MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii HT isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 224

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018417	ATTTAA	2	12	468	479	50 %	50 %	0 %	0 %	400404502
2	NC_018417	ATTTTA	2	12	1984	1995	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404503
3	NC_018417	AAATAT	2	12	3084	3095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404504
4	NC_018417	AATTTT	2	12	3702	3713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404506
5	NC_018417	ATAAAA	2	12	6236	6247	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404509
6	NC_018417	AATTAA	2	12	6345	6356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404509
7	NC_018417	TTGGAG	2	12	7007	7018	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	400404510
8	NC_018417	ATATTT	2	12	7828	7839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404511
9	NC_018417	ATTTTT	2	12	7952	7963	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404511
10	NC_018417	TAAAAA	2	12	8759	8770	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404512
11	NC_018417	AAATAA	2	12	9836	9847	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404514
12	NC_018417	ATTAAA	2	12	10364	10375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404514
13	NC_018417	AAATTA	2	12	10947	10958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404514
14	NC_018417	CCTATA	3	18	11108	11125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400404514
15	NC_018417	TAAAAA	2	12	12291	12302	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404515
16	NC_018417	ATAATT	2	12	13534	13545	50 %	50 %	0 %	0 %	400404516
17	NC_018417	AATTCC	2	12	14370	14381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400404518
18	NC_018417	ATTTAA	2	12	14790	14801	50 %	50 %	0 %	0 %	400404518
19	NC_018417	AAATTA	2	12	14888	14899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404518
20	NC_018417	ATTTTT	2	12	15359	15370	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404519
21	NC_018417	ATATTA	2	12	16299	16310	50 %	50 %	0 %	0 %	400404520
22	NC_018417	TAAATT	2	12	16644	16655	50 %	50 %	0 %	0 %	400404521
23	NC_018417	AATTTA	2	12	17276	17287	50 %	50 %	0 %	0 %	400404522
24	NC_018417	TAATTT	2	12	18323	18334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404523
25	NC_018417	AGATTT	3	18	18683	18700	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404523
26	NC_018417	TTAGAT	2	12	19830	19841	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404523
27	NC_018417	AATTGA	2	12	20534	20545	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404523
28	NC_018417	AAATTA	2	12	20805	20816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404523
29	NC_018417	ATATTA	2	12	21021	21032	50 %	50 %	0 %	0 %	400404524
30	NC_018417	AAAATA	2	12	22168	22179	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404525
31	NC_018417	TAAATA	2	12	22729	22740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404525
32	NC_018417	TAAATT	2	12	23191	23202	50 %	50 %	0 %	0 %	400404525
33	NC_018417	TAGATT	2	12	23796	23807	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404527
34	NC_018417	TAAAAA	2	12	23889	23900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404527
35	NC_018417	AATAGG	2	12	26458	26469	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	400404529
36	NC_018417	TAAAAA	2	12	27040	27051	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404530
37	NC_018417	ATTATA	2	12	27553	27564	50 %	50 %	0 %	0 %	400404531
38	NC_018417	TATTAG	2	12	29492	29503	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404532
39	NC_018417	TTAAAT	2	12	30830	30841	50 %	50 %	0 %	0 %	400404534
40	NC_018417	TAATTT	2	12	32150	32161	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404535
41	NC_018417	TTATTT	2	12	33893	33904	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404538
42	NC_018417	AAATAA	2	12	35074	35085	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404539
43	NC_018417	TTTTTG	2	12	35236	35247	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	400404539
44	NC_018417	TAAAAT	2	12	35782	35793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404540
45	NC_018417	AATTTA	2	12	36162	36173	50 %	50 %	0 %	0 %	400404540
46	NC_018417	TTAAAT	2	12	36902	36913	50 %	50 %	0 %	0 %	400404541
47	NC_018417	ATAATT	2	12	37332	37343	50 %	50 %	0 %	0 %	400404542
48	NC_018417	TTCTAA	2	12	38668	38679	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400404543
49	NC_018417	TTTTAT	2	12	39469	39480	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404544
50	NC_018417	TAATTA	2	12	40512	40523	50 %	50 %	0 %	0 %	400404546
51	NC_018417	ATAAAA	2	12	40973	40984	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404547
52	NC_018417	TATTAA	2	12	41017	41028	50 %	50 %	0 %	0 %	400404547
53	NC_018417	TAAAAA	2	12	41253	41264	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404547
54	NC_018417	ATTTAA	2	12	41507	41518	50 %	50 %	0 %	0 %	400404548
55	NC_018417	ATTTAT	2	12	41632	41643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404548
56	NC_018417	ATTTTA	2	12	42756	42767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404549
57	NC_018417	TTTATA	2	12	43229	43240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404549
58	NC_018417	AATAAA	2	12	43640	43651	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404550
59	NC_018417	ATTTTT	2	12	45033	45044	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404551
60	NC_018417	TCCCTT	2	12	45427	45438	0 %	50 %	0 %	50 %	400404551
61	NC_018417	TAAAAA	2	12	49148	49159	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404556
62	NC_018417	ATTAAA	2	12	50139	50150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404559
63	NC_018417	TTATTT	2	12	50543	50554	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404559
64	NC_018417	AGAAAA	2	12	50873	50884	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	400404559
