MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 chromosome

Total Repeats: 4258

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018000	GCCGC	2	10	1249	1258	0 %	0 %	40 %	60 %	398349898
2	NC_018000	CAGGC	2	10	3651	3660	20 %	0 %	40 %	40 %	398349902
3	NC_018000	CACGG	2	10	4080	4089	20 %	0 %	40 %	40 %	398349903
4	NC_018000	CGCCA	2	10	7626	7635	20 %	0 %	20 %	60 %	398349907
5	NC_018000	TCGCC	2	10	10268	10277	0 %	20 %	20 %	60 %	398349910
6	NC_018000	CGAGG	2	10	10412	10421	20 %	0 %	60 %	20 %	398349910
7	NC_018000	GCGCC	2	10	11832	11841	0 %	0 %	40 %	60 %	398349911
8	NC_018000	GCGCA	2	10	12080	12089	20 %	0 %	40 %	40 %	398349911
9	NC_018000	TCGTA	2	10	12526	12535	20 %	40 %	20 %	20 %	398349912
10	NC_018000	GATCG	2	10	16582	16591	20 %	20 %	40 %	20 %	398349916
11	NC_018000	CGTTT	2	10	17910	17919	0 %	60 %	20 %	20 %	398349918
12	NC_018000	GCCGC	2	10	18358	18367	0 %	0 %	40 %	60 %	398349918
13	NC_018000	CCAAT	2	10	22404	22413	40 %	20 %	0 %	40 %	398349924
14	NC_018000	AGCGG	2	10	24065	24074	20 %	0 %	60 %	20 %	398349926
15	NC_018000	GCAAG	2	10	25733	25742	40 %	0 %	40 %	20 %	398349926
16	NC_018000	AGCCG	2	10	27895	27904	20 %	0 %	40 %	40 %	398349928
17	NC_018000	GATCG	2	10	28481	28490	20 %	20 %	40 %	20 %	398349928
18	NC_018000	CCGTT	2	10	29536	29545	0 %	40 %	20 %	40 %	398349928
19	NC_018000	GACCG	2	10	30869	30878	20 %	0 %	40 %	40 %	398349929
20	NC_018000	TCGAT	2	10	30957	30966	20 %	40 %	20 %	20 %	398349929
21	NC_018000	ACGGG	2	10	33609	33618	20 %	0 %	60 %	20 %	398349930
22	NC_018000	GACCG	2	10	35515	35524	20 %	0 %	40 %	40 %	398349930
23	NC_018000	ACCGG	2	10	35907	35916	20 %	0 %	40 %	40 %	398349931
24	NC_018000	CGGCG	2	10	38415	38424	0 %	0 %	60 %	40 %	398349932
25	NC_018000	CGTGC	2	10	39091	39100	0 %	20 %	40 %	40 %	398349933
26	NC_018000	CTGAC	2	10	39493	39502	20 %	20 %	20 %	40 %	398349933
27	NC_018000	GCTAC	2	10	43349	43358	20 %	20 %	20 %	40 %	398349938
28	NC_018000	GGCGC	2	10	44309	44318	0 %	0 %	60 %	40 %	398349939
29	NC_018000	CGGCC	2	10	44558	44567	0 %	0 %	40 %	60 %	398349939
30	NC_018000	GCGCG	2	10	44618	44627	0 %	0 %	60 %	40 %	398349939
31	NC_018000	CGGCT	2	10	44673	44682	0 %	20 %	40 %	40 %	398349939
32	NC_018000	CTCGT	2	10	46394	46403	0 %	40 %	20 %	40 %	398349941
33	NC_018000	CGCGT	2	10	46686	46695	0 %	20 %	40 %	40 %	398349941
34	NC_018000	CCGCA	2	10	51042	51051	20 %	0 %	20 %	60 %	398349946
35	NC_018000	CTCGA	2	10	51440	51449	20 %	20 %	20 %	40 %	398349946
36	NC_018000	GCCGC	2	10	51462	51471	0 %	0 %	40 %	60 %	398349946
37	NC_018000	CCGCG	2	10	51715	51724	0 %	0 %	40 %	60 %	398349947
38	NC_018000	TTCCG	2	10	54180	54189	0 %	40 %	20 %	40 %	398349950
39	NC_018000	CGGCG	2	10	56266	56275	0 %	0 %	60 %	40 %	398349951
