MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 74

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018192	TGCC	2	8	36	43	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_018192	AGGT	2	8	928	935	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018192	CGAT	2	8	1259	1266	25 %	25 %	25 %	25 %	398356316
4	NC_018192	AGGA	2	8	1700	1707	50 %	0 %	50 %	0 %	398356316
5	NC_018192	GTGC	2	8	2177	2184	0 %	25 %	50 %	25 %	398356317
6	NC_018192	CCCG	2	8	2259	2266	0 %	0 %	25 %	75 %	398356317
7	NC_018192	CGGC	2	8	2377	2384	0 %	0 %	50 %	50 %	398356317
8	NC_018192	AGCG	2	8	2648	2655	25 %	0 %	50 %	25 %	398356317
9	NC_018192	CGGC	2	8	3340	3347	0 %	0 %	50 %	50 %	398356317
10	NC_018192	CGAC	2	8	3504	3511	25 %	0 %	25 %	50 %	398356318
11	NC_018192	ACGC	2	8	4167	4174	25 %	0 %	25 %	50 %	398356318
12	NC_018192	CACC	2	8	4335	4342	25 %	0 %	0 %	75 %	398356318
13	NC_018192	GCTT	2	8	4549	4556	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_018192	CCGG	2	8	4900	4907	0 %	0 %	50 %	50 %	398356319
15	NC_018192	CATG	2	8	5035	5042	25 %	25 %	25 %	25 %	398356319
16	NC_018192	GAAC	2	8	5304	5311	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_018192	CGGC	2	8	5440	5447	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_018192	GCGG	2	8	6399	6406	0 %	0 %	75 %	25 %	398356321
19	NC_018192	CGCT	2	8	6595	6602	0 %	25 %	25 %	50 %	398356321
20	NC_018192	CGAT	2	8	6611	6618	25 %	25 %	25 %	25 %	398356321
21	NC_018192	GCCG	2	8	6766	6773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_018192	GCCG	2	8	7012	7019	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_018192	TCCG	2	8	7155	7162	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_018192	CCTT	2	8	7567	7574	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_018192	GGGC	2	8	7598	7605	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
26	NC_018192	AGTT	2	8	8634	8641	25 %	50 %	25 %	0 %	398356325
27	NC_018192	GCCT	2	8	9009	9016	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_018192	CGAA	2	8	9288	9295	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_018192	GCCG	2	8	9471	9478	0 %	0 %	50 %	50 %	398356326
30	NC_018192	CCCT	2	8	9766	9773	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_018192	CAAC	2	8	9897	9904	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_018192	CTCC	2	8	10927	10934	0 %	25 %	0 %	75 %	398356327
33	NC_018192	ATCG	2	8	11096	11103	25 %	25 %	25 %	25 %	398356327
34	NC_018192	CTTC	2	8	11657	11664	0 %	50 %	0 %	50 %	398356328
35	NC_018192	GAAG	2	8	11919	11926	50 %	0 %	50 %	0 %	398356328
36	NC_018192	ACGA	2	8	12433	12440	50 %	0 %	25 %	25 %	398356328
37	NC_018192	AGCG	2	8	12520	12527	25 %	0 %	50 %	25 %	398356328
38	NC_018192	GGCG	2	8	12561	12568	0 %	0 %	75 %	25 %	398356328
39	NC_018192	TGCG	2	8	12576	12583	0 %	25 %	50 %	25 %	398356328
40	NC_018192	TTCT	2	8	12619	12626	0 %	75 %	0 %	25 %	398356328
41	NC_018192	CTGC	2	8	12633	12640	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_018192	TGGA	2	8	13068	13075	25 %	25 %	50 %	0 %	398356329
43	NC_018192	GATC	2	8	13335	13342	25 %	25 %	25 %	25 %	398356329
44	NC_018192	CGAC	2	8	13563	13570	25 %	0 %	25 %	50 %	398356329
45	NC_018192	CCTG	2	8	14451	14458	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_018192	CTGC	2	8	14930	14937	0 %	25 %	25 %	50 %	398356330
47	NC_018192	CCTT	2	8	15042	15049	0 %	50 %	0 %	50 %	398356330
48	NC_018192	AAGC	2	8	16147	16154	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_018192	GAAT	2	8	16332	16339	50 %	25 %	25 %	0 %	398356332
50	NC_018192	ATGT	2	8	16558	16565	25 %	50 %	25 %	0 %	398356332
51	NC_018192	TGCC	2	8	17738	17745	0 %	25 %	25 %	50 %	398356335
52	NC_018192	AGCA	2	8	18673	18680	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_018192	ACGC	2	8	19188	19195	25 %	0 %	25 %	50 %	398356336
54	NC_018192	CGGT	2	8	19255	19262	0 %	25 %	50 %	25 %	398356336
55	NC_018192	GCTG	2	8	19818	19825	0 %	25 %	50 %	25 %	398356336
56	NC_018192	CGGT	2	8	20823	20830	0 %	25 %	50 %	25 %	398356337
57	NC_018192	CAGC	2	8	20944	20951	25 %	0 %	25 %	50 %	398356337
58	NC_018192	CGTT	2	8	21756	21763	0 %	50 %	25 %	25 %	398356339
59	NC_018192	AGGA	2	8	21814	21821	50 %	0 %	50 %	0 %	398356339
60	NC_018192	ATGT	2	8	22284	22291	25 %	50 %	25 %	0 %	398356339
61	NC_018192	CATC	2	8	23306	23313	25 %	25 %	0 %	50 %	398356340
62	NC_018192	GTCG	2	8	23808	23815	0 %	25 %	50 %	25 %	398356341
63	NC_018192	TCGA	2	8	24745	24752	25 %	25 %	25 %	25 %	398356342
64	NC_018192	CGCC	2	8	25168	25175	0 %	0 %	25 %	75 %	398356343
65	NC_018192	TCCG	2	8	26158	26165	0 %	25 %	25 %	50 %	398356344
66	NC_018192	TCGC	2	8	26505	26512	0 %	25 %	25 %	50 %	398356345
67	NC_018192	TTCT	2	8	27474	27481	0 %	75 %	0 %	25 %	398356347
68	NC_018192	CGCC	2	8	27775	27782	0 %	0 %	25 %	75 %	398356348
69	NC_018192	CGAG	2	8	28581	28588	25 %	0 %	50 %	25 %	398356350
70	NC_018192	CTTT	2	8	28637	28644	0 %	75 %	0 %	25 %	398356350
71	NC_018192	GGAC	2	8	28824	28831	25 %	0 %	50 %	25 %	398356351
72	NC_018192	TCGT	2	8	28874	28881	0 %	50 %	25 %	25 %	398356351
73	NC_018192	CGAT	2	8	29146	29153	25 %	25 %	25 %	25 %	398356352
74	NC_018192	TCCA	2	8	30074	30081	25 %	25 %	0 %	50 %	398356353

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.