MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci WS/RT/E30 chromosome

Total Repeats: 422

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018622	AATC	2	8	5413	5420	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018622	GAAT	2	8	6851	6858	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018622	TAAA	2	8	17023	17030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018622	TTTC	2	8	17680	17687	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018622	ATTT	2	8	26654	26661	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018622	ATTA	2	8	26665	26672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018622	TTTC	2	8	31646	31653	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_018622	TCTA	2	8	32050	32057	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_018622	AATT	2	8	32374	32381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018622	TTAA	2	8	32414	32421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018622	TTAA	2	8	33510	33517	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018622	AGAT	2	8	33553	33560	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018622	TCAA	2	8	37775	37782	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_018622	GTCG	2	8	44194	44201	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_018622	ATAA	2	8	49527	49534	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018622	AAAG	2	8	52607	52614	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018622	TTTA	2	8	52617	52624	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018622	AAAG	2	8	54785	54792	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018622	GTTT	2	8	59891	59898	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018622	TATG	2	8	59906	59913	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018622	CTTT	2	8	64566	64573	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_018622	TAAT	2	8	77659	77666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018622	TATT	2	8	77676	77683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018622	TTAA	2	8	77685	77692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018622	TAAA	2	8	77716	77723	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018622	ATTA	2	8	77733	77740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018622	TAAG	2	8	80616	80623	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018622	AAAG	2	8	83485	83492	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018622	TTTA	2	8	87398	87405	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018622	ATAA	2	8	87452	87459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018622	ATGT	2	8	93634	93641	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018622	ATAC	2	8	99192	99199	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_018622	AACA	2	8	99363	99370	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_018622	TGAT	2	8	99631	99638	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018622	TTAA	2	8	107112	107119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018622	CCGC	2	8	111354	111361	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
37	NC_018622	ATTT	2	8	122757	122764	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018622	AAAG	2	8	122932	122939	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018622	TAAT	2	8	123101	123108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018622	CTTA	2	8	124032	124039	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_018622	TTAA	2	8	128516	128523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018622	CTGG	2	8	128667	128674	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_018622	TTTA	2	8	128693	128700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018622	TGAT	2	8	139124	139131	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018622	TAGT	2	8	140253	140260	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018622	TTAT	2	8	146094	146101	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018622	TTAT	2	8	146129	146136	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018622	GTAA	2	8	146150	146157	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018622	ATTT	3	12	147541	147552	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018622	TAAG	2	8	148608	148615	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018622	AAAG	2	8	148638	148645	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018622	ATTT	2	8	149362	149369	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018622	GATG	2	8	159383	159390	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018622	GTAG	2	8	159409	159416	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018622	TAAA	2	8	164519	164526	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018622	AAAT	2	8	164570	164577	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018622	CTTT	2	8	169022	169029	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_018622	TAGT	2	8	170080	170087	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018622	TTCC	2	8	170392	170399	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_018622	AAGA	2	8	173677	173684	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018622	TAAA	2	8	179362	179369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018622	TTTA	2	8	179423	179430	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018622	AACT	2	8	179439	179446	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_018622	GATT	2	8	187306	187313	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018622	AGAT	2	8	191793	191800	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018622	GTTT	2	8	193726	193733	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018622	GCTA	2	8	195204	195211	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_018622	GTCT	2	8	195428	195435	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_018622	TAAA	3	12	195466	195477	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018622	GTTT	2	8	196516	196523	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018622	TCAC	2	8	198162	198169	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_018622	ATTA	2	8	198434	198441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018622	CTTT	2	8	198561	198568	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_018622	ATTA	2	8	198738	198745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018622	TAAT	2	8	201069	201076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018622	TAAA	2	8	204082	204089	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018622	TTTA	2	8	205651	205658	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018622	GTTT	2	8	211863	211870	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018622	AAAG	2	8	213258	213265	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018622	CATA	2	8	213535	213542	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_018622	ATGT	2	8	213651	213658	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018622	TTAG	2	8	215304	215311	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018622	AAGA	2	8	222921	222928	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018622	AACA	2	8	226739	226746	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_018622	ATTA	2	8	232243	232250	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018622	CTTG	2	8	238169	238176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_018622	GAAT	2	8	238219	238226	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018622	TAAT	2	8	239720	239727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018622	ATAA	2	8	239837	239844	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018622	GTTT	2	8	240887	240894	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018622	AGGA	2	8	244046	244053	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018622	GATT	2	8	254059	254066	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018622	TAAA	2	8	263013	263020	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018622	GTTC	2	8	266700	266707	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_018622	TAAT	2	8	266804	266811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018622	AATT	2	8	266819	266826	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018622	TAAT	2	8	267896	267903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018622	TAAA	2	8	268010	268017	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018622	TTGT	2	8	274638	274645	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018622	AAAT	2	8	276683	276690	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018622	TACT	2	8	280834	280841	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_018622	AATT	2	8	280855	280862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018622	TGTA	2	8	280898	280905	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018622	GTTT	2	8	281807	281814	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018622	ATTT	2	8	289461	289468	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018622	TAAT	3	12	289508	289519	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018622	TAGA	2	8	291344	291351	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018622	TCTA	2	8	291376	291383	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_018622	TATT	2	8	291427	291434	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018622	AATG	2	8	299518	299525	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018622	GTTT	2	8	299668	299675	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018622	ATTG	2	8	301072	301079	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018622	TTGA	2	8	301143	301150	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018622	GAAA	2	8	307544	307551	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018622	CTAC	2	8	307612	307619	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_018622	GGGA	2	8	310272	310279	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018622	GAAT	2	8	317525	317532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018622	ATGC	2	8	318701	318708	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_018622	AAAG	2	8	323571	323578	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018622	GTTA	2	8	333024	333031	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018622	GACG	2	8	334959	334966	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_018622	TATG	2	8	336050	336057	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018622	TATT	2	8	336071	336078	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018622	ATAA	2	8	339852	339859	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018622	TCTT	2	8	340616	340623	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_018622	AGAA	2	8	342618	342625	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018622	ATTT	2	8	345164	345171	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018622	TAGT	2	8	345219	345226	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018622	ATAC	2	8	347427	347434	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_018622	TTTG	2	8	352719	352726	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018622	GCTT	2	8	354067	354074	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_018622	TTAA	2	8	362976	362983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018622	ATCT	2	8	365989	365996	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_018622	AACT	2	8	366834	366841	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_018622	GAAG	2	8	371405	371412	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018622	GGTA	2	8	380424	380431	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018622	TAAT	2	8	380525	380532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018622	AAGA	2	8	380560	380567	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018622	ATTA	2	8	380585	380592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018622	AAAC	2	8	381897	381904	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_018622	GTTT	2	8	392244	392251	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018622	TTAA	2	8	392266	392273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018622	TAAT	2	8	392285	392292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018622	AAAG	2	8	395272	395279	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018622	ATTA	2	8	408505	408512	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018622	CAAT	2	8	411156	411163	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_018622	ATTT	2	8	411210	411217	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018622	AATA	2	8	412330	412337	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018622	CTTT	2	8	416031	416038	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_018622	GTAA	2	8	416112	416119	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018622	TTTA	2	8	416165	416172	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018622	AAGA	2	8	418475	418482	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_018622	TTTA	2	8	428892	428899	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_018622	TTTA	2	8	480577	480584	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_018622	TATT	2	8	480715	480722	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_018622	TTCT	2	8	527638	527645	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.