MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci VS225 chromosome

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018621	ATTTAA	2	12	33599	33610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018621	TTTTAA	2	12	42720	42731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018621	ATTATA	2	12	77723	77734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018621	TTCCGT	2	12	147971	147982	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018621	AGAAAA	2	12	163005	163016	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018621	TTTTTA	2	12	210426	210437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018621	TAAAGA	2	12	226781	226792	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018621	ATTATA	2	12	239647	239658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018621	TTGAAT	2	12	243960	243971	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018621	ATATAA	2	12	261709	261720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018621	GGGAAA	2	12	267670	267681	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018621	TAAGAA	2	12	277588	277599	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018621	TAAAAT	2	12	291415	291426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018621	TGAAAA	2	12	328643	328654	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018621	ATTTTT	2	12	363039	363050	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018621	AAAATC	2	12	388027	388038	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018621	AAAAAT	2	12	461991	462002	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018621	TTAATT	2	12	499063	499074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018621	TTCTCC	2	12	615866	615877	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_018621	CTTTTG	2	12	647790	647801	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_018621	AAATAC	2	12	653348	653359	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_018621	AAAAAC	2	12	653848	653859	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_018621	CAATCT	2	12	653933	653944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018621	TCCATT	2	12	671987	671998	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018621	AAGGGA	2	12	695029	695040	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018621	ATTAAT	2	12	697719	697730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018621	TAAAAG	2	12	725907	725918	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018621	TCTATT	2	12	732189	732200	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_018621	ATTTTA	2	12	738598	738609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018621	TAACCT	2	12	779980	779991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_018621	CTATGT	2	12	800199	800210	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_018621	ATTTTA	2	12	936534	936545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018621	ATCTAT	2	12	951819	951830	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018621	ATAAAA	2	12	968266	968277	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018621	TTTTCT	2	12	999221	999232	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_018621	AAATAA	2	12	1004443	1004454	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018621	TCGCTT	2	12	1007301	1007312	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018621	TTATCC	2	12	1008205	1008216	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018621	AAATTT	2	12	1010343	1010354	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018621	CTTTGT	2	12	1021784	1021795	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_018621	AAAAAT	2	12	1042055	1042066	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018621	TAATTT	2	12	1088680	1088691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018621	AAAATA	2	12	1127177	1127188	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018621	TACAGA	2	12	1139855	1139866	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_018621	GTTAAA	2	12	1152783	1152794	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018621	CCTTCG	2	12	1155569	1155580	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.