MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 177

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018294	AACC	2	8	1884	1891	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_018294	CGAT	2	8	1906	1913	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_018294	TCCC	2	8	7140	7147	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
4	NC_018294	TGCT	2	8	7437	7444	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018294	CGTC	2	8	7489	7496	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_018294	CAAG	2	8	7636	7643	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018294	ATAA	2	8	12097	12104	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018294	GGGC	2	8	13481	13488	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_018294	CTTC	2	8	20135	20142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_018294	TATC	2	8	21307	21314	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_018294	ACCC	2	8	21337	21344	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_018294	ATCT	2	8	21368	21375	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_018294	TTCG	2	8	23423	23430	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_018294	GCTG	2	8	24171	24178	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_018294	GTTT	2	8	24355	24362	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018294	TCGG	2	8	24366	24373	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_018294	TTAA	2	8	27921	27928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018294	CGCC	2	8	27962	27969	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
19	NC_018294	TGCG	2	8	28539	28546	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_018294	GAGC	2	8	31654	31661	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_018294	CTCC	2	8	38006	38013	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_018294	GCCT	2	8	38210	38217	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_018294	GAAC	2	8	38954	38961	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_018294	CTGA	2	8	44746	44753	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_018294	GTTT	2	8	45032	45039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018294	GCAC	2	8	47003	47010	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_018294	CTGC	2	8	47036	47043	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_018294	GCCT	2	8	47122	47129	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_018294	CGGA	2	8	47141	47148	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_018294	TGGA	2	8	47273	47280	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018294	GGAA	2	8	47361	47368	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018294	CCGG	2	8	48175	48182	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_018294	CGCA	2	8	48584	48591	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_018294	TGAA	2	8	49437	49444	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018294	CGTT	2	8	49467	49474	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_018294	CGCA	2	8	50005	50012	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_018294	TCTT	2	8	50367	50374	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_018294	GATC	2	8	51214	51221	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_018294	CGTT	2	8	52259	52266	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_018294	AGCG	2	8	52319	52326	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_018294	GCAC	2	8	52377	52384	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_018294	GACC	2	8	52525	52532	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_018294	GCCG	2	8	52668	52675	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_018294	TCGA	2	8	52920	52927	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_018294	CCCG	2	8	54631	54638	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
46	NC_018294	GTTC	2	8	54878	54885	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_018294	GCCT	2	8	56825	56832	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_018294	GCAC	2	8	56842	56849	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_018294	GCAC	2	8	60996	61003	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018294	GCGA	2	8	61146	61153	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_018294	CGAA	2	8	61838	61845	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_018294	TGCT	2	8	62779	62786	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_018294	GGCT	2	8	62874	62881	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_018294	CTGG	2	8	63063	63070	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_018294	CGAT	2	8	63197	63204	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_018294	GCAC	2	8	63303	63310	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_018294	CCAT	2	8	63548	63555	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_018294	TAGC	2	8	73043	73050	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_018294	GCCA	2	8	83590	83597	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_018294	TCGA	2	8	83672	83679	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_018294	TCCT	2	8	87459	87466	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_018294	CCAG	2	8	89210	89217	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_018294	CCGG	2	8	91009	91016	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_018294	CAAA	2	8	96676	96683	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_018294	ATTG	2	8	97445	97452	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018294	AACC	2	8	97875	97882	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_018294	GTCT	2	8	99084	99091	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_018294	CTTT	2	8	103538	103545	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_018294	CGGC	2	8	103870	103877	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_018294	AGCC	2	8	107121	107128	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_018294	GACA	2	8	107749	107756	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_018294	GCAG	2	8	110729	110736	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_018294	TTCC	2	8	112029	112036	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_018294	ATCC	2	8	116260	116267	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_018294	GGCA	2	8	116346	116353	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_018294	TGTT	2	8	116405	116412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018294	CCCG	2	8	116832	116839	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
78	NC_018294	CTTC	2	8	117306	117313	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_018294	TCAA	2	8	117625	117632	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_018294	AACT	2	8	121397	121404	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_018294	GGGC	2	8	121525	121532	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
82	NC_018294	CGAA	2	8	121536	121543	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_018294	TGGC	2	8	121679	121686	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_018294	GATC	2	8	126839	126846	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_018294	GCCC	2	8	127816	127823	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NC_018294	CAAA	3	12	129287	129298	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_018294	GAAG	2	8	129403	129410	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018294	GAGC	2	8	130506	130513	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_018294	CAGA	2	8	131684	131691	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_018294	GCTG	2	8	131824	131831	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_018294	GAGC	2	8	133722	133729	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_018294	CGAC	2	8	134428	134435	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_018294	TTGT	2	8	134684	134691	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018294	CAGC	2	8	136255	136262	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_018294	CGGG	2	8	137837	137844	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
