MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanoculleus bourgensis MS2

Total Repeats: 434

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018227	TCCTG	2	10	397	406	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_018227	CTGTT	2	10	4395	4404	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_018227	CGGGA	2	10	12633	12642	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018227	TCGGA	2	10	17746	17755	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018227	GCCGG	2	10	17809	17818	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018227	CGGGG	2	10	33892	33901	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
7	NC_018227	TCTGG	2	10	46262	46271	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018227	GGTCA	2	10	59005	59014	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_018227	AGGGG	2	10	64492	64501	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018227	AGGGG	2	10	64792	64801	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018227	CCGGG	2	10	79234	79243	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_018227	TAATG	2	10	82980	82989	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018227	CCCCT	2	10	85537	85546	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
14	NC_018227	TGGGG	2	10	100368	100377	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018227	GGGCA	2	10	101778	101787	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018227	AGGGG	2	10	106699	106708	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018227	CCCCT	2	10	122913	122922	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_018227	GGGTG	2	10	131157	131166	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018227	AGGGG	2	10	131200	131209	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018227	TTCGC	2	10	131244	131253	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_018227	GCTCC	2	10	131324	131333	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_018227	TCGCT	2	10	131370	131379	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_018227	GACTA	2	10	137698	137707	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_018227	CCCTC	2	10	153906	153915	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
25	NC_018227	GGGAG	2	10	166338	166347	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018227	AAGAT	2	10	178862	178871	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018227	CCCCT	2	10	179000	179009	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
28	NC_018227	CCTTC	2	10	197465	197474	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
29	NC_018227	CACCC	2	10	227483	227492	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
30	NC_018227	ACTGT	2	10	231265	231274	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018227	CGGGG	2	10	231753	231762	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
32	NC_018227	CCACC	2	10	234444	234453	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
33	NC_018227	CCGGT	2	10	244724	244733	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_018227	GCCCT	2	10	251863	251872	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_018227	CCTGG	2	10	253069	253078	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_018227	GGGGA	2	10	261504	261513	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018227	TATTT	2	10	284252	284261	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018227	TCCCG	2	10	292706	292715	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_018227	CCCCG	2	10	293208	293217	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
40	NC_018227	ATTCA	2	10	325526	325535	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018227	TTTGG	2	10	332990	332999	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018227	TGCCG	2	10	334332	334341	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_018227	GGGGA	2	10	335680	335689	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018227	CCCCT	2	10	336203	336212	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
45	NC_018227	GATCG	2	10	336390	336399	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_018227	GGTCG	2	10	347875	347884	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018227	CCGTG	2	10	347892	347901	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_018227	CCCCT	2	10	349271	349280	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_018227	AGGGG	2	10	358300	358309	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018227	AAGGT	2	10	365167	365176	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018227	CCTGG	2	10	381207	381216	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_018227	AACGA	2	10	401507	401516	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018227	GGGAG	2	10	412477	412486	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018227	ATCGG	2	10	415000	415009	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018227	AGGTG	2	10	431525	431534	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018227	CGGGG	2	10	433323	433332	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018227	CGCAA	2	10	437053	437062	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_018227	TACCT	2	10	477004	477013	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_018227	TCACC	2	10	487920	487929	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_018227	ACCGA	2	10	498319	498328	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_018227	ACCTT	2	10	498914	498923	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_018227	CTTGA	2	10	499264	499273	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018227	TTGAA	2	10	515598	515607	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018227	TCCCC	2	10	526568	526577	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
65	NC_018227	CCGGC	2	10	530132	530141	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_018227	GATGC	2	10	554571	554580	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_018227	CCCGG	2	10	555137	555146	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
68	NC_018227	AGTCA	2	10	564234	564243	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018227	TGGTC	2	10	564422	564431	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018227	GTCTG	2	10	564816	564825	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018227	CATCT	2	10	573451	573460	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_018227	TGCAC	2	10	573790	573799	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_018227	TATAT	2	10	573863	573872	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018227	TCCTT	2	10	574216	574225	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_018227	AAAGA	2	10	580239	580248	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018227	GCCCG	2	10	581770	581779	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_018227	TCGGG	2	10	598337	598346	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018227	GGGTT	2	10	598384	598393	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018227	CCCCT	2	10	598525	598534	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
80	NC_018227	TACCT	2	10	602885	602894	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_018227	AGAAA	2	10	608113	608122	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018227	TGTAT	2	10	610341	610350	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018227	CCCCA	2	10	610540	610549	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
