MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018181	GCC	2	6	176	181	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752885
2	NC_018181	GCA	2	6	234	239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752885
3	NC_018181	GGC	2	6	240	245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752885
4	NC_018181	CGA	2	6	279	284	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752885
5	NC_018181	GGC	2	6	339	344	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752885
6	NC_018181	GTA	2	6	442	447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752885
7	NC_018181	GAC	2	6	538	543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752886
8	NC_018181	TGA	2	6	575	580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752886
9	NC_018181	ACA	2	6	702	707	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018181	CGT	2	6	735	740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752887
11	NC_018181	CTA	2	6	781	786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752887
12	NC_018181	GGC	3	9	825	833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752887
13	NC_018181	CGA	2	6	863	868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752887
14	NC_018181	GAG	2	6	922	927	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018181	GCG	2	6	944	949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018181	ATC	2	6	1091	1096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752888
17	NC_018181	GAT	2	6	1097	1102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752888
18	NC_018181	GCA	2	6	1141	1146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752888
19	NC_018181	CGC	2	6	1195	1200	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752888
20	NC_018181	GAA	2	6	1271	1276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	400752888
21	NC_018181	AAC	2	6	1491	1496	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	400752888
22	NC_018181	TCG	2	6	1595	1600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752888
23	NC_018181	GAT	2	6	1692	1697	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752888
24	NC_018181	GCT	2	6	1705	1710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752888
25	NC_018181	CAA	2	6	1815	1820	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	400752888
26	NC_018181	TGC	2	6	1906	1911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752888
27	NC_018181	CCG	2	6	1949	1954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752888
28	NC_018181	GAA	2	6	1982	1987	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	400752888
29	NC_018181	TCA	2	6	2192	2197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752889
30	NC_018181	CGG	2	6	2313	2318	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752889
31	NC_018181	GCC	3	9	2369	2377	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752889
32	NC_018181	CAG	2	6	2398	2403	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752889
33	NC_018181	GCA	2	6	2528	2533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752889
34	NC_018181	GCG	2	6	2577	2582	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752889
35	NC_018181	CCT	2	6	2737	2742	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	400752889
36	NC_018181	CGG	2	6	2833	2838	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752889
37	NC_018181	GCA	2	6	2847	2852	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752889
38	NC_018181	GAG	2	6	2948	2953	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752889
39	NC_018181	TCT	2	6	3067	3072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	400752889
40	NC_018181	CGG	2	6	3166	3171	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752890
41	NC_018181	CAT	2	6	3254	3259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752890
42	NC_018181	GCA	2	6	3271	3276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752890
43	NC_018181	ACG	2	6	3285	3290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752890
44	NC_018181	AGA	2	6	3308	3313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	400752890
45	NC_018181	TGC	2	6	3320	3325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752890
46	NC_018181	GGC	2	6	3358	3363	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752890
47	NC_018181	TGC	2	6	3514	3519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752890
48	NC_018181	ACG	2	6	3591	3596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752890
49	NC_018181	CGT	2	6	3611	3616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752890
50	NC_018181	CGC	2	6	3653	3658	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752890
51	NC_018181	CGC	2	6	3721	3726	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752890
52	NC_018181	CGT	2	6	3785	3790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752890
53	NC_018181	TGC	2	6	3815	3820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752890
54	NC_018181	GCC	3	9	3894	3902	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752890
55	NC_018181	CGC	2	6	3965	3970	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752890
56	NC_018181	CGA	2	6	3974	3979	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752890
57	NC_018181	CAT	2	6	4004	4009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752890
58	NC_018181	GAA	2	6	4097	4102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	400752890
59	NC_018181	GTC	2	6	4104	4109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752890
60	NC_018181	ATC	2	6	4170	4175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752890
61	NC_018181	GAG	2	6	4179	4184	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752890
62	NC_018181	TTC	2	6	4284	4289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	400752890
63	NC_018181	ACA	2	6	4411	4416	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	400752890
64	NC_018181	GCC	2	6	4431	4436	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752890
65	NC_018181	GCG	2	6	4473	4478	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752890
66	NC_018181	CGG	2	6	4517	4522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752890
67	NC_018181	GGC	2	6	4545	4550	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752890
68	NC_018181	GAC	2	6	4696	4701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752891
69	NC_018181	TCG	2	6	4797	4802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752891
70	NC_018181	GCT	2	6	4867	4872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752891
71	NC_018181	GCA	2	6	4874	4879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752891
72	NC_018181	CAC	2	6	5101	5106	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	400752891
73	NC_018181	GCC	3	9	5141	5149	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752891
74	NC_018181	CGC	2	6	5246	5251	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752891
