MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 450

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018299	GGC	2	6	3966	3971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018299	GGA	2	6	3982	3987	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018299	CCG	2	6	4056	4061	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_018299	GGT	2	6	4085	4090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018299	GAT	2	6	4134	4139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018299	CGG	2	6	4150	4155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018299	TGA	2	6	4162	4167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018299	ATC	2	6	4172	4177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018299	GCT	2	6	5634	5639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018299	CCT	2	6	5657	5662	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_018299	GAA	2	6	6190	6195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018299	TCG	2	6	6200	6205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018299	TGC	2	6	9216	9221	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018299	CTC	2	6	11502	11507	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_018299	CAT	2	6	11529	11534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018299	AAG	2	6	11555	11560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018299	CGG	2	6	11629	11634	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_018299	GCC	2	6	11645	11650	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_018299	CAG	2	6	11692	11697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_018299	GCC	3	9	12005	12013	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_018299	CGG	2	6	12072	12077	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018299	CTG	2	6	12131	12136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_018299	CGA	2	6	12184	12189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018299	TCC	2	6	12567	12572	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_018299	CCG	4	12	12622	12633	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_018299	GAT	2	6	12748	12753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018299	GAT	2	6	12833	12838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018299	TCC	2	6	12849	12854	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_018299	CGC	2	6	14191	14196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_018299	CAT	2	6	14272	14277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_018299	CTG	2	6	14324	14329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018299	GTC	2	6	14392	14397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018299	ACG	2	6	14840	14845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018299	AAG	2	6	15621	15626	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018299	TCC	2	6	21497	21502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_018299	ATG	2	6	21608	21613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018299	GCC	2	6	21691	21696	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_018299	TGA	2	6	21728	21733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018299	CGG	3	9	21770	21778	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_018299	TCC	2	6	22428	22433	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_018299	TCG	2	6	22465	22470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018299	GCA	2	6	22929	22934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018299	TCC	2	6	23454	23459	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_018299	CGC	2	6	23522	23527	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_018299	GCC	2	6	23564	23569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_018299	TCG	2	6	27783	27788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018299	AGC	2	6	27882	27887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018299	GCC	2	6	27920	27925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_018299	TCG	2	6	27972	27977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018299	CAC	2	6	28260	28265	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_018299	AGA	2	6	28268	28273	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018299	CGC	2	6	28992	28997	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_018299	CTT	2	6	29022	29027	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_018299	TCA	2	6	33666	33671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_018299	CCG	2	6	33674	33679	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_018299	CAA	2	6	33718	33723	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018299	GAT	2	6	33791	33796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018299	TCG	2	6	33813	33818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_018299	TAT	2	6	35129	35134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018299	GGC	2	6	35153	35158	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018299	CGT	2	6	35204	35209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018299	ATA	2	6	37696	37701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018299	ATT	2	6	38502	38507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018299	CGA	2	6	38532	38537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_018299	GCC	2	6	38743	38748	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_018299	TGC	2	6	40988	40993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018299	ATC	2	6	41028	41033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018299	GCT	2	6	41113	41118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018299	TGC	2	6	41745	41750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018299	AGG	2	6	41775	41780	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018299	GTC	2	6	43683	43688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_018299	GCC	2	6	45815	45820	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_018299	CGG	2	6	45871	45876	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018299	CGG	2	6	45888	45893	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018299	CTT	2	6	45984	45989	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018299	CGC	2	6	45998	46003	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_018299	GCG	2	6	46005	46010	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018299	CCG	2	6	46062	46067	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_018299	CTG	2	6	47179	47184	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018299	CTT	2	6	47217	47222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_018299	TCG	2	6	47261	47266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_018299	ACG	2	6	47267	47272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_018299	GGC	2	6	47285	47290	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018299	CGA	2	6	47511	47516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_018299	TAC	2	6	47532	47537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_018299	GAG	2	6	47570	47575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018299	