MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 398

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018179	CAGC	2	8	468	475	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_018179	GCAG	2	8	511	518	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_018179	GTGG	2	8	1064	1071	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018179	GAAG	2	8	1193	1200	50 %	0 %	50 %	0 %	400752655
5	NC_018179	GGGA	2	8	1357	1364	25 %	0 %	75 %	0 %	400752655
6	NC_018179	TCCG	2	8	1476	1483	0 %	25 %	25 %	50 %	400752655
7	NC_018179	TCGC	2	8	1975	1982	0 %	25 %	25 %	50 %	400752656
8	NC_018179	GCAC	2	8	2608	2615	25 %	0 %	25 %	50 %	400752657
9	NC_018179	ACCG	2	8	2860	2867	25 %	0 %	25 %	50 %	400752657
10	NC_018179	CGAT	2	8	3066	3073	25 %	25 %	25 %	25 %	400752657
11	NC_018179	GCAT	2	8	3687	3694	25 %	25 %	25 %	25 %	400752658
12	NC_018179	GTCA	2	8	3940	3947	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_018179	ATCG	2	8	4168	4175	25 %	25 %	25 %	25 %	400752659
14	NC_018179	ATCC	2	8	4309	4316	25 %	25 %	0 %	50 %	400752659
15	NC_018179	GACT	2	8	4389	4396	25 %	25 %	25 %	25 %	400752659
16	NC_018179	TCCA	2	8	4477	4484	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_018179	GGTG	2	8	5914	5921	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018179	GGCC	2	8	6303	6310	0 %	0 %	50 %	50 %	400752661
19	NC_018179	GGCC	2	8	6842	6849	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_018179	GCTG	2	8	6908	6915	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_018179	CTTG	2	8	7890	7897	0 %	50 %	25 %	25 %	400752664
22	NC_018179	CGAA	2	8	7952	7959	50 %	0 %	25 %	25 %	400752664
23	NC_018179	ATGG	2	8	8170	8177	25 %	25 %	50 %	0 %	400752665
24	NC_018179	GTGC	2	8	9168	9175	0 %	25 %	50 %	25 %	400752666
25	NC_018179	ACCG	2	8	9213	9220	25 %	0 %	25 %	50 %	400752666
26	NC_018179	TGTC	2	8	9534	9541	0 %	50 %	25 %	25 %	400752667
27	NC_018179	GGCT	2	8	10163	10170	0 %	25 %	50 %	25 %	400752670
28	NC_018179	GTGC	2	8	10372	10379	0 %	25 %	50 %	25 %	400752671
29	NC_018179	ATCG	2	8	10382	10389	25 %	25 %	25 %	25 %	400752671
30	NC_018179	CTCC	2	8	10858	10865	0 %	25 %	0 %	75 %	400752671
31	NC_018179	CACC	2	8	10912	10919	25 %	0 %	0 %	75 %	400752671
32	NC_018179	CAGG	2	8	11248	11255	25 %	0 %	50 %	25 %	400752671
33	NC_018179	GGGA	2	8	11363	11370	25 %	0 %	75 %	0 %	400752671
34	NC_018179	CGAG	2	8	11595	11602	25 %	0 %	50 %	25 %	400752672
35	NC_018179	GCCG	2	8	13414	13421	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_018179	TTGT	2	8	13670	13677	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018179	AAAG	2	8	13746	13753	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018179	GCCG	2	8	14188	14195	0 %	0 %	50 %	50 %	400752674
39	NC_018179	GACG	2	8	15546	15553	25 %	0 %	50 %	25 %	400752675
40	NC_018179	TGGA	2	8	15793	15800	25 %	25 %	50 %	0 %	400752675
41	NC_018179	TCGT	2	8	16746	16753	0 %	50 %	25 %	25 %	400752676
42	NC_018179	CCCG	2	8	17012	17019	0 %	0 %	25 %	75 %	400752676
43	NC_018179	CGCC	2	8	17044	17051	0 %	0 %	25 %	75 %	400752676
44	NC_018179	CGGC	2	8	17137	17144	0 %	0 %	50 %	50 %	400752676
45	NC_018179	GGTC	2	8	17402	17409	0 %	25 %	50 %	25 %	400752676
46	NC_018179	CCGG	2	8	17485	17492	0 %	0 %	50 %	50 %	400752676
47	NC_018179	CGGC	2	8	17522	17529	0 %	0 %	50 %	50 %	400752676
