MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Gordonia sp. KTR9 plasmid pGKT3

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018583	GTCGGG	2	12	3573	3584	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	404217376
2	NC_018583	AGCGGC	2	12	4935	4946	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	404217376
3	NC_018583	CGACCC	2	12	6617	6628	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	404217378
4	NC_018583	CTACAA	2	12	7027	7038	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	404217379
5	NC_018583	GTTCGT	2	12	9168	9179	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	404217380
6	NC_018583	GCCACC	2	12	15009	15020	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	404217384
7	NC_018583	CATCGA	2	12	16294	16305	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	404217385
8	NC_018583	CCGCGG	2	12	16972	16983	0 %	0 %	50 %	50 %	404217385
9	NC_018583	TCGCTG	2	12	17173	17184	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	404217386
10	NC_018583	CTACGC	2	12	19261	19272	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217387
11	NC_018583	CGCGAC	2	12	20452	20463	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	404217389
12	NC_018583	TCGACG	2	12	20534	20545	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217389
13	NC_018583	TGCCGG	2	12	22075	22086	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	404217390
14	NC_018583	CATCGT	2	12	22169	22180	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	404217390
15	NC_018583	ACCAGC	2	12	22380	22391	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	404217390
16	NC_018583	CGAGGA	2	12	23972	23983	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	404217392
17	NC_018583	CGCCGA	2	12	24242	24253	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	404217392
18	NC_018583	GAGCCG	3	18	24557	24574	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	404217393
19	NC_018583	GCCCGC	2	12	24683	24694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	404217393
20	NC_018583	GCGGCA	2	12	25002	25013	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	404217393
21	NC_018583	ACCGCG	2	12	29483	29494	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	404217393
22	NC_018583	CACCAA	2	12	29858	29869	50 %	0 %	0 %	50 %	404217393
23	NC_018583	CGGCCT	2	12	35167	35178	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217399
24	NC_018583	CACCGC	2	12	35513	35524	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	404217399
25	NC_018583	GTCGCC	3	18	39008	39025	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217402
26	NC_018583	GCGGCC	2	12	39705	39716	0 %	0 %	50 %	50 %	404217403
27	NC_018583	CGGTGG	2	12	40025	40036	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	404217403
28	NC_018583	GTCGGT	2	12	40278	40289	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	404217403
29	NC_018583	CAGCGT	2	12	42060	42071	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217403
30	NC_018583	TACCGG	2	12	43532	43543	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217403
31	NC_018583	TTCGGC	2	12	43953	43964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	404217403
32	NC_018583	CGCACC	2	12	44542	44553	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	404217403
33	NC_018583	CGGTGG	2	12	45588	45599	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018583	GTGGCG	2	12	46002	46013	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018583	TCGGCC	2	12	46949	46960	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217405
36	NC_018583	CTCGAA	2	12	47217	47228	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	404217406
37	NC_018583	TCGCGC	2	12	48010	48021	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217406
38	NC_018583	TCGGTG	2	12	48461	48472	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	404217407
39	NC_018583	GGCCCT	2	12	50937	50948	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_018583	GGTCGA	2	12	52699	52710	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	404217416
41	NC_018583	CGGGTG	2	12	54113	54124	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	404217418
42	NC_018583	GCCGGG	2	12	54780	54791	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	404217418
43	NC_018583	GTCGGC	2	12	54849	54860	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	404217418
44	NC_018583	CGCCGT	2	12	55252	55263	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217419
45	NC_018583	GCGGCA	2	12	55455	55466	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	404217419
46	NC_018583	ATCCGC	2	12	56011	56022	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217420
47	NC_018583	CTGACC	2	12	58078	58089	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217421
48	NC_018583	GGTCGC	2	12	58704	58715	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	404217423
49	NC_018583	CGAAGG	2	12	59495	59506	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	404217425
50	NC_018583	CGTCAC	2	12	62034	62045	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217429
51	NC_018583	CCTGCA	2	12	63864	63875	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217433
52	NC_018583	CATCAC	2	12	74964	74975	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	404217443
53	NC_018583	CTCGAC	2	12	75001	75012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217443
54	NC_018583	GCGTTC	2	12	75208	75219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	404217443
