MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018180	TCCT	2	8	1553	1560	0 %	50 %	0 %	50 %	400752837
2	NC_018180	GGAG	2	8	2055	2062	25 %	0 %	75 %	0 %	400752838
3	NC_018180	CGGA	2	8	2251	2258	25 %	0 %	50 %	25 %	400752839
4	NC_018180	GCAA	2	8	2860	2867	50 %	0 %	25 %	25 %	400752841
5	NC_018180	CGCC	2	8	2946	2953	0 %	0 %	25 %	75 %	400752841
6	NC_018180	CTGG	2	8	3512	3519	0 %	25 %	50 %	25 %	400752842
7	NC_018180	TGAG	2	8	3963	3970	25 %	25 %	50 %	0 %	400752843
8	NC_018180	GATC	2	8	4052	4059	25 %	25 %	25 %	25 %	400752844
9	NC_018180	GCCG	2	8	4089	4096	0 %	0 %	50 %	50 %	400752844
10	NC_018180	CGAT	2	8	4719	4726	25 %	25 %	25 %	25 %	400752845
11	NC_018180	CGGC	2	8	4921	4928	0 %	0 %	50 %	50 %	400752846
12	NC_018180	CCGA	2	8	5144	5151	25 %	0 %	25 %	50 %	400752846
13	NC_018180	CGAG	2	8	5442	5449	25 %	0 %	50 %	25 %	400752846
14	NC_018180	GCCG	2	8	5634	5641	0 %	0 %	50 %	50 %	400752846
15	NC_018180	GCCG	2	8	6378	6385	0 %	0 %	50 %	50 %	400752846
16	NC_018180	GCCG	2	8	7298	7305	0 %	0 %	50 %	50 %	400752848
17	NC_018180	GCTG	2	8	7594	7601	0 %	25 %	50 %	25 %	400752848
18	NC_018180	CGAC	2	8	7613	7620	25 %	0 %	25 %	50 %	400752848
19	NC_018180	GCGA	2	8	7635	7642	25 %	0 %	50 %	25 %	400752848
20	NC_018180	GCCG	2	8	8177	8184	0 %	0 %	50 %	50 %	400752848
21	NC_018180	GGCG	2	8	8971	8978	0 %	0 %	75 %	25 %	400752849
22	NC_018180	ACCA	2	8	9272	9279	50 %	0 %	0 %	50 %	400752849
23	NC_018180	ACTG	2	8	9334	9341	25 %	25 %	25 %	25 %	400752849
24	NC_018180	CCAT	2	8	9603	9610	25 %	25 %	0 %	50 %	400752849
25	NC_018180	GTTG	2	8	9802	9809	0 %	50 %	50 %	0 %	400752849
26	NC_018180	CGAG	2	8	10206	10213	25 %	0 %	50 %	25 %	400752849
27	NC_018180	GTTG	2	8	10453	10460	0 %	50 %	50 %	0 %	400752849
28	NC_018180	ATCT	2	8	10586	10593	25 %	50 %	0 %	25 %	400752849
29	NC_018180	GCAG	2	8	10818	10825	25 %	0 %	50 %	25 %	400752849
30	NC_018180	CGCC	2	8	11143	11150	0 %	0 %	25 %	75 %	400752849
31	NC_018180	GAGC	2	8	11321	11328	25 %	0 %	50 %	25 %	400752849
32	NC_018180	CGCT	2	8	11597	11604	0 %	25 %	25 %	50 %	400752849
33	NC_018180	GCTC	2	8	11772	11779	0 %	25 %	25 %	50 %	400752849
34	NC_018180	GAGC	2	8	12924	12931	25 %	0 %	50 %	25 %	400752851
35	NC_018180	AGGC	2	8	13027	13034	25 %	0 %	50 %	25 %	400752851
36	NC_018180	GCCG	2	8	13503	13510	0 %	0 %	50 %	50 %	400752851
37	NC_018180	TCGA	2	8	13682	13689	25 %	25 %	25 %	25 %	400752851
38	NC_018180	GCGA	2	8	13920	13927	25 %	0 %	50 %	25 %	400752851
39	NC_018180	GAAC	2	8	14028	14035	50 %	0 %	25 %	25 %	400752851
40	NC_018180	GCGG	2	8	14296	14303	0 %	0 %	75 %	25 %	400752851
41	NC_018180	CACG	2	8	15365	15372	25 %	0 %	25 %	50 %	400752853
42	NC_018180	TGGC	2	8	16066	16073	0 %	25 %	50 %	25 %	400752855
43	NC_018180	AAAG	2	8	16169	16176	75 %	0 %	25 %	0 %	400752855
44	NC_018180	ACGC	2	8	16269	16276	25 %	0 %	25 %	50 %	400752855
