MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci CP3 chromosome

Total Repeats: 351

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018625	CTGTGG	2	12	4817	4828	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406591809
2	NC_018625	GAGAAA	2	12	8589	8600	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406591813
3	NC_018625	AGGAAG	2	12	11318	11329	50 %	0 %	50 %	0 %	406591815
4	NC_018625	AAGAGT	2	12	12921	12932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406591815
5	NC_018625	ATAGTT	2	12	13143	13154	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406591815
6	NC_018625	AAAAGC	2	12	17198	17209	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406591818
7	NC_018625	TCAAGC	2	12	22571	22582	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406591823
8	NC_018625	TAGAAA	2	12	27587	27598	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406591825
9	NC_018625	TAAGTG	2	12	29024	29035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406591825
10	NC_018625	TTTTTA	2	12	39388	39399	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406591840
11	NC_018625	CGATTT	2	12	40258	40269	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406591842
12	NC_018625	GATAAA	2	12	40409	40420	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406591842
13	NC_018625	TGCTGG	2	12	44631	44642	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406591847
14	NC_018625	CTTATC	2	12	54344	54355	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406591855
15	NC_018625	AAATTT	2	12	55112	55123	50 %	50 %	0 %	0 %	406591856
16	NC_018625	TTATGG	2	12	62240	62251	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406591861
17	NC_018625	ATTTGG	2	12	62624	62635	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406591861
18	NC_018625	AAGTTG	2	12	65581	65592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406591863
19	NC_018625	TAGGGC	2	12	72915	72926	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	406591870
20	NC_018625	CCTGAT	2	12	72940	72951	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406591870
21	NC_018625	TGTTTC	2	12	74996	75007	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406591873
22	NC_018625	CACCTC	2	12	78320	78331	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	406591875
23	NC_018625	GCTGAT	2	12	80151	80162	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406591877
24	NC_018625	TCAAAA	2	12	85884	85895	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406591885
25	NC_018625	GATATC	3	18	90705	90722	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406591889
26	NC_018625	CATTTC	2	12	90936	90947	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406591889
27	NC_018625	TTGGGG	2	12	91288	91299	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406591889
28	NC_018625	CTTTTG	2	12	91985	91996	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406591889
29	NC_018625	ACCACA	2	12	98177	98188	50 %	0 %	0 %	50 %	406591896
30	NC_018625	TGAATA	2	12	102272	102283	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406591902
31	NC_018625	CTCTTC	2	12	103785	103796	0 %	50 %	0 %	50 %	406591903
32	NC_018625	AAATTA	2	12	107044	107055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406591907
33	NC_018625	TAAAGG	2	12	108829	108840	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406591910
34	NC_018625	GTAAAG	2	12	112625	112636	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406591917
35	NC_018625	ATTCCT	2	12	115360	115371	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406591924
36	NC_018625	TGCATT	2	12	124571	124582	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406591937
37	NC_018625	TATACT	2	12	124778	124789	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406591938
38	NC_018625	ATATGA	2	12	127967	127978	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406591941
39	NC_018625	AGCAAC	2	12	129738	129749	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406591942
40	NC_018625	TTTCTT	2	12	131890	131901	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406591944
41	NC_018625	TGATTC	2	12	134336	134347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406591945
42	NC_018625	TGTTTT	2	12	145523	145534	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406591957
43	NC_018625	ATAGGC	2	12	146925	146936	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406591960
44	NC_018625	AAGTAA	2	12	147807	147818	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406591963
45	NC_018625	CTCTAT	2	12	152293	152304	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406591965
46	NC_018625	TGGATT	2	12	160812	160823	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406591972
47	NC_018625	AAGAGA	2	12	166630	166641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406591977
48	NC_018625	TTAGGG	2	12	167694	167705	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406591978
49	NC_018625	TAAAGA	2	12	173137	173148	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406591984
50	NC_018625	GTTTTT	2	12	173475	173486	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406591985
51	NC_018625	TGCTGG	2	12	174170	174181	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406591986
52	NC_018625	GATAGA	2	12	174458	174469	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406591986
