MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii HT isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018417	ATT	2	6	8970	8975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018417	ATT	2	6	9001	9006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018417	ATT	2	6	9046	9051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018417	ATT	2	6	9076	9081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018417	TTA	2	6	13947	13952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018417	TTA	2	6	14003	14008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018417	AAT	2	6	14011	14016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018417	TAT	2	6	23422	23427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018417	TAA	2	6	23464	23469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018417	ATT	4	12	23536	23547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018417	TAT	2	6	26789	26794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018417	TTA	2	6	28401	28406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018417	TAT	2	6	28424	28429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018417	TAA	2	6	28442	28447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018417	TTA	2	6	28456	28461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018417	TAA	2	6	28493	28498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018417	ATT	2	6	28555	28560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018417	ATT	2	6	35436	35441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018417	TTA	2	6	35470	35475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018417	ATT	2	6	35488	35493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018417	ATA	3	9	35498	35506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018417	TAA	2	6	35546	35551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018417	AGT	2	6	35630	35635	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018417	ATC	2	6	35663	35668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018417	ATT	2	6	36192	36197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018417	TCT	2	6	36206	36211	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018417	TAT	2	6	36227	36232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018417	TAA	2	6	36264	36269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018417	TAT	3	9	39643	39651	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018417	ATT	2	6	39723	39728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018417	AAT	2	6	39746	39751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018417	TAA	2	6	39791	39796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018417	TAA	2	6	39829	39834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018417	TCA	2	6	39862	39867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018417	TAA	2	6	39895	39900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018417	TAA	3	9	39925	39933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018417	TAA	2	6	40714	40719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018417	TAA	2	6	40765	40770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018417	TTA	2	6	46266	46271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018417	TAA	2	6	46296	46301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018417	TAT	2	6	46305	46310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018417	TTA	2	6	46311	46316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018417	GGT	2	6	51862	51867	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018417	GAT	2	6	52041	52046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018417	TTA	2	6	52095	52100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018417	ATT	2	6	53010	53015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018417	TAA	2	6	53017	53022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018417	AAT	2	6	59490	59495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018417	ATA	2	6	59533	59538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018417	CAT	2	6	63550	63555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_018417	TAA	2	6	63587	63592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018417	CTA	2	6	67756	67761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_018417	TAA	2	6	67766	67771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018417	ATT	2	6	79076	79081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018417	AAT	2	6	81611	81616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018417	ATT	2	6	81641	81646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018417	TAA	2	6	81842	81847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018417	AAT	3	9	81859	81867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018417	TAA	2	6	81931	81936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018417	ATT	2	6	81947	81952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018417	TAT	2	6	82006	82011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018417	TAA	2	6	83582	83587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018417	TAA	2	6	83595	83600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018417	TAA	2	6	83603	83608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018417	TAG	2	6	92930	92935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018417	ATT	2	6	93009	93014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018417	ATA	2	6	93024	93029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018417	AAC	2	6	96732	96737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018417	ATA	2	6	98231	98236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018417	ATT	2	6	104670	104675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018417	TAA	2	6	104765	104770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018417	ATT	2	6	104777	104782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018417	CAT	2	6	104852	104857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018417	AAG	2	6	104890	104895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018417	CAA	2	6	104898	104903	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018417	AGT	2	6	104952	104957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018417	ACG	2	6	105101	105106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018417	TGA	2	6	105181	105186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018417	CTC	2	6	105415	105420	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_018417	AGG	2	6	105432	105437	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018417	ACT	2	6	105536	105541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_018417	CAT	2	6	105713	105718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_018417	GCC	2	6	105788	105793	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_018417	TTA	2	6	105808	105813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018417	TAA	2	6	105916	105921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018417	TCT	2	6	105987	105992	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018417	TAT	2	6	106055	106060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018417	AAT	2	6	106154	106159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018417	AAT	2	6	106162	106167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018417	ATT	2	6	106201	106206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018417	TTA	2	6	106221	106226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018417	TTC	2	6	106251	106256	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_018417	ATC	2	6	106344	106349	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018417	TCT	2	6	106465	106470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_018417	CTC	2	6	106486	106491	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_018417	AAT	2	6	106501	106506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018417	ATC	2	6	106555	106560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018417	GCT	2	6	106597	106602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018417	GTT	2	6	106687	106692	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018417	TAA	2	6	106736	106741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018417	GAG	2	6	106841	106846	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018417	ATC	2	6	106893	106898	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_018417	TCC	2	6	106928	106933	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_018417	ATT	3	9	106938	106946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018417	TAA	2	6	106992	106997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018417	ATT	2	6	107055	107060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018417	TAT	2	6	107117	107122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018417	TCT	2	6	107242	107247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_018417	ATA	2	6	107277	107282	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018417	ATT	2	6	107326	107331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018417	ACT	2	6	107389	107394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_018417	TAG	2	6	107483	107488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018417	ATG	2	6	107949	107954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018417	CGT	2	6	107961	107966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_018417	TCC	2	6	107975	107980	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_018417	TTA	2	6	108001	108006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018417	GAC	2	6	108086	108091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_018417	GCA	2	6	108098	108103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_018417	TAT	2	6	108128	108133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018417	TAA	2	6	108137	108142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018417	TAA	2	6	108346	108351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018417	TCT	2	6	108513	108518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018417	TAA	2	6	108564	108569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018417	AAC	2	6	108591	108596	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018417	AAT	2	6	108616	108621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018417	GCT	2	6	108656	108661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_018417	CTT	2	6	108681	108686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_018417	ATA	2	6	108705	108710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018417	TCT	2	6	108729	108734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018417	TTG	2	6	108739	108744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018417	CTT	2	6	108768	108773	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_018417	CTG	2	6	108827	108832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018417	GTT	2	6	108873	108878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018417	AAC	2	6	108928	108933	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_018417	GCT	2	6	109074	109079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_018417	ATT	2	6	109081	109086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018417	AAT	2	6	109092	109097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018417	TAT	2	6	109170	109175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018417	ATT	2	6	109188	109193	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.