MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018294	CGGCC	2	10	3366	3375	0 %	0 %	40 %	60 %	399995013
2	NC_018294	CGTGG	2	10	5781	5790	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_018294	CGGAG	2	10	5919	5928	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018294	ACCTT	2	10	7051	7060	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_018294	TCGCG	2	10	7881	7890	0 %	20 %	40 %	40 %	399995020
6	NC_018294	TGCCG	2	10	8602	8611	0 %	20 %	40 %	40 %	399995021
7	NC_018294	GTTCG	2	10	9771	9780	0 %	40 %	40 %	20 %	399995023
8	NC_018294	GATCA	2	10	10347	10356	40 %	20 %	20 %	20 %	399995024
9	NC_018294	CCGGC	2	10	10578	10587	0 %	0 %	40 %	60 %	399995025
10	NC_018294	GACCG	2	10	13443	13452	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_018294	AAGGG	2	10	13468	13477	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018294	CCAAC	2	10	13891	13900	40 %	0 %	0 %	60 %	399995030
13	NC_018294	GACGA	2	10	15666	15675	40 %	0 %	40 %	20 %	399995032
14	NC_018294	GATCC	2	10	18272	18281	20 %	20 %	20 %	40 %	399995036
15	NC_018294	TGGCC	2	10	20883	20892	0 %	20 %	40 %	40 %	399995039
16	NC_018294	TGATC	2	10	23760	23769	20 %	40 %	20 %	20 %	399995044
17	NC_018294	TTTCG	2	10	25650	25659	0 %	60 %	20 %	20 %	399995047
18	NC_018294	GCCCT	2	10	26011	26020	0 %	20 %	20 %	60 %	399995048
19	NC_018294	TTCTT	2	10	26435	26444	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018294	GACGG	2	10	28156	28165	20 %	0 %	60 %	20 %	399995050
21	NC_018294	CATTT	2	10	28607	28616	20 %	60 %	0 %	20 %	399995051
22	NC_018294	CAGCA	2	10	30721	30730	40 %	0 %	20 %	40 %	399995052
23	NC_018294	CTCTT	2	10	31701	31710	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_018294	GTCGC	2	10	36052	36061	0 %	20 %	40 %	40 %	399995057
25	NC_018294	TTGGT	2	10	36867	36876	0 %	60 %	40 %	0 %	399995057
26	NC_018294	CACGC	2	10	39799	39808	20 %	0 %	20 %	60 %	399995061
27	NC_018294	GCTGG	2	10	41040	41049	0 %	20 %	60 %	20 %	399995062
28	NC_018294	TGATG	2	10	41359	41368	20 %	40 %	40 %	0 %	399995062
29	NC_018294	CGGAA	2	10	41587	41596	40 %	0 %	40 %	20 %	399995063
30	NC_018294	GCGTC	2	10	41713	41722	0 %	20 %	40 %	40 %	399995063
31	NC_018294	GATCC	2	10	42242	42251	20 %	20 %	20 %	40 %	399995063
32	NC_018294	CAATA	2	10	43797	43806	60 %	20 %	0 %	20 %	399995064
33	NC_018294	CGACT	2	10	44328	44337	20 %	20 %	20 %	40 %	399995064
34	NC_018294	TCGGT	2	10	45821	45830	0 %	40 %	40 %	20 %	399995066
35	NC_018294	GCTTT	2	10	46877	46886	0 %	60 %	20 %	20 %	399995067
36	NC_018294	CGCAG	2	10	48028	48037	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_018294	TCGGC	2	10	48486	48495	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_018294	AGCTG	2	10	48513	48522	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018294	ATCTG	2	10	48786	48795	20 %	40 %	20 %	20 %	399995069
40	NC_018294	AGGAG	2	10	49277	49286	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018294	CCATC	2	10	53021	53030	20 %	20 %	0 %	60 %	399995075
42	NC_018294	GTTCC	2	10	55171	55180	0 %	40 %	20 %	40 %	399995078
43	NC_018294	CGGCG	2	10	57413	57422	0 %	0 %	60 %	40 %	399995079
44	NC_018294	TTGAA	2	10	60606	60615	40 %	40 %	20 %	0 %	399995081
45	NC_018294	CATGA	2	10	61958	61967	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_018294	GAGCG	2	10	65551	65560	20 %	0 %	60 %	20 %	399995086
47	NC_018294	GAACA	2	10	66321	66330	60 %	0 %	20 %	20 %	399995087
48	NC_018294	GATCG	2	10	68392	68401	20 %	20 %	40 %	20 %	399995090