96	NC_018294	CTTT	2	8	139271	139278	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_018294	GTTT	2	8	142320	142327	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018294	GATT	2	8	143779	143786	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018294	TCGC	2	8	143969	143976	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_018294	ATTG	2	8	144042	144049	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018294	CCAT	2	8	144472	144479	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_018294	TTGT	2	8	144887	144894	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018294	GGAG	2	8	145252	145259	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018294	CCCG	2	8	148515	148522	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
105	NC_018294	AAGG	2	8	152468	152475	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018294	GATC	2	8	152752	152759	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_018294	CGGC	2	8	156670	156677	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_018294	CTTT	2	8	160972	160979	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_018294	TGTC	2	8	161272	161279	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_018294	CTGT	2	8	168968	168975	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_018294	TGAA	2	8	174545	174552	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018294	GGAT	2	8	174576	174583	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018294	ATTG	2	8	174631	174638	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018294	CCGA	2	8	178238	178245	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_018294	TCCC	2	8	179889	179896	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_018294	CAAA	2	8	182424	182431	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_018294	CGTT	2	8	187622	187629	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_018294	TGGC	2	8	187749	187756	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_018294	GCTC	2	8	188038	188045	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_018294	GGCC	2	8	188210	188217	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
121	NC_018294	CACG	2	8	188333	188340	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_018294	CAAA	2	8	192225	192232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_018294	CGGG	2	8	193802	193809	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
124	NC_018294	CCGG	2	8	194008	194015	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_018294	TCAA	2	8	194596	194603	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_018294	TGGA	2	8	200044	200051	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018294	CGCA	2	8	200078	200085	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_018294	TTGT	2	8	200793	200800	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018294	GGTT	2	8	210547	210554	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018294	ACTG	2	8	211447	211454	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_018294	ACGA	2	8	216099	216106	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_018294	TCCG	2	8	218886	218893	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_018294	AGAC	2	8	219228	219235	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_018294	GCTT	2	8	219642	219649	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_018294	GTCC	2	8	222035	222042	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_018294	CGGC	2	8	222318	222325	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_018294	CAAA	2	8	226225	226232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_018294	TCCA	2	8	226287	226294	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_018294	CCCG	2	8	226336	226343	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
140	NC_018294	GTTC	2	8	226583	226590	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_018294	CCTT	2	8	228824	228831	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_018294	ACCG	2	8	229182	229189	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_018294	ACCA	2	8	229426	229433	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_018294	CGGG	2	8	233144	233151	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
145	NC_018294	CAGG	2	8	234390	234397	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_018294	TGAG	2	8	236692	236699	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018294	ATTG	2	8	236984	236991	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018294	GCTC	2	8	238351	238358	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_018294	GGCC	2	8	238597	238604	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NC_018294	GCCG	2	8	238682	238689	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_018294	CTGG	2	8	243500	243507	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_018294	GCAC	2	8	243610	243617	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NC_018294	TGGC	2	8	244984	244991	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_018294	GTCG	2	8	245193	245200	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NC_018294	CGGG	2	8	246828	246835	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
156	NC_018294	TCAA	2	8	248107	248114	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
157	NC_018294	CGGT	2	8	251392	251399	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
158	NC_018294	TTCG	2	8	251456	251463	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NC_018294	GCGG	2	8	252025	252032	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
160	NC_018294	GCGA	2	8	252332	252339	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
161	NC_018294	GCCT	2	8	252425	252432	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
162	NC_018294	ATTG	2	8	253234	253241	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
163	NC_018294	TGAC	2	8	257427	257434	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
164	NC_018294	CCGT	2	8	258766	258773	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
165	NC_018294	GTTG	2	8	260118	260125	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_018294	AGTG	2	8	260139	260146	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
167	NC_018294	ATTG	2	8	260254	260261	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
168	NC_018294	GCCA	2	8	260365	260372	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
169	NC_018294	CGGG	2	8	262692	262699	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
170	NC_018294	GATG	2	8	264607	264614	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_018294	TTGC	2	8	265580	265587	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
172	NC_018294	ATTT	2	8	266029	266036	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_018294	ATGG	2	8	268680	268687	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
174	NC_018294	ATCG	2	8	273242	273249	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
175	NC_018294	GGCC	2	8	273364	273371	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
176	NC_018294	TGTT	2	8	274345	274352	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
177	NC_018294	TCGA	2	8	275378	275385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.