MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci 84/55 chromosome

Total Repeats: 361

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018619	CTGTGG	2	12	4819	4830	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407453481
2	NC_018619	GAGAAA	2	12	8591	8602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407453485
3	NC_018619	AGGAAG	2	12	11321	11332	50 %	0 %	50 %	0 %	407453486
4	NC_018619	AAGAGT	2	12	12924	12935	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453486
5	NC_018619	ATAGTT	2	12	13146	13157	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407453486
6	NC_018619	AAAAGC	2	12	17201	17212	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407453489
7	NC_018619	TAAGTG	2	12	29025	29036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453499
8	NC_018619	TGATGT	2	12	34191	34202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453507
9	NC_018619	TTTTTA	2	12	39394	39405	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407453511
10	NC_018619	CGATTT	2	12	40264	40275	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453513
11	NC_018619	GATAAA	2	12	40415	40426	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453513
12	NC_018619	TGCTGG	2	12	44637	44648	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407453518
13	NC_018619	CTTATC	2	12	54348	54359	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453527
14	NC_018619	AAATTT	2	12	55116	55127	50 %	50 %	0 %	0 %	407453528
15	NC_018619	TTGTTC	2	12	61421	61432	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453534
16	NC_018619	TTATGG	2	12	62243	62254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453534
17	NC_018619	ATTTGG	2	12	62627	62638	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453534
18	NC_018619	AAGTTG	2	12	65585	65596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453536
19	NC_018619	TAGGGC	2	12	72920	72931	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407453544
20	NC_018619	CCTGAT	2	12	72945	72956	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407453544
21	NC_018619	TGTTTC	2	12	75001	75012	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453547
22	NC_018619	CACCTC	2	12	78325	78336	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	407453549
23	NC_018619	GCTGAT	2	12	80152	80163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453550
24	NC_018619	TCAAAA	2	12	85885	85896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407453557
25	NC_018619	GATATC	3	18	90705	90722	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453560
26	NC_018619	CATTTC	2	12	90936	90947	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453560
27	NC_018619	TTGGGG	2	12	91288	91299	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407453560
28	NC_018619	CTTTTG	2	12	91985	91996	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453560
29	NC_018619	ACCACA	2	12	98177	98188	50 %	0 %	0 %	50 %	407453566
30	NC_018619	TGAATA	2	12	102272	102283	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453572
31	NC_018619	CTCTTC	2	12	103784	103795	0 %	50 %	0 %	50 %	407453573
32	NC_018619	AAATTA	2	12	107043	107054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453577
33	NC_018619	TAAAGG	2	12	108828	108839	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453580
34	NC_018619	GTAAAG	2	12	112624	112635	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453587
35	NC_018619	ATTCCT	2	12	115359	115370	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453594
36	NC_018619	TGCATT	2	12	124568	124579	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453606
37	NC_018619	TATACT	2	12	124775	124786	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407453607
38	NC_018619	ATATGA	2	12	127964	127975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453610
39	NC_018619	AGCAAC	2	12	129735	129746	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407453611
40	NC_018619	TTTCTT	2	12	131886	131897	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407453613
41	NC_018619	TGATTC	2	12	134332	134343	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453614
42	NC_018619	TGTTTT	2	12	145518	145529	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453626
43	NC_018619	ATAGGC	2	12	146920	146931	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453629
44	NC_018619	AAGTAA	2	12	147802	147813	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453632
45	NC_018619	CTCTAT	2	12	152287	152298	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453634
46	NC_018619	TGGATT	2	12	160805	160816	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453642
47	NC_018619	AAGAGA	2	12	166622	166633	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407453648
48	NC_018619	TAAAGA	2	12	173126	173137	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453654
49	NC_018619	GTTTTT	2	12	173464	173475	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453655
50	NC_018619	TGCTGG	2	12	174160	174171	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407453657
51	NC_018619	GATAGA	2	12	174448	174459	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453657
52	NC_018619	ACCAAC	2	12	182850	182861	50 %	0 %	0 %	50 %	407453664
53	NC_018619	TCCCTG	2	12	183844	183855	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	407453665
54	NC_018619	AAGGAG	2	12	188833	188844	50 %	0 %	50 %	0 %	407453672
