MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Desulfurococcus fermentans DSM 16532 chromosome

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018001	ATATC	2	10	12081	12090	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_018001	ATTAT	2	10	14012	14021	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018001	GTCAA	2	10	25775	25784	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018001	GTTTT	2	10	25897	25906	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018001	GCCTT	2	10	56532	56541	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018001	AATGT	2	10	65146	65155	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018001	GTTCA	2	10	68709	68718	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018001	AGGCG	2	10	68767	68776	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_018001	CCCCT	2	10	88404	88413	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
10	NC_018001	TAAAT	2	10	93465	93474	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018001	ATTTT	2	10	103340	103349	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018001	CTATA	2	10	130978	130987	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018001	TAAGA	2	10	168518	168527	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018001	AAGAT	2	10	169182	169191	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018001	AACTC	2	10	171464	171473	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_018001	TACCA	2	10	171518	171527	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_018001	CCCCA	2	10	228685	228694	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_018001	AGGTA	2	10	303458	303467	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018001	AATAT	2	10	321457	321466	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018001	ATGTA	2	10	335478	335487	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018001	CCAGT	2	10	349795	349804	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_018001	GTCTT	2	10	368144	368153	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018001	CAGGG	2	10	368431	368440	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_018001	CAGGA	2	10	416186	416195	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_018001	GGATG	2	10	419492	419501	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018001	AGCCA	2	10	422653	422662	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_018001	GGAGT	2	10	426207	426216	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018001	AATGC	2	10	427163	427172	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018001	CAGCC	2	10	436538	436547	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_018001	GTAAA	2	10	438126	438135	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018001	TACTC	2	10	471065	471074	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_018001	CCCCT	2	10	474571	474580	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
33	NC_018001	TGCTG	2	10	481034	481043	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_018001	GTAAA	2	10	497401	497410	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018001	GCTAT	2	10	498315	498324	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018001	AGGAT	2	10	505486	505495	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018001	TTTAG	2	10	538565	538574	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018001	CCAGA	2	10	539267	539276	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_018001	CCCTG	2	10	561224	561233	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_018001	AAACC	2	10	600150	600159	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_018001	CGGGT	2	10	644292	644301	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018001	AGATC	2	10	645883	645892	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018001	CTTAG	2	10	646469	646478	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018001	GTATG	2	10	648479	648488	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018001	ATATA	2	10	653219	653228	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018001	GATTA	2	10	656822	656831	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018001	TTTTA	2	10	674656	674665	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018001	TAAGG	2	10	690877	690886	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018001	AGGTG	2	10	729236	729245	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018001	GTATA	2	10	748423	748432	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018001	AAAAT	2	10	764383	764392	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018001	TCTTG	2	10	770523	770532	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018001	TCCAT	2	10	773801	773810	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_018001	TTAAC	2	10	775235	775244	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018001	TAATA	2	10	785382	785391	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018001	AAAAC	2	10	791835	791844	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018001	TTGCC	2	10	807318	807327	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_018001	AAAAC	2	10	825389	825398	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018001	TTTTA	2	10	842440	842449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018001	ATATA	2	10	844186	844195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018001	TATAA	2	10	844206	844215	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018001	AATTA	2	10	863434	863443	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018001	GCTGA	2	10	873187	873196	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018001	GGGGA	2	10	887180	887189	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018001	CCTAA	2	10	888871	888880	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_018001	TAGTT	2	10	904746	904755	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018001	ACCAT	2	10	947849	947858	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_018001	GTATA	2	10	948471	948480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018001	TGGTC	2	10	955411	955420	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018001	AGTAT	2	10	956158	956167	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018001	ATAGT	2	10	958540	958549	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018001	TAAAG	2	10	961600	961609	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018001	ATTTA	2	10	973948	973957	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018001	TGAGC	2	10	974089	974098	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018001	TAGCT	2	10	986837	986846	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_018001	GAGAA	2	10	987420	987429	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018001	GCTAG	2	10	987437	987446	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018001	CTACA	2	10	987614	987623	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_018001	TAATG	2	10	988669	988678	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018001	TTAAA	2	10	996328	996337	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018001	GGCTT	2	10	996599	996608	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018001	ACCAC	2	10	997605	997614	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_018001	CCTCC	2	10	1007038	1007047	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
84	NC_018001	TTTAA	2	10	1010240	1010249	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018001	GACCC	2	10	1010329	1010338	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_018001	TAGGT	2	10	1015423	1015432	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018001	TCCCC	2	10	1077256	1077265	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
88	NC_018001	ATATT	2	10	1077276	1077285	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018001	GCCGC	2	10	1078595	1078604	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
90	NC_018001	CTACG	2	10	1079153	1079162	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_018001	CCAGG	2	10	1079270	1079279	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_018001	CCTGG	2	10	1079584	1079593	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_018001	GGCTG	2	10	1080452	1080461	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018001	GCCGT	2	10	1080846	1080855	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_018001	CGAGC	2	10	1081414	1081423	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_018001	CGACC	2	10	1081725	1081734	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_018001	CCGGG	2	10	1093965	1093974	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
98	NC_018001	AATTA	2	10	1096619	1096628	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018001	AAATT	2	10	1128649	1128658	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018001	GTATG	2	10	1129437	1129446	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018001	TAACT	2	10	1138503	1138512	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018001	AGAGC	2	10	1148645	1148654	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018001	ATATT	2	10	1151796	1151805	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018001	TAATC	2	10	1181999	1182008	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_018001	CTAGA	2	10	1200317	1200326	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018001	ACCCT	2	10	1216179	1216188	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
107	NC_018001	TCCTT	2	10	1216217	1216226	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_018001	TGTAT	2	10	1223558	1223567	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018001	ATTCA	2	10	1231592	1231601	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018001	TAGCA	2	10	1235767	1235776	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018001	CTAGA	2	10	1235851	1235860	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018001	CTATA	2	10	1250835	1250844	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018001	AAATT	2	10	1266759	1266768	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018001	ATTAT	2	10	1279017	1279026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018001	TATAT	2	10	1290736	1290745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018001	AGCCC	2	10	1305138	1305147	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_018001	TAGGA	2	10	1312590	1312599	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018001	TTCAT	2	10	1330751	1330760	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_018001	CGGGG	2	10	1336383	1336392	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018001	AGCTA	2	10	1336466	1336475	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018001	AACTG	2	10	1344558	1344567	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018001	TGTAT	2	10	1344599	1344608	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018001	ATAAA	2	10	1350373	1350382	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018001	AGCTT	2	10	1372455	1372464	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.