MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia psittaci VS225 chromosome

Total Repeats: 398

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018621	CTGTGG	2	12	4822	4833	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407456176
2	NC_018621	GAGAAA	2	12	8594	8605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407456180
3	NC_018621	AGGAAG	2	12	11323	11334	50 %	0 %	50 %	0 %	407456182
4	NC_018621	AAGAGT	2	12	12926	12937	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407456182
5	NC_018621	ATAGTT	2	12	13148	13159	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407456182
6	NC_018621	AAAAGC	2	12	17203	17214	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407456185
7	NC_018621	TAAGTG	2	12	29028	29039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407456193
8	NC_018621	ATTTAA	2	12	33599	33610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018621	TGATGT	2	12	34194	34205	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407456201
10	NC_018621	TTTTTA	2	12	39396	39407	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407456207
11	NC_018621	CGATTT	2	12	40266	40277	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407456209
12	NC_018621	GATAAA	2	12	40417	40428	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456209
13	NC_018621	TTTTAA	2	12	42720	42731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018621	TGCTGG	2	12	44639	44650	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407456214
15	NC_018621	CTTATC	2	12	54349	54360	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407456223
16	NC_018621	AAATTT	2	12	55117	55128	50 %	50 %	0 %	0 %	407456224
17	NC_018621	TTGTTC	2	12	61391	61402	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407456229
18	NC_018621	TTATGG	2	12	62213	62224	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407456229
19	NC_018621	ATTTGG	2	12	62597	62608	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407456229
20	NC_018621	AAGTTG	2	12	65554	65565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407456230
21	NC_018621	TAGGGC	2	12	72887	72898	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407456238
22	NC_018621	CCTGAT	2	12	72912	72923	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407456238
23	NC_018621	TGTTTC	2	12	74968	74979	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407456241
24	NC_018621	ATTATA	2	12	77723	77734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018621	CACCTC	2	12	78292	78303	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	407456243
26	NC_018621	GCTGAT	2	12	80118	80129	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407456245
27	NC_018621	TCAAAA	2	12	85851	85862	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407456252
28	NC_018621	GATATC	3	18	90665	90682	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407456256
29	NC_018621	CATTTC	2	12	90896	90907	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407456256
30	NC_018621	TTGGGG	2	12	91248	91259	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407456256
31	NC_018621	CTTTTG	2	12	91945	91956	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407456256
32	NC_018621	ACCACA	2	12	98135	98146	50 %	0 %	0 %	50 %	407456264
33	NC_018621	TGAATA	2	12	102231	102242	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407456270
34	NC_018621	CTCTTC	2	12	103743	103754	0 %	50 %	0 %	50 %	407456271
35	NC_018621	AAATTA	2	12	107002	107013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407456275
36	NC_018621	TAAAGG	2	12	108788	108799	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407456278
37	NC_018621	GTAAAG	2	12	112583	112594	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407456285
38	NC_018621	ATTCCT	2	12	115315	115326	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407456292
39	NC_018621	TGCATT	2	12	124525	124536	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407456304
40	NC_018621	TATACT	2	12	124732	124743	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407456305
41	NC_018621	ATATGA	2	12	127921	127932	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407456308
42	NC_018621	AGCAAC	2	12	129692	129703	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407456310
43	NC_018621	TTTCTT	2	12	131842	131853	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407456312
44	NC_018621	TGATTC	2	12	134288	134299	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407456313
45	NC_018621	TGTTTT	2	12	145474	145485	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407456326
46	NC_018621	ATAGGC	2	12	146876	146887	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407456329
47	NC_018621	AAGTAA	2	12	147758	147769	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456332
48	NC_018621	TTCCGT	2	12	147971	147982	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_018621	CTCTAT	2	12	152244	152255	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407456334
50	NC_018621	TGGATT	2	12	160762	160773	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407456342
51	NC_018621	AGAAAA	2	12	163005	163016	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018621	AAGAGA	2	12	166579	166590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407456348
53	NC_018621	TAAAGA	2	12	173082	173093	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456355
54	NC_018621	GTTTTT	2	12	173420	173431	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407456356
55	NC_018621	TGCTGG	2	12	174115	174126	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407456357
56	NC_018621	GATAGA	2	12	174403	174414	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407456357
57	NC_018621	ACCAAC	2	12	182813	182824	50 %	0 %	0 %	50 %	407456365
58	NC_018621	TCCCTG	2	12	183807	183818	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	407456366
59	NC_018621	AAGGAG	2	12	188797	188808	50 %	0 %	50 %	0 %	407456372
60	NC_018621	GCCTTG	2	12	190216	190227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407456372
