MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii HT isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 316

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018417	TTTAA	2	10	409	418	40 %	60 %	0 %	0 %	400404502
2	NC_018417	ATTTT	2	10	539	548	20 %	80 %	0 %	0 %	400404502
3	NC_018417	AAAAT	2	10	808	817	80 %	20 %	0 %	0 %	400404502
4	NC_018417	ATTTA	2	10	903	912	40 %	60 %	0 %	0 %	400404502
5	NC_018417	AAAAT	2	10	962	971	80 %	20 %	0 %	0 %	400404502
6	NC_018417	TAAAT	2	10	1023	1032	60 %	40 %	0 %	0 %	400404502
7	NC_018417	TATAA	2	10	1335	1344	60 %	40 %	0 %	0 %	400404503
8	NC_018417	ATTTT	2	10	2712	2721	20 %	80 %	0 %	0 %	400404503
9	NC_018417	TAATT	2	10	2817	2826	40 %	60 %	0 %	0 %	400404503
10	NC_018417	ATTAA	2	10	2830	2839	60 %	40 %	0 %	0 %	400404504
11	NC_018417	ATTTA	2	10	2988	2997	40 %	60 %	0 %	0 %	400404504
12	NC_018417	TTTAA	2	10	3313	3322	40 %	60 %	0 %	0 %	400404504
13	NC_018417	AATTT	2	10	3358	3367	40 %	60 %	0 %	0 %	400404504
14	NC_018417	AAAAT	2	10	3859	3868	80 %	20 %	0 %	0 %	400404506
15	NC_018417	TTTTA	2	10	4173	4182	20 %	80 %	0 %	0 %	400404507
16	NC_018417	ATTAT	2	10	5556	5565	40 %	60 %	0 %	0 %	400404508
17	NC_018417	ATAAA	2	10	5763	5772	80 %	20 %	0 %	0 %	400404509
18	NC_018417	TAATT	2	10	6621	6630	40 %	60 %	0 %	0 %	400404510
19	NC_018417	TAAAA	2	10	7985	7994	80 %	20 %	0 %	0 %	400404511
20	NC_018417	ATTTT	2	10	8084	8093	20 %	80 %	0 %	0 %	400404512
21	NC_018417	ATATT	2	10	9689	9698	40 %	60 %	0 %	0 %	400404514
22	NC_018417	ATATA	2	10	10595	10604	60 %	40 %	0 %	0 %	400404514
23	NC_018417	TTATA	2	10	10965	10974	40 %	60 %	0 %	0 %	400404514
24	NC_018417	ATTTT	2	10	11093	11102	20 %	80 %	0 %	0 %	400404514
25	NC_018417	ATTAT	2	10	11453	11462	40 %	60 %	0 %	0 %	400404514
26	NC_018417	TATAA	2	10	11564	11573	60 %	40 %	0 %	0 %	400404515
27	NC_018417	TAATT	2	10	11599	11608	40 %	60 %	0 %	0 %	400404515
28	NC_018417	ATTTA	2	10	11634	11643	40 %	60 %	0 %	0 %	400404515
29	NC_018417	TAAAT	2	10	11668	11677	60 %	40 %	0 %	0 %	400404515
30	NC_018417	TATTT	2	10	12088	12097	20 %	80 %	0 %	0 %	400404515
31	NC_018417	AAATC	2	10	12790	12799	60 %	20 %	0 %	20 %	400404515
32	NC_018417	ATTTT	2	10	13803	13812	20 %	80 %	0 %	0 %	400404517
33	NC_018417	TATTT	2	10	13886	13895	20 %	80 %	0 %	0 %	400404517
34	NC_018417	CTAAT	2	10	14603	14612	40 %	40 %	0 %	20 %	400404518
35	NC_018417	ATTTA	2	10	14712	14721	40 %	60 %	0 %	0 %	400404518
36	NC_018417	AATTA	2	10	15296	15305	60 %	40 %	0 %	0 %	400404519
37	NC_018417	ATATA	2	10	15648	15657	60 %	40 %	0 %	0 %	400404519
38	NC_018417	ATATT	2	10	16009	16018	40 %	60 %	0 %	0 %	400404520
39	NC_018417	ATTTA	2	10	16431	16440	40 %	60 %	0 %	0 %	400404521
40	NC_018417	TATAA	2	10	16525	16534	60 %	40 %	0 %	0 %	400404521
41	NC_018417	ATTTT	2	10	16964	16973	20 %	80 %	0 %	0 %	400404521
42	NC_018417	AAATA	2	10	17317	17326	80 %	20 %	0 %	0 %	400404522
43	NC_018417	ATTTT	2	10	17432	17441	20 %	80 %	0 %	0 %	400404522
44	NC_018417	ATATT	2	10	17915	17924	40 %	60 %	0 %	0 %	400404523
45	NC_018417	ATTTT	2	10	17981	17990	20 %	80 %	0 %	0 %	400404523