48	NC_018179	TCGT	2	8	19002	19009	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_018179	GCCG	2	8	19187	19194	0 %	0 %	50 %	50 %	400752679
50	NC_018179	CAAA	2	8	19279	19286	75 %	0 %	0 %	25 %	400752679
51	NC_018179	TGGT	2	8	19408	19415	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018179	CAAT	2	8	19839	19846	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_018179	CCAC	2	8	20263	20270	25 %	0 %	0 %	75 %	400752680
54	NC_018179	TGTT	2	8	20606	20613	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018179	TGCC	2	8	20734	20741	0 %	25 %	25 %	50 %	400752681
56	NC_018179	GCGA	2	8	20892	20899	25 %	0 %	50 %	25 %	400752681
57	NC_018179	GTTC	2	8	21678	21685	0 %	50 %	25 %	25 %	400752682
58	NC_018179	GGAT	2	8	21776	21783	25 %	25 %	50 %	0 %	400752682
59	NC_018179	GCTT	2	8	22235	22242	0 %	50 %	25 %	25 %	400752683
60	NC_018179	ATTG	2	8	22316	22323	25 %	50 %	25 %	0 %	400752683
61	NC_018179	CTGG	2	8	22777	22784	0 %	25 %	50 %	25 %	400752684
62	NC_018179	GCCA	2	8	23030	23037	25 %	0 %	25 %	50 %	400752684
63	NC_018179	GCGA	2	8	24079	24086	25 %	0 %	50 %	25 %	400752685
64	NC_018179	AGCG	2	8	24928	24935	25 %	0 %	50 %	25 %	400752686
65	NC_018179	GGAC	2	8	25210	25217	25 %	0 %	50 %	25 %	400752686
66	NC_018179	TGAA	2	8	25312	25319	50 %	25 %	25 %	0 %	400752686
67	NC_018179	GCTC	2	8	25344	25351	0 %	25 %	25 %	50 %	400752686
68	NC_018179	GGCT	2	8	25407	25414	0 %	25 %	50 %	25 %	400752686
69	NC_018179	GCCG	2	8	25777	25784	0 %	0 %	50 %	50 %	400752687
70	NC_018179	CCGG	2	8	26275	26282	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_018179	GAAA	2	8	26879	26886	75 %	0 %	25 %	0 %	400752688
72	NC_018179	GGCG	2	8	27310	27317	0 %	0 %	75 %	25 %	400752688
73	NC_018179	CTGA	2	8	27338	27345	25 %	25 %	25 %	25 %	400752688
74	NC_018179	GCGG	2	8	27794	27801	0 %	0 %	75 %	25 %	400752689
75	NC_018179	TGAC	2	8	29792	29799	25 %	25 %	25 %	25 %	400752691
76	NC_018179	GAAG	2	8	29823	29830	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018179	CGAT	2	8	29870	29877	25 %	25 %	25 %	25 %	400752692
78	NC_018179	TCGG	2	8	30163	30170	0 %	25 %	50 %	25 %	400752692
79	NC_018179	GGTG	2	8	30533	30540	0 %	25 %	75 %	0 %	400752692
80	NC_018179	TCGT	2	8	31061	31068	0 %	50 %	25 %	25 %	400752692
81	NC_018179	CAGA	2	8	31538	31545	50 %	0 %	25 %	25 %	400752693
82	NC_018179	CCCT	2	8	31627	31634	0 %	25 %	0 %	75 %	400752693
83	NC_018179	CCAG	2	8	31654	31661	25 %	0 %	25 %	50 %	400752693
84	NC_018179	GGCA	2	8	32777	32784	25 %	0 %	50 %	25 %	400752694
85	NC_018179	GATC	2	8	33397	33404	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_018179	CTGG	2	8	33480	33487	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_018179	CACG	2	8	33819	33826	25 %	0 %	25 %	50 %	400752695
88	NC_018179	ATCC	2	8	34643	34650	25 %	25 %	0 %	50 %	400752695
89	NC_018179	GGCG	2	8	35700	35707	0 %	0 %	75 %	25 %	400752696
90	NC_018179	CGCC	2	8	35714	35721	0 %	0 %	25 %	75 %	400752696
91	NC_018179	GTCG	2	8	36634	36641	0 %	25 %	50 %	25 %	400752697
92	NC_018179	GGCC	2	8	36730	36737	0 %	0 %	50 %	50 %	400752697
93	NC_018179	AAAG	2	8	36830	36837	75 %	0 %	25 %	0 %	400752697
94	NC_018179	CGAT	2	8	38187	38194	25 %	25 %	25 %	25 %	400752698
95	NC_018179	CTCG	2	8	38369	38376	0 %	25 %	25 %	50 %	400752698