61	NC_018621	ACAATC	2	12	194526	194537	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407456374
62	NC_018621	CAAAGG	2	12	194657	194668	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407456374
63	NC_018621	TGCAGA	2	12	202204	202215	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407456381
64	NC_018621	AAAGAC	2	12	205334	205345	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407456386
65	NC_018621	TATTAC	2	12	206336	206347	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407456388
66	NC_018621	AGGAAA	2	12	207722	207733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407456388
67	NC_018621	CAGGAA	2	12	209245	209256	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407456390
68	NC_018621	TTTTTA	2	12	210426	210437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018621	AATGGT	2	12	221487	221498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407456400
70	NC_018621	AGTAGA	2	12	222216	222227	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407456400
71	NC_018621	CAGGAG	2	12	222497	222508	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407456400
72	NC_018621	GCCAAC	2	12	226252	226263	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	407456402
73	NC_018621	TAAAGA	2	12	226781	226792	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018621	AAGACC	2	12	227247	227258	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407456404
75	NC_018621	ATATTT	2	12	228586	228597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407456405
76	NC_018621	AATTGA	2	12	230773	230784	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407456409
77	NC_018621	ATTTTG	2	12	232815	232826	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407456411
78	NC_018621	TGCGAA	2	12	235205	235216	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407456413
79	NC_018621	TAGGAA	2	12	235732	235743	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407456413
80	NC_018621	ATTATA	2	12	239647	239658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018621	TTGAAT	2	12	243960	243971	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018621	TTTCCT	2	12	244773	244784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407456423
83	NC_018621	TTTAGG	2	12	245380	245391	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407456424
84	NC_018621	TAAAAG	2	12	245472	245483	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456424
85	NC_018621	GTTAAT	2	12	257002	257013	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407456437
86	NC_018621	TTTCAT	2	12	257517	257528	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407456437
87	NC_018621	GACTTT	2	12	257979	257990	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407456438
88	NC_018621	AATTTA	2	12	258600	258611	50 %	50 %	0 %	0 %	407456439
89	NC_018621	GTGTAA	2	12	261369	261380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407456440
90	NC_018621	ATATAA	2	12	261709	261720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018621	GGGAAA	2	12	267670	267681	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018621	TATTTC	2	12	271202	271213	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407456451
93	NC_018621	TGAAAA	2	12	272375	272386	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456455
94	NC_018621	TCTAGA	2	12	273296	273307	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407456456
95	NC_018621	CTGTTT	2	12	275491	275502	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407456458
96	NC_018621	TTTTAT	2	12	276191	276202	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407456458
97	NC_018621	TAAGAA	2	12	277588	277599	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018621	CTAAGT	2	12	279034	279045	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407456461
99	NC_018621	AGCACG	2	12	283878	283889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407456466
100	NC_018621	GGATTA	2	12	289909	289920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407456470
101	NC_018621	ATAGAA	2	12	290449	290460	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456470
102	NC_018621	TAAAAT	2	12	291415	291426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018621	TCTTTT	2	12	294202	294213	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407456472
104	NC_018621	TTTTTG	2	12	297688	297699	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407456473
105	NC_018621	ATTTGT	2	12	300668	300679	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407456475
106	NC_018621	TAGGCG	2	12	302317	302328	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407456477
107	NC_018621	AGATTT	2	12	306337	306348	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407456479
108	NC_018621	GCAATC	2	12	312326	312337	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407456483
109	NC_018621	TTCCGG	2	12	312607	312618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407456484
110	NC_018621	TTCTGT	2	12	313116	313127	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407456484
111	NC_018621	ACCAAT	2	12	323362	323373	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407456488
112	NC_018621	GAGTTT	2	12	328279	328290	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407456491
113	NC_018621	TGAAAA	2	12	328643	328654	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018621	TGTTGC	2	12	328901	328912	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407456492
115	NC_018621	AGCAAT	2	12	333580	333591	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407456498
116	NC_018621	TTGACT	2	12	339570	339581	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407456505
117	NC_018621	ATGTTC	2	12	341908	341919	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407456507
118	NC_018621	TATTAA	2	12	344125	344136	50 %	50 %	0 %	0 %	407456509
119	NC_018621	ATGATC	2	12	345753	345764	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407456509
