MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018191	CTCGAA	2	12	783	794	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356094
2	NC_018191	TTGTCG	2	12	4325	4336	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	398356099
3	NC_018191	TGAGCG	2	12	4971	4982	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356099
4	NC_018191	GCCGTT	2	12	6834	6845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356102
5	NC_018191	TGTCCA	2	12	9361	9372	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	398356105
6	NC_018191	ACCGGG	2	12	9803	9814	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	398356105
7	NC_018191	TCCACG	2	12	10830	10841	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	398356108
8	NC_018191	TGCCGC	2	12	11704	11715	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_018191	GAAGGC	2	12	15514	15525	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	398356116
10	NC_018191	TGCACG	2	12	16557	16568	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356118
11	NC_018191	GCCGCG	2	12	17918	17929	0 %	0 %	50 %	50 %	398356119
12	NC_018191	ATCCCG	2	12	19111	19122	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	398356120
13	NC_018191	GATCGA	2	12	19729	19740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	398356121
14	NC_018191	CCTCGA	2	12	20086	20097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	398356121
15	NC_018191	CGCGAT	2	12	24449	24460	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356128
16	NC_018191	AGCCAT	2	12	26217	26228	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_018191	CGCCAA	2	12	30252	30263	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	398356134
18	NC_018191	GGACAA	2	12	31817	31828	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	398356134
19	NC_018191	GGCCGC	2	12	32996	33007	0 %	0 %	50 %	50 %	398356135
20	NC_018191	GCTTCC	2	12	35798	35809	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	398356138
21	NC_018191	GCAGAT	2	12	40502	40513	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	398356142
22	NC_018191	AGCATC	2	12	43780	43791	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356148
23	NC_018191	GCTTCC	2	12	44179	44190	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	398356148
24	NC_018191	ATGGCC	2	12	46066	46077	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356151
25	NC_018191	TCGACG	2	12	48078	48089	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356156
26	NC_018191	TCCGGC	2	12	50323	50334	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_018191	GGGATC	2	12	54861	54872	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356166
28	NC_018191	CAGCGG	2	12	55423	55434	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	398356166
29	NC_018191	TGACCG	2	12	56551	56562	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356167
30	NC_018191	TCGGTT	2	12	58705	58716	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_018191	ATACAG	2	12	59063	59074	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	398356173
32	NC_018191	GAGTTT	2	12	59499	59510	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018191	GGCGTC	2	12	62666	62677	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	398356175
34	NC_018191	GACGGC	2	12	63876	63887	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	398356175
35	NC_018191	CCTCGA	2	12	69323	69334	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	398356176
36	NC_018191	CGGGAA	2	12	69356	69367	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	398356176
37	NC_018191	GGCATA	2	12	72064	72075	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	398356181
38	NC_018191	AACGGA	2	12	72541	72552	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	398356181
39	NC_018191	TGGCCG	2	12	75023	75034	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	398356185
40	NC_018191	CATTCC	2	12	75998	76009	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	398356186
41	NC_018191	CTGACC	2	12	82495	82506	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	398356194
42	NC_018191	CGGTCT	2	12	89483	89494	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018191	ATCGCA	2	12	90487	90498	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356200
44	NC_018191	GGTCGA	2	12	93033	93044	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356203
45	NC_018191	TCGCCG	2	12	94989	95000	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	398356205
46	NC_018191	GCCCCG	2	12	95232	95243	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356205
47	NC_018191	GCCTCG	2	12	95475	95486	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	398356205
48	NC_018191	CCAAGT	2	12	98046	98057	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356207
49	NC_018191	TTCGAT	2	12	99037	99048	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	398356207
50	NC_018191	TCGAAG	2	12	104616	104627	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	398356214
51	NC_018191	ACACAG	2	12	105449	105460	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	398356215
52	NC_018191	ATGGGC	2	12	125499	125510	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356228
53	NC_018191	CCGCGG	2	12	128573	128584	0 %	0 %	50 %	50 %	398356232
54	NC_018191	AAGCAT	2	12	134925	134936	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	398356239
55	NC_018191	CATGGA	2	12	135311	135322	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	398356240
56	NC_018191	GTAGCC	2	12	136752	136763	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356240
57	NC_018191	CGGCGA	2	12	144729	144740	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	398356251
58	NC_018191	CTGTTT	2	12	145007	145018	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	398356252
59	NC_018191	CCGTAG	2	12	145320	145331	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356253
60	NC_018191	GAAGGA	2	12	148619	148630	50 %	0 %	50 %	0 %	398356256
61	NC_018191	GATCAC	2	12	149899	149910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356258
62	NC_018191	AGCTTC	2	12	150499	150510	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	398356259
63	NC_018191	TTCGGC	2	12	158381	158392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356267
64	NC_018191	GACGAG	2	12	161140	161151	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	398356271
65	NC_018191	ATCGCG	2	12	161381	161392	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356271
66	NC_018191	GCTGGC	2	12	161463	161474	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	398356271
67	NC_018191	TGTGGA	2	12	162146	162157	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	398356272
68	NC_018191	GTCCTC	2	12	163529	163540	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	398356273
69	NC_018191	TCGACG	2	12	164001	164012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	398356273
70	NC_018191	GTCGAG	2	12	164546	164557	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356273
71	NC_018191	CGGTCG	2	12	166015	166026	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	398356273
72	NC_018191	CACGAG	2	12	170178	170189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356279
73	NC_018191	GCAGAT	2	12	171565	171576	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	398356279
74	NC_018191	CGATGG	2	12	174278	174289	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356280
75	NC_018191	ACTCGA	2	12	177664	177675	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356282
76	NC_018191	AGCCAG	2	12	177684	177695	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356282
77	NC_018191	CCTTCA	2	12	180770	180781	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	398356284
78	NC_018191	GGCTTG	2	12	181019	181030	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	398356285
79	NC_018191	AGTCGG	2	12	184442	184453	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356289
80	NC_018191	TCGTCA	2	12	184987	184998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	398356289
81	NC_018191	GATCTT	2	12	186472	186483	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	398356291
82	NC_018191	AGCTTC	2	12	186817	186828	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	398356292
83	NC_018191	CTGGTC	2	12	192129	192140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356298
84	NC_018191	GCTGGT	2	12	193680	193691	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	398356298
85	NC_018191	TGGCGG	2	12	196056	196067	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_018191	CAGTTC	2	12	202536	202547	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	398356309
87	NC_018191	TGCACA	2	12	203228	203239	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356309
88	NC_018191	TGCCGA	2	12	210530	210541	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.