MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii CS isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018415	TAAAAA	2	12	809	820	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404026
2	NC_018415	ATTATA	2	12	1341	1352	50 %	50 %	0 %	0 %	400404027
3	NC_018415	AGAAAT	2	12	1499	1510	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404027
4	NC_018415	TATACA	2	12	1974	1985	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404027
5	NC_018415	ATAATT	2	12	2778	2789	50 %	50 %	0 %	0 %	400404027
6	NC_018415	TTAAAT	3	18	2860	2877	50 %	50 %	0 %	0 %	400404028
7	NC_018415	TATCTT	2	12	3311	3322	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404028
8	NC_018415	TTTTAT	2	12	3453	3464	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404028
9	NC_018415	TTTTAA	2	12	4064	4075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404030
10	NC_018415	TAAAAT	2	12	8725	8736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404037
11	NC_018415	ATTTAT	2	12	8806	8817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404037
12	NC_018415	TAAAAT	2	12	8843	8854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404037
13	NC_018415	CCCAAT	2	12	10226	10237	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	400404037
14	NC_018415	AAAATT	2	12	10578	10589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404038
15	NC_018415	TAATTA	2	12	11414	11425	50 %	50 %	0 %	0 %	400404038
16	NC_018415	TTAAAA	2	12	11512	11523	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404038
17	NC_018415	AAAATT	2	12	12355	12366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404039
18	NC_018415	TTTTAT	2	12	12917	12928	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404040
19	NC_018415	TTAATT	2	12	13284	13295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404041
20	NC_018415	AATAAA	2	12	13863	13874	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404041
21	NC_018415	TTTTAC	2	12	14368	14379	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404042
22	NC_018415	AAAGTA	2	12	14400	14411	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404042
23	NC_018415	TAAAAT	2	12	16288	16299	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404045
24	NC_018415	AGGTTC	2	12	17747	17758	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	400404046
25	NC_018415	AGATTT	2	12	17861	17872	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404046
26	NC_018415	ATTAAT	2	12	18704	18715	50 %	50 %	0 %	0 %	400404046
27	NC_018415	GTTGCT	2	12	19602	19613	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	400404046
28	NC_018415	TATAAA	2	12	20828	20839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404048
29	NC_018415	TTTAAA	2	12	21069	21080	50 %	50 %	0 %	0 %	400404048
30	NC_018415	TAAAAA	2	12	21572	21583	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404048
31	NC_018415	TTAGAT	2	12	23251	23262	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404051
32	NC_018415	TATAAA	2	12	23654	23665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404052
33	NC_018415	ATTATA	3	18	26682	26699	50 %	50 %	0 %	0 %	400404054
34	NC_018415	TAATTT	2	12	26727	26738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404054
35	NC_018415	TATAAT	2	12	27050	27061	50 %	50 %	0 %	0 %	400404054
36	NC_018415	TAATTT	2	12	28115	28126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404055
37	NC_018415	AAAATT	2	12	30300	30311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404058
38	NC_018415	ATAAAA	2	12	31808	31819	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404059
39	NC_018415	TTTATT	2	12	32086	32097	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404060
40	NC_018415	ATTTAT	2	12	32777	32788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404061
41	NC_018415	AAAAAT	2	12	32824	32835	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404061
42	NC_018415	TTAAAT	2	12	33088	33099	50 %	50 %	0 %	0 %	400404061
43	NC_018415	TTTAAA	2	12	33341	33352	50 %	50 %	0 %	0 %	400404062
44	NC_018415	ATCTTT	2	12	34289	34300	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404062
45	NC_018415	TAAAAT	2	12	34324	34335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404062
46	NC_018415	AATATT	2	12	34992	35003	50 %	50 %	0 %	0 %	400404063
47	NC_018415	CTATAT	2	12	35825	35836	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400404065
48	NC_018415	TAATTT	2	12	35940	35951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404065
49	NC_018415	ATTTAT	2	12	36484	36495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404066
50	NC_018415	CAATAT	2	12	36996	37007	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404066
51	NC_018415	AATTTT	2	12	37078	37089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404066
52	NC_018415	ATTTTT	2	12	37181	37192	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404066
53	NC_018415	TTAATT	2	12	37523	37534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404067
54	NC_018415	ATTAAA	2	12	38759	38770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404068
55	NC_018415	ATCTTT	2	12	39301	39312	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404069
56	NC_018415	ATTTTT	2	12	39433	39444	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404069
57	NC_018415	ATTACA	2	12	42067	42078	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404072
58	NC_018415	ATATTT	2	12	42654	42665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404073
59	NC_018415	TAAAGA	2	12	43259	43270	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404073
60	NC_018415	AAATTA	2	12	43323	43334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404073
61	NC_018415	ATTTTT	2	12	43722	43733	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404074
62	NC_018415	ATTTCT	2	12	43900	43911	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404075
63	NC_018415	TATAAT	2	12	44016	44027	50 %	50 %	0 %	0 %	400404075
64	NC_018415	ATTTGT	2	12	44356	44367	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	400404075
