MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii CS isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 150

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018415	TAA	2	6	8168	8173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018415	ATT	2	6	8187	8192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018415	TTA	2	6	8202	8207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018415	ATT	3	9	8222	8230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018415	ATT	2	6	10517	10522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018415	AAT	2	6	10523	10528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018415	TTA	2	6	10537	10542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018415	ATT	2	6	10550	10555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018415	ATT	2	6	10557	10562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018415	CTA	2	6	13089	13094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_018415	TAA	2	6	13097	13102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018415	TAA	2	6	13170	13175	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018415	CGG	2	6	35493	35498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018415	ATC	2	6	35552	35557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018415	ATG	3	9	35563	35571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018415	ATA	2	6	35654	35659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018415	AAT	2	6	39040	39045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018415	TAT	2	6	39083	39088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018415	AGT	2	6	39168	39173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018415	ATC	2	6	39201	39206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018415	ATT	3	9	52000	52008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018415	TAA	2	6	52019	52024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018415	ATT	2	6	52311	52316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018415	TAT	2	6	52331	52336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018415	TAA	2	6	52340	52345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018415	ATA	2	6	52357	52362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018415	GTT	2	6	52437	52442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018415	GGT	2	6	60464	60469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018415	TAA	2	6	60637	60642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018415	TAT	2	6	60653	60658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018415	GAT	2	6	60662	60667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018415	TAT	2	6	60735	60740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018415	TTA	2	6	60756	60761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018415	TAA	2	6	60814	60819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018415	TCC	2	6	60841	60846	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_018415	TTA	2	6	61656	61661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018415	ATA	2	6	64529	64534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018415	TAA	2	6	64575	64580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018415	TTA	2	6	68514	68519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018415	ATA	2	6	68522	68527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018415	TCT	2	6	68668	68673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018415	ATT	2	6	68785	68790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018415	TAA	2	6	68808	68813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018415	ATT	2	6	70604	70609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018415	ATT	2	6	70623	70628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018415	ATT	2	6	70635	70640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018415	AAT	2	6	70641	70646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018415	ATA	2	6	70690	70695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018415	TGA	2	6	70758	70763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018415	TAA	2	6	70800	70805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018415	TTA	2	6	70819	70824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018415	ATA	2	6	70859	70864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018415	ATT	2	6	70876	70881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018415	AGT	2	6	70882	70887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018415	GAA	2	6	70897	70902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018415	ATA	2	6	70910	70915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018415	ATA	2	6	72995	73000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018415	ATA	2	6	76576	76581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018415	TAT	2	6	87705	87710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018415	ATT	2	6	88363	88368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018415	TAA	2	6	88422	88427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018415	AAT	2	6	88517	88522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018415	TAA	2	6	88528	88533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018415	ATT	2	6	88653	88658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018415	TAT	2	6	98727	98732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018415	ATT	2	6	98742	98747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018415	TAA	2	6	98755	98760	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018415	TAA	2	6	101475	101480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018415	AAC	2	6	102365	102370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018415	TAT	2	6	109345	109350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018415	ATT	2	6	109378	109383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018415	ACT	2	6	109453	109458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018415	TAA	2	6	109464	109469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018415	ATT	3	9	109476	109484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018415	AAG	2	6	109590	109595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018415	AGT	2	6	109653	109658	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018415	AAC	2	6	109699	109704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018415	ACG	2	6	109802	109807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018415	TGA	2	6	109882	109887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018415	CTC	2	6	110116	110121	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_018415	AGG	2	6	110133	110138	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018415	ATT	2	6	110210	110215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018415	CAT	2	6	110415	110420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018415	GCC	2	6	110490	110495	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_018415	ATT	2	6	110524	110529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018415	TAA	2	6	110617	110622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018415	AAT	2	6	110675	110680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018415	TCT	2	6	110689	110694	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_018415	TAA	2	6	110798	110803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018415	ATT	2	6	110891	110896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018415	TTA	2	6	110921	110926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018415	TAC	2	6	110944	110949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_018415	TCA	2	6	110953	110958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018415	TTA	3	9	110959	110967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018415	GAT	2	6	111045	111050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018415	ATT	2	6	111157	111162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018415	CTC	2	6	111180	111185	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_018415	AAT	2	6	111195	111200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018415	GCT	2	6	111291	111296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_018415	CAT	2	6	111332	111337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018415	GTT	2	6	111381	111386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018415	TAA	2	6	111435	111440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018415	GAG	2	6	111537	111542	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018415	ATC	2	6	111589	111594	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018415	ATT	2	6	111637	111642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018415	TTC	2	6	111941	111946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_018415	ATT	2	6	112010	112015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018415	ATT	2	6	112029	112034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018415	ATT	2	6	112039	112044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018415	CTA	2	6	112092	112097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_018415	ATT	2	6	112183	112188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018415	TAG	2	6	112192	112197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018415	CAT	2	6	112272	112277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018415	TAA	3	9	112410	112418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018415	ATT	2	6	112423	112428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018415	AAT	2	6	112567	112572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018415	TAT	2	6	112618	112623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018415	ATG	2	6	112661	112666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018415	CGT	2	6	112673	112678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_018415	TCC	2	6	112687	112692	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_018415	ATT	2	6	112715	112720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018415	TAA	2	6	112729	112734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018415	GAC	2	6	112793	112798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_018415	GCA	2	6	112805	112810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018415	TAT	2	6	112835	112840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018415	TAA	2	6	112844	112849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018415	AAT	2	6	113017	113022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018415	ATT	2	6	113038	113043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018415	TTC	2	6	113178	113183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018415	TCT	2	6	113226	113231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_018415	TAA	2	6	113278	113283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018415	GCT	2	6	113370	113375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018415	CTT	2	6	113395	113400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018415	TCT	2	6	113443	113448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_018415	CTT	2	6	113482	113487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_018415	CTG	2	6	113541	113546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_018415	GTT	2	6	113587	113592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018415	ATT	2	6	113717	113722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018415	GCT	2	6	113787	113792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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141	NC_018415	TAT	2	6	113882	113887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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150	NC_018415	ATT	2	6	161465	161470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.