MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci WC chromosome

Total Repeats: 401

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018624	AATC	2	8	5413	5420	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018624	GAAT	2	8	6851	6858	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018624	TAAA	2	8	17023	17030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018624	TTTC	2	8	17680	17687	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018624	AGGG	2	8	29430	29437	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018624	TTTC	2	8	31650	31657	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018624	TCTA	2	8	32054	32061	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_018624	AATT	2	8	32378	32385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018624	TTAA	2	8	32418	32425	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018624	TTAA	2	8	33514	33521	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018624	AGAT	2	8	33557	33564	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018624	TCAA	2	8	37779	37786	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_018624	GTCG	2	8	44198	44205	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_018624	AAGA	2	8	48053	48060	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018624	ATAA	2	8	49531	49538	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018624	AAAG	2	8	52611	52618	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018624	TTTA	2	8	52621	52628	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018624	AAAG	2	8	54789	54796	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018624	GTTT	2	8	59878	59885	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018624	TATG	2	8	59893	59900	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018624	CTTT	2	8	64552	64559	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_018624	TAAT	2	8	77645	77652	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018624	TATT	2	8	77662	77669	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018624	TTAA	2	8	77671	77678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018624	TAAA	2	8	77702	77709	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018624	ATTA	2	8	77719	77726	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018624	TAAA	2	8	80483	80490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018624	AAAG	2	8	83463	83470	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018624	TTTA	2	8	87375	87382	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018624	ATAA	2	8	87430	87437	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018624	ATGT	2	8	93612	93619	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018624	ATAC	2	8	99170	99177	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_018624	AACA	2	8	99341	99348	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_018624	TGAT	2	8	99609	99616	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018624	TTAA	2	8	107089	107096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018624	CCGC	2	8	111331	111338	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
37	NC_018624	ATTT	2	8	122734	122741	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018624	AAAG	2	8	122909	122916	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018624	TAAT	2	8	123078	123085	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018624	TTAA	2	8	128493	128500	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018624	CTGG	2	8	128644	128651	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_018624	TTTA	2	8	128670	128677	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018624	ACTT	2	8	130836	130843	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_018624	TGAT	2	8	139101	139108	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018624	TAGT	2	8	140229	140236	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018624	TTAT	2	8	146070	146077	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018624	TTAT	2	8	146105	146112	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018624	GTAA	2	8	146126	146133	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018624	ATTT	3	12	147513	147524	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018624	TAAG	2	8	148580	148587	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018624	AAAG	2	8	148610	148617	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018624	GATG	2	8	159354	159361	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018624	GTAG	2	8	159380	159387	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018624	AAAT	2	8	164549	164556	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018624	ACTT	2	8	164602	164609	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_018624	TAGT	2	8	170049	170056	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018624	TTCC	2	8	170361	170368	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_018624	AAGA	2	8	173646	173653	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018624	TAAA	2	8	179330	179337	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018624	TTTA	2	8	179391	179398	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018624	AACT	2	8	179407	179414	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_018624	GATT	2	8	187275	187282	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018624	AGAT	2	8	191762	191769	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018624	GTTT	2	8	193695	193702	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018624	TATT	2	8	195421	195428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018624	TAAA	3	12	195452	195463	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018624	GTTT	2	8	196495	196502	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018624	CACT	2	8	198143	198150	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_018624	CTTT	2	8	198397	198404	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_018624	ATTA	2	8	198414	198421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018624	CTTT	2	8	198572	198579	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_018624	AATC	2	8	198580	198587	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_018624	ATTA	2	8	198717	198724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018624	TAAT	2	8	201045	201052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018624	TAAA	2	8	204058	204065	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018624	TTTA	2	8	205627	205634	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018624	GTTT	2	8	211839	211846	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018624	AAAG	2	8	213234	213241	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018624	CATA	2	8	213511	213518	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_018624	ATGT	2	8	213627	213634	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018624	AAGA	2	8	222895	222902	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018624	AACA	2	8	226713	226720	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_018624	CTTG	2	8	238142	238149	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_018624	GAAT	2	8	238193	238200	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018624	AATT	2	8	238332	238339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018624	TTTC	2	8	238432	238439	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_018624	ATAA	2	8	239814	239821	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018624	GTTT	2	8	240863	240870	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018624	TCAT	2	8	241093	241100	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_018624	AGGA	2	8	244023	244030	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018624	TAAA	2	8	262990	262997	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018624	GTTC	2	8	266677	266684	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_018624	TAAT	2	8	266780	266787	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018624	AATT	2	8	266795	266802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018624	TAAT	2	8	267872	267879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018624	TAAA	2	8	267986	267993	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018624	TTGT	2	8	274613	274620	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018624	AAAT	2	8	276658	276665	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018624	TACT	2	8	281186	281193	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_018624	AATT	2	8	281207	281214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018624	TGTA	2	8	281250	281257	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018624	GTTT	2	8	282159	282166	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018624	ATTT	2	8	289812	289819	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018624	TAAT	3	12	289859	289870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018624	TAGA	2	8	291696	291703	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018624	TCTA	2	8	291728	291735	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_018624	TATT	2	8	291779	291786	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018624	AATG	2	8	299876	299883	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018624	TGTT	2	8	301342	301349	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018624	ATTG	2	8	301429	301436	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018624	TTGA	2	8	301500	301507	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018624	GAAA	2	8	307901	307908	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018624	CTAC	2	8	307969	307976	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_018624	GGGA	2	8	310629	310636	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018624	ATGC	2	8	319180	319187	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_018624	AAGG	2	8	322020	322027	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018624	CAAG	2	8	323136	323143	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_018624	GCTG	2	8	327352	327359	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_018624	TGCA	2	8	332795	332802	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_018624	AAAG	2	8	332932	332939	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018624	AGTT	2	8	342382	342389	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018624	CAGA	2	8	343226	343233	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_018624	TGAT	2	8	343252	343259	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018624	TATT	2	8	345437	345444	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018624	ATAA	2	8	349247	349254	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018624	TCTT	2	8	350011	350018	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_018624	AGAA	2	8	352014	352021	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018624	ATTT	2	8	354559	354566	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018624	TAGT	2	8	354614	354621	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018624	ATAC	2	8	356822	356829	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_018624	TTTG	2	8	362114	362121	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018624	TCTT	2	8	362350	362357	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_018624	GCTT	2	8	363462	363469	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_018624	TTAA	2	8	372371	372378	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018624	ATCT	2	8	375386	375393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_018624	AACT	2	8	376231	376238	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_018624	GTTT	2	8	387217	387224	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018624	TAAT	2	8	389915	389922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018624	AAGA	2	8	389950	389957	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018624	ATTA	2	8	389975	389982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018624	AAAC	2	8	391288	391295	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_018624	GTTT	2	8	401635	401642	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018624	TTAA	2	8	401657	401664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018624	TAAT	2	8	401676	401683	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018624	AAAG	2	8	404664	404671	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018624	ATTA	2	8	417897	417904	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018624	CAAT	2	8	420548	420555	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_018624	ATTT	2	8	420602	420609	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018624	AATA	2	8	421722	421729	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018624	CTTT	2	8	425423	425430	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_018624	GTAA	2	8	425505	425512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018624	TTTA	2	8	425558	425565	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_018624	TTTA	2	8	438284	438291	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_018624	TTGA	2	8	449805	449812	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.