40	NC_018000	CGAAC	2	10	56314	56323	40 %	0 %	20 %	40 %	398349951
41	NC_018000	GCGAG	2	10	56352	56361	20 %	0 %	60 %	20 %	398349951
42	NC_018000	CGCGG	2	10	57353	57362	0 %	0 %	60 %	40 %	398349952
43	NC_018000	GCGCC	2	10	58401	58410	0 %	0 %	40 %	60 %	398349953
44	NC_018000	GAAGA	2	10	59795	59804	60 %	0 %	40 %	0 %	398349954
45	NC_018000	GTCCT	2	10	61340	61349	0 %	40 %	20 %	40 %	398349956
46	NC_018000	GGCGC	2	10	61618	61627	0 %	0 %	60 %	40 %	398349956
47	NC_018000	ATCGG	2	10	63759	63768	20 %	20 %	40 %	20 %	398349958
48	NC_018000	GCCGA	2	10	66740	66749	20 %	0 %	40 %	40 %	398349959
49	NC_018000	AGCGC	2	10	67922	67931	20 %	0 %	40 %	40 %	398349960
50	NC_018000	GAAAT	2	10	69925	69934	60 %	20 %	20 %	0 %	398349962
51	NC_018000	CGCGG	2	10	71601	71610	0 %	0 %	60 %	40 %	398349963
52	NC_018000	CCGGC	2	10	71967	71976	0 %	0 %	40 %	60 %	398349963
53	NC_018000	CGACG	2	10	72701	72710	20 %	0 %	40 %	40 %	398349964
54	NC_018000	CGCGC	2	10	73675	73684	0 %	0 %	40 %	60 %	398349965
55	NC_018000	AGGGC	2	10	79647	79656	20 %	0 %	60 %	20 %	398349971
56	NC_018000	GGGCA	2	10	80303	80312	20 %	0 %	60 %	20 %	398349972
57	NC_018000	GCCTT	2	10	81081	81090	0 %	40 %	20 %	40 %	398349973
58	NC_018000	CGGAG	2	10	83356	83365	20 %	0 %	60 %	20 %	398349975
59	NC_018000	GTCGC	2	10	83540	83549	0 %	20 %	40 %	40 %	398349975
60	NC_018000	GGCTG	2	10	87663	87672	0 %	20 %	60 %	20 %	398349979
61	NC_018000	GACCG	2	10	88215	88224	20 %	0 %	40 %	40 %	398349980
62	NC_018000	CCTTA	2	10	88320	88329	20 %	40 %	0 %	40 %	398349980
63	NC_018000	TGCGG	2	10	88508	88517	0 %	20 %	60 %	20 %	398349980
64	NC_018000	GCGGA	2	10	88707	88716	20 %	0 %	60 %	20 %	398349980
65	NC_018000	TCGTT	2	10	89231	89240	0 %	60 %	20 %	20 %	398349980
66	NC_018000	ACCGC	2	10	90276	90285	20 %	0 %	20 %	60 %	398349981
67	NC_018000	CCGAT	2	10	94933	94942	20 %	20 %	20 %	40 %	398349983
68	NC_018000	CGAGG	2	10	94997	95006	20 %	0 %	60 %	20 %	398349983
69	NC_018000	GCCAG	2	10	95895	95904	20 %	0 %	40 %	40 %	398349984
70	NC_018000	GGTCG	2	10	96454	96463	0 %	20 %	60 %	20 %	398349985
71	NC_018000	TGCGC	2	10	96529	96538	0 %	20 %	40 %	40 %	398349985
72	NC_018000	GCCTT	2	10	96803	96812	0 %	40 %	20 %	40 %	398349985
73	NC_018000	GCACC	2	10	98024	98033	20 %	0 %	20 %	60 %	398349987
74	NC_018000	GCTCG	2	10	98316	98325	0 %	20 %	40 %	40 %	398349987
75	NC_018000	GTCGG	2	10	99314	99323	0 %	20 %	60 %	20 %	398349988
76	NC_018000	TCGTC	2	10	99516	99525	0 %	40 %	20 %	40 %	398349988
77	NC_018000	AGCCG	2	10	100705	100714	20 %	0 %	40 %	40 %	398349988
78	NC_018000	GCGAT	2	10	100949	100958	20 %	20 %	40 %	20 %	398349988
79	NC_018000	TGCCG	2	10	103249	103258	0 %	20 %	40 %	40 %	398349990
