MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018179	TCGGC	2	10	265	274	0 %	20 %	40 %	40 %	400752654
2	NC_018179	GGCGC	2	10	1925	1934	0 %	0 %	60 %	40 %	400752656
3	NC_018179	ATCGT	2	10	2020	2029	20 %	40 %	20 %	20 %	400752656
4	NC_018179	GTCCG	2	10	2163	2172	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_018179	CGATG	2	10	3433	3442	20 %	20 %	40 %	20 %	400752658
6	NC_018179	CATCA	2	10	4601	4610	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_018179	AGCGC	2	10	4923	4932	20 %	0 %	40 %	40 %	400752660
8	NC_018179	CACCT	2	10	5750	5759	20 %	20 %	0 %	60 %	400752660
9	NC_018179	CGAGG	2	10	7190	7199	20 %	0 %	60 %	20 %	400752663
10	NC_018179	CCTGG	2	10	7937	7946	0 %	20 %	40 %	40 %	400752664
11	NC_018179	CACGA	2	10	9093	9102	40 %	0 %	20 %	40 %	400752666
12	NC_018179	TTTTC	2	10	10420	10429	0 %	80 %	0 %	20 %	400752671
13	NC_018179	AGCGC	2	10	11158	11167	20 %	0 %	40 %	40 %	400752671
14	NC_018179	GCAAT	2	10	12210	12219	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018179	CCGAC	2	10	12879	12888	20 %	0 %	20 %	60 %	400752673
16	NC_018179	ACGGC	2	10	17668	17677	20 %	0 %	40 %	40 %	400752676
17	NC_018179	TGACC	2	10	18014	18023	20 %	20 %	20 %	40 %	400752676
18	NC_018179	AGGGG	2	10	20180	20189	20 %	0 %	80 %	0 %	400752680
19	NC_018179	CATGA	2	10	24024	24033	40 %	20 %	20 %	20 %	400752685
20	NC_018179	GATGC	2	10	24580	24589	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018179	CCGCA	2	10	25483	25492	20 %	0 %	20 %	60 %	400752686
22	NC_018179	GGCGG	2	10	26435	26444	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018179	TAGGC	2	10	26600	26609	20 %	20 %	40 %	20 %	400752688
24	NC_018179	CGCTT	2	10	27373	27382	0 %	40 %	20 %	40 %	400752688
25	NC_018179	CGATC	2	10	29529	29538	20 %	20 %	20 %	40 %	400752691
26	NC_018179	TCCTG	2	10	30743	30752	0 %	40 %	20 %	40 %	400752692
27	NC_018179	CAGGC	2	10	31124	31133	20 %	0 %	40 %	40 %	400752692
28	NC_018179	GGATG	2	10	31972	31981	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018179	TTGGA	2	10	32076	32085	20 %	40 %	40 %	0 %	400752694
30	NC_018179	CGCTG	2	10	32638	32647	0 %	20 %	40 %	40 %	400752694
31	NC_018179	CCTCG	2	10	33673	33682	0 %	20 %	20 %	60 %	400752695
32	NC_018179	TCGGC	2	10	33862	33871	0 %	20 %	40 %	40 %	400752695
33	NC_018179	CGTCG	2	10	34801	34810	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_018179	TCGCG	2	10	35104	35113	0 %	20 %	40 %	40 %	400752696
35	NC_018179	AAGGC	2	10	35616	35625	40 %	0 %	40 %	20 %	400752696
36	NC_018179	AATGC	2	10	36601	36610	40 %	20 %	20 %	20 %	400752697
37	NC_018179	CTGAG	2	10	38341	38350	20 %	20 %	40 %	20 %	400752698
38	NC_018179	CCAGA	2	10	41376	41385	40 %	0 %	20 %	40 %	400752701
39	NC_018179	TCGCA	2	10	41955	41964	20 %	20 %	20 %	40 %	400752703
40	NC_018179	GGATG	2	10	43233	43242	20 %	20 %	60 %	0 %	400752704
41	NC_018179	ATTTC	2	10	44183	44192	20 %	60 %	0 %	20 %	400752705
42	NC_018179	GCTCA	2	10	44195	44204	20 %	20 %	20 %	40 %	400752705
43	NC_018179	TGAAC	2	10	44511	44520	40 %	20 %	20 %	20 %	400752705
44	NC_018179	CTCGC	2	10	44995	45004	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_018179	ATAGT	2	10	45284	45293	40 %	40 %	20 %	0 %	400752706
46	NC_018179	ACGTT	2	10	45903	45912	20 %	40 %	20 %	20 %	400752707
47	NC_018179	CCAAT	2	10	48115	48124	40 %	20 %	0 %	40 %	400752710
48	NC_018179	CGATC	2	10	48677	48686	20 %	20 %	20 %	40 %	400752710
49	NC_018179	TCCTC	2	10	50995	51004	0 %	40 %	0 %	60 %	400752713
50	NC_018179	TCATG	2	10	55110	55119	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_018179	TTCAA	2	10	56461	56470	40 %	40 %	0 %	20 %	400752722
52	NC_018179	TGCGC	2	10	59292	59301	0 %	20 %	40 %	40 %	400752723
53	NC_018179	ATCAG	2	10	65480	65489	40 %	20 %	20 %	20 %	400752732
54	NC_018179	CAGCT	2	10	65755	65764	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_018179	AAAGC	2	10	67391	67400	60 %	0 %	20 %	20 %	400752736
56	NC_018179	ACCGA	2	10	68447	68456	40 %	0 %	20 %	40 %	400752737
