MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018183	CGT	2	6	60	65	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018183	TGA	2	6	130	135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018183	CGG	2	6	174	179	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018183	TGC	2	6	237	242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356026
5	NC_018183	TGC	2	6	278	283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356026
6	NC_018183	GAA	2	6	310	315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356026
7	NC_018183	CGT	2	6	803	808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356028
8	NC_018183	CAG	2	6	965	970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356028
9	NC_018183	GCG	2	6	1090	1095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356028
10	NC_018183	GAT	2	6	1175	1180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356028
11	NC_018183	GAA	2	6	1393	1398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018183	TCC	2	6	1463	1468	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_018183	AGG	2	6	1578	1583	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018183	ACC	2	6	1632	1637	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_018183	TCA	2	6	1718	1723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356029
16	NC_018183	CCT	2	6	1898	1903	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356029
17	NC_018183	GCA	2	6	1958	1963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356029
18	NC_018183	GCC	2	6	1968	1973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356029
19	NC_018183	CGA	2	6	1982	1987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356029
20	NC_018183	GCG	2	6	2003	2008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356029
21	NC_018183	CGG	2	6	2228	2233	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356030
22	NC_018183	TGC	2	6	2243	2248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356030
23	NC_018183	CCG	2	6	2297	2302	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356030
24	NC_018183	CGG	2	6	2306	2311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356030
25	NC_018183	TGG	2	6	2324	2329	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018183	AGC	2	6	2371	2376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356031
27	NC_018183	GAC	2	6	2493	2498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356031
28	NC_018183	CGT	2	6	2502	2507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356031
29	NC_018183	CGT	2	6	2515	2520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356031
30	NC_018183	GGT	2	6	2655	2660	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018183	GCT	2	6	2695	2700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018183	GAT	2	6	2791	2796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356032
33	NC_018183	TCC	2	6	2811	2816	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356032
34	NC_018183	GCT	2	6	2835	2840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356032
35	NC_018183	CAG	2	6	2915	2920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018183	CGC	2	6	2934	2939	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_018183	CGG	2	6	2966	2971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
38	NC_018183	CAA	2	6	2988	2993	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356033
39	NC_018183	CGC	2	6	3009	3014	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
40	NC_018183	CGC	2	6	3105	3110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
41	NC_018183	CGG	2	6	3296	3301	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
42	NC_018183	GCC	2	6	3342	3347	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
43	NC_018183	CGA	2	6	3383	3388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356033
44	NC_018183	CGC	2	6	3485	3490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
45	NC_018183	GCG	2	6	3619	3624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
46	NC_018183	GGC	2	6	3659	3664	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
47	NC_018183	GCC	2	6	3795	3800	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
48	NC_018183	CAG	2	6	3816	3821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356033
49	NC_018183	CAG	2	6	3843	3848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356033
50	NC_018183	CGG	2	6	3923	3928	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
51	NC_018183	GTC	2	6	3975	3980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356033
52	NC_018183	CGC	3	9	4076	4084	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
53	NC_018183	GCC	2	6	4178	4183	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
54	NC_018183	TTC	2	6	4222	4227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356034
55	NC_018183	GCA	2	6	4242	4247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356034
56	NC_018183	TCG	2	6	4268	4273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
57	NC_018183	GCT	2	6	4308	4313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
58	NC_018183	CGC	2	6	4324	4329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
59	NC_018183	GCC	2	6	4556	4561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
60	NC_018183	TCG	2	6	4604	4609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
61	NC_018183	CGA	2	6	4628	4633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356034
62	NC_018183	GCG	2	6	4730	4735	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356034
63	NC_018183	GCT	2	6	4737	4742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
64	NC_018183	TCG	2	6	4772	4777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
65	NC_018183	CAG	2	6	4786	4791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356034
66	NC_018183	GCC	2	6	4900	4905	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
67	NC_018183	TCG	2	6	4928	4933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
68	NC_018183	CTG	2	6	4969	4974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
69	NC_018183	CGC	2	6	5029	5034	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
70	NC_018183	GCC	2	6	5295	5300	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
71	NC_018183	GTC	2	6	5301	5306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