49	NC_018294	ATTGG	2	10	68954	68963	20 %	40 %	40 %	0 %	399995090
50	NC_018294	AACGT	2	10	71166	71175	40 %	20 %	20 %	20 %	399995093
51	NC_018294	ACTAT	2	10	71785	71794	40 %	40 %	0 %	20 %	399995094
52	NC_018294	GCGAG	2	10	72074	72083	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018294	AGTTC	2	10	72557	72566	20 %	40 %	20 %	20 %	399995095
54	NC_018294	GCTGA	2	10	72872	72881	20 %	20 %	40 %	20 %	399995095
55	NC_018294	GAAAT	2	10	72886	72895	60 %	20 %	20 %	0 %	399995095
56	NC_018294	CATCC	2	10	73836	73845	20 %	20 %	0 %	60 %	399995096
57	NC_018294	GCGAA	2	10	73970	73979	40 %	0 %	40 %	20 %	399995096
58	NC_018294	TGCGA	2	10	75114	75123	20 %	20 %	40 %	20 %	399995097
59	NC_018294	TCTGG	2	10	75693	75702	0 %	40 %	40 %	20 %	399995099
60	NC_018294	CCGCG	2	10	76762	76771	0 %	0 %	40 %	60 %	399995100
61	NC_018294	GCATT	2	10	80468	80477	20 %	40 %	20 %	20 %	399995103
62	NC_018294	GCCTT	2	10	81453	81462	0 %	40 %	20 %	40 %	399995104
63	NC_018294	CGCGA	2	10	81965	81974	20 %	0 %	40 %	40 %	399995104
64	NC_018294	GCGAC	2	10	82267	82276	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_018294	GCCGA	2	10	83207	83216	20 %	0 %	40 %	40 %	399995105
66	NC_018294	CGAGG	2	10	83396	83405	20 %	0 %	60 %	20 %	399995105
67	NC_018294	CAGCG	2	10	84644	84653	20 %	0 %	40 %	40 %	399995106
68	NC_018294	ATCCA	2	10	85205	85214	40 %	20 %	0 %	40 %	399995106
69	NC_018294	GCGCC	2	10	85364	85373	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
70	NC_018294	GCCTG	2	10	86158	86167	0 %	20 %	40 %	40 %	399995108
71	NC_018294	CAGGA	2	10	86539	86548	40 %	0 %	40 %	20 %	399995108
72	NC_018294	GATCG	2	10	87753	87762	20 %	20 %	40 %	20 %	399995109
73	NC_018294	AAGCG	2	10	89909	89918	40 %	0 %	40 %	20 %	399995111
74	NC_018294	GCCTA	2	10	90682	90691	20 %	20 %	20 %	40 %	399995111
75	NC_018294	TGCGG	2	10	91799	91808	0 %	20 %	60 %	20 %	399995113
76	NC_018294	GCATC	2	10	92702	92711	20 %	20 %	20 %	40 %	399995114
77	NC_018294	TCATG	2	10	93258	93267	20 %	40 %	20 %	20 %	399995115
78	NC_018294	GCATT	2	10	105070	105079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018294	GAAAA	2	10	106862	106871	80 %	0 %	20 %	0 %	399995130
80	NC_018294	TCGTG	2	10	108188	108197	0 %	40 %	40 %	20 %	399995133
81	NC_018294	CCGAC	2	10	109046	109055	20 %	0 %	20 %	60 %	399995135
82	NC_018294	ACCAC	2	10	109378	109387	40 %	0 %	0 %	60 %	399995135
83	NC_018294	GTGGC	2	10	110775	110784	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018294	GAGCC	2	10	111224	111233	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_018294	CGATG	2	10	112539	112548	20 %	20 %	40 %	20 %	399995140
86	NC_018294	CCGGC	2	10	113127	113136	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
87	NC_018294	CCGGC	2	10	113496	113505	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
88	NC_018294	CCGGC	2	10	113865	113874	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
89	NC_018294	CCGGC	2	10	114234	114243	0 %	0 %	40 %	60 %	399995140
90	NC_018294	CGAGC	2	10	115260	115269	20 %	0 %	40 %	40 %	399995140
91	NC_018294	CGAGC	2	10	115893	115902	20 %	0 %	40 %	40 %	399995140
92	NC_018294	AATCC	2	10	117560	117569	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_018294	GCTTT	2	10	119518	119527	0 %	60 %	20 %	20 %	399995144
94	NC_018294	TCGTC	2	10	119966	119975	0 %	40 %	20 %	40 %	399995144
95	NC_018294	GCCGG	2	10	120397	120406	0 %	0 %	60 %	40 %	399995145
