MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018191	GCGAT	2	10	925	934	20 %	20 %	40 %	20 %	398356094
2	NC_018191	CAAGC	2	10	1045	1054	40 %	0 %	20 %	40 %	398356095
3	NC_018191	TCGGC	2	10	1267	1276	0 %	20 %	40 %	40 %	398356095
4	NC_018191	GGCGT	2	10	1464	1473	0 %	20 %	60 %	20 %	398356095
5	NC_018191	AGATC	2	10	4953	4962	40 %	20 %	20 %	20 %	398356099
6	NC_018191	GCCGC	2	10	5018	5027	0 %	0 %	40 %	60 %	398356099
7	NC_018191	ACATG	2	10	5413	5422	40 %	20 %	20 %	20 %	398356099
8	NC_018191	ATGAA	2	10	6167	6176	60 %	20 %	20 %	0 %	398356101
9	NC_018191	CTTCG	2	10	6428	6437	0 %	40 %	20 %	40 %	398356102
10	NC_018191	ACGGC	2	10	6651	6660	20 %	0 %	40 %	40 %	398356102
11	NC_018191	TCGGC	2	10	7811	7820	0 %	20 %	40 %	40 %	398356103
12	NC_018191	TCCAT	2	10	9537	9546	20 %	40 %	0 %	40 %	398356105
13	NC_018191	TCAGG	2	10	14077	14086	20 %	20 %	40 %	20 %	398356114
14	NC_018191	CGATC	2	10	15105	15114	20 %	20 %	20 %	40 %	398356116
15	NC_018191	GCTCG	2	10	20465	20474	0 %	20 %	40 %	40 %	398356121
16	NC_018191	CGAGG	2	10	22002	22011	20 %	0 %	60 %	20 %	398356124
17	NC_018191	CGCGT	2	10	24346	24355	0 %	20 %	40 %	40 %	398356128
18	NC_018191	AGCTG	2	10	25369	25378	20 %	20 %	40 %	20 %	398356128
19	NC_018191	AACGG	2	10	30420	30429	40 %	0 %	40 %	20 %	398356134
20	NC_018191	CCCCT	2	10	30691	30700	0 %	20 %	0 %	80 %	398356134
21	NC_018191	TCCGT	2	10	31997	32006	0 %	40 %	20 %	40 %	398356135
22	NC_018191	GAGAA	2	10	32790	32799	60 %	0 %	40 %	0 %	398356135
23	NC_018191	CGACT	2	10	33216	33225	20 %	20 %	20 %	40 %	398356135
24	NC_018191	CAAGC	2	10	33471	33480	40 %	0 %	20 %	40 %	398356135
25	NC_018191	TCGCC	2	10	35604	35613	0 %	20 %	20 %	60 %	398356138
26	NC_018191	GTCAC	2	10	38277	38286	20 %	20 %	20 %	40 %	398356139
27	NC_018191	GCTCG	2	10	39335	39344	0 %	20 %	40 %	40 %	398356141
28	NC_018191	AGCCA	2	10	42204	42213	40 %	0 %	20 %	40 %	398356146
29	NC_018191	CGAAA	2	10	43751	43760	60 %	0 %	20 %	20 %	398356148
30	NC_018191	GCCAG	2	10	44321	44330	20 %	0 %	40 %	40 %	398356148
31	NC_018191	GGCCC	2	10	46448	46457	0 %	0 %	40 %	60 %	398356151
32	NC_018191	CGGCA	2	10	48023	48032	20 %	0 %	40 %	40 %	398356156
33	NC_018191	AACGC	2	10	48048	48057	40 %	0 %	20 %	40 %	398356156
34	NC_018191	TGGCG	2	10	52511	52520	0 %	20 %	60 %	20 %	398356163
35	NC_018191	CCCTC	2	10	56221	56230	0 %	20 %	0 %	80 %	398356167
36	NC_018191	TCGCC	2	10	57004	57013	0 %	20 %	20 %	60 %	398356167
