MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018179	GACCAA	2	12	5377	5388	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	400752660
2	NC_018179	GCAGCC	2	12	5727	5738	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	400752660
3	NC_018179	GAACTC	2	12	6249	6260	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	400752661
4	NC_018179	GGAAGC	2	12	9749	9760	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_018179	CGATGC	2	12	11898	11909	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	400752672
6	NC_018179	TCGAGG	2	12	14105	14116	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	400752674
7	NC_018179	GCCTGC	2	12	17926	17937	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	400752676
8	NC_018179	CTGCGA	2	12	18845	18856	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	400752678
9	NC_018179	CGGCTG	2	12	19051	19062	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018179	CGAGGA	2	12	19583	19594	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_018179	TTGAGC	2	12	21720	21731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	400752682
12	NC_018179	CCAACC	2	12	31135	31146	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	400752692
13	NC_018179	CTGCGC	2	12	44345	44356	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	400752705
14	NC_018179	CGTCAT	2	12	45092	45103	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	400752706
15	NC_018179	GCGCGA	2	12	49074	49085	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	400752711
16	NC_018179	GGCCGA	2	12	61186	61197	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	400752725
17	NC_018179	CAGCGC	2	12	62876	62887	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	400752729
18	NC_018179	TTCGCT	2	12	70578	70589	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	400752739
19	NC_018179	GCCGCT	2	12	74605	74616	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_018179	ATACAA	2	12	75570	75581	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_018179	TGCATC	2	12	80859	80870	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	400752749
22	NC_018179	GGATAC	2	12	81890	81901	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	400752750
23	NC_018179	GAAGCC	2	12	87651	87662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752760
24	NC_018179	GCGAAC	2	12	94513	94524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018179	TCCGCG	2	12	96153	96164	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	400752769
26	NC_018179	CAAGCT	2	12	96652	96663	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	400752769
27	NC_018179	CCGAAG	2	12	103273	103284	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752779
28	NC_018179	GATCTC	2	12	105661	105672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018179	CGAAGC	2	12	113293	113304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752792
30	NC_018179	GTCCTC	2	12	113696	113707	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	400752792
31	NC_018179	GCGATC	2	12	114575	114586	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	400752793
32	NC_018179	CGCCGG	2	12	114658	114669	0 %	0 %	50 %	50 %	400752793
33	NC_018179	CCTCGA	2	12	121049	121060	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	400752797
34	NC_018179	TCGAAC	2	12	122586	122597	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	400752798
35	NC_018179	CGAGCA	2	12	127318	127329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	400752802
36	NC_018179	CGGCCT	2	12	127591	127602	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	400752802
37	NC_018179	GTTGCC	2	12	128721	128732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	400752803
38	NC_018179	CCCTTG	3	18	139684	139701	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	400752815
39	NC_018179	GGCGTC	2	12	139943	139954	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	400752816
40	NC_018179	CTTGAC	2	12	149258	149269	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	400752830
41	NC_018179	GGACAA	2	12	149647	149658	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	400752830

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.