72	NC_018183	GCA	2	6	5318	5323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356035
73	NC_018183	TCG	2	6	5341	5346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
74	NC_018183	CGG	3	9	5477	5485	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356035
75	NC_018183	CCG	2	6	5603	5608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
76	NC_018183	GTC	2	6	5652	5657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
77	NC_018183	ACG	2	6	5836	5841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356035
78	NC_018183	CGT	2	6	5907	5912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
79	NC_018183	GCC	2	6	5953	5958	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
80	NC_018183	TGC	2	6	5972	5977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
81	NC_018183	CGT	2	6	5978	5983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
82	NC_018183	GCA	2	6	6032	6037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356035
83	NC_018183	CGC	2	6	6131	6136	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
84	NC_018183	CGC	2	6	6155	6160	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
85	NC_018183	CAC	2	6	6207	6212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356035
86	NC_018183	CGC	2	6	6312	6317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
87	NC_018183	TGC	2	6	6379	6384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
88	NC_018183	GCC	2	6	6477	6482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
89	NC_018183	CAG	2	6	6498	6503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356035
90	NC_018183	CGC	2	6	6595	6600	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356036
91	NC_018183	TGC	2	6	6615	6620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356036
92	NC_018183	GCA	2	6	6725	6730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
93	NC_018183	CGC	2	6	6858	6863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
94	NC_018183	GTC	2	6	6918	6923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
95	NC_018183	ACC	2	6	6925	6930	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356037
96	NC_018183	TCC	2	6	6997	7002	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356037
97	NC_018183	CGG	2	6	7145	7150	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356037
98	NC_018183	CGT	3	9	7313	7321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
99	NC_018183	GTC	2	6	7335	7340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
100	NC_018183	CAT	2	6	7362	7367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356037
101	NC_018183	CGT	2	6	7385	7390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
102	NC_018183	CGC	2	6	7485	7490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
103	NC_018183	CGT	2	6	7508	7513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
104	NC_018183	AGA	2	6	7525	7530	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356037
105	NC_018183	GCA	2	6	7583	7588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
106	NC_018183	GCC	3	9	7602	7610	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
107	NC_018183	GTC	2	6	7632	7637	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
108	NC_018183	TGT	2	6	7661	7666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356037
109	NC_018183	GCG	2	6	7704	7709	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356037
110	NC_018183	CCG	2	6	7712	7717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
111	NC_018183	CCT	2	6	7940	7945	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356037
112	NC_018183	TCG	2	6	8003	8008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
113	NC_018183	GGT	2	6	8013	8018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356037
114	NC_018183	GCA	3	9	8033	8041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
115	NC_018183	TCG	2	6	8080	8085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
116	NC_018183	GCG	2	6	8191	8196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356037
117	NC_018183	CGA	2	6	8240	8245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
118	NC_018183	GCA	2	6	8252	8257	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
119	NC_018183	CGC	2	6	8366	8371	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
120	NC_018183	GCC	2	6	8458	8463	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
121	NC_018183	AGT	2	6	8578	8583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356037
122	NC_018183	TCA	2	6	8609	8614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356037
123	NC_018183	GCA	2	6	8675	8680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
124	NC_018183	AGC	2	6	8788	8793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
125	NC_018183	CAG	2	6	8802	8807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356038
126	NC_018183	CGG	2	6	8818	8823	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356038
127	NC_018183	GCC	2	6	8891	8896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356038
128	NC_018183	TGA	2	6	8920	8925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356038
129	NC_018183	GCA	2	6	8928	8933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356038
130	NC_018183	TCG	2	6	8934	8939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356038
131	NC_018183	CCA	2	6	8953	8958	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356038
132	NC_018183	CAC	2	6	8994	8999	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_018183	TCC	2	6	9031	9036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_018183	CCG	2	6	9075	9080	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_018183	GGC	2	6	9145	9150	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_018183	AGC	2	6	9173	9178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_018183	CGG	2	6	9180	9185	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_018183	GGT	2	6	9283	9288	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018183	ACG	2	6	9311	9316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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164	NC_018183	CAT	2	6	10758	10763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_018183	GGA	2	6	10943	10948	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.