MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis S735 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018526	TGGAAG	2	12	21758	21769	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018526	AGTCTA	2	12	52237	52248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_018526	TGGAAG	2	12	92554	92565	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018526	TTCGGG	2	12	93491	93502	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_018526	ACTTTG	2	12	104481	104492	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018526	TAAGAT	2	12	130935	130946	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018526	ATACTC	2	12	133529	133540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_018526	ACTAAG	2	12	144809	144820	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_018526	GTTATA	2	12	148296	148307	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018526	ATTTTT	2	12	168592	168603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018526	TGATTT	2	12	180193	180204	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018526	AAAATC	2	12	191524	191535	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_018526	TTGATT	2	12	191594	191605	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018526	ATCTGC	2	12	212496	212507	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018526	AAAATT	2	12	214236	214247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018526	TTATGG	2	12	231225	231236	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018526	TTTTTC	2	12	252601	252612	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_018526	TAGAAA	2	12	283890	283901	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018526	TAGCCG	2	12	283929	283940	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_018526	TAAAAA	2	12	321492	321503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018526	TGGAAG	2	12	328757	328768	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018526	ATCTGC	2	12	351665	351676	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_018526	TCTTTT	2	12	380167	380178	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_018526	TAGCAG	2	12	386398	386409	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_018526	AAACTA	2	12	409266	409277	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_018526	TGGAAG	2	12	422933	422944	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018526	CAAAAT	2	12	424432	424443	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_018526	ATTGTA	2	12	426800	426811	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018526	TAAAAA	2	12	442957	442968	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018526	TGTATT	2	12	446778	446789	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018526	AAAATC	2	12	479845	479856	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_018526	ATCTGC	2	12	479893	479904	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018526	ACCTAT	2	12	488749	488760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018526	AATATA	2	12	524500	524511	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018526	TAGAAA	2	12	535926	535937	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018526	TTTTCC	2	12	543781	543792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018526	TGGAGT	2	12	572774	572785	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018526	AAGGAA	2	12	587047	587058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018526	GTTTTT	2	12	597890	597901	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018526	ATTTTT	2	12	614414	614425	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018526	GTTGGG	2	12	648255	648266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018526	CTTGCA	2	12	749513	749524	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018526	TTCGGG	2	12	749901	749912	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_018526	CTCATT	2	12	785284	785295	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018526	TCCCAC	2	12	827058	827069	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_018526	TGATTT	2	12	837655	837666	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018526	TTTATT	2	12	837931	837942	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018526	AATCAA	2	12	924365	924376	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018526	ATAAAG	2	12	977735	977746	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018526	TGATTT	2	12	1034979	1034990	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018526	AACATT	2	12	1067206	1067217	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_018526	GCAGAT	2	12	1090213	1090224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_018526	TGATTT	2	12	1090260	1090271	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018526	TGATTT	2	12	1094688	1094699	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018526	AAATAT	2	12	1097190	1097201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018526	GCAGAT	2	12	1104053	1104064	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018526	TGATTT	2	12	1104100	1104111	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018526	TTACAT	2	12	1110282	1110293	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_018526	TACCTG	2	12	1129392	1129403	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_018526	CGAATC	2	12	1158129	1158140	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018526	TGATTT	2	12	1168790	1168801	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018526	GCAATG	2	12	1224896	1224907	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_018526	AAAATC	2	12	1226877	1226888	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_018526	ATAATC	2	12	1246091	1246102	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_018526	TCCTTC	2	12	1261963	1261974	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_018526	CTTTAA	2	12	1263958	1263969	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_018526	ACTTTT	2	12	1265293	1265304	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_018526	CATCCC	2	12	1290988	1290999	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_018526	ATCAGA	2	12	1310062	1310073	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_018526	GCAGAT	2	12	1310083	1310094	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_018526	CCATCG	2	12	1322617	1322628	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_018526	TATCAA	2	12	1334671	1334682	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_018526	TAAAAA	2	12	1342158	1342169	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018526	AAAATC	2	12	1384617	1384628	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_018526	ATCTGC	2	12	1384665	1384676	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018526	ATAAAA	2	12	1397955	1397966	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018526	AACACT	2	12	1433516	1433527	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018526	ATTTAT	2	12	1460088	1460099	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018526	TGATTT	2	12	1466515	1466526	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018526	AAAATC	2	12	1476486	1476497	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018526	CAAAAT	2	12	1477132	1477143	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_018526	ATAAAA	2	12	1482447	1482458	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018526	TGATTT	2	12	1484215	1484226	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018526	TCCCAG	2	12	1500534	1500545	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_018526	TGATTT	2	12	1545522	1545533	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018526	AAAATC	2	12	1582329	1582340	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018526	AATAGA	2	12	1682915	1682926	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018526	ATTGAG	2	12	1691294	1691305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018526	AAGAAA	2	12	1732830	1732841	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018526	CTCCAC	2	12	1759003	1759014	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_018526	GAAAGC	2	12	1766766	1766777	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_018526	TAGAAA	2	12	1770393	1770404	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018526	TGATTT	2	12	1789124	1789135	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018526	TTTATT	2	12	1817974	1817985	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018526	TAGTGT	2	12	1858280	1858291	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018526	TTTTAT	2	12	1875590	1875601	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018526	GCAGAT	2	12	1884778	1884789	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_018526	TTGGAT	2	12	1889273	1889284	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018526	ATTTAT	2	12	1901232	1901243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018526	ATTTTT	2	12	1904280	1904291	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018526	TCATTT	2	12	1907205	1907216	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_018526	CTTTCT	2	12	1912363	1912374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_018526	AAAATC	2	12	1937139	1937150	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_018526	GTATTA	2	12	1946033	1946044	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018526	AAAATA	2	12	1966907	1966918	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.