55	NC_018619	GCCTTG	2	12	190252	190263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407453672
56	NC_018619	ACAATC	2	12	194562	194573	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407453674
57	NC_018619	CAAAGG	2	12	194693	194704	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453674
58	NC_018619	TGCAGA	2	12	202242	202253	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453681
59	NC_018619	AAAGAC	2	12	205373	205384	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407453687
60	NC_018619	TATTAC	2	12	206375	206386	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407453689
61	NC_018619	AGGAAA	2	12	207761	207772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407453689
62	NC_018619	CAGGAA	2	12	209284	209295	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453691
63	NC_018619	AATGGT	2	12	221527	221538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453701
64	NC_018619	AGTAGA	2	12	222256	222267	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453701
65	NC_018619	CAGGAG	2	12	222537	222548	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407453701
66	NC_018619	GCCAAC	2	12	226292	226303	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	407453703
67	NC_018619	AAGACC	2	12	227285	227296	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407453705
68	NC_018619	ATATTT	2	12	228624	228635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453706
69	NC_018619	AATTGA	2	12	230811	230822	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453710
70	NC_018619	ATTTTG	2	12	232854	232865	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407453712
71	NC_018619	TGCGAA	2	12	235244	235255	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453714
72	NC_018619	TAGGAA	2	12	235771	235782	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453714
73	NC_018619	TTTCCT	2	12	244815	244826	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407453724
74	NC_018619	TTTAGG	2	12	245423	245434	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453725
75	NC_018619	TAAAAG	2	12	245515	245526	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453725
76	NC_018619	GTTAAT	2	12	257044	257055	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407453738
77	NC_018619	TTTCAT	2	12	257559	257570	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407453738
78	NC_018619	GACTTT	2	12	258021	258032	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453739
79	NC_018619	AATTTA	2	12	258642	258653	50 %	50 %	0 %	0 %	407453740
80	NC_018619	GTGTAA	2	12	261411	261422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453741
81	NC_018619	TGAAAA	2	12	272421	272432	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453753
82	NC_018619	TCTAGA	2	12	273341	273352	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453754
83	NC_018619	CTGTTT	2	12	275536	275547	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453756
84	NC_018619	TTTTAT	2	12	276236	276247	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407453756
85	NC_018619	CTAAGT	2	12	279079	279090	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453759
86	NC_018619	AGCACG	2	12	284102	284113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407453763
87	NC_018619	GGATTA	2	12	290130	290141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453767
88	NC_018619	ATAGAA	2	12	290670	290681	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453767
89	NC_018619	GATTTA	2	12	294208	294219	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407453769
90	NC_018619	TCTTTT	2	12	294423	294434	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407453769
91	NC_018619	GTTTTT	2	12	297311	297322	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453771
92	NC_018619	TTTTTG	2	12	297908	297919	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453771
93	NC_018619	ATTTGT	2	12	300886	300897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407453775
94	NC_018619	TAGGCG	2	12	302534	302545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407453777
95	NC_018619	GGTTAC	2	12	304011	304022	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453777
96	NC_018619	TATATT	2	12	304474	304485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453778
97	NC_018619	GCAATC	2	12	312544	312555	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407453782
98	NC_018619	GTCTTT	2	12	319920	319931	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453787
99	NC_018619	GTCTTT	2	12	325275	325286	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453791
100	NC_018619	AGAACC	2	12	326027	326038	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407453792
101	NC_018619	GTCTTT	2	12	327954	327965	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453793
102	NC_018619	ACCAAT	2	12	331727	331738	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407453795
103	NC_018619	TGTTGC	2	12	337269	337280	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407453798
104	NC_018619	AGCAAT	2	12	341949	341960	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407453803
105	NC_018619	TTGACT	2	12	347940	347951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453809
106	NC_018619	ATGTTC	2	12	350277	350288	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453810
107	NC_018619	TATTAA	2	12	352494	352505	50 %	50 %	0 %	0 %	407453813
108	NC_018619	ATGATC	2	12	354122	354133	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453813