37	NC_018191	GCTCG	2	10	57206	57215	0 %	20 %	40 %	40 %	398356168
38	NC_018191	GGCGC	2	10	59001	59010	0 %	0 %	60 %	40 %	398356173
39	NC_018191	GGCCA	2	10	60075	60084	20 %	0 %	40 %	40 %	398356174
40	NC_018191	CGGAT	2	10	60941	60950	20 %	20 %	40 %	20 %	398356175
41	NC_018191	GGGGC	2	10	63972	63981	0 %	0 %	80 %	20 %	398356175
42	NC_018191	CGATC	2	10	65175	65184	20 %	20 %	20 %	40 %	398356175
43	NC_018191	CGGCG	2	10	66322	66331	0 %	0 %	60 %	40 %	398356175
44	NC_018191	GCTGC	2	10	66805	66814	0 %	20 %	40 %	40 %	398356175
45	NC_018191	CCGCT	2	10	69581	69590	0 %	20 %	20 %	60 %	398356176
46	NC_018191	GATCG	2	10	71570	71579	20 %	20 %	40 %	20 %	398356180
47	NC_018191	GTGCC	2	10	72401	72410	0 %	20 %	40 %	40 %	398356181
48	NC_018191	CCCCG	2	10	73067	73076	0 %	0 %	20 %	80 %	398356181
49	NC_018191	AGCCG	2	10	76338	76347	20 %	0 %	40 %	40 %	398356187
50	NC_018191	ATGCA	2	10	76467	76476	40 %	20 %	20 %	20 %	398356187
51	NC_018191	CCAGG	2	10	77024	77033	20 %	0 %	40 %	40 %	398356188
52	NC_018191	CATCG	2	10	78852	78861	20 %	20 %	20 %	40 %	398356190
53	NC_018191	TTCTT	2	10	79731	79740	0 %	80 %	0 %	20 %	398356191
54	NC_018191	CCGGA	2	10	83713	83722	20 %	0 %	40 %	40 %	398356196
55	NC_018191	GCGTC	2	10	85168	85177	0 %	20 %	40 %	40 %	398356197
56	NC_018191	CGGCA	2	10	87065	87074	20 %	0 %	40 %	40 %	398356198
57	NC_018191	AGGCG	2	10	87700	87709	20 %	0 %	60 %	20 %	398356199
58	NC_018191	CGCGA	2	10	90664	90673	20 %	0 %	40 %	40 %	398356200
59	NC_018191	CCGAC	2	10	94548	94557	20 %	0 %	20 %	60 %	398356205
60	NC_018191	GCTTC	2	10	98951	98960	0 %	40 %	20 %	40 %	398356207
61	NC_018191	ACCGC	2	10	99525	99534	20 %	0 %	20 %	60 %	398356208
62	NC_018191	TCGCC	2	10	102539	102548	0 %	20 %	20 %	60 %	398356210
63	NC_018191	CGGTC	2	10	103043	103052	0 %	20 %	40 %	40 %	398356211
64	NC_018191	GATGA	2	10	104849	104858	40 %	20 %	40 %	0 %	398356214
65	NC_018191	CGGCC	2	10	107378	107387	0 %	0 %	40 %	60 %	398356216
66	NC_018191	ATCAG	2	10	109676	109685	40 %	20 %	20 %	20 %	398356216
67	NC_018191	CGACG	2	10	110761	110770	20 %	0 %	40 %	40 %	398356217
68	NC_018191	CGGTC	2	10	111733	111742	0 %	20 %	40 %	40 %	398356217
69	NC_018191	ACGCT	2	10	113003	113012	20 %	20 %	20 %	40 %	398356218
70	NC_018191	CCTGG	2	10	113150	113159	0 %	20 %	40 %	40 %	398356218
71	NC_018191	ACGTT	2	10	114125	114134	20 %	40 %	20 %	20 %	398356220
72	NC_018191	GGCAT	2	10	115758	115767	20 %	20 %	40 %	20 %	398356222