96	NC_018294	GCGCT	2	10	122701	122710	0 %	20 %	40 %	40 %	399995146
97	NC_018294	CAGCG	2	10	123623	123632	20 %	0 %	40 %	40 %	399995147
98	NC_018294	ATCCA	2	10	124184	124193	40 %	20 %	0 %	40 %	399995147
99	NC_018294	GACGA	2	10	128325	128334	40 %	0 %	40 %	20 %	399995152
100	NC_018294	AGGAC	2	10	130908	130917	40 %	0 %	40 %	20 %	399995155
101	NC_018294	CCGGA	2	10	132771	132780	20 %	0 %	40 %	40 %	399995158
102	NC_018294	GCAGC	2	10	133865	133874	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_018294	GCATC	2	10	135616	135625	20 %	20 %	20 %	40 %	399995161
104	NC_018294	CGGAA	2	10	140039	140048	40 %	0 %	40 %	20 %	399995164
105	NC_018294	TGCGC	2	10	140468	140477	0 %	20 %	40 %	40 %	399995164
106	NC_018294	TTGTG	2	10	140907	140916	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018294	GGCGT	2	10	140971	140980	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018294	CGTTC	2	10	142486	142495	0 %	40 %	20 %	40 %	399995166
109	NC_018294	GATAT	2	10	144954	144963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018294	CTCGG	2	10	145682	145691	0 %	20 %	40 %	40 %	399995170
111	NC_018294	ACGCG	2	10	145948	145957	20 %	0 %	40 %	40 %	399995170
112	NC_018294	TCGCC	2	10	147069	147078	0 %	20 %	20 %	60 %	399995171
113	NC_018294	CAGCG	2	10	149683	149692	20 %	0 %	40 %	40 %	399995174
114	NC_018294	ATCCA	2	10	150244	150253	40 %	20 %	0 %	40 %	399995174
115	NC_018294	GACCT	2	10	152307	152316	20 %	20 %	20 %	40 %	399995177
116	NC_018294	TGTTA	2	10	152432	152441	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018294	TGCAC	2	10	154370	154379	20 %	20 %	20 %	40 %	399995179
118	NC_018294	ACCGT	2	10	154450	154459	20 %	20 %	20 %	40 %	399995179
119	NC_018294	CGGAC	2	10	156387	156396	20 %	0 %	40 %	40 %	399995180
120	NC_018294	CCCTT	2	10	164539	164548	0 %	40 %	0 %	60 %	399995186
121	NC_018294	TTGCC	2	10	171613	171622	0 %	40 %	20 %	40 %	399995193
122	NC_018294	TTTCC	2	10	172623	172632	0 %	60 %	0 %	40 %	399995194
123	NC_018294	GGCGA	2	10	174053	174062	20 %	0 %	60 %	20 %	399995195
124	NC_018294	GTGTC	2	10	177032	177041	0 %	40 %	40 %	20 %	399995197
125	NC_018294	GCGCG	2	10	177513	177522	0 %	0 %	60 %	40 %	399995197
126	NC_018294	TGGCC	2	10	177576	177585	0 %	20 %	40 %	40 %	399995197
127	NC_018294	GTGCC	2	10	177672	177681	0 %	20 %	40 %	40 %	399995197
128	NC_018294	GATTG	2	10	178741	178750	20 %	40 %	40 %	0 %	399995199
129	NC_018294	CCGCA	2	10	179626	179635	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_018294	CAATT	2	10	179646	179655	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018294	TCAGT	2	10	179742	179751	20 %	40 %	20 %	20 %	399995201
132	NC_018294	GCCTT	2	10	183822	183831	0 %	40 %	20 %	40 %	399995206
133	NC_018294	TCGAT	2	10	186360	186369	20 %	40 %	20 %	20 %	399995210
134	NC_018294	AGCCC	2	10	193431	193440	20 %	0 %	20 %	60 %	399995217
135	NC_018294	GAAGA	2	10	193896	193905	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018294	ACCAA	2	10	195999	196008	60 %	0 %	0 %	40 %	399995221
137	NC_018294	GCGAC	2	10	196814	196823	20 %	0 %	40 %	40 %	399995221
138	NC_018294	GCTTT	2	10	199307	199316	0 %	60 %	20 %	20 %	399995224
139	NC_018294	TCGTC	2	10	199755	199764	0 %	40 %	20 %	40 %	399995224
140	NC_018294	AAGCG	2	10	201350	201359	40 %	0 %	40 %	20 %	399995226
141	NC_018294	TGCCG	2	10	201750	201759	0 %	20 %	40 %	40 %	399995226
142	NC_018294	GTTCG	2	10	203534	203543	0 %	40 %	40 %	20 %	399995229
