MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis Cp162 chromosome

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018019	AGCTTC	2	12	21365	21376	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018019	TGCGAA	2	12	42651	42662	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_018019	TGCGCG	2	12	57355	57366	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018019	TTTTTG	2	12	66312	66323	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018019	CTCACT	2	12	120009	120020	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_018019	GGAAGA	2	12	124509	124520	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018019	GGTGTA	2	12	129254	129265	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018019	GATGGC	2	12	174420	174431	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_018019	TTTGCC	2	12	311994	312005	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018019	ACGGTA	2	12	313064	313075	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_018019	GGATTT	2	12	352469	352480	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018019	CCCAGT	2	12	367371	367382	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_018019	ATTGAG	2	12	367438	367449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018019	GCTATA	2	12	369596	369607	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_018019	ACGTTG	2	12	370127	370138	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_018019	TGAGTA	2	12	382842	382853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018019	CTAAAA	2	12	389930	389941	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_018019	CGCCCG	2	12	393666	393677	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_018019	AAAAGC	2	12	400094	400105	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_018019	ATTCCG	2	12	420554	420565	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018019	GTGCCT	2	12	472550	472561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_018019	TGGTTC	2	12	475939	475950	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_018019	ATTAGG	2	12	476712	476723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018019	CCCCCG	2	12	514851	514862	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
25	NC_018019	GCGCAA	2	12	516560	516571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_018019	GTTTTT	2	12	604186	604197	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018019	AGCGAA	2	12	605264	605275	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_018019	TGCGTA	2	12	695098	695109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_018019	GGCTGC	2	12	753470	753481	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018019	AATTTA	2	12	773930	773941	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018019	CCGGAA	2	12	790222	790233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018019	AGGGGT	2	12	857437	857448	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018019	GACGGT	2	12	931390	931401	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018019	GTGGTT	2	12	949276	949287	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018019	TCCATT	2	12	972589	972600	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018019	GTAAAG	2	12	979930	979941	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018019	GTTTTT	2	12	1014697	1014708	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018019	AGCGAA	2	12	1015774	1015785	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_018019	TCAACT	2	12	1061388	1061399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_018019	GGTTTG	2	12	1077346	1077357	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018019	TGGGGG	2	12	1086540	1086551	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018019	TTTTAT	2	12	1113299	1113310	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018019	GATCGC	2	12	1114802	1114813	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_018019	GAAAAA	2	12	1127162	1127173	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018019	ACTATT	2	12	1158152	1158163	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_018019	AAGCTC	2	12	1183799	1183810	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018019	GCTTCT	2	12	1262750	1262761	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018019	CAAGAA	2	12	1265613	1265624	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018019	CCCTAT	2	12	1267649	1267660	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018019	CTTCCC	2	12	1285371	1285382	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_018019	AATCTA	2	12	1392840	1392851	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_018019	TATTTC	2	12	1406982	1406993	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_018019	TTTTAC	2	12	1424982	1424993	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018019	GACGGT	2	12	1425863	1425874	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_018019	GTCTGT	2	12	1453595	1453606	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_018019	AATTTC	2	12	1487024	1487035	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018019	CTGTGC	2	12	1527408	1527419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018019	CAGCGA	2	12	1560972	1560983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_018019	TTGTGT	2	12	1596699	1596710	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018019	GGCTTA	2	12	1686458	1686469	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_018019	TTCTCC	2	12	1692188	1692199	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_018019	TTAGCG	2	12	1701157	1701168	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_018019	ATTTTT	2	12	1709312	1709323	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018019	AGCTTT	2	12	1771549	1771560	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_018019	ACCTTT	2	12	1793464	1793475	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018019	TTCGCT	2	12	1814485	1814496	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018019	AAAAAC	2	12	1815560	1815571	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_018019	GTCGCG	2	12	1846066	1846077	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018019	AGAACG	2	12	1862441	1862452	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_018019	AACCAC	2	12	1880533	1880544	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_018019	AGCGGA	2	12	1880599	1880610	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_018019	AAACAA	2	12	1911064	1911075	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_018019	CATATC	2	12	1933256	1933267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018019	TCACCA	2	12	1934139	1934150	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_018019	CGGCGC	2	12	1934617	1934628	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_018019	GGAGCA	2	12	1934984	1934995	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_018019	CATTAT	2	12	1937310	1937321	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_018019	CTTTCG	2	12	1943995	1944006	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018019	GGCTTT	2	12	1944144	1944155	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_018019	TCCTTG	2	12	1991659	1991670	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_018019	CGTATA	2	12	1993672	1993683	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_018019	ATACTC	2	12	1999675	1999686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_018019	TACCCC	2	12	2002519	2002530	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_018019	CATATA	2	12	2015357	2015368	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_018019	ATTAAG	2	12	2021315	2021326	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018019	ATGTTG	2	12	2022582	2022593	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018019	CAAGGA	2	12	2023133	2023144	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_018019	TTCAAT	2	12	2027750	2027761	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_018019	GCACGC	2	12	2028969	2028980	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_018019	CTTACT	2	12	2029504	2029515	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_018019	CTTTAA	2	12	2043171	2043182	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_018019	TCCTTA	2	12	2044286	2044297	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_018019	AGGTCA	2	12	2045449	2045460	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_018019	CTTTAG	2	12	2054247	2054258	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_018019	CCCCCG	2	12	2081129	2081140	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
96	NC_018019	GCAGGC	2	12	2133401	2133412	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_018019	CATAGA	2	12	2145933	2145944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_018019	AGAAAA	2	12	2153660	2153671	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018019	CGATGC	2	12	2168545	2168556	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_018019	GCAAGA	2	12	2177404	2177415	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_018019	TTCGCT	2	12	2186808	2186819	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_018019	AAAAAC	2	12	2187886	2187897	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_018019	TTACCC	2	12	2195422	2195433	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_018019	GAATAG	2	12	2196415	2196426	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018019	TTCCTC	2	12	2229887	2229898	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_018019	GCAAGG	2	12	2253729	2253740	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_018019	TTTTCT	2	12	2283114	2283125	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.