GCA	2	6	48339	48344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_018299	ATG	2	6	48465	48470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018299	GAA	2	6	50027	50032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018299	CCG	2	6	50175	50180	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_018299	GGA	2	6	50209	50214	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018299	ATG	2	6	50273	50278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018299	CGC	2	6	50279	50284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_018299	CGC	2	6	50498	50503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_018299	GCT	2	6	50516	50521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_018299	CGC	2	6	50647	50652	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_018299	AAG	2	6	50737	50742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018299	GCA	2	6	50798	50803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018299	TGC	2	6	50920	50925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_018299	TCT	2	6	51044	51049	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018299	CTG	2	6	51088	51093	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_018299	GAT	2	6	51100	51105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018299	AGC	2	6	51209	51214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_018299	ACG	2	6	51239	51244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018299	GCT	2	6	51272	51277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_018299	CTC	2	6	51316	51321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_018299	GCC	2	6	51491	51496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_018299	GGC	2	6	52256	52261	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_018299	CAT	2	6	52276	52281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_018299	CCG	2	6	52323	52328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_018299	CCA	3	9	52403	52411	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_018299	CCG	2	6	52467	52472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_018299	GGC	3	9	53377	53385	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018299	TCT	2	6	53458	53463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_018299	AGG	2	6	54301	54306	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018299	GGA	2	6	54675	54680	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018299	GCC	2	6	54682	54687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_018299	GGC	2	6	54722	54727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_018299	CGC	2	6	57611	57616	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_018299	ATG	2	6	57623	57628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018299	CAG	2	6	57632	57637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018299	CGG	2	6	57693	57698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018299	CAC	2	6	58058	58063	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_018299	CTT	2	6	58329	58334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018299	CTG	2	6	58367	58372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_018299	GCG	2	6	58559	58564	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_018299	AGG	2	6	58580	58585	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018299	ATC	2	6	58636	58641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_018299	CCG	2	6	58701	58706	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_018299	CGG	2	6	58767	58772	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_018299	CGC	2	6	58812	58817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_018299	ATC	2	6	58835	58840	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018299	CAT	2	6	58950	58955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018299	CGC	2	6	60443	60448	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_018299	CAC	2	6	60485	60490	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_018299	TAT	2	6	70134	70139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018299	TCC	2	6	70212	70217	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_018299	GTT	2	6	73222	73227	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018299	TTG	2	6	73228	73233	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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405	NC_018299	CCT	2	6	232341	232346	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
406	NC_018299	CCT	2	6	232369	232374	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
407	NC_018299	TCA	2	6	232475	232480	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
408	NC_018299	TCC	2	6	233440	233445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
409	NC_018299	AAT	2	6	233501	233506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
410	NC_018299	GTA	2	6	233541	233546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
411	NC_018299	TTG	2	6	233704	233709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
412	NC_018299	GCT	2	6	234781	234786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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414	NC_018299	TGC	2	6	234841	234846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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418	NC_018299	TCG	2	6	236358	236363	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
419	NC_018299	ACC	2	6	238643	238648	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
420	NC_018299	CGC	2	6	238653	238658	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
421	NC_018299	CAA	2	6	238892	238897	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
422	NC_018299	GTC	2	6	238977	238982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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426	NC_018299	GTC	2	6	241766	241771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
427	NC_018299	GCG	2	6	241772	241777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
428	NC_018299	TTC	2	6	241846	241851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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430	NC_018299	CCT	2	6	242039	242044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
431	NC_018299	TTA	2	6	242078	242083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_018299	TGC	2	6	242260	242265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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435	NC_018299	CGT	2	6	246141	246146	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
436	NC_018299	GGT	2	6	246190	246195	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
437	NC_018299	CGC	2	6	246279	246284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
438	NC_018299	CTG	2	6	246301	246306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
439	NC_018299	GAG	2	6	246308	246313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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450	NC_018299	AAT	2	6	247997	248002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.