MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Riemerella anatipestifer RA-CH-1 chromosome

Total Repeats: 1117

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018609	GTTTTT	2	12	10742	10753	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407450798
2	NC_018609	AATTTT	2	12	11925	11936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018609	ATTCCC	2	12	16171	16182	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407450804
4	NC_018609	TTTCAA	2	12	16367	16378	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407450804
5	NC_018609	TCTAAT	2	12	17751	17762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407450806
6	NC_018609	TAAATT	2	12	17943	17954	50 %	50 %	0 %	0 %	407450807
7	NC_018609	TTGGAA	2	12	18062	18073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407450807
8	NC_018609	TTTTTC	2	12	18462	18473	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407450807
9	NC_018609	TGTCTA	2	12	21599	21610	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407450812
10	NC_018609	CAATTT	2	12	27371	27382	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_018609	TGAAAT	2	12	31374	31385	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450821
12	NC_018609	AAAATA	2	12	34894	34905	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407450824
13	NC_018609	TAGGTG	2	12	35080	35091	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407450824
14	NC_018609	TCAAGT	2	12	36137	36148	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407450824
15	NC_018609	AGCAAC	2	12	36808	36819	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407450824
16	NC_018609	TGCAGG	2	12	39354	39365	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407450826
17	NC_018609	AGAAAC	2	12	43047	43058	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407450828
18	NC_018609	TCTATC	2	12	43827	43838	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407450828
19	NC_018609	AGCTAT	2	12	43923	43934	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407450828
20	NC_018609	ACCAAT	2	12	47039	47050	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407450831
21	NC_018609	GCTTCT	2	12	49569	49580	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407450833
22	NC_018609	TCGGTA	2	12	50373	50384	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407450833
23	NC_018609	TGGTGC	2	12	54077	54088	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407450835
24	NC_018609	CAAAAT	2	12	57690	57701	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407450837
25	NC_018609	AGGGTT	2	12	59977	59988	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407450840
26	NC_018609	AAGAAA	2	12	64382	64393	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407450844
27	NC_018609	AAGCAT	2	12	65037	65048	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407450845
28	NC_018609	CTTGAG	2	12	66252	66263	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407450846
29	NC_018609	CCTTTT	2	12	67236	67247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450846
30	NC_018609	ACTTCC	2	12	70087	70098	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407450850
31	NC_018609	TTTACA	2	12	70493	70504	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407450850
32	NC_018609	CTAAGC	2	12	71097	71108	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407450850
33	NC_018609	AACATC	2	12	74072	74083	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018609	AATATT	2	12	75869	75880	50 %	50 %	0 %	0 %	407450854
35	NC_018609	GATTAA	2	12	76914	76925	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450855
36	NC_018609	GTTTTA	2	12	79321	79332	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018609	GTTTTA	2	12	80551	80562	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407450857
38	NC_018609	CTCCAA	2	12	82801	82812	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407450860
39	NC_018609	ATTTTG	2	12	84156	84167	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407450861
40	NC_018609	TTGATT	2	12	84179	84190	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407450861
41	NC_018609	AGATAC	2	12	84575	84586	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407450861
42	NC_018609	ACCTAC	2	12	84982	84993	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407450862
43	NC_018609	TAAAAA	2	12	85453	85464	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407450862
44	NC_018609	TTCTGC	2	12	87677	87688	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407450865
45	NC_018609	GCTTCA	2	12	88523	88534	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407450866
46	NC_018609	AAAAAC	2	12	92369	92380	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407450871
47	NC_018609	TTATTT	2	12	99805	99816	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018609	CCCTGG	2	12	101114	101125	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	407450878
49	NC_018609	ACTTAA	2	12	102365	102376	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407450878
50	NC_018609	TGAAAC	2	12	112396	112407	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407450887
51	NC_018609	AACTCA	2	12	112517	112528	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407450887
52	NC_018609	TCCAAA	2	12	113271	113282	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407450887
53	NC_018609	AATAAA	2	12	114980	114991	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018609	TACAGG	2	12	116245	116256	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407450890
55	NC_018609	TCATTA	2	12	116724	116735	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407450890
56	NC_018609	ATGAAT	2	12	117594	117605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450890
57	NC_018609	TAAATT	2	12	118980	118991	50 %	50 %	0 %	0 %	407450892
58	NC_018609	TAGGTT	2	12	120807	120818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407450893
59	NC_018609	AGGAGA	2	12	121836	121847	50 %	0 %	50 %	0 %	407450894
60	NC_018609	ACAAAA	2	12	125928	125939	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407450897
61	NC_018609	GGAACA	2	12	129506	129517	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407450899
62	NC_018609	TATAAT	2	12	130944	130955	50 %	50 %	0 %	0 %	407450899
63	NC_018609	CCTCAG	2	12	131336	131347	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407450900
64	NC_018609	ATGTAA	2	12	131501	131512	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450900
65	NC_018609	AAACAA	2	12	133907	133918	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407450901
66	NC_018609	TTACTT	2	12	138718	138729	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407450904
67	NC_018609	TTTCTT	2	12	140106	140117	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407450905
