MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bartonella quintana RM-11 chromosome

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018533	GTATGT	2	12	13773	13784	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018533	CTTAAA	2	12	15246	15257	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_018533	AGGAAG	2	12	16058	16069	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018533	ATACTT	2	12	21600	21611	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_018533	CTTTCT	2	12	33092	33103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018533	TTAATG	2	12	83195	83206	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018533	TTTATG	2	12	131587	131598	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018533	GATTTT	2	12	143935	143946	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018533	GTTTTT	2	12	144299	144310	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018533	TATTTT	2	12	153367	153378	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018533	GTGCGC	2	12	160719	160730	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018533	TAAAAA	2	12	200802	200813	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018533	CAATAA	2	12	202373	202384	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_018533	CTTATA	2	12	204752	204763	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_018533	TTATTT	2	12	218239	218250	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018533	CTGGTG	2	12	285926	285937	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018533	AATCTG	2	12	285943	285954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_018533	TATAAT	2	12	298671	298682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018533	TATGCG	2	12	304911	304922	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_018533	ACTAAA	2	12	326045	326056	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_018533	AATAAA	2	12	326181	326192	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018533	GTTAGA	2	12	330189	330200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018533	GATAAA	2	12	340983	340994	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018533	CATAAA	2	12	357273	357284	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_018533	GCCTAT	2	12	369090	369101	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018533	AATAAA	2	12	378503	378514	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018533	GTTATA	2	12	390957	390968	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018533	TTGGGT	2	12	398378	398389	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018533	CTTTCT	2	12	408396	408407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018533	TATGAA	2	12	410520	410531	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018533	AGTGTT	2	12	413513	413524	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018533	TTGTTT	2	12	430258	430269	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018533	TGAAAA	2	12	431623	431634	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018533	TTTTGT	2	12	443468	443479	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018533	ATTTTT	2	12	448036	448047	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018533	TTTAAT	2	12	451796	451807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018533	AGGCTT	2	12	454352	454363	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_018533	AAGGAT	2	12	457634	457645	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018533	TTATTT	2	12	465475	465486	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018533	AGGGAG	2	12	465539	465550	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018533	ACTCAT	2	12	468757	468768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018533	ATTTAA	2	12	469030	469041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018533	CAAATT	2	12	474933	474944	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_018533	TTTTAC	2	12	500141	500152	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_018533	ATTAAG	2	12	517486	517497	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018533	AAAGGC	2	12	556272	556283	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018533	TTATAA	2	12	569828	569839	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018533	AAAAGT	2	12	578496	578507	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018533	TTTTAT	2	12	579083	579094	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018533	TGGTAT	2	12	606332	606343	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018533	AAGTAA	2	12	622516	622527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018533	GGGAGT	2	12	624955	624966	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018533	ATTTTT	2	12	628566	628577	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018533	GAAAAA	2	12	641273	641284	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018533	TTTAAT	2	12	646070	646081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018533	TGCCTT	2	12	668685	668696	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018533	CAATAT	2	12	700804	700815	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_018533	GTGTTT	2	12	700857	700868	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018533	AGAATT	2	12	710589	710600	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018533	ATTAAA	2	12	721441	721452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018533	AACCTT	2	12	726523	726534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018533	GCTTCC	2	12	730717	730728	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_018533	TTCTTA	2	12	731981	731992	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_018533	GAATAT	2	12	749891	749902	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018533	TAACAA	2	12	756531	756542	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_018533	AAAGAT	2	12	759105	759116	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018533	GATTCT	2	12	762477	762488	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_018533	TAAAGC	2	12	765679	765690	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_018533	TACTTC	2	12	768278	768289	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018533	TTTTCA	2	12	783533	783544	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_018533	TTATAT	2	12	785056	785067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018533	ATTTTT	2	12	785169	785180	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018533	ATAATT	2	12	785289	785300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018533	TCTGCT	2	12	785608	785619	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018533	ATTTTC	2	12	786210	786221	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_018533	ATTTAA	2	12	792842	792853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018533	TTTTTA	2	12	795800	795811	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018533	TACTAA	2	12	826645	826656	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_018533	TACATT	2	12	828794	828805	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_018533	AGAAAA	2	12	842914	842925	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018533	TTAAAA	2	12	856221	856232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018533	CATGAA	2	12	867788	867799	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_018533	ACAATG	2	12	869927	869938	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_018533	AAATTA	2	12	916615	916626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018533	ACCACA	2	12	924380	924391	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_018533	TGCTTT	2	12	929353	929364	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018533	CAAAAA	2	12	930958	930969	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_018533	GTTTTG	2	12	932095	932106	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018533	TTAAAA	2	12	944686	944697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018533	ATTCCT	2	12	952429	952440	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_018533	CGTAAA	2	12	980546	980557	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_018533	GAAAAT	2	12	990860	990871	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018533	AGTGTA	2	12	1012906	1012917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018533	ATCGTT	2	12	1025657	1025668	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_018533	GTAAGA	2	12	1025760	1025771	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018533	AAGATT	2	12	1044265	1044276	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018533	TCAGAC	2	12	1044317	1044328	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018533	CCCTAC	2	12	1061890	1061901	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_018533	TTAAAT	2	12	1068579	1068590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018533	TTACAA	2	12	1072530	1072541	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_018533	CTTTTT	2	12	1076396	1076407	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_018533	GTGAAT	2	12	1078482	1078493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018533	TAAAAA	2	12	1081567	1081578	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018533	CCTTGA	2	12	1087234	1087245	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018533	TTTATA	2	12	1087830	1087841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018533	ATCTTT	2	12	1104530	1104541	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_018533	TGAAGA	2	12	1126451	1126462	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018533	TAAAAA	2	12	1127765	1127776	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018533	TAAAGA	2	12	1131265	1131276	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018533	ATATTA	2	12	1146404	1146415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018533	AAAAAG	2	12	1146929	1146940	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018533	TGCTTG	2	12	1157711	1157722	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_018533	AGTGAA	2	12	1167101	1167112	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018533	TTTTTC	2	12	1168727	1168738	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_018533	TTTTTA	2	12	1170227	1170238	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018533	CCTCAT	2	12	1173712	1173723	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_018533	AACCTC	2	12	1173896	1173907	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_018533	CCACAT	2	12	1175429	1175440	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_018533	AAACGA	2	12	1202370	1202381	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_018533	CTTAAT	2	12	1206324	1206335	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_018533	TCAAAA	2	12	1214795	1214806	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_018533	TGATCC	2	12	1232028	1232039	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018533	AACGAT	2	12	1236495	1236506	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_018533	TTCCTT	2	12	1237717	1237728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018533	ATATTA	2	12	1238843	1238854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018533	CCTCAT	2	12	1290031	1290042	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_018533	AACCTC	2	12	1290215	1290226	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_018533	CCACAT	2	12	1291748	1291759	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_018533	AAAAGA	2	12	1303611	1303622	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018533	CTTTCT	2	12	1309248	1309259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_018533	AGCATA	2	12	1342249	1342260	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_018533	GTGTAT	2	12	1343078	1343089	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018533	GCAAAA	2	12	1353943	1353954	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_018533	GATCAT	2	12	1361388	1361399	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_018533	CTCTTG	2	12	1372527	1372538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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138	NC_018533	GCAAAA	2	12	1417159	1417170	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_018533	TAAAGT	2	12	1427555	1427566	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_018533	TCTCTT	2	12	1442799	1442810	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.