80	NC_018000	ACGGC	2	10	103476	103485	20 %	0 %	40 %	40 %	398349990
81	NC_018000	CCATG	2	10	104282	104291	20 %	20 %	20 %	40 %	398349992
82	NC_018000	GGCCG	2	10	104752	104761	0 %	0 %	60 %	40 %	398349992
83	NC_018000	TGCGA	2	10	105602	105611	20 %	20 %	40 %	20 %	398349993
84	NC_018000	CGGCG	2	10	107104	107113	0 %	0 %	60 %	40 %	398349995
85	NC_018000	ACGAA	2	10	107580	107589	60 %	0 %	20 %	20 %	398349995
86	NC_018000	CCTCG	2	10	108104	108113	0 %	20 %	20 %	60 %	398349995
87	NC_018000	GAGCT	2	10	110951	110960	20 %	20 %	40 %	20 %	398349999
88	NC_018000	CTTCG	2	10	111735	111744	0 %	40 %	20 %	40 %	398350000
89	NC_018000	TGACG	2	10	112290	112299	20 %	20 %	40 %	20 %	398350000
90	NC_018000	CGGCG	2	10	113273	113282	0 %	0 %	60 %	40 %	398350001
91	NC_018000	CGATG	2	10	116678	116687	20 %	20 %	40 %	20 %	398350004
92	NC_018000	TCCGC	2	10	116908	116917	0 %	20 %	20 %	60 %	398350005
93	NC_018000	GCGCC	2	10	123830	123839	0 %	0 %	40 %	60 %	398350010
94	NC_018000	GGCGA	2	10	124627	124636	20 %	0 %	60 %	20 %	398350010
95	NC_018000	TGGCC	2	10	125417	125426	0 %	20 %	40 %	40 %	398350010
96	NC_018000	GAGGC	2	10	126413	126422	20 %	0 %	60 %	20 %	398350010
97	NC_018000	TGCGC	2	10	128017	128026	0 %	20 %	40 %	40 %	398350013
98	NC_018000	GATGT	2	10	131197	131206	20 %	40 %	40 %	0 %	398350015
99	NC_018000	CGGAG	2	10	131248	131257	20 %	0 %	60 %	20 %	398350015
100	NC_018000	GGCGC	2	10	132554	132563	0 %	0 %	60 %	40 %	398350016
101	NC_018000	TCGCT	2	10	134238	134247	0 %	40 %	20 %	40 %	398350017
102	NC_018000	CGCTT	2	10	135523	135532	0 %	40 %	20 %	40 %	398350018
103	NC_018000	GCACG	2	10	135571	135580	20 %	0 %	40 %	40 %	398350018
104	NC_018000	TCGCT	2	10	136758	136767	0 %	40 %	20 %	40 %	398350019
105	NC_018000	TCGTC	2	10	137259	137268	0 %	40 %	20 %	40 %	398350019
106	NC_018000	ACGAT	2	10	139215	139224	40 %	20 %	20 %	20 %	398350021
107	NC_018000	GCTGC	2	10	141867	141876	0 %	20 %	40 %	40 %	398350024
108	NC_018000	CGGTG	2	10	146484	146493	0 %	20 %	60 %	20 %	398350029
109	NC_018000	AGCGC	2	10	151235	151244	20 %	0 %	40 %	40 %	398350032
110	NC_018000	CTTCG	2	10	152344	152353	0 %	40 %	20 %	40 %	398350034
111	NC_018000	TCGGC	2	10	152829	152838	0 %	20 %	40 %	40 %	398350034
112	NC_018000	GGATC	2	10	158421	158430	20 %	20 %	40 %	20 %	398350041
113	NC_018000	GCCGC	2	10	158811	158820	0 %	0 %	40 %	60 %	398350041
114	NC_018000	CGAGC	2	10	158828	158837	20 %	0 %	40 %	40 %	398350041
115	NC_018000	GCGAG	2	10	158980	158989	20 %	0 %	60 %	20 %	398350041
116	NC_018000	GCGCG	2	10	159103	159112	0 %	0 %	60 %	40 %	398350041
117	NC_018000	TCGAC	2	10	159277	159286	20 %	20 %	20 %	40 %	398350041
118	NC_018000	CCGCT	2	10	160397	160406	0 %	20 %	20 %	60 %	398350042