68	NC_018609	TTTTGA	2	12	140818	140829	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407450906
69	NC_018609	TCAATC	2	12	142323	142334	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450907
70	NC_018609	TCTTTA	2	12	142794	142805	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407450907
71	NC_018609	ATCTAT	2	12	147265	147276	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407450916
72	NC_018609	ATATTT	2	12	149087	149098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018609	AGGCAC	2	12	149151	149162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407450918
74	NC_018609	TATTGA	2	12	156664	156675	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407450927
75	NC_018609	TTTTAG	2	12	156959	156970	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407450927
76	NC_018609	ATTTTA	2	12	159224	159235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450928
77	NC_018609	AATGAA	2	12	161724	161735	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018609	AGCTAA	2	12	162780	162791	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407450933
79	NC_018609	TAAAAA	2	12	163697	163708	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407450933
80	NC_018609	TTAAAA	2	12	167300	167311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018609	ATCAAA	2	12	177534	177545	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407450950
82	NC_018609	AACGAA	2	12	184862	184873	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407450957
83	NC_018609	AAAAAT	2	12	188192	188203	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407450959
84	NC_018609	AGAATT	2	12	188504	188515	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450959
85	NC_018609	TTAGCT	2	12	188588	188599	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407450960
86	NC_018609	CATTTC	2	12	189168	189179	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407450961
87	NC_018609	AGTAAA	2	12	190374	190385	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407450961
88	NC_018609	CACCTA	2	12	192443	192454	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407450963
89	NC_018609	TAATCA	2	12	194347	194358	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_018609	CTTTAC	2	12	195627	195638	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407450967
91	NC_018609	CTATTG	2	12	196188	196199	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407450967
92	NC_018609	CATCAG	2	12	196756	196767	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407450969
93	NC_018609	TCACTT	2	12	200347	200358	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018609	AAAAAT	2	12	200664	200675	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407450973
95	NC_018609	AATGAT	2	12	201877	201888	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450974
96	NC_018609	TATCAA	2	12	206938	206949	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407450980
97	NC_018609	TAAGGG	2	12	208929	208940	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018609	AGGCGT	2	12	209156	209167	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407450983
99	NC_018609	GGTGGC	2	12	209238	209249	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	407450983
100	NC_018609	CTTTTA	2	12	212114	212125	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407450985
101	NC_018609	CTTTAC	2	12	213890	213901	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407450986
102	NC_018609	TGAAAT	2	12	219647	219658	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450991
103	NC_018609	GCTTAC	2	12	219728	219739	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407450992
104	NC_018609	GATTTT	2	12	221349	221360	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407450995
105	NC_018609	GGTAAA	2	12	222245	222256	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407450995
106	NC_018609	GAATAT	2	12	227863	227874	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407450999
107	NC_018609	AAGATA	2	12	230601	230612	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407451000
108	NC_018609	TTTGAG	2	12	230941	230952	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407451001
109	NC_018609	ATTAAA	2	12	234209	234220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407451003
110	NC_018609	CTTTAA	2	12	237280	237291	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407451006
111	NC_018609	AATGAT	2	12	237850	237861	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407451006
112	NC_018609	TTAAGC	2	12	238031	238042	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407451006
113	NC_018609	CCTATC	2	12	238205	238216	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407451006
114	NC_018609	CAGCTC	2	12	239249	239260	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	407451007
115	NC_018609	GAAAAA	2	12	241884	241895	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407451009
116	NC_018609	GTTGAA	2	12	243094	243105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407451011
117	NC_018609	CAAAAA	2	12	249958	249969	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407451018
118	NC_018609	ATTTTT	2	12	252946	252957	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018609	AATTTT	2	12	253137	253148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018609	CCCAAT	2	12	256555	256566	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	407451025
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233	NC_018609	CCCCAA	2	12	508781	508792	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
234	NC_018609	ATTTTT	2	12	508794	508805	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
235	NC_018609	CGCCTC	2	12	509318	509329	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	407451258
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238	NC_018609	AGAATA	2	12	512568	512579	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407451260
239	NC_018609	CTCCCT	2	12	514556	514567	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	407451263
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341	NC_018609	TTTTAT	2	12	735948	735959	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407451472
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350	NC_018609	AAATTA	2	12	747141	747152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407451483
351	NC_018609	GAAAGC	2	12	752177	752188	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407451486
352	NC_018609	AAAGGC	2	12	755010	755021	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407451488
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354	NC_018609	TATATT	3	18	759445	759462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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