MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci CP3 chromosome

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018625	ATTTAA	2	12	33589	33600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018625	TTTTAA	2	12	42712	42723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018625	ATTATA	2	12	77751	77762	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018625	TTTCTT	2	12	123030	123041	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_018625	TTCCGT	2	12	148020	148031	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018625	AGAAAA	2	12	163055	163066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018625	TTTTTA	2	12	210480	210491	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018625	TAAAGA	2	12	226837	226848	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018625	ATTATA	2	12	239706	239717	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018625	TTGAAT	2	12	244020	244031	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018625	ATATAA	2	12	261772	261783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018625	GGGAAA	2	12	267738	267749	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018625	TAAGAA	2	12	277655	277666	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018625	AGAACC	2	12	323342	323353	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018625	TGAAAA	2	12	336966	336977	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018625	ATTTTT	2	12	356467	356478	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018625	ATTTTT	2	12	371363	371374	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018625	AAAATC	2	12	396371	396382	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_018625	GACTGT	2	12	424780	424791	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_018625	AAAAAT	2	12	470323	470334	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018625	TATAAT	2	12	489667	489678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018625	TTAATT	2	12	507368	507379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018625	AAATAA	2	12	587197	587208	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018625	TTCTCC	2	12	624125	624136	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_018625	CTTTTG	2	12	656081	656092	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_018625	AAATAC	2	12	661639	661650	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_018625	CAATCT	2	12	662225	662236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018625	TCATTC	2	12	664474	664485	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018625	AAGGGA	2	12	703320	703331	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018625	ATTAAT	2	12	706010	706021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018625	AAAGAC	2	12	712322	712333	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_018625	GGAAAA	2	12	726053	726064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018625	TAAAAG	2	12	736864	736875	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018625	TCTATT	2	12	743146	743157	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018625	ATTTTA	2	12	749554	749565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018625	TAACCT	2	12	790935	790946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018625	CTATGT	2	12	811219	811230	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_018625	ATTTTA	2	12	947322	947333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018625	ATCTAT	2	12	962613	962624	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_018625	ATAAAA	2	12	979059	979070	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018625	TTTTCT	2	12	1009994	1010005	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_018625	AAATAA	2	12	1015216	1015227	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018625	TCGCTT	2	12	1018074	1018085	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_018625	TTATCC	2	12	1018977	1018988	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018625	AAATTT	2	12	1021109	1021120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018625	CTTTGT	2	12	1032551	1032562	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018625	TTTTAA	2	12	1055750	1055761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018625	TAATTT	2	12	1099451	1099462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018625	AAAATA	2	12	1137947	1137958	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018625	TACAGA	2	12	1150626	1150637	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_018625	GTTAAA	2	12	1163548	1163559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018625	CCTTCG	2	12	1166336	1166347	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.