65	NC_018417	TTAATT	2	12	51747	51758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404560
66	NC_018417	AAATTT	2	12	52404	52415	50 %	50 %	0 %	0 %	400404561
67	NC_018417	AGCTGT	2	12	54144	54155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	400404563
68	NC_018417	AGAAAT	2	12	54561	54572	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404563
69	NC_018417	ATTTTT	2	12	54892	54903	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404564
70	NC_018417	TTTTAT	2	12	55094	55105	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404564
71	NC_018417	TATTAA	2	12	55946	55957	50 %	50 %	0 %	0 %	400404565
72	NC_018417	CATTTT	2	12	57117	57128	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404567
73	NC_018417	GAATTA	2	12	57176	57187	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404567
74	NC_018417	ATAAAA	3	18	60104	60121	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404568
75	NC_018417	AAATTG	2	12	60626	60637	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404568
76	NC_018417	ATTTTT	2	12	60762	60773	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404568
77	NC_018417	TATAAA	2	12	61035	61046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404568
78	NC_018417	ATTTTA	2	12	61426	61437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404570
79	NC_018417	AAATTT	3	18	63106	63123	50 %	50 %	0 %	0 %	400404571
80	NC_018417	TTTATT	2	12	63190	63201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404571
81	NC_018417	TGATAA	2	12	64828	64839	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404573
82	NC_018417	TATTTT	2	12	65212	65223	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404573
83	NC_018417	AAATAA	2	12	65282	65293	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404574
84	NC_018417	ATTTTA	2	12	65755	65766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404574
85	NC_018417	ATTTAA	2	12	65914	65925	50 %	50 %	0 %	0 %	400404574
86	NC_018417	ATAAAA	2	12	65958	65969	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404574
87	NC_018417	ATTTTA	2	12	66468	66479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404575
88	NC_018417	AATAAA	2	12	66671	66682	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404575
89	NC_018417	ATAAAA	2	12	67061	67072	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404575
90	NC_018417	TAAAAA	2	12	67083	67094	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404575
91	NC_018417	ATTTAA	2	12	67311	67322	50 %	50 %	0 %	0 %	400404575
92	NC_018417	TTTATT	2	12	67384	67395	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404575
93	NC_018417	TAAATT	2	12	70224	70235	50 %	50 %	0 %	0 %	400404577
94	NC_018417	TTTAAT	2	12	71659	71670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404578
95	NC_018417	ATTCAT	2	12	71947	71958	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400404578
96	NC_018417	TCAACT	2	12	71974	71985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400404578
97	NC_018417	ATTTTA	2	12	72067	72078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404578
98	NC_018417	TATAAT	2	12	72385	72396	50 %	50 %	0 %	0 %	400404578
99	NC_018417	TAAAAA	2	12	73375	73386	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404579
100	NC_018417	AAATAA	2	12	73916	73927	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404580
101	NC_018417	CAAGTT	2	12	77042	77053	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	400404583
102	NC_018417	TTAAAT	2	12	77374	77385	50 %	50 %	0 %	0 %	400404583
103	NC_018417	TAATTT	2	12	77660	77671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404584
104	NC_018417	TATTTA	2	12	78703	78714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404585
105	NC_018417	TAAAAT	2	12	79244	79255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404586
106	NC_018417	TTTTAT	2	12	80316	80327	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404588
107	NC_018417	TTTAAA	2	12	80753	80764	50 %	50 %	0 %	0 %	400404588
108	NC_018417	TAAAAA	2	12	82800	82811	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404592
109	NC_018417	TTAAAA	2	12	82826	82837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404592
110	NC_018417	TAAAAA	2	12	82863	82874	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404592
111	NC_018417	ATTAAA	2	12	83987	83998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404594
112	NC_018417	CTATAC	2	12	85217	85228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400404595
113	NC_018417	CAAATA	2	12	85854	85865	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	400404596
114	NC_018417	TAAATT	3	18	86245	86262	50 %	50 %	0 %	0 %	400404596
115	NC_018417	ATAAAA	2	12	86437	86448	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404596
116	NC_018417	TATATT	2	12	86607	86618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404597
117	NC_018417	TAAAAA	2	12	87774	87785	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404598
118	NC_018417	TAAAAA	2	12	88286	88297	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404600
119	NC_018417	TATTAA	2	12	88541	88552	50 %	50 %	0 %	0 %	400404600
120	NC_018417	TTTAAA	2	12	88925	88936	50 %	50 %	0 %	0 %	400404600
121	NC_018417	TAAATC	2	12	89234	89245	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404600
122	NC_018417	TAAAAA	2	12	89750	89761	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404600
123	NC_018417	TAAAAT	3	18	91048	91065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404602
124	NC_018417	TCAATA	2	12	91611	91622	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404602
125	NC_018417	ATTCAT	2	12	91936	91947	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400404602
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127	NC_018417	ATAAAA	2	12	93371	93382	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404604
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.