84	NC_018227	CCGCC	2	10	623827	623836	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
85	NC_018227	CCCCG	2	10	625800	625809	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
86	NC_018227	ATTTC	2	10	627939	627948	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018227	TATTT	2	10	638340	638349	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018227	TGGAA	2	10	643804	643813	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018227	TATAC	2	10	646850	646859	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018227	ACTAA	2	10	646913	646922	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018227	CTCGT	2	10	651473	651482	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_018227	AATAA	2	10	663200	663209	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018227	TGGCG	2	10	678706	678715	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018227	CATTG	2	10	698942	698951	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018227	GGCGA	2	10	702068	702077	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018227	GCCGG	2	10	702883	702892	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
97	NC_018227	GCTAC	2	10	710508	710517	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_018227	CTCTC	2	10	722960	722969	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_018227	CCGGG	2	10	727238	727247	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_018227	AATTC	2	10	735593	735602	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018227	CAGGA	2	10	740011	740020	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018227	GTGTT	2	10	741245	741254	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018227	CCCCT	2	10	742043	742052	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
104	NC_018227	GGGGC	2	10	775565	775574	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
105	NC_018227	GCCCT	2	10	779032	779041	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_018227	ATTTT	2	10	794694	794703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018227	GAGCG	2	10	805213	805222	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018227	CGGGG	2	10	805862	805871	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
109	NC_018227	GTAGT	2	10	807822	807831	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018227	AGCAT	2	10	808320	808329	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018227	TCTCC	2	10	809065	809074	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_018227	AGATG	2	10	811794	811803	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018227	GGCGG	2	10	811948	811957	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
114	NC_018227	TCCCG	2	10	812034	812043	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_018227	GGCCG	2	10	822483	822492	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
116	NC_018227	GACAC	2	10	837097	837106	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_018227	GCCTG	2	10	839435	839444	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_018227	CCCCT	2	10	839661	839670	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
119	NC_018227	AGAGG	2	10	840061	840070	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018227	GGTAA	2	10	842900	842909	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018227	CAGAA	2	10	853640	853649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018227	GAGAG	2	10	860171	860180	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018227	CGCGC	2	10	866843	866852	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
124	NC_018227	AGGGG	2	10	879953	879962	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018227	AGGGG	2	10	885421	885430	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018227	GGGAG	2	10	885534	885543	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018227	CTCCA	2	10	885610	885619	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
128	NC_018227	AGGGG	2	10	887352	887361	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018227	GTGCC	2	10	888076	888085	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_018227	CGGAA	2	10	889894	889903	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018227	ACCCC	2	10	908830	908839	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
132	NC_018227	CCGGG	2	10	920664	920673	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_018227	ACCCC	2	10	929360	929369	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
134	NC_018227	CCCCT	2	10	929534	929543	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
135	NC_018227	CCCCA	2	10	929801	929810	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
136	NC_018227	ATCCC	2	10	958997	959006	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
137	NC_018227	TGCTG	2	10	964974	964983	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_018227	GTATG	2	10	969443	969452	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018227	AATCG	2	10	969498	969507	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_018227	GATCC	2	10	974662	974671	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_018227	TGGGG	2	10	976517	976526	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018227	TTGGT	2	10	998383	998392	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018227	CTCAT	2	10	999025	999034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_018227	GGGGC	2	10	1028683	1028692	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
145	NC_018227	ACCTT	2	10	1034326	1034335	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_018227	AGGGG	2	10	1034853	1034862	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018227	CCGGC	2	10	1044316	1044325	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
148	NC_018227	TCGCT	2	10	1044527	1044536	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
149	NC_018227	CTACA	2	10	1046789	1046798	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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186	NC_018227	AGGGG	2	10	1251585	1251594	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_018227	TCGCC	2	10	1876328	1876337	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
283	NC_018227	CGGGG	2	10	1889607	1889616	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
284	NC_018227	TGCGG	2	10	1893079	1893088	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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425	NC_018227	TGCTC	2	10	2740347	2740356	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
426	NC_018227	GGCGG	2	10	2745513	2745522	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
427	NC_018227	AGGGG	2	10	2746071	2746080	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
428	NC_018227	CTGCC	2	10	2747167	2747176	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
429	NC_018227	TCGCA	2	10	2755237	2755246	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
430	NC_018227	GGCGG	2	10	2766854	2766863	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
431	NC_018227	GGAGC	2	10	2769455	2769464	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
432	NC_018227	CGGGC	2	10	2771911	2771920	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
433	NC_018227	TGTGG	2	10	2776400	2776409	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
434	NC_018227	GCCGG	2	10	2783753	2783762	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.