57	NC_018179	AGTCG	2	10	69940	69949	20 %	20 %	40 %	20 %	400752739
58	NC_018179	TATTG	2	10	70471	70480	20 %	60 %	20 %	0 %	400752739
59	NC_018179	GGATC	2	10	72026	72035	20 %	20 %	40 %	20 %	400752740
60	NC_018179	GACGC	2	10	72555	72564	20 %	0 %	40 %	40 %	400752740
61	NC_018179	TTCCG	2	10	72681	72690	0 %	40 %	20 %	40 %	400752740
62	NC_018179	CATCA	2	10	72909	72918	40 %	20 %	0 %	40 %	400752740
63	NC_018179	CCCAG	2	10	73227	73236	20 %	0 %	20 %	60 %	400752741
64	NC_018179	GCGTG	2	10	74469	74478	0 %	20 %	60 %	20 %	400752742
65	NC_018179	GAAGA	2	10	79748	79757	60 %	0 %	40 %	0 %	400752748
66	NC_018179	GAAAT	2	10	82844	82853	60 %	20 %	20 %	0 %	400752751
67	NC_018179	CCGTC	2	10	83297	83306	0 %	20 %	20 %	60 %	400752753
68	NC_018179	AAGAA	2	10	85018	85027	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018179	AGGGC	2	10	85443	85452	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018179	CGAAA	2	10	85804	85813	60 %	0 %	20 %	20 %	400752757
71	NC_018179	GATCA	2	10	87694	87703	40 %	20 %	20 %	20 %	400752760
72	NC_018179	CGCGA	2	10	90623	90632	20 %	0 %	40 %	40 %	400752765
73	NC_018179	TCGTC	2	10	91044	91053	0 %	40 %	20 %	40 %	400752765
74	NC_018179	GCCGC	2	10	91512	91521	0 %	0 %	40 %	60 %	400752765
75	NC_018179	GGCCA	2	10	92354	92363	20 %	0 %	40 %	40 %	400752766
76	NC_018179	AGGAC	2	10	94228	94237	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018179	CCGGA	2	10	96091	96100	20 %	0 %	40 %	40 %	400752769
78	NC_018179	GCAGC	2	10	97185	97194	20 %	0 %	40 %	40 %	400752770
79	NC_018179	GCATC	2	10	98937	98946	20 %	20 %	20 %	40 %	400752774
80	NC_018179	CGGAA	2	10	101827	101836	40 %	0 %	40 %	20 %	400752778
81	NC_018179	TGCGC	2	10	102256	102265	0 %	20 %	40 %	40 %	400752778
82	NC_018179	TTGTG	2	10	102695	102704	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018179	GGCGT	2	10	102759	102768	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018179	CGTTC	2	10	104274	104283	0 %	40 %	20 %	40 %	400752780
85	NC_018179	GATAT	2	10	106742	106751	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018179	CTCGG	2	10	107470	107479	0 %	20 %	40 %	40 %	400752784
87	NC_018179	ACGCG	2	10	107736	107745	20 %	0 %	40 %	40 %	400752784
88	NC_018179	TCGCC	2	10	108857	108866	0 %	20 %	20 %	60 %	400752785
89	NC_018179	TCAAG	2	10	110788	110797	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018179	GACCT	2	10	112747	112756	20 %	20 %	20 %	40 %	400752791
91	NC_018179	TGTTA	2	10	112872	112881	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018179	TGCAC	2	10	114810	114819	20 %	20 %	20 %	40 %	400752793
93	NC_018179	ACCGT	2	10	114890	114899	20 %	20 %	20 %	40 %	400752793
94	NC_018179	CGGAC	2	10	116827	116836	20 %	0 %	40 %	40 %	400752794
95	NC_018179	CCCTT	2	10	124980	124989	0 %	40 %	0 %	60 %	400752800
96	NC_018179	TTGCC	2	10	132054	132063	0 %	40 %	20 %	40 %	400752806
97	NC_018179	TTTCC	2	10	133064	133073	0 %	60 %	0 %	40 %	400752807
98	NC_018179	GGCGA	2	10	134494	134503	20 %	0 %	60 %	20 %	400752808
99	NC_018179	GTGTC	2	10	137473	137482	0 %	40 %	40 %	20 %	400752811
100	NC_018179	GCGCG	2	10	137954	137963	0 %	0 %	60 %	40 %	400752811
101	NC_018179	TGGCC	2	10	138017	138026	0 %	20 %	40 %	40 %	400752811
102	NC_018179	GTGCC	2	10	138113	138122	0 %	20 %	40 %	40 %	400752811
103	NC_018179	GATTG	2	10	139182	139191	20 %	40 %	40 %	0 %	400752813
104	NC_018179	CCGCA	2	10	140067	140076	20 %	0 %	20 %	60 %	400752816
105	NC_018179	CAATT	2	10	140087	140096	40 %	40 %	0 %	20 %	400752816
106	NC_018179	TCAGT	2	10	140183	140192	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018179	GCCTT	2	10	144263	144272	0 %	40 %	20 %	40 %	400752823
108	NC_018179	TCGAT	2	10	146801	146810	20 %	40 %	20 %	20 %	400752827
109	NC_018179	AGCCC	2	10	153872	153881	20 %	0 %	20 %	60 %	400752834
110	NC_018179	GAAGA	2	10	154337	154346	60 %	0 %	40 %	0 %	400752835

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.