45	NC_018180	TGCT	2	8	16701	16708	0 %	50 %	25 %	25 %	400752855
46	NC_018180	TTGG	2	8	17072	17079	0 %	50 %	50 %	0 %	400752855
47	NC_018180	GCTA	2	8	17280	17287	25 %	25 %	25 %	25 %	400752855
48	NC_018180	GCGA	2	8	17384	17391	25 %	0 %	50 %	25 %	400752855
49	NC_018180	GGCG	2	8	17447	17454	0 %	0 %	75 %	25 %	400752856
50	NC_018180	CGGG	2	8	17600	17607	0 %	0 %	75 %	25 %	400752856
51	NC_018180	AGGC	2	8	17914	17921	25 %	0 %	50 %	25 %	400752856
52	NC_018180	GTTG	2	8	17948	17955	0 %	50 %	50 %	0 %	400752856
53	NC_018180	GCCC	2	8	19075	19082	0 %	0 %	25 %	75 %	400752857
54	NC_018180	GGCC	2	8	19273	19280	0 %	0 %	50 %	50 %	400752857
55	NC_018180	GCCG	2	8	19921	19928	0 %	0 %	50 %	50 %	400752857
56	NC_018180	CGGC	2	8	20138	20145	0 %	0 %	50 %	50 %	400752857
57	NC_018180	GTCA	2	8	21433	21440	25 %	25 %	25 %	25 %	400752859
58	NC_018180	GACC	2	8	21699	21706	25 %	0 %	25 %	50 %	400752860
59	NC_018180	GGAT	2	8	21854	21861	25 %	25 %	50 %	0 %	400752860
60	NC_018180	TTTG	2	8	22112	22119	0 %	75 %	25 %	0 %	400752861
61	NC_018180	CAGC	2	8	22233	22240	25 %	0 %	25 %	50 %	400752861
62	NC_018180	GCCC	2	8	22245	22252	0 %	0 %	25 %	75 %	400752861
63	NC_018180	TGTC	2	8	22702	22709	0 %	50 %	25 %	25 %	400752862
64	NC_018180	TGCC	2	8	22817	22824	0 %	25 %	25 %	50 %	400752862
65	NC_018180	GCCA	2	8	22975	22982	25 %	0 %	25 %	50 %	400752862
66	NC_018180	GGCT	2	8	23206	23213	0 %	25 %	50 %	25 %	400752862
67	NC_018180	GGCG	2	8	23509	23516	0 %	0 %	75 %	25 %	400752862
68	NC_018180	ACCT	2	8	26423	26430	25 %	25 %	0 %	50 %	400752866
69	NC_018180	GGCG	2	8	27629	27636	0 %	0 %	75 %	25 %	400752867
70	NC_018180	CAGC	2	8	27785	27792	25 %	0 %	25 %	50 %	400752867
71	NC_018180	TTCG	2	8	29497	29504	0 %	50 %	25 %	25 %	400752870
72	NC_018180	TGAG	2	8	29584	29591	25 %	25 %	50 %	0 %	400752870
73	NC_018180	TCGA	2	8	29930	29937	25 %	25 %	25 %	25 %	400752870
74	NC_018180	TCGC	2	8	30920	30927	0 %	25 %	25 %	50 %	400752872
75	NC_018180	AATG	2	8	31267	31274	50 %	25 %	25 %	0 %	400752873
76	NC_018180	CGGC	2	8	31492	31499	0 %	0 %	50 %	50 %	400752873
77	NC_018180	GCCT	2	8	31836	31843	0 %	25 %	25 %	50 %	400752873
78	NC_018180	TGCT	2	8	31946	31953	0 %	50 %	25 %	25 %	400752873
79	NC_018180	CAAC	2	8	32452	32459	50 %	0 %	0 %	50 %	400752874
80	NC_018180	CCAA	2	8	34666	34673	50 %	0 %	0 %	50 %	400752878
81	NC_018180	CCAT	2	8	35280	35287	25 %	25 %	0 %	50 %	400752879
82	NC_018180	CAGG	2	8	37654	37661	25 %	0 %	50 %	25 %	400752882
83	NC_018180	ATTG	2	8	37732	37739	25 %	50 %	25 %	0 %	400752882
84	NC_018180	GGGA	2	8	37770	37777	25 %	0 %	75 %	0 %	400752882
85	NC_018180	GGTC	2	8	37786	37793	0 %	25 %	50 %	25 %	400752882
86	NC_018180	CGAG	2	8	37813	37820	25 %	0 %	50 %	25 %	400752882
87	NC_018180	TAGT	2	8	37852	37859	25 %	50 %	25 %	0 %	400752882

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.