MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Gordonia sp. KTR9 plasmid pGKT2

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018580	CGCAA	2	10	25	34	40 %	0 %	20 %	40 %	404212378
2	NC_018580	ACGCG	2	10	650	659	20 %	0 %	40 %	40 %	404212378
3	NC_018580	GACCG	2	10	699	708	20 %	0 %	40 %	40 %	404212378
4	NC_018580	GCAGC	2	10	2076	2085	20 %	0 %	40 %	40 %	404212381
5	NC_018580	GTGCG	2	10	3051	3060	0 %	20 %	60 %	20 %	404212382
6	NC_018580	CCGTA	2	10	3191	3200	20 %	20 %	20 %	40 %	404212382
7	NC_018580	TCGCT	2	10	6031	6040	0 %	40 %	20 %	40 %	404212384
8	NC_018580	GGGGA	2	10	6372	6381	20 %	0 %	80 %	0 %	404212384
9	NC_018580	TCTGG	2	10	8002	8011	0 %	40 %	40 %	20 %	404212387
10	NC_018580	GGCTG	2	10	10493	10502	0 %	20 %	60 %	20 %	404212392
11	NC_018580	CGGCG	2	10	10521	10530	0 %	0 %	60 %	40 %	404212392
12	NC_018580	CCGCG	2	10	10727	10736	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_018580	TCGTG	2	10	11581	11590	0 %	40 %	40 %	20 %	404212395
14	NC_018580	CATCC	2	10	14564	14573	20 %	20 %	0 %	60 %	404212398
15	NC_018580	GCGGT	2	10	17058	17067	0 %	20 %	60 %	20 %	404212401
16	NC_018580	AACCA	2	10	17953	17962	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_018580	ACGCG	2	10	18446	18455	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_018580	GCGTG	2	10	18928	18937	0 %	20 %	60 %	20 %	404212402
19	NC_018580	TTCCT	2	10	18982	18991	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_018580	CATTC	2	10	19894	19903	20 %	40 %	0 %	40 %	404212404
21	NC_018580	CAGGG	2	10	20198	20207	20 %	0 %	60 %	20 %	404212404
22	NC_018580	TCGAC	2	10	23775	23784	20 %	20 %	20 %	40 %	404212408
23	NC_018580	CGTCG	2	10	25453	25462	0 %	20 %	40 %	40 %	404212411
24	NC_018580	GATCA	2	10	28367	28376	40 %	20 %	20 %	20 %	404212415
25	NC_018580	CTGGG	2	10	32605	32614	0 %	20 %	60 %	20 %	404212420
26	NC_018580	CCACC	2	10	33658	33667	20 %	0 %	0 %	80 %	404212420
27	NC_018580	CACTT	2	10	34076	34085	20 %	40 %	0 %	40 %	404212420
28	NC_018580	GGACG	2	10	34263	34272	20 %	0 %	60 %	20 %	404212420
29	NC_018580	AGGTG	2	10	35104	35113	20 %	20 %	60 %	0 %	404212421
30	NC_018580	CAGTT	2	10	35974	35983	20 %	40 %	20 %	20 %	404212422
31	NC_018580	GTCGA	2	10	36442	36451	20 %	20 %	40 %	20 %	404212423
32	NC_018580	ATCGG	2	10	36995	37004	20 %	20 %	40 %	20 %	404212424
33	NC_018580	GCACC	2	10	37419	37428	20 %	0 %	20 %	60 %	404212424
34	NC_018580	TCAGC	2	10	41378	41387	20 %	20 %	20 %	40 %	404212427
35	NC_018580	GGCTC	2	10	42964	42973	0 %	20 %	40 %	40 %	404212428
36	NC_018580	TCGAG	2	10	44256	44265	20 %	20 %	40 %	20 %	404212428
37	NC_018580	GCCCA	2	10	45829	45838	20 %	0 %	20 %	60 %	404212428
38	NC_018580	CCGGG	2	10	46305	46314	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_018580	GTGGA	2	10	49826	49835	20 %	20 %	60 %	0 %	404212431
40	NC_018580	AGCGA	2	10	52396	52405	40 %	0 %	40 %	20 %	404212434
41	NC_018580	ATTGC	2	10	52408	52417	20 %	40 %	20 %	20 %	404212434
42	NC_018580	CGGCG	2	10	54255	54264	0 %	0 %	60 %	40 %	404212435
43	NC_018580	CACCG	2	10	54655	54664	20 %	0 %	20 %	60 %	404212436
44	NC_018580	CGCAA	2	10	68924	68933	40 %	0 %	20 %	40 %	404212444
45	NC_018580	ACGGC	2	10	70907	70916	20 %	0 %	40 %	40 %	404212445
