MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Carsonella ruddii CE isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 228

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018414	AGAAAT	2	12	1499	1510	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400403789
2	NC_018414	TTAAAT	3	18	2860	2877	50 %	50 %	0 %	0 %	400403790
3	NC_018414	TATGTT	2	12	3252	3263	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	400403790
4	NC_018414	TCTTTA	2	12	3307	3318	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400403790
5	NC_018414	TTTTAT	2	12	3447	3458	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403790
6	NC_018414	TAAAAT	2	12	8725	8736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403799
7	NC_018414	ATTTAT	2	12	8806	8817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403799
8	NC_018414	TAAAAT	2	12	8843	8854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403799
9	NC_018414	TCCAAT	4	24	10214	10237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400403799
10	NC_018414	AAAATT	2	12	10578	10589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403800
11	NC_018414	TTTTAT	2	12	12920	12931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403802
12	NC_018414	AAAGTA	2	12	14406	14417	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400403804
13	NC_018414	AATTTA	2	12	16181	16192	50 %	50 %	0 %	0 %	400403806
14	NC_018414	AAATAT	2	12	17261	17272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403808
15	NC_018414	AGATTT	3	18	17864	17881	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400403808
16	NC_018414	ATTAAT	2	12	18707	18718	50 %	50 %	0 %	0 %	400403808
17	NC_018414	TAAAAA	2	12	19247	19258	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403808
18	NC_018414	ATTTAT	2	12	19423	19434	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403808
19	NC_018414	TAAAAA	2	12	19915	19926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403808
20	NC_018414	AAAATT	2	12	20254	20265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403809
21	NC_018414	TATAAA	2	12	20748	20759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403810
22	NC_018414	TTAATT	2	12	21247	21258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403810
23	NC_018414	ATCAAA	2	12	21399	21410	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	400403810
24	NC_018414	TTTATT	2	12	21411	21422	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403810
25	NC_018414	AAATGA	2	12	21594	21605	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400403810
26	NC_018414	TTAGAT	2	12	23258	23269	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400403813
27	NC_018414	AATAAA	2	12	23348	23359	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403813
28	NC_018414	TTTAAT	2	12	24463	24474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403814
29	NC_018414	TGGATC	2	12	25153	25164	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	400403815
30	NC_018414	TTACTG	2	12	25608	25619	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	400403815
31	NC_018414	TTATAA	2	12	26693	26704	50 %	50 %	0 %	0 %	400403816
32	NC_018414	AAATAA	2	12	27726	27737	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403817
33	NC_018414	TAATTT	2	12	28119	28130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403817
34	NC_018414	ATTTTT	2	12	28772	28783	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403818
35	NC_018414	ATAAAT	2	12	29225	29236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403819
36	NC_018414	TAAAAA	2	12	29755	29766	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403820
37	NC_018414	ATTAAA	2	12	31812	31823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403821
38	NC_018414	TTTATT	2	12	32090	32101	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403822
39	NC_018414	TAAAAA	2	12	33332	33343	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403824
40	NC_018414	ATTTAA	2	12	33344	33355	50 %	50 %	0 %	0 %	400403824
41	NC_018414	TAAAAT	2	12	34328	34339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403824
42	NC_018414	AATATT	2	12	35247	35258	50 %	50 %	0 %	0 %	400403826
43	NC_018414	ATATCT	2	12	35832	35843	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400403827
44	NC_018414	TTTAAT	2	12	35955	35966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403827
45	NC_018414	ATTTAT	2	12	36496	36507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403828
46	NC_018414	AATTAA	2	12	37075	37086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403828
47	NC_018414	ATTTTT	2	12	37193	37204	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403828
48	NC_018414	TTAATT	2	12	37535	37546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403829
49	NC_018414	ATCTTT	2	12	39306	39317	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400403831
50	NC_018414	TATTAA	2	12	39378	39389	50 %	50 %	0 %	0 %	400403831
51	NC_018414	ATATTT	2	12	39436	39447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403831
52	NC_018414	AAAAAT	2	12	41566	41577	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403834
53	NC_018414	ATTACA	2	12	42072	42083	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400403834
54	NC_018414	TAAATT	2	12	42297	42308	50 %	50 %	0 %	0 %	400403834
55	NC_018414	TTTTAT	2	12	42330	42341	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403834
56	NC_018414	AAATTA	2	12	42665	42676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403835
57	NC_018414	TAAAGA	2	12	43264	43275	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400403835
58	NC_018414	ATTTCT	2	12	43905	43916	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400403837
59	NC_018414	TAAAAA	2	12	44137	44148	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403837
60	NC_018414	ATTTGT	2	12	44361	44372	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	400403837
61	NC_018414	TCATTT	2	12	44668	44679	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400403838
62	NC_018414	TAATAT	2	12	46984	46995	50 %	50 %	0 %	0 %	400403841