143	NC_018294	CCCGG	2	10	204171	204180	0 %	0 %	40 %	60 %	399995229
144	NC_018294	GAACG	2	10	205335	205344	40 %	0 %	40 %	20 %	399995230
145	NC_018294	GCAGC	2	10	206844	206853	20 %	0 %	40 %	40 %	399995231
146	NC_018294	CGGCT	2	10	211591	211600	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
147	NC_018294	TGTGA	2	10	211789	211798	20 %	40 %	40 %	0 %	399995237
148	NC_018294	ACGCC	2	10	213730	213739	20 %	0 %	20 %	60 %	399995240
149	NC_018294	GCCGA	2	10	213927	213936	20 %	0 %	40 %	40 %	399995240
150	NC_018294	GGCTT	2	10	214148	214157	0 %	40 %	40 %	20 %	399995240
151	NC_018294	ATCGC	2	10	214269	214278	20 %	20 %	20 %	40 %	399995241
152	NC_018294	AAACA	2	10	216863	216872	80 %	0 %	0 %	20 %	399995244
153	NC_018294	GGCGC	2	10	217175	217184	0 %	0 %	60 %	40 %	399995246
154	NC_018294	CAGCG	2	10	217988	217997	20 %	0 %	40 %	40 %	399995247
155	NC_018294	ATCCA	2	10	218549	218558	40 %	20 %	0 %	40 %	399995247
156	NC_018294	TACGA	2	10	221204	221213	40 %	20 %	20 %	20 %	399995249
157	NC_018294	GGGAT	2	10	225033	225042	20 %	20 %	60 %	0 %	399995255
158	NC_018294	GTTCC	2	10	226876	226885	0 %	40 %	20 %	40 %	399995257
159	NC_018294	CGGCG	2	10	236068	236077	0 %	0 %	60 %	40 %	399995267
160	NC_018294	AGCCG	2	10	237361	237370	20 %	0 %	40 %	40 %	399995272
161	NC_018294	ACGGT	2	10	237626	237635	20 %	20 %	40 %	20 %	399995272
162	NC_018294	TCGGA	2	10	238388	238397	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
163	NC_018294	ATCGA	2	10	238842	238851	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_018294	CTTGC	2	10	239698	239707	0 %	40 %	20 %	40 %	399995273
165	NC_018294	CAACG	2	10	239977	239986	40 %	0 %	20 %	40 %	399995273
166	NC_018294	CACGC	2	10	240276	240285	20 %	0 %	20 %	60 %	399995273
167	NC_018294	CAGCG	2	10	241318	241327	20 %	0 %	40 %	40 %	399995274
168	NC_018294	GCGCC	2	10	242259	242268	0 %	0 %	40 %	60 %	399995274
169	NC_018294	CACAG	2	10	242300	242309	40 %	0 %	20 %	40 %	399995274
170	NC_018294	GCCGC	2	10	242539	242548	0 %	0 %	40 %	60 %	399995274
171	NC_018294	CGCAG	2	10	244079	244088	20 %	0 %	40 %	40 %	399995275
172	NC_018294	TAGCT	2	10	248021	248030	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_018294	CCGAC	2	10	249700	249709	20 %	0 %	20 %	60 %	399995281
174	NC_018294	TTCGA	2	10	250035	250044	20 %	40 %	20 %	20 %	399995282
175	NC_018294	ACGCT	2	10	253466	253475	20 %	20 %	20 %	40 %	399995285
176	NC_018294	GATCC	2	10	254152	254161	20 %	20 %	20 %	40 %	399995285
177	NC_018294	AGCAT	2	10	255173	255182	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
178	NC_018294	GCTGA	2	10	255225	255234	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
179	NC_018294	GGCAA	2	10	255877	255886	40 %	0 %	40 %	20 %	399995286
180	NC_018294	CGAGC	2	10	256871	256880	20 %	0 %	40 %	40 %	399995287
181	NC_018294	GAGAC	2	10	258831	258840	40 %	0 %	40 %	20 %	399995289
182	NC_018294	GAACG	2	10	259649	259658	40 %	0 %	40 %	20 %	399995290
183	NC_018294	ATAAG	2	10	265930	265939	60 %	20 %	20 %	0 %	399995297
184	NC_018294	GGACA	2	10	267823	267832	40 %	0 %	40 %	20 %	399995301
185	NC_018294	TGGCG	2	10	268185	268194	0 %	20 %	60 %	20 %	399995301
186	NC_018294	GCTGA	2	10	268358	268367	20 %	20 %	40 %	20 %	399995301
187	NC_018294	GATGC	2	10	271058	271067	20 %	20 %	40 %	20 %	399995304
188	NC_018294	CATCG	2	10	271878	271887	20 %	20 %	20 %	40 %	399995304
189	NC_018294	CGATG	2	10	272936	272945	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.