53	NC_018625	ACCAAC	2	12	182868	182879	50 %	0 %	0 %	50 %	406591993
54	NC_018625	TCCCTG	2	12	183862	183873	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	406591994
55	NC_018625	AAGGAG	2	12	188851	188862	50 %	0 %	50 %	0 %	406592001
56	NC_018625	GCCTTG	2	12	190270	190281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406592001
57	NC_018625	ACAATC	2	12	194579	194590	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406592003
58	NC_018625	TGCAGA	2	12	202258	202269	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406592010
59	NC_018625	AAAGAC	2	12	205388	205399	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406592015
60	NC_018625	TATTAC	2	12	206390	206401	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406592017
61	NC_018625	AGGAAA	2	12	207776	207787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406592017
62	NC_018625	CAGGAA	2	12	209299	209310	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	406592019
63	NC_018625	AATGGT	2	12	221543	221554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592029
64	NC_018625	AGTAGA	2	12	222272	222283	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406592029
65	NC_018625	CAGGAG	2	12	222553	222564	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	406592029
66	NC_018625	GCCAAC	2	12	226308	226319	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406592031
67	NC_018625	AAGACC	2	12	227303	227314	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406592033
68	NC_018625	ATATTT	2	12	228642	228653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592034
69	NC_018625	AATTGA	2	12	230829	230840	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406592038
70	NC_018625	ATTTTG	2	12	232871	232882	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406592040
71	NC_018625	TGCGAA	2	12	235261	235272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406592042
72	NC_018625	TAGGAA	2	12	235788	235799	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406592042
73	NC_018625	TTTCCT	2	12	244833	244844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592053
74	NC_018625	TTTAGG	2	12	245441	245452	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406592054
75	NC_018625	TAAAAG	2	12	245533	245544	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406592054
76	NC_018625	GTTAAT	2	12	257064	257075	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406592067
77	NC_018625	TTTCAT	2	12	257580	257591	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406592068
78	NC_018625	GACTTT	2	12	258043	258054	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592069
79	NC_018625	AATTTA	2	12	258664	258675	50 %	50 %	0 %	0 %	406592070
80	NC_018625	GTGTAA	2	12	261433	261444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592071
81	NC_018625	TATTTC	2	12	271269	271280	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406592079
82	NC_018625	TGAAAA	2	12	272443	272454	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406592081
83	NC_018625	TCTAGA	2	12	273363	273374	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592082
84	NC_018625	CTGTTT	2	12	275558	275569	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406592084
85	NC_018625	TTTTAT	2	12	276258	276269	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406592084
86	NC_018625	CTAAGT	2	12	279101	279112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592087
87	NC_018625	AGCACG	2	12	284106	284117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592092
88	NC_018625	GGATTA	2	12	290134	290145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592098
89	NC_018625	ATAGAA	2	12	290674	290685	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406592098
90	NC_018625	TCTTTT	2	12	294428	294439	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406592100
91	NC_018625	TTTTTG	2	12	297914	297925	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406592101
92	NC_018625	ATTTGT	2	12	300894	300905	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406592103
93	NC_018625	GGTTAC	2	12	304021	304032	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406592105
94	NC_018625	GCTGCA	2	12	305889	305900	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	406592106
95	NC_018625	TTTTTC	2	12	306578	306589	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406592106
96	NC_018625	GCAATC	2	12	312559	312570	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406592112
97	NC_018625	GGCTCC	2	12	312844	312855	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	406592113
98	NC_018625	GTCTTT	2	12	325246	325257	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406592123
99	NC_018625	GTCTTT	2	12	327891	327902	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406592127
100	NC_018625	ACCAAT	2	12	331669	331680	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406592128
101	NC_018625	TGTTGC	2	12	337224	337235	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	406592130
102	NC_018625	AGCAAT	2	12	341905	341916	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406592135
103	NC_018625	TTGACT	2	12	347905	347916	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592141
104	NC_018625	ATGTTC	2	12	350246	350257	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592143
105	NC_018625	TATTAA	2	12	352462	352473	50 %	50 %	0 %	0 %	406592145