46	NC_018580	AGCGA	2	10	71068	71077	40 %	0 %	40 %	20 %	404212445
47	NC_018580	ACAGC	2	10	71423	71432	40 %	0 %	20 %	40 %	404212445
48	NC_018580	CGACC	2	10	72015	72024	20 %	0 %	20 %	60 %	404212445
49	NC_018580	AACGA	2	10	73204	73213	60 %	0 %	20 %	20 %	404212445
50	NC_018580	CACGG	2	10	73938	73947	20 %	0 %	40 %	40 %	404212445
51	NC_018580	ATGAG	2	10	74331	74340	40 %	20 %	40 %	0 %	404212446
52	NC_018580	CAAGA	2	10	75860	75869	60 %	0 %	20 %	20 %	404212446
53	NC_018580	CTGGC	2	10	77655	77664	0 %	20 %	40 %	40 %	404212446
54	NC_018580	TCTGG	2	10	78448	78457	0 %	40 %	40 %	20 %	404212446
55	NC_018580	ACGCG	2	10	78697	78706	20 %	0 %	40 %	40 %	404212446
56	NC_018580	CCGTG	2	10	78901	78910	0 %	20 %	40 %	40 %	404212446
57	NC_018580	CCGGC	2	10	82316	82325	0 %	0 %	40 %	60 %	404212448
58	NC_018580	CCGGC	2	10	82796	82805	0 %	0 %	40 %	60 %	404212448
59	NC_018580	GTGCG	2	10	83544	83553	0 %	20 %	60 %	20 %	404212449
60	NC_018580	GTCTC	2	10	84264	84273	0 %	40 %	20 %	40 %	404212449
61	NC_018580	ACCGC	2	10	84330	84339	20 %	0 %	20 %	60 %	404212449
62	NC_018580	CCCGC	2	10	85545	85554	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
63	NC_018580	GCGGG	2	10	85568	85577	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018580	TTGTG	2	10	89875	89884	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018580	TGGAC	2	10	91005	91014	20 %	20 %	40 %	20 %	404212456
66	NC_018580	GCGGT	2	10	91735	91744	0 %	20 %	60 %	20 %	404212457
67	NC_018580	GTGCG	2	10	92565	92574	0 %	20 %	60 %	20 %	404212458
68	NC_018580	CGCGG	2	10	92590	92599	0 %	0 %	60 %	40 %	404212458
69	NC_018580	GTCGA	2	10	92749	92758	20 %	20 %	40 %	20 %	404212458
70	NC_018580	GGAGC	2	10	92925	92934	20 %	0 %	60 %	20 %	404212458
71	NC_018580	CACTT	2	10	94118	94127	20 %	40 %	0 %	40 %	404212459
72	NC_018580	CGGCG	2	10	94814	94823	0 %	0 %	60 %	40 %	404212460
73	NC_018580	TGGTC	2	10	95446	95455	0 %	40 %	40 %	20 %	404212460
74	NC_018580	GCGCT	2	10	97019	97028	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_018580	CAGCG	2	10	98695	98704	20 %	0 %	40 %	40 %	404212464
76	NC_018580	AGCAG	2	10	100011	100020	40 %	0 %	40 %	20 %	404212465
77	NC_018580	CTGGG	2	10	101849	101858	0 %	20 %	60 %	20 %	404212467
78	NC_018580	TGGCA	2	10	103555	103564	20 %	20 %	40 %	20 %	404212468
79	NC_018580	CTGAT	2	10	104837	104846	20 %	40 %	20 %	20 %	404212468
80	NC_018580	CCGCG	2	10	108509	108518	0 %	0 %	40 %	60 %	404212469
81	NC_018580	CGCGG	2	10	110414	110423	0 %	0 %	60 %	40 %	404212470
82	NC_018580	GTTTG	2	10	121368	121377	0 %	60 %	40 %	0 %	404212474
83	NC_018580	GGCAG	2	10	121993	122002	20 %	0 %	60 %	20 %	404212475
84	NC_018580	CCGAG	2	10	123060	123069	20 %	0 %	40 %	40 %	404212477
85	NC_018580	GCGAC	2	10	123298	123307	20 %	0 %	40 %	40 %	404212477
86	NC_018580	CGCTG	2	10	128643	128652	0 %	20 %	40 %	40 %	404212481
87	NC_018580	CATGA	2	10	128689	128698	40 %	20 %	20 %	20 %	404212481
88	NC_018580	AGGCG	2	10	132331	132340	20 %	0 %	60 %	20 %	404212484
89	NC_018580	ACCGA	2	10	134594	134603	40 %	0 %	20 %	40 %	404212485
90	NC_018580	GATGC	2	10	134668	134677	20 %	20 %	40 %	20 %	404212485
91	NC_018580	CGCTG	2	10	134938	134947	0 %	20 %	40 %	40 %	404212486
92	NC_018580	CGGGT	2	10	135899	135908	0 %	20 %	60 %	20 %	404212486
