MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Portiera aleyrodidarum BT-QVLC chromosome

Total Repeats: 272

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018618	TTATT	2	10	3203	3212	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018618	TGTTT	2	10	3222	3231	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018618	TTTTG	2	10	3247	3256	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018618	TAAAA	2	10	3710	3719	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018618	TAAAG	2	10	3880	3889	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018618	ACAAA	2	10	3989	3998	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_018618	AATTA	2	10	4315	4324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018618	TCCAT	3	15	15854	15868	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_018618	TCTAT	4	20	15869	15888	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018618	TTTCT	2	10	19649	19658	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_018618	TGTTT	2	10	20622	20631	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018618	TTTTG	2	10	21064	21073	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018618	ATTAT	2	10	21291	21300	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018618	TTTTA	2	10	21416	21425	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018618	TGTAA	2	10	21464	21473	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018618	CTTTT	2	10	21491	21500	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018618	TGTGT	2	10	21859	21868	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018618	TGGGG	3	15	22223	22237	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018618	ACTAA	2	10	22532	22541	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018618	TATAA	2	10	22579	22588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018618	TTGTG	2	10	25389	25398	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018618	TTGTT	2	10	29050	29059	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018618	TTGTT	2	10	29211	29220	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018618	GAATT	2	10	29651	29660	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018618	GTAAA	2	10	30401	30410	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018618	AATAA	2	10	30718	30727	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018618	ATAAC	2	10	33177	33186	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_018618	CATAT	2	10	33674	33683	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018618	TATAA	2	10	38211	38220	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018618	TTTTC	2	10	38236	38245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018618	GTATA	2	10	38378	38387	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018618	CATTA	2	10	38991	39000	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018618	CTTAA	2	10	39323	39332	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_018618	ACAAT	2	10	39459	39468	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018618	TTAAT	2	10	39758	39767	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018618	ACCTC	2	10	48701	48710	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_018618	AACCT	2	10	49533	49542	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_018618	AAAAC	2	10	56457	56466	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018618	TTGTT	2	10	59604	59613	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018618	TTAAT	2	10	59774	59783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018618	CTTTC	2	10	59785	59794	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_018618	TTTTC	2	10	59853	59862	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018618	TTTTC	2	10	59960	59969	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018618	ACATA	2	10	60036	60045	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018618	AAACT	2	10	60218	60227	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_018618	ATAAC	4	20	60231	60250	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018618	ACAAA	2	10	60352	60361	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_018618	AAAAT	2	10	61014	61023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018618	ATAAA	2	10	61257	61266	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018618	CAAAA	2	10	61391	61400	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_018618	ACATT	2	10	65766	65775	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018618	AAACA	2	10	65786	65795	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018618	ACAAA	2	10	65910	65919	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018618	AAACA	2	10	66088	66097	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018618	ATTTG	2	10	66136	66145	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018618	TACAA	2	10	66558	66567	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018618	TTAAC	2	10	66637	66646	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018618	CAAAA	2	10	67343	67352	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018618	TTTAA	2	10	67482	67491	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018618	ATTAA	2	10	67533	67542	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018618	AAATG	2	10	67692	67701	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018618	AAGAT	2	10	67915	67924	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018618	TATAT	2	10	68079	68088	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018618	AAAAT	2	10	69429	69438	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018618	TTTTA	2	10	69731	69740	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018618	TTTTA	2	10	71965	71974	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018618	AGTGG	2	10	72576	72585	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018618	TTAAA	2	10	72650	72659	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018618	GTATG	2	10	72710	72719	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018618	GTATT	2	10	73039	73048	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018618	TTAAA	2	10	73669	73678	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018618	AATAA	2	10	80205	80214	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018618	TCCTA	3	15	81825	81839	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_018618	TAAAT	2	10	94043	94052	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018618	ATAAA	2	10	111975	111984	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018618	CGTCT	2	10	112301	112310	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_018618	ATGCT	2	10	112677	112686	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018618	AACAA	2	10	112839	112848	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018618	AAAAC	2	10	113265	113274	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_018618	GTTAT	2	10	118611	118620	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018618	TTTCT	2	10	123072	123081	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018618	ATTGT	2	10	123868	123877	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018618	ACTAA	7	35	124337	124371	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018618	ATAAA	4	20	124382	124401	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018618	AAAGT	2	10	125003	125012	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018618	ATTAG	2	10	127515	127524	