55	NC_018583	CGACCT	2	12	78705	78716	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217448
56	NC_018583	GAGATG	2	12	80068	80079	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	404217448
57	NC_018583	AACGGA	2	12	81819	81830	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_018583	CGGACA	2	12	82549	82560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_018583	GCCCTC	2	12	82649	82660	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_018583	GGTTCG	2	12	83506	83517	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	404217451
61	NC_018583	TGTAGG	2	12	85822	85833	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018583	GCGCCG	2	12	86579	86590	0 %	0 %	50 %	50 %	404217452
63	NC_018583	CCTGTC	2	12	87941	87952	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	404217454
64	NC_018583	CGTAGC	2	12	88826	88837	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217454
65	NC_018583	GCCGAA	2	12	90163	90174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	404217456
66	NC_018583	TGGCCA	2	12	93648	93659	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217461
67	NC_018583	TTCGGT	2	12	95203	95214	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	404217462
68	NC_018583	GACAAA	2	12	96704	96715	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	404217464
69	NC_018583	TCGCCG	3	18	99778	99795	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217467
70	NC_018583	GCTTCG	2	12	100311	100322	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	404217469
71	NC_018583	ATCGAC	2	12	105263	105274	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	404217473
72	NC_018583	GTACTC	2	12	106491	106502	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	404217474
73	NC_018583	GAGTCG	2	12	106642	106653	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	404217474
74	NC_018583	GCACTG	2	12	107928	107939	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217475
75	NC_018583	CCTGAT	2	12	115055	115066	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	404217480
76	NC_018583	GCCGAG	2	12	120438	120449	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	404217486
77	NC_018583	GTCGCC	2	12	122622	122633	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217488
78	NC_018583	TCGCCG	2	12	123940	123951	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	404217490
79	NC_018583	CTCGAT	2	12	125665	125676	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	404217491
80	NC_018583	AGCTGG	2	12	128938	128949	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	404217495
81	NC_018583	GCCGAA	2	12	133637	133648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	404217500
82	NC_018583	CGACGG	2	12	138614	138625	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	404217506
83	NC_018583	GCGACG	2	12	138863	138874	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	404217507
84	NC_018583	CCCGGC	2	12	140781	140792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_018583	ACGACC	2	12	145068	145079	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	404217512
86	NC_018583	CATCGC	2	12	145232	145243	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217512
87	NC_018583	CGAATG	2	12	145565	145576	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	404217512
88	NC_018583	GCGCCC	2	12	147293	147304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	404217515
89	NC_018583	CCGACG	2	12	147603	147614	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	404217515
90	NC_018583	ACCGAC	2	12	147635	147646	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	404217515
91	NC_018583	CGTCGG	2	12	148018	148029	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	404217516
92	NC_018583	GGTCGG	2	12	148165	148176	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	404217516
93	NC_018583	GCTCCA	2	12	149056	149067	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217516
94	NC_018583	TTGCCG	2	12	149366	149377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	404217517
95	NC_018583	GTTCCG	2	12	152211	152222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	404217519
96	NC_018583	CCCCCA	2	12	153851	153862	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	404217521
97	NC_018583	CGGCAC	2	12	154265	154276	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	404217521
98	NC_018583	GGTCGG	2	12	155112	155123	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	404217522
99	NC_018583	CGGCAT	2	12	157465	157476	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217523
100	NC_018583	GCCATC	2	12	158582	158593	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	404217524
101	NC_018583	ACCAGC	2	12	159248	159259	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	404217524
102	NC_018583	ACACCG	2	12	161006	161017	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	404217525
103	NC_018583	TGAAGG	2	12	162864	162875	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018583	CTTGAC	2	12	163320	163331	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018583	CAGATA	2	12	164560	164571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	404217528
106	NC_018583	CGGCAG	2	12	165604	165615	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_018583	GTCAGC	2	12	166473	166484	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	404217529

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.