73	NC_018191	TCCGG	2	10	116512	116521	0 %	20 %	40 %	40 %	398356223
74	NC_018191	AAATG	2	10	122139	122148	60 %	20 %	20 %	0 %	398356226
75	NC_018191	AAGCA	2	10	123631	123640	60 %	0 %	20 %	20 %	398356228
76	NC_018191	GATCG	2	10	125160	125169	20 %	20 %	40 %	20 %	398356228
77	NC_018191	CGGCT	2	10	129488	129497	0 %	20 %	40 %	40 %	398356234
78	NC_018191	GACGC	2	10	131161	131170	20 %	0 %	40 %	40 %	398356236
79	NC_018191	CGATC	2	10	133366	133375	20 %	20 %	20 %	40 %	398356236
80	NC_018191	TCAGG	2	10	136955	136964	20 %	20 %	40 %	20 %	398356240
81	NC_018191	AGGGC	2	10	137173	137182	20 %	0 %	60 %	20 %	398356240
82	NC_018191	CCCGG	2	10	137191	137200	0 %	0 %	40 %	60 %	398356240
83	NC_018191	CGCTT	2	10	137746	137755	0 %	40 %	20 %	40 %	398356242
84	NC_018191	GCATC	2	10	138315	138324	20 %	20 %	20 %	40 %	398356242
85	NC_018191	CTCGC	2	10	139575	139584	0 %	20 %	20 %	60 %	398356246
86	NC_018191	CGGTA	2	10	141717	141726	20 %	20 %	40 %	20 %	398356248
87	NC_018191	CGTCG	2	10	142141	142150	0 %	20 %	40 %	40 %	398356248
88	NC_018191	CTCGG	2	10	142242	142251	0 %	20 %	40 %	40 %	398356249
89	NC_018191	TTCCC	2	10	143190	143199	0 %	40 %	0 %	60 %	398356249
90	NC_018191	TCCCC	2	10	143472	143481	0 %	20 %	0 %	80 %	398356250
91	NC_018191	CGCGC	2	10	144131	144140	0 %	0 %	40 %	60 %	398356250
92	NC_018191	GCGCC	2	10	144437	144446	0 %	0 %	40 %	60 %	398356251
93	NC_018191	GCGTC	2	10	145568	145577	0 %	20 %	40 %	40 %	398356253
94	NC_018191	CTGCC	2	10	146991	147000	0 %	20 %	20 %	60 %	398356255
95	NC_018191	CCCTC	2	10	147719	147728	0 %	20 %	0 %	80 %	398356256
96	NC_018191	GCCCC	2	10	149500	149509	0 %	0 %	20 %	80 %	398356257
97	NC_018191	CCCCT	2	10	150241	150250	0 %	20 %	0 %	80 %	398356259
98	NC_018191	CGTCC	2	10	150353	150362	0 %	20 %	20 %	60 %	398356259
99	NC_018191	GAGCA	2	10	151711	151720	40 %	0 %	40 %	20 %	398356261
100	NC_018191	TCGAA	2	10	152189	152198	40 %	20 %	20 %	20 %	398356262
101	NC_018191	TCGAA	2	10	153119	153128	40 %	20 %	20 %	20 %	398356264
102	NC_018191	CGGTA	2	10	158918	158927	20 %	20 %	40 %	20 %	398356267
103	NC_018191	CTCCG	2	10	160864	160873	0 %	20 %	20 %	60 %	398356271
104	NC_018191	CGCGT	2	10	163450	163459	0 %	20 %	40 %	40 %	398356273
105	NC_018191	ACATG	2	10	163978	163987	40 %	20 %	20 %	20 %	398356273
106	NC_018191	CGGTT	2	10	165272	165281	0 %	40 %	40 %	20 %	398356273
107	NC_018191	CCGTC	2	10	167501	167510	0 %	20 %	20 %	60 %	398356275
