MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bartonella quintana RM-11 chromosome

Total Repeats: 468

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018533	GGGGA	2	10	3677	3686	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018533	TGGTT	2	10	9025	9034	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018533	AAAAT	2	10	9508	9517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018533	TAAAA	2	10	12953	12962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018533	AAAGT	2	10	16000	16009	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018533	GTTTA	2	10	17215	17224	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018533	AAAAC	2	10	20070	20079	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018533	GCAAA	2	10	20456	20465	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_018533	GGTGC	2	10	21061	21070	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018533	GTTGT	2	10	32807	32816	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018533	TAAAA	2	10	33623	33632	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018533	CTTAA	2	10	33830	33839	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018533	GAACA	2	10	44585	44594	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018533	ATTAA	2	10	45247	45256	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018533	ATTTA	2	10	51792	51801	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018533	AAATC	2	10	52150	52159	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018533	GTTTG	2	10	53914	53923	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018533	AAGAA	2	10	55469	55478	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018533	TGATT	2	10	64841	64850	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018533	GGAAT	2	10	71326	71335	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018533	AATAA	2	10	73177	73186	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018533	TTTGC	2	10	74564	74573	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018533	TAAAA	2	10	78708	78717	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018533	AAAAG	2	10	79322	79331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018533	TGAAA	2	10	79442	79451	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018533	CTCAT	2	10	83690	83699	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_018533	ATTTT	2	10	86881	86890	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018533	TGGCA	2	10	95615	95624	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018533	ATTAA	2	10	121219	121228	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018533	GCATG	2	10	121904	121913	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018533	TAATA	2	10	123183	123192	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018533	CTTAA	2	10	123246	123255	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018533	GTTTT	2	10	131527	131536	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018533	CAATA	2	10	135374	135383	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018533	TAAGA	2	10	138690	138699	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018533	TCAGA	2	10	144017	144026	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_018533	TTTAG	2	10	144060	144069	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018533	ATCAT	2	10	144156	144165	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018533	AATAA	2	10	158370	158379	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018533	ATAAA	2	10	159577	159586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018533	ATTCT	2	10	160098	160107	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018533	GAAAG	2	10	170209	170218	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018533	TGATG	2	10	170366	170375	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018533	AAAAT	2	10	170799	170808	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018533	TTTGA	2	10	170849	170858	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018533	ATTGA	2	10	174920	174929	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018533	TCTAT	2	10	175925	175934	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_018533	ATTCT	2	10	177366	177375	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_018533	TAAAG	2	10	181462	181471	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018533	TAAAG	2	10	184671	184680	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018533	AATAA	2	10	189114	189123	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018533	TAATT	2	10	189482	189491	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018533	TACAA	2	10	189630	189639	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018533	TTTTA	2	10	196492	196501	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018533	TTTTG	2	10	200938	200947	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018533	ATTTT	2	10	207765	207774	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018533	TGTAT	2	10	207862	207871	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018533	TATGC	2	10	214168	214177	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018533	TGTTT	2	10	220267	220276	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018533	AGAGG	2	10	220674	220683	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018533	AAGCA	2	10	223670	223679	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_018533	TATAA	2	10	224573	224582	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018533	AATTC	2	10	238362	238371	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018533	TCTAT	2	10	244317	244326	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_018533	CATTT	2	10	253014	253023	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018533	CACTT	2	10	267444	267453	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_018533	TTTGG	2	10	275107	275116	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018533	CTGAA	2	10	279369	279378	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018533	AGAAA	2	10	281380	281389	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018533	GTTGT	2	10	301915	301924	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018533	ATTTA	2	10	313756	313765	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018533	AAGAA	2	10	315476	315485	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018533	GGAGT	2	10	315569	315578	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018533	TTGAT	2	10	315908	315917	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018533	AGGGA	2	10	319133	319142	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018533	AAGGC	2	10	324268	324277	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018533	TTTTA	2	10	328253	328262	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018533	TTTTG	2	10	328711	328720	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018533	TCAAG	2	10	332760	332769	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_018533	TATGA	2	10	334463	334472	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018533	ATAAA	2	10	334535	334544	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018533	TATTT	2	10	339647	339656	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018533	TGAAA	2	10	347340	347349	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018533	TTACC	2	10	348430	348439	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_018533	AAAAT	2	10	364636	364645	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018533	TTACT	2	10	371739	371748	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018533	TGAGC	2	10	373717	373726	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_018533	GGTAT	2	10	375841	375850	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018533	ACAAA	2	10	378857	378866	