592925
58	NC_018626	GCT	2	6	4579	4584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592925
59	NC_018626	GAA	2	6	4809	4814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
60	NC_018626	AAG	2	6	4832	4837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
61	NC_018626	TGG	2	6	4910	4915	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592925
62	NC_018626	AAG	2	6	5009	5014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
63	NC_018626	AGA	2	6	5112	5117	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592925
64	NC_018626	TTA	2	6	5132	5137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592925
65	NC_018626	CAA	2	6	5220	5225	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592925
66	NC_018626	AGA	2	6	5520	5525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592926
67	NC_018626	TGG	2	6	5586	5591	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592926
68	NC_018626	TAT	2	6	5621	5626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592926
69	NC_018626	GTT	2	6	5667	5672	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
70	NC_018626	CAA	2	6	5683	5688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592926
71	NC_018626	TGA	2	6	5709	5714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
72	NC_018626	TGT	2	6	5730	5735	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
73	NC_018626	GGA	2	6	5752	5757	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592926
74	NC_018626	CAA	2	6	5863	5868	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592926
75	NC_018626	TGA	2	6	5925	5930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
76	NC_018626	GAT	2	6	5931	5936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
77	NC_018626	TGT	3	9	5983	5991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
78	NC_018626	TGA	2	6	6047	6052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
79	NC_018626	TGC	2	6	6222	6227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592926
80	NC_018626	TGA	2	6	6243	6248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592926
81	NC_018626	GAA	2	6	6274	6279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592926
82	NC_018626	GAG	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592926
83	NC_018626	TTC	2	6	6297	6302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592926
84	NC_018626	CCT	2	6	6304	6309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592926
85	NC_018626	CTT	2	6	6350	6355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592926
86	NC_018626	GTT	2	6	6392	6397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592926
87	NC_018626	ACA	2	6	6550	6555	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592926
88	NC_018626	ATA	2	6	6590	6595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592926
89	NC_018626	CAA	2	6	6634	6639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592926
90	NC_018626	GAA	2	6	6910	6915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592928
91	NC_018626	CAT	2	6	6916	6921	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592928
92	NC_018626	ACA	2	6	6934	6939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592928
93	NC_018626	GTG	2	6	6988	6993	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406592928
94	NC_018626	TGT	2	6	7013	7018	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592928
95	NC_018626	TTC	2	6	7104	7109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592928
96	NC_018626	GTT	2	6	7115	7120	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592928
97	NC_018626	CAT	2	6	7140	7145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592928
98	NC_018626	AGA	2	6	7170	7175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592928
99	NC_018626	TAA	2	6	7253	7258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592928
100	NC_018626	TTG	2	6	7302	7307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592928
101	NC_018626	CTC	2	6	7344	7349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592928
102	NC_018626	GGA	2	6	7462	7467	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592928
103	NC_018626	TGA	2	6	7608	7613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592928
104	NC_018626	ATT	2	6	7779	7784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592928
105	NC_018626	TGC	2	6	7857	7862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592928
106	NC_018626	TTC	2	6	7892	7897	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592928
107	NC_018626	TTG	2	6	8054	8059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592929
108	NC_018626	AAG	2	6	8169	8174	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
109	NC_018626	TTA	2	6	8253	8258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592929
110	NC_018626	CTT	2	6	8272	8277	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592929
111	NC_018626	GAA	2	6	8343	8348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
112	NC_018626	TTC	2	6	8378	8383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592929
113	NC_018626	TTC	2	6	8503	8508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592929
114	NC_018626	AGA	2	6	8522	8527	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
115	NC_018626	AGG	2	6	8710	8715	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592929
116	NC_018626	CCT	2	6	8767	8772	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592929
117	NC_018626	AAG	2	6	8815	8820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
118	NC_018626	GTT	2	6	8839	8844	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592929
119	NC_018626	GAA	2	6	8889	8894	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
120	NC_018626	CAT	2	6	8938	8943	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592929
121	NC_018626	TTC	2	6	9023	9028	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592929
122	NC_018626	GAA	2	6	9084	9089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
123	NC_018626	GAG	2	6	9145	9150	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592929
124	NC_018626	AGT	2	6	9250	9255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592929
125	NC_018626	TTA	2	6	9442	9447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592929
126	NC_018626	AGA	2	6	9691	9696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592929
127	NC_018626	GTT	2	6	9737	9742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592929
128	NC_018626	TCA	2	6	9930	9935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592929
129	NC_018626	CTT	2	6	9976	9981	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592929
130	NC_018626	CAG	2	6	9998	10003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592929
131	NC_018626	CCA	2	6	10040	10045	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406592929
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254	NC_018626	TAC	2	6	20086	20091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592936
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256	NC_018626	GCT	2	6	20159	20164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592936
257	NC_018626	AGA	2	6	20227	20232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592936
258	NC_018626	AGT	2	6	20475	20480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592937
259	NC_018626	TTA	2	6	20540	20545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592937
260	NC_018626	AGA	2	6	20550	20555	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592937
261	NC_018626	GAG	3	9	20603	20611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592937
262	NC_018626	CCT	2	6	20674	20679	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592937
263	NC_018626	GCA	2	6	20791	20796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592937
264	NC_018626	TTC	2	6	20910	20915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592937
265	NC_018626	GTA	2	6	20921	20926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592937
266	NC_018626	GCA	2	6	20980	20985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592937
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269	NC_018626	TAG	2	6	21236	21241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592937
270	NC_018626	TAA	2	6	21308	21313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592937
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272	NC_018626	GGA	2	6	21376	21381	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406592937
273	NC_018626	CTT	2	6	21575	21580	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592937
274	NC_018626	TTA	2	6	21818	21823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592938
275	NC_018626	GCA	2	6	21904	21909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592938
276	NC_018626	GAC	2	6	21989	21994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592938
277	NC_018626	TGA	2	6	22086	22091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592938
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279	NC_018626	TGA	2	6	22146	22151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592938
280	NC_018626	ACA	2	6	22167	22172	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592938
281	NC_018626	ATT	2	6	22273	22278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592938
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285	NC_018626	GAA	2	6	22428	22433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592938
286	NC_018626	CAG	2	6	22499	22504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592938
287	NC_018626	AAT	2	6	22588	22593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592938
288	NC_018626	ATA	2	6	22624	22629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592938
289	NC_018626	TGC	2	6	22653	22658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592938
290	NC_018626	GCT	2	6	22693	22698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592938
291	NC_018626	CAA	2	6	22708	22713	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592938
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300	NC_018626	ACA	2	6	23037	23042	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592938
301	NC_018626	AAG	2	6	23051	23056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592938
302	NC_018626	AAG	2	6	23078	23083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592938
303	NC_018626	AAC	2	6	23109	23114	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592938
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366	NC_018626	TCT	2	6	27417	27422	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592941
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374	NC_018626	CGC	2	6	27926	27931	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	406592941
375	NC_018626	CAA	2	6	27996	28001	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592941
376	NC_018626	TAA	2	6	28010	28015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406592941
377	NC_018626	TTG	2	6	28078	28083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592941
378	NC_018626	CTA	2	6	28099	28104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592941
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380	NC_018626	AGC	2	6	28148	28153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592941
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384	NC_018626	GCA	2	6	28368	28373	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592941
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500	NC_018626	TGT	2	6	38617	38622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406592952

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