MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci 84/55 chromosome

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018619	ATAAA	2	10	34285	34294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018619	TTTTG	2	10	52485	52494	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018619	TTAAT	2	10	57964	57973	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018619	TCTTT	2	10	59408	59417	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018619	CACTT	2	10	71129	71138	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018619	AATTT	2	10	77742	77751	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018619	AGGAA	2	10	84754	84763	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018619	AGAAA	2	10	87351	87360	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018619	AATTA	2	10	93959	93968	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018619	ATTTG	2	10	98955	98964	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018619	AAAAT	2	10	99676	99685	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018619	CTTTT	2	10	108357	108366	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018619	AGCTT	2	10	108468	108477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018619	CTTTT	2	10	122869	122878	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018619	TTCTT	2	10	131352	131361	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018619	TTTTA	2	10	148179	148188	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018619	TAAAT	2	10	164494	164503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018619	TTTTC	2	10	169246	169255	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018619	CGCAT	2	10	173936	173945	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_018619	AATGT	2	10	187365	187374	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018619	TTTTA	2	10	193906	193915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018619	CCCTA	2	10	195269	195278	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_018619	GTTTT	2	10	198621	198630	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018619	ATTAA	2	10	201044	201053	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018619	ATAAA	2	10	225878	225887	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018619	ATTTT	2	10	226736	226745	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018619	TTTAA	2	10	255866	255875	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018619	AAGAT	2	10	255940	255949	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018619	GAAGA	2	10	267631	267640	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018619	TAAAA	2	10	274644	274653	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018619	ATTTT	2	10	289706	289715	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018619	AAAGG	2	10	301418	301427	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018619	ATAGG	2	10	307645	307654	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018619	CATAG	2	10	310380	310389	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018619	TAAGA	2	10	318926	318935	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018619	TGAAA	2	10	332717	332726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018619	ATTAT	2	10	342216	342225	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018619	CTTTT	2	10	343098	343107	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018619	TTTCT	2	10	347536	347545	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018619	AATAA	2	10	350901	350910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018619	TGAAA	2	10	352129	352138	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018619	GTATT	2	10	363258	363267	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018619	GAATA	2	10	371334	371343	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018619	TTTTA	2	10	371396	371405	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018619	CACTA	2	10	389978	389987	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_018619	GTTTC	2	10	391079	391088	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018619	TTTAA	2	10	397225	397234	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018619	ATTTT	2	10	446500	446509	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018619	GCTTC	2	10	455411	455420	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_018619	ATAGA	2	10	463406	463415	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018619	ATGTA	2	10	470290	470299	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018619	TAAAT	2	10	476931	476940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018619	AACTT	2	10	476944	476953	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018619	TAAAT	2	10	478217	478226	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018619	AAATA	2	10	483643	483652	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018619	TTAAA	2	10	484802	484811	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018619	TTTAC	2	10	493625	493634	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018619	AAAAT	2	10	493682	493691	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018619	AATCT	2	10	504475	504484	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_018619	TAGGG	2	10	504600	504609	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018619	TAAAA	2	10	548962	548971	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018619	TTTCT	2	10	559547	559556	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018619	AAATA	3	15	559560	559574	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018619	TTATT	2	10	570852	570861	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018619	ATTAA	2	10	570890	570899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018619	TTTCC	2	10	574398	574407	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_018619	ATATA	2	10	585317	585326	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018619	ACAAA	2	10	586575	586584	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018619	CAATA	2	10	592174	592183	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018619	AATTA	2	10	593044	593053	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018619	ATTTA	2	10	597294	597303	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018619	ATTTT	2	10	601163	601172	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018619	TATCC	2	10	622661	622670	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_018619	AGGGG	2	10	630484	630493	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018619	TGTAT	2	10	644950	644959	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018619	ATCAA	2	10	654109	654118	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018619	TTTTA	2	10	657100	657109	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018619	AATGA	2	10	658781	658790	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018619	ATCAG	2	10	661052	661061	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_018619	AAGAG	2	10	663316	663325	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018619	TCTTA	2	10	664464	664473	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018619	AAATA	2	10	664495	664504	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018619	CTAAG	2	10	667470	667479	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018619	AAAAT	2	10	669339	669348	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018619	TTAAT	2	10	669356	669365	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018619	CACAA	2	10	673893	673902	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_018619	TAAAA	2	10	675745	675754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018619	TAAAA	2	10	692058	692067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018619	CAGAG	2	10	726323	726332	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018619	GGCCT	2	10	758247	758256	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_018619	AATCA	2	10	760228	760237	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018619	GAAAA	2	10	801867	801876	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018619	AGCTA	2	10	805011	805020	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018619	TTTAC	2	10	806934	806943	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018619	AAGAA	2	10	809628	809637	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018619	GTTTT	2	10	818878	818887	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018619	TCTTT	2	10	834660	834669	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018619	ATTTT	2	10	844618	844627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018619	AGAAC	2	10	855096	855105	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018619	TAAAA	2	10	864527	864536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018619	AAAAG	2	10	866240	866249	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018619	TCAAA	2	10	867806	867815	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018619	TAAAA	2	10	873239	873248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018619	AAAAG	2	10	881192	881201	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018619	TTTTC	2	10	884329	884338	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018619	AAGTT	2	10	894090	894099	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018619	TCTAT	2	10	920560	920569	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018619	TTAAA	2	10	933584	933593	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018619	ACTAG	2	10	954396	954405	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018619	AATTA	2	10	959091	959100	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018619	TTTTG	2	10	960771	960780	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018619	CCCTT	2	10	972158	972167	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
113	NC_018619	AATTT	2	10	984166	984175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018619	TATTG	2	10	995826	995835	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018619	TAAAT	2	10	1013188	1013197	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018619	GATCC	2	10	1018577	1018586	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_018619	AGGTA	2	10	1018876	1018885	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018619	TAGAT	2	10	1019274	1019283	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018619	GTAAC	2	10	1019610	1019619	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018619	AACCT	2	10	1021088	1021097	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_018619	TAACT	2	10	1022015	1022024	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018619	ACATA	2	10	1022754	1022763	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018619	CTTTC	2	10	1023834	1023843	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_018619	CTTCT	2	10	1024940	1024949	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_018619	TTAAA	2	10	1031893	1031902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018619	AACAA	2	10	1032106	1032115	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_018619	TAAAA	2	10	1056709	1056718	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018619	AGCCC	2	10	1070329	1070338	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_018619	TTAAT	2	10	1073267	1073276	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018619	CAAAG	2	10	1100154	1100163	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018619	GCTCG	2	10	1132963	1132972	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_018619	AAAAG	2	10	1154611	1154620	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.