93	NC_018580	GGTCG	2	10	136066	136075	0 %	20 %	60 %	20 %	404212486
94	NC_018580	TCGTG	2	10	136132	136141	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018580	GGCGA	2	10	136259	136268	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018580	GAGGT	2	10	139044	139053	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018580	GGTGT	2	10	139135	139144	0 %	40 %	60 %	0 %	404212490
98	NC_018580	CGCGT	2	10	140424	140433	0 %	20 %	40 %	40 %	404212491
99	NC_018580	CTCGG	2	10	141884	141893	0 %	20 %	40 %	40 %	404212492
100	NC_018580	TCGAA	2	10	142030	142039	40 %	20 %	20 %	20 %	404212492
101	NC_018580	GATCG	2	10	143895	143904	20 %	20 %	40 %	20 %	404212495
102	NC_018580	AGGAG	2	10	144255	144264	40 %	0 %	60 %	0 %	404212495
103	NC_018580	TCGCC	2	10	145730	145739	0 %	20 %	20 %	60 %	404212495
104	NC_018580	CGCCT	2	10	146101	146110	0 %	20 %	20 %	60 %	404212495
105	NC_018580	CATCG	2	10	146940	146949	20 %	20 %	20 %	40 %	404212495
106	NC_018580	GCGGT	2	10	147651	147660	0 %	20 %	60 %	20 %	404212496
107	NC_018580	GGAAC	2	10	148177	148186	40 %	0 %	40 %	20 %	404212496
108	NC_018580	CGGAT	2	10	148230	148239	20 %	20 %	40 %	20 %	404212496
109	NC_018580	AATGC	2	10	151145	151154	40 %	20 %	20 %	20 %	404212498
110	NC_018580	TCACG	2	10	152329	152338	20 %	20 %	20 %	40 %	404212500
111	NC_018580	TGTGT	2	10	153321	153330	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018580	TCGAC	2	10	154345	154354	20 %	20 %	20 %	40 %	404212502
113	NC_018580	TTCGG	2	10	156343	156352	0 %	40 %	40 %	20 %	404212504
114	NC_018580	CGGGC	2	10	158072	158081	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_018580	GGCAG	2	10	158506	158515	20 %	0 %	60 %	20 %	404212506
116	NC_018580	GTGAT	2	10	159016	159025	20 %	40 %	40 %	0 %	404212506
117	NC_018580	CTGAT	2	10	159527	159536	20 %	40 %	20 %	20 %	404212506
118	NC_018580	GACCG	2	10	161953	161962	20 %	0 %	40 %	40 %	404212507
119	NC_018580	CGATG	2	10	162377	162386	20 %	20 %	40 %	20 %	404212508
120	NC_018580	GTCCT	2	10	163809	163818	0 %	40 %	20 %	40 %	404212508
121	NC_018580	CCGAT	2	10	163824	163833	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_018580	TCGCC	2	10	164470	164479	0 %	20 %	20 %	60 %	404212509
123	NC_018580	CGCAG	2	10	166114	166123	20 %	0 %	40 %	40 %	404212511
124	NC_018580	CCGGG	2	10	167209	167218	0 %	0 %	60 %	40 %	404212513
125	NC_018580	CTCTT	2	10	173899	173908	0 %	60 %	0 %	40 %	404212525
126	NC_018580	GTGAC	2	10	174790	174799	20 %	20 %	40 %	20 %	404212525
127	NC_018580	TCCCG	2	10	175099	175108	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_018580	CAGAG	2	10	175190	175199	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_018580	TGAGG	2	10	176701	176710	20 %	20 %	60 %	0 %	404212529
130	NC_018580	CTGCG	2	10	177130	177139	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_018580	GCGCG	2	10	177463	177472	0 %	0 %	60 %	40 %	404212530
132	NC_018580	CACCG	2	10	178496	178505	20 %	0 %	20 %	60 %	404212531
133	NC_018580	TCGGA	2	10	179824	179833	20 %	20 %	40 %	20 %	404212532
134	NC_018580	AATGT	2	10	181569	181578	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018580	CGGGC	2	10	182122	182131	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.