46	NC_018417	TAATA	2	10	18284	18293	60 %	40 %	0 %	0 %	400404523
47	NC_018417	GATTA	2	10	18832	18841	40 %	40 %	20 %	0 %	400404523
48	NC_018417	TTTAA	2	10	19851	19860	40 %	60 %	0 %	0 %	400404523
49	NC_018417	TAAAA	2	10	20060	20069	80 %	20 %	0 %	0 %	400404523
50	NC_018417	ATTTA	2	10	20378	20387	40 %	60 %	0 %	0 %	400404523
51	NC_018417	TAATT	2	10	20795	20804	40 %	60 %	0 %	0 %	400404523
52	NC_018417	TTTAT	2	10	21986	21995	20 %	80 %	0 %	0 %	400404525
53	NC_018417	CAAAT	2	10	22142	22151	60 %	20 %	0 %	20 %	400404525
54	NC_018417	TTAAT	2	10	22288	22297	40 %	60 %	0 %	0 %	400404525
55	NC_018417	AAATA	2	10	23725	23734	80 %	20 %	0 %	0 %	400404526
56	NC_018417	AGAAA	2	10	23863	23872	80 %	0 %	20 %	0 %	400404527
57	NC_018417	TAATT	2	10	25132	25141	40 %	60 %	0 %	0 %	400404528
58	NC_018417	GTAAA	2	10	25512	25521	60 %	20 %	20 %	0 %	400404529
59	NC_018417	TATTT	2	10	26036	26045	20 %	80 %	0 %	0 %	400404529
60	NC_018417	CAAAT	2	10	26223	26232	60 %	20 %	0 %	20 %	400404529
61	NC_018417	AAAAT	2	10	26361	26370	80 %	20 %	0 %	0 %	400404529
62	NC_018417	AAATA	2	10	26911	26920	80 %	20 %	0 %	0 %	400404530
63	NC_018417	ATAAA	2	10	28276	28285	80 %	20 %	0 %	0 %	400404531
64	NC_018417	TATAA	2	10	29856	29865	60 %	40 %	0 %	0 %	400404532
65	NC_018417	TTTAT	2	10	30407	30416	20 %	80 %	0 %	0 %	400404533
66	NC_018417	GATTA	2	10	30435	30444	40 %	40 %	20 %	0 %	400404533
67	NC_018417	TAAAA	2	10	31113	31122	80 %	20 %	0 %	0 %	400404534
68	NC_018417	TTATT	2	10	31191	31200	20 %	80 %	0 %	0 %	400404534
69	NC_018417	TTTAA	2	10	31530	31539	40 %	60 %	0 %	0 %	400404535
70	NC_018417	TAAAT	2	10	32102	32111	60 %	40 %	0 %	0 %	400404535
71	NC_018417	ATTTT	2	10	32180	32189	20 %	80 %	0 %	0 %	400404535
72	NC_018417	AAATT	2	10	32509	32518	60 %	40 %	0 %	0 %	400404535
73	NC_018417	ATTTT	2	10	32848	32857	20 %	80 %	0 %	0 %	400404536
74	NC_018417	ATTTT	2	10	32965	32974	20 %	80 %	0 %	0 %	400404536
75	NC_018417	TATAT	2	10	33165	33174	40 %	60 %	0 %	0 %	400404536
76	NC_018417	ATTTT	2	10	33523	33532	20 %	80 %	0 %	0 %	400404537
77	NC_018417	ATTTT	2	10	34118	34127	20 %	80 %	0 %	0 %	400404538
78	NC_018417	AATTT	2	10	34423	34432	40 %	60 %	0 %	0 %	400404539
79	NC_018417	AAAAT	2	10	35940	35949	80 %	20 %	0 %	0 %	400404540
80	NC_018417	AAAAT	2	10	36102	36111	80 %	20 %	0 %	0 %	400404540
81	NC_018417	ATTTT	2	10	36851	36860	20 %	80 %	0 %	0 %	400404541
82	NC_018417	AAAAT	2	10	37427	37436	80 %	20 %	0 %	0 %	400404542
83	NC_018417	ATTAA	2	10	37528	37537	60 %	40 %	0 %	0 %	400404542
84	NC_018417	TCATT	2	10	37562	37571	20 %	60 %	0 %	20 %	400404542
85	NC_018417	ATTTT	2	10	38598	38607	20 %	80 %	0 %	0 %	400404543
86	NC_018417	AATTT	2	10	38619	38628	40 %	60 %	0 %	0 %	400404543
87	NC_018417	AAATT	2	10	38955	38964	60 %	40 %	0 %	0 %	400404543
88	NC_018417	AAAAT	2	10	39987	39996	80 %	20 %	0 %	0 %	400404545
89	NC_018417	ATTTT	2	10	40382	40391	20 %	80 %	0 %	0 %	400404546
90	NC_018417	AAATT	2	10	40540	40549	60 %	40 %	0 %	0 %	400404546
91	NC_018417	AAATT	2	10	41270	41279	60 %	40 %	0 %	0 %	400404547
92	NC_018417	TAATT	2	10	41519	41528	40 %	60 %	0 %	0 %	400404548
