MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018182	GAT	2	6	207	212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356014
2	NC_018182	CCT	2	6	305	310	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356014
3	NC_018182	CAT	2	6	425	430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356014
4	NC_018182	GCG	2	6	541	546	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356014
5	NC_018182	ACT	2	6	652	657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356014
6	NC_018182	ACG	2	6	687	692	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356014
7	NC_018182	GCC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356014
8	NC_018182	GAA	2	6	825	830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356014
9	NC_018182	TCA	2	6	847	852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356014
10	NC_018182	ACG	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356014
11	NC_018182	GCT	2	6	1210	1215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356014
12	NC_018182	GAA	2	6	1458	1463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356014
13	NC_018182	GCC	2	6	1547	1552	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_018182	TGC	2	6	1590	1595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018182	GAC	2	6	1697	1702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018182	GAA	2	6	1744	1749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018182	CGG	2	6	1975	1980	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_018182	GGT	2	6	2037	2042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018182	CGG	2	6	2096	2101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_018182	GCA	2	6	2333	2338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018182	GCT	2	6	2382	2387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018182	TTC	2	6	2434	2439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356015
23	NC_018182	GAA	2	6	2440	2445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356015
24	NC_018182	ACC	2	6	2452	2457	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356015
25	NC_018182	GTC	2	6	2468	2473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
26	NC_018182	ATC	2	6	2483	2488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356015
27	NC_018182	CGC	3	9	2535	2543	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
28	NC_018182	CAG	2	6	2556	2561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
29	NC_018182	GAA	2	6	2583	2588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356015
30	NC_018182	GAA	2	6	2610	2615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356015
31	NC_018182	GCT	2	6	2676	2681	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
32	NC_018182	GGC	2	6	2685	2690	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
33	NC_018182	GCC	2	6	2732	2737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
34	NC_018182	CGG	2	6	2776	2781	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
35	NC_018182	CGA	2	6	2808	2813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
36	NC_018182	CGT	2	6	2970	2975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
37	NC_018182	CGG	2	6	3036	3041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
38	NC_018182	CGC	2	6	3044	3049	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
39	NC_018182	CGG	2	6	3074	3079	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
40	NC_018182	AGG	2	6	3107	3112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356015
41	NC_018182	CAA	3	9	3168	3176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356015
42	NC_018182	CTG	3	9	3247	3255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356015
43	NC_018182	CGA	2	6	3273	3278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
44	NC_018182	GAG	2	6	3403	3408	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356015
45	NC_018182	GCG	2	6	3431	3436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
46	NC_018182	ACG	2	6	3509	3514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356015
47	NC_018182	CGG	2	6	3534	3539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356015
48	NC_018182	TGA	2	6	3548	3553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356015
49	NC_018182	GGT	2	6	3597	3602	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356015
50	NC_018182	CAT	2	6	3849	3854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356015
51	NC_018182	TTC	2	6	3868	3873	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356015
52	NC_018182	GGA	2	6	3960	3965	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356015
53	NC_018182	CGC	2	6	3966	3971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356015
54	NC_018182	CGC	2	6	3995	4000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
55	NC_018182	GCT	2	6	4013	4018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356016
56	NC_018182	CGC	3	9	4146	4154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
57	NC_018182	CGC	2	6	4259	4264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
58	NC_018182	GGC	2	6	4320	4325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356016
59	NC_018182	CGC	3	9	4337	4345	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
60	NC_018182	CGT	2	6	4428	4433	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356016
61	NC_018182	CGA	2	6	4490	4495	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356016
62	NC_018182	GCG	2	6	4565	4570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356016
63	NC_018182	CGC	2	6	4643	4648	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
64	NC_018182	CAC	2	6	4665	4670	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356016
65	NC_018182	CGC	2	6	4772	4777	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356016
66	NC_018182	GAT	2	6	4836	4841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356016
67	NC_018182	CAG	2	6	4919	4924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018182	GAG	2	6	4959	4964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018182	AGG	2	6	5081	5086	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018182	TCG	2	6	5121	5126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018182	CCA	2	6	5190	5195	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_018182	TAG	2	6	5319	5324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018182	TGA	2	6	5362	5367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018182	ATC	2	6	5685	5690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356018
75	NC_018182	GGC	2	6	5714	5719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356018
76	NC_018182	GAT	2	6	5819	5824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356019
77	NC_018182	TTG	2	6	5835	5840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356019
78	NC_018182	CGA	2	6	5950	5955	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356019
79	NC_018182	GCG	2	6	6051	6056	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356019
80	NC_018182	GCC	2	6	6148	6153	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356019
81	NC_018182	TTG	2	6	6201	6206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356019
82	NC_018182	TCA	2	6	6288	6293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356019
83	NC_018182	CGC	3	9	6431	6439	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356019
84	NC_018182	CTG	2	6	6440	6445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356019
85	NC_018182	CGT	2	6	6524	6529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356019
86	NC_018182	CGG	2	6	6560	6565	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356019
87	NC_018182	AGT	2	6	6610	6615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356019
