MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci WC chromosome

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018624	ATAAA	2	10	34285	34294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018624	TTTTG	2	10	52487	52496	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018624	TTAAT	2	10	57967	57976	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018624	TCTTT	2	10	59394	59403	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018624	GGATA	2	10	70931	70940	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018624	CACTT	2	10	71114	71123	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_018624	AATTT	2	10	77727	77736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018624	AGAAA	2	10	87335	87344	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018624	AATTA	2	10	93944	93953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018624	ATTTG	2	10	98941	98950	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018624	AAAAT	2	10	99662	99671	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018624	CTTTT	2	10	108342	108351	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018624	CTTTT	2	10	122856	122865	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018624	TTCTT	2	10	131339	131348	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018624	TTTTA	2	10	148167	148176	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018624	TAAAT	2	10	164486	164495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018624	TTTTC	2	10	169227	169236	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018624	CAAAA	2	10	173546	173555	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018624	CGCAT	2	10	173916	173925	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_018624	AATGT	2	10	187356	187365	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018624	TTTTA	2	10	193897	193906	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018624	CCCTA	2	10	195260	195269	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_018624	GTTTT	2	10	198605	198614	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018624	ATTAA	2	10	201029	201038	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018624	ATAAA	2	10	225864	225873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018624	ATTTT	2	10	226721	226730	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018624	TTTAA	2	10	255852	255861	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018624	AAGAT	2	10	255926	255935	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018624	GAAGA	2	10	267618	267627	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018624	TAAAA	2	10	274632	274641	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018624	ATTTT	2	10	289876	289885	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018624	AAAGG	2	10	301592	301601	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018624	ATAGG	2	10	307807	307816	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018624	AAAGA	2	10	307827	307836	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018624	CATAG	2	10	310542	310551	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018624	TAAGA	2	10	319108	319117	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018624	TGTGA	2	10	326017	326026	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018624	TGAAA	2	10	332891	332900	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018624	ATTAT	2	10	342402	342411	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018624	CTTTT	2	10	343284	343293	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018624	TTTCT	2	10	347720	347729	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018624	AATAA	2	10	351085	351094	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018624	TGAAA	2	10	352314	352323	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018624	GTATT	2	10	363445	363454	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018624	GAATA	2	10	371523	371532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018624	CACTA	2	10	390173	390182	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_018624	GTTTC	2	10	391273	391282	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_018624	TTTAA	2	10	397420	397429	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018624	ATTTT	2	10	446708	446717	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018624	GCTTC	2	10	455622	455631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_018624	ATAGA	2	10	463618	463627	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018624	ATGTA	2	10	470505	470514	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018624	TAAAT	2	10	477146	477155	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018624	AACTT	2	10	477159	477168	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018624	TAAAT	2	10	478432	478441	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018624	AAATA	2	10	483822	483831	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018624	TTAAA	2	10	484981	484990	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018624	TTTAC	2	10	493805	493814	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018624	AAAAT	2	10	493862	493871	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018624	AATCT	2	10	504655	504664	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018624	TAGGG	2	10	504780	504789	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018624	TAAAA	2	10	549148	549157	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018624	TTTCT	2	10	559738	559747	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018624	AAATA	3	15	559751	559765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018624	TTATT	2	10	571043	571052	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018624	ATTAA	2	10	571081	571090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018624	ATATA	2	10	585507	585516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018624	ACAAA	2	10	586765	586774	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018624	CAATA	2	10	592364	592373	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018624	AATTA	2	10	593234	593243	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018624	ATTTA	2	10	597483	597492	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018624	ATTTT	2	10	601352	601361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018624	TATCC	2	10	622849	622858	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_018624	AGGGG	2	10	630672	630681	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018624	ATCAA	2	10	654338	654347	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_018624	TTTTA	2	10	657329	657338	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018624	GTATT	2	10	658078	658087	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018624	ATTCT	2	10	661156	661165	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018624	AAGAG	2	10	663545	663554	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018624	TCTTA	2	10	664693	664702	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018624	AAATA	2	10	664724	664733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018624	CTAAG	2	10	667699	667708	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018624	AAAAT	2	10	669568	669577	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018624	TTAAT	2	10	669585	669594	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018624	CACAA	2	10	674127	674136	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_018624	TAAAA	2	10	675979	675988	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018624	TAAAA	2	10	692291	692300	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018624	AAGCA	2	10	705236	705245	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018624	CAGAG	2	10	726562	726571	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018624	GGCCT	2	10	758488	758497	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_018624	AATCA	2	10	760470	760479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018624	GAAAA	2	10	802109	802118	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018624	AGCTA	2	10	805250	805259	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018624	TTTAC	2	10	807173	807182	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018624	AAGAA	2	10	809868	809877	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018624	GTTTT	2	10	819115	819124	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018624	TCTTT	2	10	834892	834901	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018624	ATTTT	2	10	844852	844861	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018624	AGAAC	2	10	855329	855338	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018624	TAAAA	2	10	864763	864772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018624	AAAAG	2	10	866477	866486	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018624	TCAAA	2	10	868043	868052	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018624	TAAAA	2	10	873477	873486	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018624	AAAAG	2	10	881428	881437	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018624	TTTTC	2	10	884565	884574	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018624	AAGTT	2	10	894325	894334	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018624	TCTAT	2	10	920797	920806	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018624	TTAAA	2	10	933823	933832	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018624	ACTAG	2	10	954632	954641	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018624	AATTA	2	10	959328	959337	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018624	TTTTG	2	10	961008	961017	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018624	CCCTT	2	10	972398	972407	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
113	NC_018624	AATTT	2	10	984406	984415	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018624	TATTG	2	10	996069	996078	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018624	TAAAT	2	10	1013427	1013436	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018624	GTAAC	2	10	1019806	1019815	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018624	AACCT	2	10	1021284	1021293	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_018624	TAACT	2	10	1022211	1022220	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_018624	ACATA	2	10	1022950	1022959	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018624	CTTTC	2	10	1024030	1024039	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_018624	CTTCT	2	10	1025145	1025154	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_018624	TTAAA	2	10	1032098	1032107	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018624	AACAA	2	10	1032311	1032320	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018624	TAAAA	2	10	1056913	1056922	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018624	AGCCC	2	10	1070534	1070543	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_018624	TTAAT	2	10	1073472	1073481	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018624	CAAAG	2	10	1100361	1100370	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_018624	AAAAG	2	10	1154815	1154824	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.