106	NC_018625	ATGATC	2	12	354090	354101	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592145
107	NC_018625	GCTAAA	2	12	354788	354799	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406592146
108	NC_018625	CCTTTT	2	12	357906	357917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592148
109	NC_018625	CTAAAG	2	12	358378	358389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406592148
110	NC_018625	GCTGAT	2	12	364137	364148	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406592157
111	NC_018625	CTAAAT	2	12	367906	367917	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406592161
112	NC_018625	TTTCCC	2	12	369740	369751	0 %	50 %	0 %	50 %	406592163
113	NC_018625	GAATGT	2	12	372513	372524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592166
114	NC_018625	TCTATG	2	12	379690	379701	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592171
115	NC_018625	GTTTTT	2	12	380765	380776	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406592172
116	NC_018625	AGAAAA	2	12	381435	381446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	406592172
117	NC_018625	CTTAGG	2	12	384825	384836	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406592175
118	NC_018625	TAGGTG	2	12	388425	388436	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406592179
119	NC_018625	TCCTAA	2	12	393594	393605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592185
120	NC_018625	TAAAAC	2	12	394110	394121	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406592186
121	NC_018625	CGGTAT	2	12	398857	398868	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406592192
122	NC_018625	ATTTAA	2	12	399694	399705	50 %	50 %	0 %	0 %	406592193
123	NC_018625	AGATGA	2	12	402862	402873	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406592195
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125	NC_018625	CAGCGC	2	12	407179	407190	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	406592199
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127	NC_018625	GCGTAT	2	12	410618	410629	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406592203
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129	NC_018625	CAGTGA	2	12	414344	414355	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406592208
130	NC_018625	GTTATT	2	12	423970	423981	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406592220
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132	NC_018625	CTTTTG	2	12	428796	428807	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406592226
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140	NC_018625	AGATGC	2	12	439816	439827	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406592237
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145	NC_018625	ATGCTA	2	12	465855	465866	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592268
146	NC_018625	CCATGA	2	12	467254	467265	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406592270
147	NC_018625	GGAGCC	2	12	467783	467794	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	406592270
148	NC_018625	TAGAGC	2	12	468855	468866	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406592271
149	NC_018625	TCGTCA	2	12	469853	469864	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406592272
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154	NC_018625	GCTGCA	2	12	480465	480476	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	406592282
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217	NC_018625	GCTAAT	2	12	716768	716779	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592510
218	NC_018625	CTCCAC	2	12	721054	721065	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	406592515
219	NC_018625	ATTCAG	2	12	724206	724217	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592518
220	NC_018625	TCATAA	2	12	725283	725294	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406592519
221	NC_018625	TAACTG	2	12	725603	725614	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592519
222	NC_018625	TTCTCA	2	12	734675	734686	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406592527
223	NC_018625	AATCTG	2	12	734712	734723	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592527
224	NC_018625	AACCGC	2	12	741717	741728	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406592533
225	NC_018625	TAGCTA	2	12	742361	742372	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592534
226	NC_018625	TATTTT	2	12	743322	743333	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406592536
227	NC_018625	TCCGCA	2	12	743726	743737	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	406592536
228	NC_018625	CGGCGC	2	12	745161	745172	0 %	0 %	50 %	50 %	406592538
229	NC_018625	AGCTAC	2	12	746354	746365	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406592539
230	NC_018625	AGTTTC	2	12	747297	747308	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592540
231	NC_018625	CCTTCC	2	12	754784	754795	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406592545
232	NC_018625	AGAAAA	2	12	759577	759588	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	406592549
233	NC_018625	AATACA	2	12	765066	765077	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406592555
234	NC_018625	CCATAT	2	12	766609	766620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592557