96	NC_018179	AGCC	2	8	39164	39171	25 %	0 %	25 %	50 %	400752699
97	NC_018179	CCAT	2	8	39216	39223	25 %	25 %	0 %	50 %	400752699
98	NC_018179	GCCG	2	8	39529	39536	0 %	0 %	50 %	50 %	400752699
99	NC_018179	TCGA	2	8	40094	40101	25 %	25 %	25 %	25 %	400752699
100	NC_018179	AGCG	2	8	40215	40222	25 %	0 %	50 %	25 %	400752700
101	NC_018179	GGCC	2	8	40368	40375	0 %	0 %	50 %	50 %	400752700
102	NC_018179	AGGC	2	8	40788	40795	25 %	0 %	50 %	25 %	400752701
103	NC_018179	GCCT	2	8	40934	40941	0 %	25 %	25 %	50 %	400752701
104	NC_018179	CTGC	2	8	41258	41265	0 %	25 %	25 %	50 %	400752701
105	NC_018179	GGCG	2	8	41402	41409	0 %	0 %	75 %	25 %	400752701
106	NC_018179	CGCT	2	8	41944	41951	0 %	25 %	25 %	50 %	400752703
107	NC_018179	CGGC	2	8	42043	42050	0 %	0 %	50 %	50 %	400752703
108	NC_018179	CCTT	2	8	42230	42237	0 %	50 %	0 %	50 %	400752704
109	NC_018179	CATG	2	8	42512	42519	25 %	25 %	25 %	25 %	400752704
110	NC_018179	TGAC	2	8	43045	43052	25 %	25 %	25 %	25 %	400752704
111	NC_018179	GCGA	2	8	43837	43844	25 %	0 %	50 %	25 %	400752704
112	NC_018179	GCTA	2	8	44028	44035	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_018179	GGCG	2	8	44321	44328	0 %	0 %	75 %	25 %	400752705
114	NC_018179	GGGC	2	8	45377	45384	0 %	0 %	75 %	25 %	400752706
115	NC_018179	AAAC	2	8	45516	45523	75 %	0 %	0 %	25 %	400752706
116	NC_018179	AAGG	2	8	45529	45536	50 %	0 %	50 %	0 %	400752706
117	NC_018179	TCAA	2	8	45796	45803	50 %	25 %	0 %	25 %	400752707
118	NC_018179	ACCG	2	8	45885	45892	25 %	0 %	25 %	50 %	400752707
119	NC_018179	GGTG	2	8	46251	46258	0 %	25 %	75 %	0 %	400752707
120	NC_018179	GAGC	2	8	46490	46497	25 %	0 %	50 %	25 %	400752708
121	NC_018179	GACG	2	8	47515	47522	25 %	0 %	50 %	25 %	400752709
122	NC_018179	CAAG	2	8	48899	48906	50 %	0 %	25 %	25 %	400752710
123	NC_018179	GGAT	2	8	49007	49014	25 %	25 %	50 %	0 %	400752711
124	NC_018179	TTCT	2	8	49445	49452	0 %	75 %	0 %	25 %	400752711
125	NC_018179	TCGC	2	8	49510	49517	0 %	25 %	25 %	50 %	400752711
126	NC_018179	GCTT	2	8	49867	49874	0 %	50 %	25 %	25 %	400752712
127	NC_018179	CTGT	2	8	50279	50286	0 %	50 %	25 %	25 %	400752712
128	NC_018179	CCGC	2	8	50347	50354	0 %	0 %	25 %	75 %	400752712
129	NC_018179	CTTG	2	8	50945	50952	0 %	50 %	25 %	25 %	400752713
130	NC_018179	CACT	2	8	51456	51463	25 %	25 %	0 %	50 %	400752714
131	NC_018179	TCCT	2	8	51695	51702	0 %	50 %	0 %	50 %	400752715
132	NC_018179	TGAT	2	8	52217	52224	25 %	50 %	25 %	0 %	400752715
133	NC_018179	GATC	2	8	53015	53022	25 %	25 %	25 %	25 %	400752716
134	NC_018179	ATGG	2	8	53522	53529	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018179	CGTG	2	8	53766	53773	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_018179	GATC	2	8	53872	53879	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_018179	CCAG	2	8	54007	54014	25 %	0 %	25 %	50 %	400752717
138	NC_018179	AGCC	2	8	54196	54203	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_018179	AGCA	2	8	54291	54298	50 %	0 %	25 %	25 %	400752718
140	NC_018179	GTTC	2	8	55231	55238	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_018179	AAGC	2	8	55397	55404	50 %	0 %	25 %	25 %	400752719
142	NC_018179	TCGC	2	8	55923	55930	0 %	25 %	25 %	50 %	400752721
143	NC_018179	ACTG	2	8	56495	56502	25 %	25 %	25 %	25 %	400752722
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.