65	NC_018415	TCATTT	2	12	44663	44674	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404076
66	NC_018415	TTATTT	2	12	45911	45922	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404077
67	NC_018415	TGGTAA	2	12	45993	46004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400404078
68	NC_018415	AATATA	2	12	46054	46065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404078
69	NC_018415	ATTTTT	2	12	47176	47187	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404080
70	NC_018415	TATTAA	2	12	47286	47297	50 %	50 %	0 %	0 %	400404080
71	NC_018415	TAAAAA	2	12	47559	47570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404080
72	NC_018415	TTAATT	2	12	47842	47853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404081
73	NC_018415	CATTAA	2	12	48137	48148	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404081
74	NC_018415	TAAATA	2	12	48461	48472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404081
75	NC_018415	AAAAAT	2	12	49495	49506	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404082
76	NC_018415	TAAAAA	2	12	49957	49968	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404082
77	NC_018415	TAAAAA	2	12	49998	50009	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404082
78	NC_018415	CTGTTG	2	12	51393	51404	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	400404083
79	NC_018415	TTAAAA	2	12	52747	52758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404085
80	NC_018415	TTTAAT	2	12	54077	54088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404087
81	NC_018415	TAAATA	2	12	54118	54129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404087
82	NC_018415	AAATAT	2	12	54335	54346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404087
83	NC_018415	TAAAAA	2	12	56086	56097	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404091
84	NC_018415	ATAATT	2	12	56407	56418	50 %	50 %	0 %	0 %	400404091
85	NC_018415	GATTTG	2	12	56650	56661	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	400404091
86	NC_018415	TAAAAA	2	12	56752	56763	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404091
87	NC_018415	ATTTGG	2	12	57471	57482	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	400404092
88	NC_018415	ATTTTT	2	12	57517	57528	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404092
89	NC_018415	AAAATT	2	12	58645	58656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404094
90	NC_018415	ATTTTT	2	12	59060	59071	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404094
91	NC_018415	ATTAAA	2	12	60152	60163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404096
92	NC_018415	TTTTAA	2	12	60313	60324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404096
93	NC_018415	GAAATT	2	12	61421	61432	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404098
94	NC_018415	ATTTAA	2	12	62589	62600	50 %	50 %	0 %	0 %	400404099
95	NC_018415	ATTAAA	2	12	64053	64064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404101
96	NC_018415	ATTTTA	2	12	65333	65344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404102
97	NC_018415	TAAAAA	2	12	65982	65993	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404102
98	NC_018415	TAAAAT	2	12	66452	66463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404104
99	NC_018415	ATATTT	2	12	66674	66685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404104
100	NC_018415	TATTAA	2	12	66747	66758	50 %	50 %	0 %	0 %	400404104
101	NC_018415	GAAATT	2	12	66865	66876	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404104
102	NC_018415	ATTTAA	2	12	67103	67114	50 %	50 %	0 %	0 %	400404104
103	NC_018415	ATTAGA	2	12	69438	69449	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404107
104	NC_018415	TATCAG	2	12	69488	69499	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	400404107
105	NC_018415	TAAATA	2	12	72181	72192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404109
106	NC_018415	AAATCT	2	12	72533	72544	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404109
107	NC_018415	TTTATT	2	12	72628	72639	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404109
108	NC_018415	AATATA	2	12	72740	72751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404109
109	NC_018415	TAATAG	2	12	73566	73577	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404111
110	NC_018415	TAAAGG	2	12	75079	75090	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	400404111
111	NC_018415	CAATTT	2	12	76823	76834	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400404112
112	NC_018415	TCAAAT	2	12	77257	77268	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404112
113	NC_018415	ATTTTT	2	12	77872	77883	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404112
114	NC_018415	TTTAAA	2	12	78655	78666	50 %	50 %	0 %	0 %	400404113
115	NC_018415	ATTAAA	2	12	82125	82136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404117
116	NC_018415	GTTTAT	2	12	82283	82294	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	400404117
117	NC_018415	ATTAAT	2	12	82966	82977	50 %	50 %	0 %	0 %	400404118
118	NC_018415	TAAAAA	2	12	83027	83038	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404118
119	NC_018415	ATATTT	2	12	84280	84291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404119
120	NC_018415	ATTTAA	2	12	84293	84304	50 %	50 %	0 %	0 %	400404119
121	NC_018415	ATTTTT	2	12	84720	84731	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404121
122	NC_018415	ATTAAA	3	18	84842	84859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404121
123	NC_018415	TTAATT	2	12	85479	85490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404122
124	NC_018415	TAAAAA	2	12	85808	85819	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404123
125	NC_018415	TTATAT	2	12	85865	85876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404123
126	NC_018415	TTTAAT	2	12	85971	85982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404123
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.