MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 69

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018294	CCCAAT	2	12	1923	1934	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_018294	ACGGAT	2	12	6834	6845	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995018
3	NC_018294	TATCAA	2	12	14040	14051	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	399995030
4	NC_018294	CTCGAT	2	12	16658	16669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995034
5	NC_018294	GGCTTC	2	12	23801	23812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995044
6	NC_018294	AAAGAA	2	12	28256	28267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	399995050
7	NC_018294	GTATCC	2	12	29558	29569	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995051
8	NC_018294	GATGCA	2	12	30589	30600	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995052
9	NC_018294	TTCCAA	2	12	35721	35732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995057
10	NC_018294	TTGTAT	2	12	38696	38707	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018294	AGCGGC	2	12	39661	39672	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018294	AGCGAA	2	12	43688	43699	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995064
13	NC_018294	TCGGCC	2	12	51942	51953	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995074
14	NC_018294	CAGCGC	2	12	53879	53890	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995077
15	NC_018294	TCGCGC	2	12	67992	68003	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995089
16	NC_018294	ATGACG	2	12	71975	71986	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018294	GGCGCA	2	12	72721	72732	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995095
18	NC_018294	GGTTGG	2	12	86145	86156	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995108
19	NC_018294	GCTCAA	2	12	95560	95571	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995118
20	NC_018294	GTCCTC	2	12	97696	97707	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_018294	TCGCAG	2	12	98435	98446	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018294	CCTCGA	2	12	103175	103186	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995127
23	NC_018294	GCATCG	2	12	105382	105393	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995129
24	NC_018294	GCTTCC	2	12	107530	107541	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_018294	CCTTCA	2	12	109828	109839	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	399995137
26	NC_018294	ACATTG	2	12	109864	109875	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	399995137
27	NC_018294	CAGGAA	2	12	112495	112506	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995140
28	NC_018294	CGATGC	2	12	118404	118415	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995143
29	NC_018294	GCGAAC	2	12	131193	131204	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018294	TCCGCG	2	12	132833	132844	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995158
31	NC_018294	CAAGCT	2	12	133332	133343	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995158
32	NC_018294	CCGAAG	2	12	141485	141496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995165
33	NC_018294	GATCTC	2	12	143873	143884	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018294	CGAAGC	2	12	152853	152864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995178
35	NC_018294	GTCCTC	2	12	153256	153267	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995178
36	NC_018294	GCGATC	2	12	154135	154146	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995179
37	NC_018294	CGCCGG	2	12	154218	154229	0 %	0 %	50 %	50 %	399995179
38	NC_018294	CCTCGA	2	12	160609	160620	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995183
39	NC_018294	TCGAAC	2	12	162145	162156	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995184
40	NC_018294	CGAGCA	2	12	166877	166888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995188
41	NC_018294	CGGCCT	2	12	167150	167161	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995188
42	NC_018294	GTTGCC	2	12	168280	168291	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995189
43	NC_018294	CCCTTG	3	18	179243	179260	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_018294	GGCGTC	2	12	179502	179513	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018294	CTTGAC	2	12	188817	188828	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995211
46	NC_018294	GGACAA	2	12	189206	189217	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995211
47	NC_018294	TTGGAA	2	12	197143	197154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995221
48	NC_018294	CGATGC	2	12	198193	198204	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995223
49	NC_018294	TGCGGG	2	12	200118	200129	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_018294	GCATTC	2	12	202284	202295	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995228
51	NC_018294	TCACAA	2	12	202605	202616	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	399995229
52	NC_018294	GGCCCA	2	12	203726	203737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995229
53	NC_018294	AAAGGC	2	12	204446	204457	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995230
54	NC_018294	TCGCCG	2	12	205501	205512	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995230
55	NC_018294	CAGGAA	2	12	206655	206666	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995231
56	NC_018294	GCCCGC	2	12	207844	207855	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995233
57	NC_018294	GCCCGC	2	12	208491	208502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995234
58	NC_018294	TGGCGA	2	12	208843	208854	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995234
59	NC_018294	GTTCGA	2	12	214408	214419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	399995241
60	NC_018294	CGACCG	2	12	220951	220962	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995249
61	NC_018294	ATCTCG	2	12	236605	236616	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995268
62	NC_018294	CCGCTG	2	12	240966	240977	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995273
63	NC_018294	TCGCCA	2	12	243450	243461	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_018294	TGCGCT	2	12	244319	244330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995275
65	NC_018294	GAGCAG	2	12	268057	268068	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995301
66	NC_018294	TCCTGC	2	12	268544	268555	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_018294	CACCAT	2	12	270265	270276	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	399995303
68	NC_018294	TTCGTC	2	12	272890	272901	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018294	AGGCGC	2	12	273674	273685	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995309

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.