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018618	CCATA	2	10	128548	128557	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_018618	TATAT	2	10	130279	130288	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018618	GTTTT	2	10	132178	132187	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018618	CAAAA	2	10	132368	132377	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018618	CTAAC	2	10	132464	132473	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_018618	CTAAC	2	10	132494	132503	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_018618	CTAAC	2	10	132524	132533	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_018618	TAACT	2	10	132868	132877	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018618	AAAGA	2	10	133588	133597	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018618	ATAGT	2	10	133851	133860	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018618	GAAAA	2	10	133861	133870	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018618	GAAGT	2	10	133885	133894	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018618	ATTTT	2	10	141019	141028	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018618	TGTTT	2	10	141314	141323	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018618	ATTGT	2	10	141944	141953	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018618	ACAGA	2	10	145351	145360	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018618	AGTTA	2	10	145701	145710	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018618	AAAAT	2	10	147476	147485	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018618	TCTAA	2	10	154425	154434	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018618	ATCTA	2	10	154461	154470	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018618	GTTAA	2	10	157987	157996	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018618	TAGTT	2	10	158258	158267	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018618	TGTTA	2	10	158678	158687	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018618	TGTTA	2	10	158824	158833	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018618	AGGTA	2	10	158857	158866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018618	TTTAT	2	10	161735	161744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018618	TTTTA	2	10	161818	161827	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018618	CTTTT	2	10	162042	162051	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_018618	ATAAA	2	10	162121	162130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018618	ACAAA	2	10	163084	163093	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018618	AACAA	2	10	163154	163163	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018618	AGTTA	2	10	163353	163362	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018618	AACTA	2	10	163496	163505	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018618	TTTGT	2	10	164268	164277	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018618	CTTTT	2	10	170008	170017	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018618	GCTTT	2	10	170741	170750	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018618	GAATA	2	10	172013	172022	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018618	TTTTA	2	10	172873	172882	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018618	CCAAT	2	10	172960	172969	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_018618	ATATT	2	10	174626	174635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018618	TATAA	2	10	180142	180151	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018618	ATTTT	2	10	185287	185296	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018618	AACTA	2	10	185583	185592	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018618	ATTAC	2	10	187285	187294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018618	AAAAG	2	10	188292	188301	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018618	AAAAC	2	10	188701	188710	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018618	CTTAG	2	10	188877	188886	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018618	TTTTA	2	10	189227	189236	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018618	ATTTT	2	10	189338	189347	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018618	TGTTA	2	10	189543	189552	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018618	GATAT	2	10	189579	189588	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018618	TAAAA	2	10	190257	190266	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018618	ATTTT	2	10	192004	192013	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018618	AGTTA	2	10	192204	192213	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018618	TTAAT	2	10	192352	192361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018618	TTGTT	2	10	192567	192576	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018618	TTTTG	2	10	192815	192824	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018618	TGTTT	2	10	192835	192844	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018618	ATTTG	2	10	193087	193096	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018618	TTTGT	2	10	193163	193172	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018618	ATTTT	2	10	193189	193198	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018618	TTTTG	2	10	193621	193630	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018618	TAAAG	2	10	193849	193858	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018618	ATTTT	2	10	194160	194169	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018618	CTTTT	2	10	212275	212284	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_018618	TTTTA	2	10	212828	212837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018618	TTGTT	2	10	212838	212847	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_018618	TGTTT	2	10	213061	213070	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_018618	TATGT	2	10	213354	213363	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_018618	AAAAC	2	10	220922	220931	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_018618	TTTTA	2	10	251615	251624	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_018618	ATACA	3	15	252101	252115	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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253	NC_018618	AATTA	2	10	338726	338735	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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257	NC_018618	AGAAA	2	10	340863	340872	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
258	NC_018618	GTTTA	2	10	343284	343293	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_018618	ATGAA	2	10	344673	344682	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
262	NC_018618	TAAAA	2	10	344970	344979	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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266	NC_018618	TTAAG	2	10	352491	352500	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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269	NC_018618	GTTAG	2	10	355883	355892	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
270	NC_018618	GTTAG	2	10	355930	355939	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
271	NC_018618	AGGTT	2	10	356931	356940	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
272	NC_018618	GATTA	2	10	357449	357458	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.