120	NC_018621	GCTAAA	2	12	346451	346462	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407456510
121	NC_018621	CCTTTT	2	12	349570	349581	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407456513
122	NC_018621	CTAAAG	2	12	350041	350052	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407456513
123	NC_018621	GCTGAT	2	12	355812	355823	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407456522
124	NC_018621	ATCGGG	2	12	357995	358006	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407456523
125	NC_018621	CTAAAT	2	12	359582	359593	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407456525
126	NC_018621	AATTCC	2	12	360570	360581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407456525
127	NC_018621	ATTTTT	2	12	363039	363050	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018621	GAATGT	2	12	364189	364200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407456530
129	NC_018621	TCTATG	2	12	371363	371374	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407456537
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132	NC_018621	CTTAGG	2	12	376497	376508	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407456542
133	NC_018621	TAGGTG	2	12	380098	380109	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407456546
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138	NC_018621	ATTTAA	2	12	391349	391360	50 %	50 %	0 %	0 %	407456560
139	NC_018621	AGATGA	2	12	394511	394522	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407456562
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143	NC_018621	GCGTAT	2	12	402270	402281	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407456570
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172	NC_018621	GCTGCA	2	12	472130	472141	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407456649
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219	NC_018621	AATGAC	2	12	613569	613580	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407456783
220	NC_018621	TTCTCC	2	12	615866	615877	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
221	NC_018621	AGATAA	2	12	616897	616908	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456788
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226	NC_018621	GCCATA	2	12	637607	637618	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407456801
227	NC_018621	CATGAA	2	12	644708	644719	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407456807
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229	NC_018621	CTATTC	2	12	649875	649886	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407456814
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231	NC_018621	AAAAAC	2	12	653848	653859	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
232	NC_018621	CAATCT	2	12	653933	653944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
233	NC_018621	TTAGGG	2	12	654295	654306	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407456821
234	NC_018621	TCATTC	2	12	656182	656193	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407456824
235	NC_018621	TCCCAG	2	12	658747	658758	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407456826
236	NC_018621	AGAATA	2	12	658829	658840	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407456826
237	NC_018621	CCTAAC	2	12	669261	669272	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407456836
238	NC_018621	TCCATT	2	12	671987	671998	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
239	NC_018621	TTCATT	2	12	682072	682083	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407456846
240	NC_018621	ACGTTC	2	12	682729	682740	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407456846
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243	NC_018621	ACGATG	2	12	693170	693181	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407456852
244	NC_018621	AAGGGA	2	12	695029	695040	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
245	NC_018621	TGCTAC	2	12	696319	696330	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407456855
246	NC_018621	ATTAAT	2	12	697719	697730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
247	NC_018621	TTAGTG	2	12	699874	699885	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407456860
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253	NC_018621	GGAAAA	2	12	715096	715107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407456878
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257	NC_018621	AACCGC	2	12	730760	730771	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	407456891
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259	NC_018621	TCTATT	2	12	732189	732200	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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264	NC_018621	ATTTTA	2	12	738598	738609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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327	NC_018621	TTGCTG	2	12	940020	940031	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407457081
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331	NC_018621	GGCACA	2	12	952005	952016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407457092
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335	NC_018621	ATAAAA	2	12	968266	968277	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_018621	AAGAAT	2	12	971489	971500	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407457110
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348	NC_018621	TTTTCT	2	12	999221	999232	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
349	NC_018621	AAATAA	2	12	1004443	1004454	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
350	NC_018621	TCGCTT	2	12	1007301	1007312	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
351	NC_018621	TTATCC	2	12	1008205	1008216	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
352	NC_018621	AAATTT	2	12	1010343	1010354	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.