93	NC_018417	AAATA	2	10	41717	41726	80 %	20 %	0 %	0 %	400404548
94	NC_018417	TATAT	2	10	42154	42163	40 %	60 %	0 %	0 %	400404549
95	NC_018417	ATTTA	2	10	42193	42202	40 %	60 %	0 %	0 %	400404549
96	NC_018417	ATAAA	2	10	42321	42330	80 %	20 %	0 %	0 %	400404549
97	NC_018417	ATTTA	2	10	42805	42814	40 %	60 %	0 %	0 %	400404549
98	NC_018417	ATTTT	2	10	42817	42826	20 %	80 %	0 %	0 %	400404549
99	NC_018417	TTAAA	2	10	42876	42885	60 %	40 %	0 %	0 %	400404549
100	NC_018417	ATTAA	2	10	44091	44100	60 %	40 %	0 %	0 %	400404550
101	NC_018417	TTTCA	2	10	44804	44813	20 %	60 %	0 %	20 %	400404551
102	NC_018417	TTAAT	2	10	47520	47529	40 %	60 %	0 %	0 %	400404554
103	NC_018417	ATTTT	2	10	48682	48691	20 %	80 %	0 %	0 %	400404555
104	NC_018417	AATTT	2	10	48764	48773	40 %	60 %	0 %	0 %	400404556
105	NC_018417	TAAAA	2	10	48831	48840	80 %	20 %	0 %	0 %	400404556
106	NC_018417	TTTTG	2	10	49930	49939	0 %	80 %	20 %	0 %	400404558
107	NC_018417	TATAA	2	10	50289	50298	60 %	40 %	0 %	0 %	400404559
108	NC_018417	TAAAT	2	10	50513	50522	60 %	40 %	0 %	0 %	400404559
109	NC_018417	AATTT	2	10	50934	50943	40 %	60 %	0 %	0 %	400404559
110	NC_018417	TAAAA	2	10	51533	51542	80 %	20 %	0 %	0 %	400404560
111	NC_018417	TAATA	2	10	51572	51581	60 %	40 %	0 %	0 %	400404560
112	NC_018417	AATTT	2	10	52249	52258	40 %	60 %	0 %	0 %	400404561
113	NC_018417	AAATA	2	10	54030	54039	80 %	20 %	0 %	0 %	400404563
114	NC_018417	ATTTT	2	10	54959	54968	20 %	80 %	0 %	0 %	400404564
115	NC_018417	AATTT	2	10	55240	55249	40 %	60 %	0 %	0 %	400404564
116	NC_018417	AAAAT	2	10	55776	55785	80 %	20 %	0 %	0 %	400404565
117	NC_018417	ATTTT	2	10	56793	56802	20 %	80 %	0 %	0 %	400404567
118	NC_018417	AATTT	2	10	57606	57615	40 %	60 %	0 %	0 %	400404567
119	NC_018417	TATAT	2	10	57909	57918	40 %	60 %	0 %	0 %	400404567
120	NC_018417	AAAAT	2	10	58418	58427	80 %	20 %	0 %	0 %	400404567
121	NC_018417	ATATA	2	10	58996	59005	60 %	40 %	0 %	0 %	400404567
122	NC_018417	GAAAT	2	10	59093	59102	60 %	20 %	20 %	0 %	400404567
123	NC_018417	AGTTT	2	10	59115	59124	20 %	60 %	20 %	0 %	400404567
124	NC_018417	TATAA	2	10	59159	59168	60 %	40 %	0 %	0 %	400404567
125	NC_018417	TAATT	2	10	59988	59997	40 %	60 %	0 %	0 %	400404568
126	NC_018417	AATAC	2	10	60783	60792	60 %	20 %	0 %	20 %	400404568
127	NC_018417	TTAAA	2	10	61013	61022	60 %	40 %	0 %	0 %	400404568
128	NC_018417	AAATA	2	10	61578	61587	80 %	20 %	0 %	0 %	400404570
129	NC_018417	TTTTA	2	10	62142	62151	20 %	80 %	0 %	0 %	400404570
130	NC_018417	TTATA	2	10	62391	62400	40 %	60 %	0 %	0 %	400404571
131	NC_018417	ATTAA	2	10	62903	62912	60 %	40 %	0 %	0 %	400404571
132	NC_018417	TAATT	2	10	62938	62947	40 %	60 %	0 %	0 %	400404571
133	NC_018417	ATATT	2	10	63037	63046	40 %	60 %	0 %	0 %	400404571
134	NC_018417	CAATT	2	10	63839	63848	40 %	40 %	0 %	20 %	400404572
135	NC_018417	AAATT	2	10	65025	65034	60 %	40 %	0 %	0 %	400404573
136	NC_018417	ATTTA	2	10	68439	68448	40 %	60 %	0 %	0 %	400404577
137	NC_018417	ATTTT	2	10	68716	68725	20 %	80 %	0 %	0 %	400404577
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.