109	NC_018619	GCTAAA	2	12	354820	354831	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407453814
110	NC_018619	CCTTTT	2	12	357938	357949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407453816
111	NC_018619	CTAAAG	2	12	358410	358421	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407453816
112	NC_018619	GCTGAT	2	12	364168	364179	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453826
113	NC_018619	ATCGGG	2	12	366351	366362	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407453827
114	NC_018619	CTAAAT	2	12	367938	367949	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407453829
115	NC_018619	AATTCC	2	12	368926	368937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407453829
116	NC_018619	GAATGT	2	12	372543	372554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453835
117	NC_018619	TCTATG	2	12	379716	379727	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453843
118	NC_018619	GTTTTT	2	12	380791	380802	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453844
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120	NC_018619	CTTAGG	2	12	384851	384862	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453847
121	NC_018619	TAGGTG	2	12	388450	388461	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407453850
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231	NC_018619	GGAAAA	2	12	728881	728892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407454190
232	NC_018619	TTCTCA	2	12	737502	737513	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407454198
233	NC_018619	AATCTG	2	12	737539	737550	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407454198
234	NC_018619	AACCGC	2	12	744544	744555	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	407454204
235	NC_018619	TAGCTA	2	12	745188	745199	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407454205
236	NC_018619	TCTATT	2	12	745973	745984	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407454207
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238	NC_018619	TCCGCA	2	12	746554	746565	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407454207
239	NC_018619	CGGCGC	2	12	747988	747999	0 %	0 %	50 %	50 %	407454209
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270	NC_018619	GAAGCT	2	12	846016	846027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407454293
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334	NC_018619	ATATCC	2	12	1072403	1072414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454497
335	NC_018619	TTTGCA	2	12	1081087	1081098	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407454503
336	NC_018619	GCTTTT	2	12	1081169	1081180	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407454503
337	NC_018619	TCAGAT	2	12	1083124	1083135	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407454504
338	NC_018619	GATAAT	2	12	1087785	1087796	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407454508
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340	NC_018619	GTTTTT	2	12	1093926	1093937	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407454518
341	NC_018619	CATTGC	2	12	1094797	1094808	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407454519
342	NC_018619	CGCAAG	2	12	1105134	1105145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454528
343	NC_018619	CAAACA	2	12	1107320	1107331	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407454530
344	NC_018619	CACCAA	2	12	1108196	1108207	50 %	0 %	0 %	50 %	407454532
345	NC_018619	ATGACT	2	12	1110828	1110839	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407454535
346	NC_018619	ACAAAA	2	12	1116520	1116531	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407454541
347	NC_018619	TTACAA	2	12	1118815	1118826	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407454543
348	NC_018619	GCTCTT	2	12	1124809	1124820	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407454547
349	NC_018619	CGATTC	2	12	1130380	1130391	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407454551
350	NC_018619	CTAACC	2	12	1145432	1145443	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407454569
351	NC_018619	TATCGA	2	12	1146734	1146745	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407454570
352	NC_018619	GAGAAG	2	12	1146859	1146870	50 %	0 %	50 %	0 %	407454570
353	NC_018619	AAATAA	2	12	1150788	1150799	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407454574
354	NC_018619	ACTCAC	2	12	1152613	1152624	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407454576
355	NC_018619	AAAATC	2	12	1152875	1152886	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407454576
356	NC_018619	AACGGA	2	12	1153295	1153306	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407454576
357	NC_018619	GATAAC	2	12	1154186	1154197	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407454577
358	NC_018619	TAATCC	2	12	1156914	1156925	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407454580
359	NC_018619	ATGAAC	2	12	1157313	1157324	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407454580
360	NC_018619	TAATTT	2	12	1163166	1163177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407454586
361	NC_018619	CACAGG	2	12	1168666	1168677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407454591

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.