MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii HC isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 126

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018416	TTA	2	6	8981	8986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018416	ATA	5	15	13938	13952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018416	ATA	2	6	13983	13988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018416	ATT	2	6	26948	26953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018416	TAA	2	6	29023	29028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018416	TAA	2	6	29030	29035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018416	TAT	2	6	35289	35294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018416	TGG	2	6	35422	35427	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018416	TTA	2	6	35508	35513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018416	TCC	2	6	37088	37093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_018416	ATT	2	6	37101	37106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018416	ATT	3	9	38870	38878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018416	TAA	2	6	38883	38888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018416	AGT	2	6	38998	39003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018416	ATC	2	6	39031	39036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018416	TAA	3	9	51785	51793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018416	AAT	2	6	51794	51799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018416	AAT	4	12	51814	51825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018416	GGT	2	6	60273	60278	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018416	GAT	2	6	60449	60454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018416	ATT	2	6	60552	60557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018416	TAA	3	9	61424	61432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018416	CAT	2	6	71969	71974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018416	TAA	2	6	73704	73709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018416	AAT	2	6	73711	73716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018416	TAA	2	6	73746	73751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018416	TAT	2	6	73809	73814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018416	TAT	2	6	73848	73853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018416	TAA	2	6	76198	76203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018416	TAT	2	6	90052	90057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018416	ATA	2	6	90074	90079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018416	CCA	2	6	90099	90104	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_018416	TTA	2	6	90147	90152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018416	ATT	2	6	90323	90328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018416	AAG	2	6	90454	90459	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018416	TAA	2	6	90524	90529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018416	TAA	2	6	90569	90574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018416	TAT	3	9	90631	90639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018416	ATA	2	6	90668	90673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018416	TTA	2	6	90675	90680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018416	TAT	2	6	90688	90693	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018416	ATT	3	9	92275	92283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018416	TAG	2	6	101621	101626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018416	ATA	2	6	104395	104400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018416	AAC	2	6	105422	105427	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018416	ATA	2	6	106921	106926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018416	ATT	2	6	113359	113364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018416	AAT	2	6	113400	113405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018416	TAA	2	6	113453	113458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018416	ATT	3	9	113465	113473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018416	ATA	2	6	113496	113501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018416	CAT	2	6	113540	113545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_018416	AAG	2	6	113578	113583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018416	AGT	2	6	113640	113645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018416	ACG	2	6	113789	113794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_018416	TGA	2	6	113869	113874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018416	CTC	2	6	114103	114108	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_018416	AGG	2	6	114120	114125	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018416	ACT	2	6	114224	114229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_018416	ATC	2	6	114252	114257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018416	CAT	2	6	114401	114406	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018416	GCC	2	6	114476	114481	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_018416	TTA	2	6	114496	114501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018416	TTA	2	6	114530	114535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018416	TAA	2	6	114604	114609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018416	TCT	2	6	114675	114680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018416	TTA	2	6	114825	114830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018416	TTA	2	6	114836	114841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018416	AAT	2	6	114842	114847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018416	ATA	2	6	114851	114856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018416	ATT	2	6	114888	114893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018416	TCA	2	6	114939	114944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018416	ATC	2	6	115031	115036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018416	TCT	2	6	115148	115153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018416	CTC	2	6	115169	115174	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_018416	AAT	2	6	115184	115189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018416	ATC	2	6	115238	115243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018416	GCT	2	6	115280	115285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018416	GTT	2	6	115370	115375	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018416	TAA	2	6	115419	115424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018416	GAG	2	6	115525	115530	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018416	ATC	2	6	115577	115582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_018416	TCC	2	6	115612	115617	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_018416	TAT	2	6	115801	115806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018416	TAA	2	6	115836	115841	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018416	TCT	2	6	115926	115931	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018416	ATA	2	6	115961	115966	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018416	ATT	2	6	116011	116016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018416	ACT	2	6	116073	116078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_018416	TAG	2	6	116167	116172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018416	AAT	2	6	116282	116287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018416	TAA	3	9	116391	116399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018416	ATG	2	6	116638	116643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018416	CGT	2	6	116650	116655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_018416	TCC	2	6	116664	116669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_018416	TTA	2	6	116690	116695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018416	GAC	2	6	116775	116780	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018416	GCA	2	6	116787	116792	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018416	TTA	2	6	116816	116821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018416	TAA	2	6	116826	116831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018416	TAA	2	6	117031	117036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018416	TAA	2	6	117117	117122	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018416	TCT	2	6	117198	117203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_018416	AAC	2	6	117276	117281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018416	AAT	2	6	117301	117306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018416	GCT	2	6	117341	117346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_018416	CTT	2	6	117366	117371	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018416	ATT	2	6	117400	117405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018416	CTT	2	6	117415	117420	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_018416	CTT	2	6	117453	117458	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_018416	CTG	2	6	117512	117517	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_018416	GTT	2	6	117558	117563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018416	GCT	2	6	117760	117765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018416	ATT	2	6	117866	117871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018416	TAA	3	9	117907	117915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018416	TAT	2	6	124436	124441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018416	TCG	2	6	124500	124505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_018416	ATT	2	6	128261	128266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018416	ATA	2	6	128317	128322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018416	ATT	2	6	128413	128418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018416	ATA	2	6	128469	128474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018416	ATT	2	6	154952	154957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018416	ATA	2	6	155036	155041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018416	ACT	2	6	155054	155059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018416	GCA	2	6	155105	155110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_018416	TAT	2	6	165311	165316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.