MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 375

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018179	CGG	2	6	70	75	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018179	TCG	2	6	355	360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018179	GCT	2	6	378	383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018179	GGC	2	6	553	558	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018179	TCG	3	9	566	574	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018179	CCT	2	6	605	610	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_018179	GAA	2	6	649	654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018179	TGA	2	6	664	669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018179	GCT	2	6	823	828	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018179	AAG	2	6	989	994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018179	CGT	2	6	1776	1781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018179	GCG	2	6	2207	2212	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018179	GAC	2	6	2221	2226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018179	GCA	2	6	2242	2247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018179	GAG	2	6	2466	2471	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018179	CGA	2	6	3817	3822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_018179	CGG	2	6	3829	3834	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_018179	CGA	2	6	3882	3887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_018179	GCC	2	6	3975	3980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_018179	AAC	2	6	5855	5860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018179	GTG	2	6	5872	5877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018179	AAT	2	6	6007	6012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018179	TCT	2	6	6704	6709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018179	GAG	2	6	6818	6823	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018179	AGG	2	6	6887	6892	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018179	GCC	2	6	6954	6959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_018179	GCG	2	6	6990	6995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018179	TGA	2	6	7004	7009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018179	GTT	2	6	7055	7060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018179	CCT	2	6	7352	7357	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_018179	CGT	2	6	7444	7449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018179	ATT	2	6	7458	7463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018179	CAG	2	6	7492	7497	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018179	CGC	2	6	7563	7568	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_018179	GGT	2	6	7577	7582	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018179	GTT	2	6	10023	10028	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018179	CAT	2	6	10041	10046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018179	CCG	2	6	10052	10057	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_018179	ATA	2	6	12187	12192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018179	GCC	2	6	13500	13505	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_018179	CAC	2	6	13572	13577	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_018179	CGA	2	6	13580	13585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018179	CTG	2	6	13765	13770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_018179	CTC	2	6	13779	13784	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_018179	GGC	2	6	13819	13824	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018179	AAC	2	6	13872	13877	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018179	CCG	3	9	14782	14790	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_018179	CCA	2	6	14827	14832	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_018179	CTT	2	6	14842	14847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018179	GGA	2	6	14848	14853	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018179	GCG	2	6	18031	18036	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_018179	GTA	2	6	18214	18219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018179	CGC	2	6	19014	19019	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_018179	TAT	2	6	19041	19046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018179	GTC	2	6	19395	19400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_018179	GCT	2	6	19418	19423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018179	TGC	2	6	19911	19916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018179	GAT	2	6	19951	19956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018179	GCC	2	6	19996	20001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_018179	CCA	2	6	22556	22561	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_018179	GTT	2	6	22601	22606	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018179	CGG	2	6	24501	24506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_018179	GGA	2	6	24543	24548	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018179	TGC	2	6	24597	24602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_018179	CTC	2	6	26209	26214	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_018179	TGG	2	6	26342	26347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018179	GCT	2	6	27526	27531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018179	AGA	2	6	27533	27538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018179	CAC	2	6	27596	27601	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_018179	GTG	2	6	27620	27625	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018179	TGA	2	6	27668	27673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018179	TCC	2	6	27750	27755	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_018179	CCT	2	6	27975	27980	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_018179	GCA	2	6	28013	28018	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018179	GAC	2	6	28031	28036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018179	GCC	2	6	28069	28074	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_018179	TGC	2	6	28229	28234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_018179	CGA	2	6	28239	28244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018179	CGC	2	6	28407	28412	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_018179	TGA	2	6	28459	28464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018179	CTG	3	9	28538	28546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_018179	GTT	2	6	28592	28597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018179	CTT	2	6	28615	28620	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018179	ATG	2	6	28802	28807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018179	GAA	2	6	28824	28829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018179	CAT	2	6	28926	28931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018179	CTG	2	6	29064	29069	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_018179	GAT	2	6	31863	31868	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018179	GCG	2	6	31916	31921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_018179	ATG	3	9	31979	31987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018179	CGG	2	6	32003	32008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_018179	ATG	2	6	32017	32022	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018179	GCA	2	6	32037	32042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_018179	GAT	2	6	33120	33125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018179	CGG	2	6	33209	33214	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_018179	ACC	2	6	33286	33291	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_018179	TTG	2	6	33362	33367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018179	GGC	2	6	34697	34702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018179	GAT	2	6	34837	34842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018179	ACA	2	6	34847	34852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018179	TCT	2	6	34900	34905	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_018179	TGT	2	6	43924	43929	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018179	CAT	2	6	44089	44094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_018179	GTC	2	6	44987	44992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018179	GAG	2	6	48995	49000	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018179	GAA	2	6	53535	53540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018179	TGC	2	6	53545	53550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018179	CGG	2	6	53566	53571	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_018179	ATC	2	6	53573	53578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_018179	GGC	2	6	53599	53604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_018179	GTT	2	6	53658	53663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018179	CGG	2	6	53725	53730	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_018179	TCG	2	6	53860	53865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018179	GTA	2	6	55225	55230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018179	CTT	2	6	55665	55670	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_018179	CGC	2	6	55730	55735	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_018179	AGG	2	6	56068	56073	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018179	AAG	2	6	56306	56311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018179	GCG	2	6	56312	56317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_018179	TGA	2	6	57370	57375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018179	GAC	2	6	57442	57447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018179	AGC	2	6	57483	57488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_018179	CGC	2	6	59654	59659	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_018179	CGG	2	6	59720	59725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_018179	TGA	2	6	60188	60193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018179	CGT	2	6	60224	60229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_018179	ATC	3	9	60479	60487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_018179	TAG	2	6	60558	60563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018179	TCA	2	6	60579	60584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018179	AGC	2	6	60616	60621	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_018179	CAA	2	6	62146	62151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_018179	GCA	3	9	62186	62194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018179	TTC	2	6	63645	63650	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018179	TCG	2	6	63694	63699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_018179	GTC	2	6	63735	63740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_018179	CGA	2	6	63798	63803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_018179	GCT	2	6	63822	63827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_018179	TCG	2	6	63852	63857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_018179	AGC	2	6	63860	63865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_018179	GCC	2	6	63873	63878	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.