MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Riemerella anatipestifer RA-CH-1 chromosome

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018609	AATTTT	2	12	11925	11936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018609	CAATTT	2	12	27371	27382	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_018609	AACATC	2	12	74072	74083	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018609	GTTTTA	2	12	79321	79332	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018609	TTATTT	2	12	99805	99816	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018609	AATAAA	2	12	114980	114991	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018609	ATATTT	2	12	149087	149098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018609	AATGAA	2	12	161724	161735	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018609	TTAAAA	2	12	167300	167311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018609	TAATCA	2	12	194347	194358	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_018609	TCACTT	2	12	200347	200358	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018609	TAAGGG	2	12	208929	208940	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018609	ATTTTT	2	12	252946	252957	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018609	AATTTT	2	12	253137	253148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018609	TTTTTA	2	12	266119	266130	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018609	AACAAA	2	12	270728	270739	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018609	TTAAAA	2	12	279358	279369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018609	AATTTT	2	12	283310	283321	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018609	TCTTTT	2	12	338864	338875	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_018609	TCGCTT	2	12	361422	361433	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018609	AAATTG	2	12	376927	376938	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018609	AAAACA	2	12	396361	396372	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_018609	TTTAAT	2	12	397765	397776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018609	AATTAA	2	12	478469	478480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018609	CAAAAA	2	12	508068	508079	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_018609	CCCCAA	2	12	508781	508792	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_018609	ATTTTT	2	12	508794	508805	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018609	AATTTT	2	12	531030	531041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018609	ACAAAA	2	12	531991	532002	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_018609	CATTAA	2	12	535989	536000	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_018609	ATTTTT	2	12	572641	572652	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018609	AAAACA	2	12	591796	591807	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_018609	AATAAA	2	12	625866	625877	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018609	CTTTTA	2	12	630931	630942	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018609	ATAATT	2	12	634133	634144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018609	TTTAAT	2	12	640713	640724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018609	AAAGAA	2	12	657527	657538	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018609	TTAAAT	2	12	667983	667994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018609	AAAAAT	2	12	669710	669721	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018609	AAATTT	2	12	670384	670395	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018609	TTTTTA	2	12	712385	712396	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018609	TATATT	3	18	759445	759462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018609	TAAAAT	2	12	847050	847061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018609	ATAAAA	2	12	874720	874731	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018609	ATAAAA	2	12	876959	876970	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018609	GTTATT	2	12	884824	884835	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018609	AAGCGA	2	12	895555	895566	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_018609	TTTTAT	2	12	903499	903510	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018609	TCAAAT	2	12	916063	916074	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_018609	TATTTC	2	12	997093	997104	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_018609	CTTTAA	2	12	1045106	1045117	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_018609	TGAAAA	2	12	1113039	1113050	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018609	TTTGTT	2	12	1117724	1117735	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018609	AAGCGA	2	12	1132474	1132485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_018609	CTATTA	2	12	1142053	1142064	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_018609	GCCTGT	2	12	1164595	1164606	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018609	AAAATT	2	12	1231738	1231749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018609	CTAAAA	2	12	1243116	1243127	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_018609	ATTTAT	2	12	1253584	1253595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018609	AAATAA	2	12	1255628	1255639	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018609	ATTTTT	2	12	1278102	1278113	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018609	AAGATA	2	12	1283388	1283399	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018609	AATTTT	2	12	1297809	1297820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018609	TTTTTG	2	12	1306018	1306029	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018609	TCAATA	2	12	1306070	1306081	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_018609	TGAGAT	2	12	1345122	1345133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018609	TATTTT	2	12	1348285	1348296	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018609	CTTTTA	2	12	1353449	1353460	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_018609	TAAAAA	2	12	1355697	1355708	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018609	ATTTTT	2	12	1378154	1378165	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018609	TAAAAA	2	12	1430559	1430570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018609	TTATTT	2	12	1437886	1437897	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018609	CTATTG	2	12	1443570	1443581	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_018609	TTAAAT	2	12	1489311	1489322	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018609	TACAAT	2	12	1503099	1503110	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_018609	CTATAT	2	12	1535184	1535195	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_018609	GTAAAA	2	12	1538679	1538690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018609	GTAATA	2	12	1573189	1573200	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018609	TGGTGC	2	12	1573271	1573282	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_018609	AGTACA	2	12	1606795	1606806	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018609	TTTTAT	2	12	1624789	1624800	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018609	CCATTT	2	12	1640728	1640739	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_018609	TGTTTT	2	12	1663953	1663964	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018609	ATAAAA	2	12	1682061	1682072	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018609	ATTTTT	2	12	1682239	1682250	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018609	AAAAGA	2	12	1682302	1682313	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018609	ACTAAA	2	12	1683209	1683220	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_018609	AAATAA	2	12	1686129	1686140	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018609	TTTAAA	2	12	1686154	1686165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018609	AGTGTA	2	12	1729369	1729380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018609	CCGAAA	2	12	1745394	1745405	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_018609	CATTAA	2	12	1796018	1796029	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_018609	CATTAA	2	12	1797572	1797583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_018609	CATTAA	2	12	1799922	1799933	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_018609	CATTTG	2	12	1813715	1813726	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_018609	AAATTA	2	12	1815049	1815060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018609	ATAAAA	2	12	1839463	1839474	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018609	TATATT	2	12	1881579	1881590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018609	ATTTAC	2	12	1884948	1884959	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_018609	CCTATT	2	12	1890128	1890139	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018609	TAATTG	2	12	1908531	1908542	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018609	TAATTG	2	12	1908783	1908794	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018609	TTTTAA	2	12	2040302	2040313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018609	TAAATC	2	12	2051803	2051814	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_018609	ATTTGA	2	12	2084358	2084369	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018609	TTAGAA	2	12	2093930	2093941	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018609	AAAAGA	2	12	2114865	2114876	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018609	TAAAAA	2	12	2129747	2129758	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018609	TATTTA	2	12	2148577	2148588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018609	ATAAAA	2	12	2223965	2223976	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018609	TTTTAT	2	12	2250469	2250480	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018609	ACTTTA	2	12	2253622	2253633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_018609	TTTCTA	2	12	2271278	2271289	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_018609	AAATAA	2	12	2281620	2281631	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018609	AAAATA	2	12	2289351	2289362	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018609	GCTTTT	2	12	2306218	2306229	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.