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018533	ATATT	2	10	384859	384868	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018533	GCATT	2	10	387606	387615	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018533	GCTAA	2	10	390739	390748	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018533	GTTTT	2	10	397317	397326	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018533	ATTTA	2	10	400522	400531	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018533	ATTTT	2	10	400715	400724	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018533	ATTAT	2	10	403658	403667	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018533	GTAAA	2	10	404576	404585	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018533	TTTGT	2	10	407933	407942	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018533	TAAAA	2	10	408930	408939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018533	CTTAA	2	10	409137	409146	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018533	GTATG	2	10	413022	413031	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018533	TGTTT	2	10	413114	413123	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018533	TTATT	2	10	413200	413209	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018533	ATTTT	2	10	413574	413583	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018533	AATAT	2	10	413601	413610	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018533	ATTTA	2	10	422335	422344	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018533	ATTTT	2	10	422528	422537	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018533	ATTTT	2	10	427680	427689	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018533	CACTT	2	10	430403	430412	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_018533	TTTAT	2	10	431375	431384	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018533	TCTAT	2	10	431508	431517	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018533	ATTTT	2	10	440501	440510	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018533	TATTT	2	10	442636	442645	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018533	TTTTA	2	10	446142	446151	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018533	GTTTG	2	10	447386	447395	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018533	AAAGT	2	10	447663	447672	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018533	ATAAA	2	10	448120	448129	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018533	ATTTT	2	10	451952	451961	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018533	TGAAT	2	10	452042	452051	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018533	TTTAT	2	10	455090	455099	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018533	TAAAT	2	10	455791	455800	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018533	TTTTA	2	10	456215	456224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018533	ATAAA	2	10	457621	457630	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018533	AATCA	2	10	461660	461669	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_018533	ATTTT	2	10	466402	466411	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018533	TATTC	2	10	466877	466886	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_018533	TTTAA	2	10	468729	468738	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018533	TCAAT	2	10	468819	468828	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_018533	ATGAT	2	10	469551	469560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018533	TCTTT	2	10	471714	471723	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018533	AATTT	2	10	473047	473056	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018533	AGTTG	2	10	473588	473597	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018533	TTTCT	2	10	475973	475982	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018533	TTAAT	2	10	481096	481105	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018533	ATTTT	2	10	481218	481227	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018533	TACCA	2	10	483864	483873	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_018533	AAAAG	2	10	485017	485026	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018533	ATTCC	2	10	497002	497011	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_018533	TTGCT	2	10	504366	504375	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_018533	GAAAA	2	10	504567	504576	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018533	CTTAA	2	10	504773	504782	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_018533	TGTTT	2	10	510928	510937	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018533	ATTTT	2	10	537865	537874	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018533	TTTTG	2	10	550429	550438	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018533	TAATT	2	10	554034	554043	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018533	TAAAA	2	10	555823	555832	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018533	ATTCA	2	10	567324	567333	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_018533	TTTAA	2	10	567407	567416	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018533	GTCGA	2	10	569855	569864	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_018533	AATAA	2	10	569893	569902	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018533	AAGTT	2	10	570763	570772	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_018533	ATAAA	2	10	573704	573713	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_018533	TGTTT	2	10	631658	631667	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
172	NC_018533	ATGTT	2	10	635030	635039	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_018533	TAACT	2	10	716473	716482	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_018533	TAAGC	2	10	955729	955738	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_018533	TAATT	2	10	989411	989420	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_018533	AATTT	2	10	1000572	1000581	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_018533	ACAAA	2	10	1002329	1002338	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
285	NC_018533	TAAAG	2	10	1007850	1007859	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_018533	TAAAA	2	10	1011634	1011643	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_018533	TTTCT	2	10	1014631	1014640	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_018533	CTTTC	2	10	1022852	1022861	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
289	NC_018533	TCTCC	2	10	1024416	1024425	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
290	NC_018533	CATTG	2	10	1024961	1024970	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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432	NC_018533	ATATT	2	10	1391493	1391502	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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459	NC_018533	AAAAC	2	10	1518155	1518164	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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461	NC_018533	TAACT	2	10	1522117	1522126	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
462	NC_018533	TAAAA	2	10	1524647	1524656	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
463	NC_018533	AGCCT	2	10	1535938	1535947	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
464	NC_018533	TAAAA	2	10	1563166	1563175	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
465	NC_018533	CTTGC	2	10	1569059	1569068	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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467	NC_018533	AAAGC	2	10	1578930	1578939	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
468	NC_018533	ATTTT	2	10	1587340	1587349	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.