75	NC_018181	CCG	2	6	5252	5257	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752891
76	NC_018181	CGG	2	6	5332	5337	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752891
77	NC_018181	CGC	2	6	5374	5379	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752891
78	NC_018181	GGT	2	6	5393	5398	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	400752891
79	NC_018181	CGA	2	6	5515	5520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752891
80	NC_018181	GAT	2	6	5762	5767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752891
81	NC_018181	AGG	2	6	5779	5784	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752891
82	NC_018181	GTC	2	6	5866	5871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752892
83	NC_018181	ATC	2	6	5890	5895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752892
84	NC_018181	GAG	2	6	5908	5913	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752892
85	NC_018181	GAG	2	6	6076	6081	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752892
86	NC_018181	TGA	2	6	6120	6125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752892
87	NC_018181	CGA	2	6	6167	6172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752892
88	NC_018181	CGC	2	6	6174	6179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752892
89	NC_018181	CGG	2	6	6186	6191	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752892
90	NC_018181	TTG	2	6	6321	6326	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	400752892
91	NC_018181	ACC	2	6	6340	6345	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	400752892
92	NC_018181	CGG	2	6	6638	6643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752892
93	NC_018181	TCA	2	6	6675	6680	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	400752892
94	NC_018181	AGG	2	6	6689	6694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752892
95	NC_018181	CGG	2	6	6695	6700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752892
96	NC_018181	GCC	2	6	6715	6720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752892
97	NC_018181	CGT	2	6	6999	7004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752892
98	NC_018181	TGA	2	6	7050	7055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752892
99	NC_018181	CGC	2	6	7109	7114	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752893
100	NC_018181	GAC	2	6	7119	7124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752893
101	NC_018181	GGC	2	6	7155	7160	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752893
102	NC_018181	AGC	2	6	7220	7225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752893
103	NC_018181	GGC	2	6	7340	7345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752893
104	NC_018181	GGT	2	6	7346	7351	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	400752893
105	NC_018181	GAC	2	6	7433	7438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752893
106	NC_018181	CGT	2	6	7451	7456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752893
107	NC_018181	GCC	2	6	7479	7484	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752893
108	NC_018181	CGT	2	6	7502	7507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752893
109	NC_018181	CCG	2	6	7546	7551	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752893
110	NC_018181	CTG	2	6	7587	7592	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752893
111	NC_018181	GCA	2	6	7636	7641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752893
112	NC_018181	GTG	2	6	7645	7650	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	400752893
113	NC_018181	CAA	2	6	7700	7705	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	400752893
114	NC_018181	GCG	2	6	7708	7713	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752893
115	NC_018181	CGG	2	6	7736	7741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752893
116	NC_018181	CGG	3	9	7861	7869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752893
117	NC_018181	TCG	2	6	7894	7899	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752893
118	NC_018181	CGC	2	6	7907	7912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752893
119	NC_018181	GTG	2	6	7972	7977	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	400752893
120	NC_018181	AGC	2	6	8210	8215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752894
121	NC_018181	TGA	2	6	8240	8245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752894
122	NC_018181	CCG	2	6	8292	8297	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752894
123	NC_018181	CGA	2	6	8378	8383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752894
124	NC_018181	GGT	2	6	8526	8531	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	400752894
125	NC_018181	TGA	2	6	8536	8541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752894
126	NC_018181	CAA	2	6	8582	8587	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	400752894
127	NC_018181	GAC	2	6	8612	8617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752894
128	NC_018181	AGG	2	6	8626	8631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752894
129	NC_018181	CGC	2	6	8747	8752	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752894
130	NC_018181	GAG	2	6	8790	8795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	400752894
131	NC_018181	AGT	2	6	8983	8988	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752894
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133	NC_018181	CGC	2	6	9107	9112	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	400752895
134	NC_018181	CAG	2	6	9176	9181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752895
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241	NC_018181	GCA	2	6	16175	16180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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245	NC_018181	AGG	2	6	16285	16290	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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247	NC_018181	AGC	2	6	16413	16418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
248	NC_018181	TCG	2	6	16431	16436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_018181	GTC	2	6	16495	16500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752906
250	NC_018181	GAC	2	6	16531	16536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752906
251	NC_018181	CGG	2	6	16563	16568	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752906
252	NC_018181	ATG	2	6	16612	16617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400752906
253	NC_018181	GCG	2	6	16618	16623	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	400752906
254	NC_018181	TGA	2	6	16784	16789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
255	NC_018181	GCA	2	6	16851	16856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752907
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.