MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii CE isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018414	TAA	2	6	8160	8165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018414	ATT	3	9	8222	8230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018414	TAA	2	6	10522	10527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018414	ATT	2	6	10539	10544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018414	ATT	2	6	10550	10555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018414	AAT	2	6	10556	10561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018414	TAA	2	6	13079	13084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018414	CTA	2	6	13101	13106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018414	TAA	2	6	13109	13114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018414	TAA	2	6	13181	13186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018414	ATT	2	6	35456	35461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018414	CGG	2	6	35500	35505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018414	ATC	2	6	35559	35564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018414	ATG	3	9	35570	35578	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018414	AAT	2	6	39017	39022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018414	AAT	2	6	39042	39047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018414	TAT	3	9	39049	39057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018414	TAA	3	9	39058	39066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018414	ATT	2	6	39076	39081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018414	AGT	2	6	39176	39181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018414	ATC	2	6	39209	39214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018414	TAA	2	6	40608	40613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018414	TAT	2	6	46363	46368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018414	ATT	2	6	51992	51997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018414	TAA	2	6	52008	52013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018414	AAT	5	15	52058	52072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018414	TAT	2	6	52320	52325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018414	TAA	3	9	56834	56842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018414	GGT	2	6	60466	60471	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018414	TAA	2	6	60650	60655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018414	TGA	2	6	60675	60680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018414	ATT	3	9	60743	60751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018414	TTA	2	6	60766	60771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018414	TAA	2	6	60824	60829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018414	TAA	2	6	64544	64549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018414	TTA	2	6	68484	68489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018414	AAT	2	6	68490	68495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018414	ATA	2	6	68505	68510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018414	AAT	2	6	68540	68545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018414	TCT	2	6	68661	68666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018414	TAT	2	6	68704	68709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018414	ATT	2	6	68779	68784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018414	ATA	2	6	70455	70460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018414	ATA	3	9	70503	70511	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018414	TAA	2	6	70579	70584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018414	ATT	2	6	70603	70608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018414	ATT	2	6	70615	70620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018414	ATT	2	6	70655	70660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018414	TAT	2	6	70729	70734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018414	TGA	2	6	70738	70743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018414	ATA	2	6	70806	70811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018414	ATA	2	6	70839	70844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018414	GTA	2	6	70860	70865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018414	GAA	2	6	70877	70882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018414	ATA	2	6	70890	70895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018414	TAA	2	6	72806	72811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018414	TTA	2	6	72986	72991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018414	TAA	2	6	73002	73007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018414	AAT	2	6	87347	87352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018414	ATA	3	9	87554	87562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018414	ATT	2	6	87569	87574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018414	TAA	2	6	87593	87598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018414	TAT	2	6	87610	87615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018414	ATT	2	6	88355	88360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018414	TAA	2	6	88414	88419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018414	AAT	2	6	88508	88513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018414	TAA	2	6	88519	88524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018414	ATA	2	6	88543	88548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018414	ATT	2	6	98710	98715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018414	TAA	2	6	101384	101389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018414	TAA	2	6	101513	101518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018414	AAC	2	6	102406	102411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018414	ATT	2	6	109416	109421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018414	TAA	2	6	109502	109507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018414	ATT	3	9	109514	109522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018414	AAG	2	6	109628	109633	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018414	AGT	2	6	109691	109696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018414	AAC	2	6	109737	109742	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018414	ACG	2	6	109840	109845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018414	TGA	2	6	109920	109925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018414	CTC	2	6	110154	110159	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_018414	AGG	2	6	110171	110176	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018414	ATT	2	6	110248	110253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018414	CAT	2	6	110453	110458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_018414	GCC	2	6	110528	110533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_018414	TAA	2	6	110655	110660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018414	AAT	2	6	110717	110722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018414	TCT	2	6	110731	110736	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_018414	TAA	2	6	110840	110845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018414	ATT	2	6	110933	110938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018414	TTA	2	6	110963	110968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018414	ATT	3	9	111000	111008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018414	GAT	2	6	111087	111092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018414	ATT	2	6	111199	111204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018414	CTC	2	6	111222	111227	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_018414	AAT	2	6	111237	111242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018414	GCT	2	6	111333	111338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018414	CAT	2	6	111374	111379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018414	GTT	2	6	111423	111428	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018414	GAG	2	6	111579	111584	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018414	ATC	2	6	111631	111636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_018414	ATT	2	6	111679	111684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018414	TAA	2	6	111802	111807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018414	ATT	2	6	112053	112058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018414	ATT	2	6	112072	112077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018414	ATT	2	6	112082	112087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018414	ACT	2	6	112134	112139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018414	TAG	2	6	112232	112237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018414	TAT	2	6	112257	112262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018414	CAT	2	6	112312	112317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_018414	ATT	2	6	112357	112362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018414	TAA	3	9	112451	112459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018414	ATT	2	6	112464	112469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018414	AAT	2	6	112608	112613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018414	TAT	2	6	112659	112664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018414	ATG	2	6	112702	112707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018414	CGT	2	6	112714	112719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_018414	TCC	2	6	112728	112733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_018414	ATT	2	6	112756	112761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018414	TAA	2	6	112770	112775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018414	GAC	2	6	112834	112839	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018414	GCA	2	6	112846	112851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018414	TAT	2	6	112876	112881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018414	TAA	2	6	112885	112890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018414	AAT	2	6	113058	113063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018414	TTC	2	6	113064	113069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_018414	TAT	2	6	113078	113083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018414	TCT	2	6	113267	113272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_018414	TAA	2	6	113319	113324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018414	GCT	2	6	113412	113417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_018414	CTT	2	6	113437	113442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_018414	TTC	3	9	113484	113492	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018414	CTT	2	6	113524	113529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018414	CTG	2	6	113583	113588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_018414	GTT	2	6	113629	113634	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018414	ATT	2	6	113759	113764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018414	GCT	2	6	113829	113834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_018414	GCC	2	6	113878	113883	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_018414	TAT	2	6	113929	113934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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141	NC_018414	TAA	2	6	113977	113982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_018414	TTA	2	6	149859	149864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.