108	NC_018191	GGGCG	2	10	167780	167789	0 %	0 %	80 %	20 %	398356275
109	NC_018191	CGGGG	2	10	169125	169134	0 %	0 %	80 %	20 %	398356278
110	NC_018191	CGTCC	2	10	169291	169300	0 %	20 %	20 %	60 %	398356278
111	NC_018191	ATTTC	2	10	170404	170413	20 %	60 %	0 %	20 %	398356279
112	NC_018191	GGGTC	2	10	170600	170609	0 %	20 %	60 %	20 %	398356279
113	NC_018191	GGCAT	2	10	173252	173261	20 %	20 %	40 %	20 %	398356280
114	NC_018191	CGTTT	2	10	174600	174609	0 %	60 %	20 %	20 %	398356280
115	NC_018191	TTTCC	2	10	177759	177768	0 %	60 %	0 %	40 %	398356282
116	NC_018191	GGCAG	2	10	178642	178651	20 %	0 %	60 %	20 %	398356282
117	NC_018191	ATCGG	2	10	180468	180477	20 %	20 %	40 %	20 %	398356284
118	NC_018191	CGGCC	2	10	181173	181182	0 %	0 %	40 %	60 %	398356285
119	NC_018191	CGTCC	2	10	181631	181640	0 %	20 %	20 %	60 %	398356286
120	NC_018191	GCGGA	2	10	181841	181850	20 %	0 %	60 %	20 %	398356286
121	NC_018191	TCGCG	2	10	182257	182266	0 %	20 %	40 %	40 %	398356287
122	NC_018191	AAGGA	2	10	185533	185542	60 %	0 %	40 %	0 %	398356289
123	NC_018191	AGTGC	2	10	185582	185591	20 %	20 %	40 %	20 %	398356289
124	NC_018191	GAATT	2	10	186284	186293	40 %	40 %	20 %	0 %	398356291
125	NC_018191	TCTTT	2	10	188910	188919	0 %	80 %	0 %	20 %	398356296
126	NC_018191	GCCGA	2	10	190001	190010	20 %	0 %	40 %	40 %	398356297
127	NC_018191	CGATC	2	10	190012	190021	20 %	20 %	20 %	40 %	398356297
128	NC_018191	GCCGA	2	10	190058	190067	20 %	0 %	40 %	40 %	398356297
129	NC_018191	CAGGG	2	10	191818	191827	20 %	0 %	60 %	20 %	398356298
130	NC_018191	TGCAG	2	10	195679	195688	20 %	20 %	40 %	20 %	398356301
131	NC_018191	CCCAT	2	10	200486	200495	20 %	20 %	0 %	60 %	398356305
132	NC_018191	ATCCG	2	10	200598	200607	20 %	20 %	20 %	40 %	398356305
133	NC_018191	CTGGT	2	10	201301	201310	0 %	40 %	40 %	20 %	398356306
134	NC_018191	GAATG	2	10	201699	201708	40 %	20 %	40 %	0 %	398356307
135	NC_018191	CGATC	2	10	203965	203974	20 %	20 %	20 %	40 %	398356310
136	NC_018191	CTCAC	2	10	204619	204628	20 %	20 %	0 %	60 %	398356311
137	NC_018191	CGGCG	2	10	205518	205527	0 %	0 %	60 %	40 %	398356313
138	NC_018191	GTCGC	2	10	205579	205588	0 %	20 %	40 %	40 %	398356313
139	NC_018191	GTTCG	2	10	205877	205886	0 %	40 %	40 %	20 %	398356313
140	NC_018191	CGGCA	2	10	206131	206140	20 %	0 %	40 %	40 %	398356313
141	NC_018191	CTTTC	2	10	207369	207378	0 %	60 %	0 %	40 %	398356313

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.