88	NC_018182	ACG	2	6	6697	6702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_018182	CGG	2	6	6722	6727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356020
90	NC_018182	TGA	2	6	6736	6741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356020
91	NC_018182	GAC	2	6	6922	6927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356021
92	NC_018182	CGC	4	12	7019	7030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356021
93	NC_018182	CGA	2	6	7128	7133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356021
94	NC_018182	GGC	2	6	7137	7142	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356021
95	NC_018182	GAT	2	6	7213	7218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356021
96	NC_018182	GCG	2	6	7267	7272	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356021
97	NC_018182	GGC	2	6	7275	7280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356021
98	NC_018182	GCC	3	9	7284	7292	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356021
99	NC_018182	AAT	2	6	7297	7302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356021
100	NC_018182	CGC	2	6	7313	7318	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_018182	TAT	2	6	7424	7429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356022
102	NC_018182	AGC	2	6	7590	7595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356022
103	NC_018182	GCC	2	6	7618	7623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356022
104	NC_018182	CGG	2	6	7665	7670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
105	NC_018182	GGC	2	6	7703	7708	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
106	NC_018182	CAC	2	6	7768	7773	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356022
107	NC_018182	GGC	2	6	7844	7849	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
108	NC_018182	TTC	2	6	7901	7906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356022
109	NC_018182	AAG	2	6	8045	8050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356022
110	NC_018182	TCT	2	6	8118	8123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356022
111	NC_018182	TCA	2	6	8283	8288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356022
112	NC_018182	AGC	2	6	8304	8309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356022
113	NC_018182	AGC	2	6	8355	8360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356022
114	NC_018182	CAT	2	6	8593	8598	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356022
115	NC_018182	TCG	2	6	8718	8723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356022
116	NC_018182	CGC	2	6	8865	8870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356022
117	NC_018182	GGC	2	6	9115	9120	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356022
118	NC_018182	CGG	2	6	9154	9159	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_018182	CCG	2	6	9185	9190	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_018182	GCG	2	6	9199	9204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
121	NC_018182	TGA	2	6	9225	9230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
122	NC_018182	CGG	2	6	9285	9290	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
123	NC_018182	ACG	2	6	9384	9389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356023
124	NC_018182	CTG	2	6	9417	9422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
125	NC_018182	CCG	2	6	9432	9437	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
126	NC_018182	CGC	2	6	9451	9456	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
127	NC_018182	CGG	2	6	9457	9462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
128	NC_018182	CTG	2	6	9590	9595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
129	NC_018182	ATG	2	6	9737	9742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
130	NC_018182	GCG	2	6	9756	9761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
131	NC_018182	GCG	2	6	9783	9788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
132	NC_018182	ACA	2	6	9795	9800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356023
133	NC_018182	TGA	2	6	9801	9806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
134	NC_018182	GCC	2	6	9971	9976	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
135	NC_018182	CGT	2	6	10122	10127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
136	NC_018182	TGG	2	6	10162	10167	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356023
137	NC_018182	TCA	2	6	10170	10175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356023
138	NC_018182	TGA	2	6	10209	10214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356023
139	NC_018182	CCG	2	6	10319	10324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
140	NC_018182	GTG	2	6	10352	10357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356023
141	NC_018182	CAG	2	6	10370	10375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356023
142	NC_018182	GCC	2	6	10456	10461	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356023
143	NC_018182	CGG	2	6	10471	10476	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
144	NC_018182	GAG	2	6	10478	10483	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356023
145	NC_018182	GAG	2	6	10487	10492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356023
146	NC_018182	CGG	2	6	10519	10524	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
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149	NC_018182	GCA	2	6	10701	10706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356023
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151	NC_018182	GAC	2	6	10864	10869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356023
152	NC_018182	CTG	2	6	10901	10906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
153	NC_018182	TCG	2	6	10908	10913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
154	NC_018182	TCG	2	6	10926	10931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356023
155	NC_018182	CGG	2	6	10998	11003	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356023
156	NC_018182	CAC	2	6	11092	11097	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356023
157	NC_018182	CGA	2	6	11194	11199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356023
158	NC_018182	ATT	2	6	11275	11280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356023
159	NC_018182	CAG	2	6	11333	11338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_018182	GCG	3	9	11481	11489	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356024
161	NC_018182	GCG	2	6	11595	11600	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356024
162	NC_018182	GAC	2	6	11636	11641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356024
163	NC_018182	TCG	2	6	11865	11870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356024
164	NC_018182	CGC	2	6	11931	11936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356024
165	NC_018182	CGC	2	6	11948	11953	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356024
166	NC_018182	GGC	2	6	12032	12037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356024
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169	NC_018182	CCG	2	6	12106	12111	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356024
170	NC_018182	CGG	2	6	12149	12154	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356024
171	NC_018182	GCC	2	6	12174	12179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356024
172	NC_018182	GCA	2	6	12249	12254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356024
173	NC_018182	CAA	2	6	12283	12288	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356024
174	NC_018182	CGA	2	6	12305	12310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356024

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.