63	NC_018414	ATTCAA	2	12	47417	47428	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400403842
64	NC_018414	TAAAAA	2	12	47555	47566	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403842
65	NC_018414	CATTAA	2	12	48133	48144	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400403843
66	NC_018414	TAAATA	2	12	48457	48468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403843
67	NC_018414	AAAATA	2	12	49336	49347	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403844
68	NC_018414	AAAATA	2	12	49492	49503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403844
69	NC_018414	TAAAAA	2	12	49991	50002	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403844
70	NC_018414	ATTTCT	2	12	50500	50511	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400403845
71	NC_018414	TTAAAA	2	12	52736	52747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403847
72	NC_018414	TAAAAT	2	12	52906	52917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403848
73	NC_018414	ATAATT	2	12	53308	53319	50 %	50 %	0 %	0 %	400403849
74	NC_018414	TTTAAT	2	12	54066	54077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403849
75	NC_018414	TAAATA	2	12	54107	54118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403849
76	NC_018414	TAAAAT	2	12	55049	55060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403851
77	NC_018414	AAAATT	2	12	55168	55179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403852
78	NC_018414	TAAAAA	2	12	55716	55727	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403852
79	NC_018414	AATTAT	2	12	56409	56420	50 %	50 %	0 %	0 %	400403853
80	NC_018414	ATTTAA	2	12	56503	56514	50 %	50 %	0 %	0 %	400403853
81	NC_018414	TAAAAA	2	12	56528	56539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403853
82	NC_018414	TTTGGT	2	12	56652	56663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	400403853
83	NC_018414	TAAAAA	2	12	56752	56763	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403853
84	NC_018414	TTTTAT	2	12	58605	58616	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403856
85	NC_018414	AAAATT	3	18	58647	58664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403856
86	NC_018414	TCATAA	2	12	60047	60058	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400403858
87	NC_018414	TTTTAA	2	12	60315	60326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403858
88	NC_018414	ATTTAA	2	12	62577	62588	50 %	50 %	0 %	0 %	400403861
89	NC_018414	TAAAAT	2	12	64022	64033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403863
90	NC_018414	TAAAAT	2	12	65175	65186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403864
91	NC_018414	ATTTTA	2	12	65303	65314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403864
92	NC_018414	TAAAAA	2	12	65952	65963	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403864
93	NC_018414	TAAAAT	2	12	66422	66433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403866
94	NC_018414	ATATTA	2	12	66716	66727	50 %	50 %	0 %	0 %	400403866
95	NC_018414	GAAATT	2	12	66835	66846	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400403866
96	NC_018414	ATCAAA	2	12	66963	66974	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	400403866
97	NC_018414	ATTTTT	2	12	68166	68177	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403867
98	NC_018414	TTTAAA	2	12	68233	68244	50 %	50 %	0 %	0 %	400403867
99	NC_018414	AAATTT	2	12	68245	68256	50 %	50 %	0 %	0 %	400403867
100	NC_018414	ATTAGA	2	12	69431	69442	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400403869
101	NC_018414	TTAATA	2	12	69865	69876	50 %	50 %	0 %	0 %	400403869
102	NC_018414	TTAATA	2	12	70826	70837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018414	ATTAAT	2	12	70898	70909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018414	TAAATA	2	12	72161	72172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403871
105	NC_018414	CTTTTT	2	12	72268	72279	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	400403871
106	NC_018414	AATATA	2	12	72720	72731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403871
107	NC_018414	CAATTT	2	12	72936	72947	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_018414	TTTAAA	2	12	72952	72963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018414	TAAAGG	2	12	75070	75081	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	400403873
110	NC_018414	CAATTT	2	12	76812	76823	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400403874
111	NC_018414	TCAAAT	2	12	77246	77257	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400403874
112	NC_018414	TAAAAT	2	12	77389	77400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403874
113	NC_018414	ATTTTT	2	12	77858	77869	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403874
114	NC_018414	ATTAAA	2	12	79971	79982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403876
115	NC_018414	TCTATT	2	12	81607	81618	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400403878
116	NC_018414	TAAAAA	2	12	83020	83031	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400403880
117	NC_018414	AAAATT	2	12	84831	84842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403883
118	NC_018414	ATTTTT	2	12	85826	85837	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403885
119	NC_018414	TTATAT	2	12	85851	85862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400403885
120	NC_018414	ATTTTT	2	12	87429	87440	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018414	ATTATA	2	12	87524	87535	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018414	ATTTTT	2	12	87702	87713	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018414	TTTCAA	2	12	88716	88727	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400403889
124	NC_018414	TTAAAA	2	12	88961	88972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400403889
125	NC_018414	ATTTTT	2	12	89408	89419	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403890
126	NC_018414	TTTTAT	2	12	89963	89974	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400403891
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.