235	NC_018625	TGGATG	2	12	766764	766775	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406592557
236	NC_018625	TCTAAC	2	12	768610	768621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592559
237	NC_018625	AAGCAA	2	12	771042	771053	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406592560
238	NC_018625	GTCACT	2	12	777322	777333	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406592561
239	NC_018625	AAGATA	2	12	781897	781908	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406592565
240	NC_018625	ATCCTA	2	12	782292	782303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592565
241	NC_018625	CCTTTA	2	12	788078	788089	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406592570
242	NC_018625	GCTTTT	2	12	790345	790356	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406592573
243	NC_018625	TGAATA	2	12	793450	793461	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406592574
244	NC_018625	CACCAG	2	12	799329	799340	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406592576
245	NC_018625	TTTAGC	2	12	802038	802049	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592581
246	NC_018625	GGTGTT	2	12	804517	804528	0 %	50 %	50 %	0 %	406592584
247	NC_018625	GGGTAG	2	12	806583	806594	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	406592587
248	NC_018625	AAACAT	2	12	810054	810065	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406592590
249	NC_018625	TTGATT	2	12	817892	817903	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406592598
250	NC_018625	ATATCC	2	12	822071	822082	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592602
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252	NC_018625	GCTGAA	2	12	829491	829502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406592611
253	NC_018625	ATACAC	2	12	831664	831675	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406592612
254	NC_018625	TTCCTC	2	12	831993	832004	0 %	50 %	0 %	50 %	406592613
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259	NC_018625	TTTTCC	2	12	843613	843624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406592624
260	NC_018625	AAGTTC	2	12	846179	846190	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592626
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264	NC_018625	TTTAGC	2	12	853329	853340	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406592631
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269	NC_018625	TGAAGT	2	12	867233	867244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406592648
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271	NC_018625	TTCCTG	2	12	868905	868916	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	406592649
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327	NC_018625	TCAGAT	2	12	1079217	1079228	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592829
328	NC_018625	GATAAT	2	12	1083879	1083890	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406592833
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330	NC_018625	GTTTTT	2	12	1090022	1090033	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406592844
331	NC_018625	CATTGC	2	12	1090893	1090904	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406592845
332	NC_018625	CGCAAG	2	12	1101230	1101241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592854
333	NC_018625	CAAACA	2	12	1103415	1103426	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406592855
334	NC_018625	CACCAA	2	12	1104290	1104301	50 %	0 %	0 %	50 %	406592856
335	NC_018625	ATGACT	2	12	1106922	1106933	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592858
336	NC_018625	ACAAAA	2	12	1112616	1112627	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	406592865
337	NC_018625	TTACAA	2	12	1114911	1114922	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406592867
338	NC_018625	GCTCTT	2	12	1120903	1120914	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	406592872
339	NC_018625	CGATTC	2	12	1126471	1126482	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406592876
340	NC_018625	CTAACC	2	12	1141523	1141534	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	406592893
341	NC_018625	TATCGA	2	12	1142824	1142835	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406592894
342	NC_018625	GAGAAG	2	12	1142949	1142960	50 %	0 %	50 %	0 %	406592894
343	NC_018625	AAATAA	2	12	1146879	1146890	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	406592897
344	NC_018625	ACTCAC	2	12	1148704	1148715	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	406592899
345	NC_018625	AAAATC	2	12	1148966	1148977	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406592899
346	NC_018625	AACGGA	2	12	1149386	1149397	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	406592899
347	NC_018625	GATAAC	2	12	1150279	1150290	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406592900
348	NC_018625	TAATCC	2	12	1153007	1153018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406592903
349	NC_018625	ATGAAC	2	12	1153406	1153417	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406592903
350	NC_018625	TAATTT	2	12	1159254	1159265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406592912
351	NC_018625	CACAGG	2	12	1164753	1164764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406592917

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.