119	NC_018000	CGGCG	2	10	161255	161264	0 %	0 %	60 %	40 %	398350042
120	NC_018000	CGGCT	2	10	163060	163069	0 %	20 %	40 %	40 %	398350043
121	NC_018000	TCGGT	2	10	166441	166450	0 %	40 %	40 %	20 %	398350044
122	NC_018000	CCGGC	2	10	166523	166532	0 %	0 %	40 %	60 %	398350044
123	NC_018000	GCCGG	2	10	167051	167060	0 %	0 %	60 %	40 %	398350045
124	NC_018000	CGCGC	2	10	167708	167717	0 %	0 %	40 %	60 %	398350045
125	NC_018000	CGGTC	2	10	168692	168701	0 %	20 %	40 %	40 %	398350047
126	NC_018000	GCCGC	2	10	168807	168816	0 %	0 %	40 %	60 %	398350047
127	NC_018000	CGGCT	2	10	170420	170429	0 %	20 %	40 %	40 %	398350048
128	NC_018000	GCCGG	2	10	171301	171310	0 %	0 %	60 %	40 %	398350048
129	NC_018000	GCCGC	2	10	171316	171325	0 %	0 %	40 %	60 %	398350048
130	NC_018000	GCGAC	2	10	172469	172478	20 %	0 %	40 %	40 %	398350050
131	NC_018000	CGGCC	2	10	172715	172724	0 %	0 %	40 %	60 %	398350050
132	NC_018000	GCCTT	2	10	172741	172750	0 %	40 %	20 %	40 %	398350050
133	NC_018000	CGGCG	2	10	173246	173255	0 %	0 %	60 %	40 %	398350050
134	NC_018000	TGCCG	2	10	174348	174357	0 %	20 %	40 %	40 %	398350053
135	NC_018000	GGCCG	2	10	174424	174433	0 %	0 %	60 %	40 %	398350053
136	NC_018000	TGATC	2	10	174471	174480	20 %	40 %	20 %	20 %	398350053
137	NC_018000	GAAAG	2	10	176531	176540	60 %	0 %	40 %	0 %	398350054
138	NC_018000	CGAGA	2	10	179210	179219	40 %	0 %	40 %	20 %	398350058
139	NC_018000	GCCGC	2	10	179518	179527	0 %	0 %	40 %	60 %	398350058
140	NC_018000	CGAGC	2	10	180431	180440	20 %	0 %	40 %	40 %	398350058
141	NC_018000	TCGCC	2	10	183092	183101	0 %	20 %	20 %	60 %	398350061
142	NC_018000	TGCCG	2	10	183180	183189	0 %	20 %	40 %	40 %	398350061
143	NC_018000	CGCGC	2	10	184945	184954	0 %	0 %	40 %	60 %	398350062
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147	NC_018000	GAGCC	2	10	190257	190266	20 %	0 %	40 %	40 %	398350068
148	NC_018000	CGATG	2	10	190348	190357	20 %	20 %	40 %	20 %	398350068
149	NC_018000	CGCGC	2	10	190768	190777	0 %	0 %	40 %	60 %	398350069
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152	NC_018000	CGGTG	2	10	194287	194296	0 %	20 %	60 %	20 %	398350072
153	NC_018000	CCGGG	2	10	195170	195179	0 %	0 %	60 %	40 %	398350073
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155	NC_018000	TCGGC	2	10	196277	196286	0 %	20 %	40 %	40 %	398350073
156	NC_018000	TAGCG	2	10	197228	197237	20 %	20 %	40 %	20 %	398350074
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159	NC_018000	GGTCC	2	10	198785	198794	0 %	20 %	40 %	40 %	398350075
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165	NC_018000	GCCGG	2	10	212645	212654	0 %	0 %	60 %	40 %	398350082
166	NC_018000	AGGGG	2	10	214107	214116	20 %	0 %	80 %	0 %	398350082
167	NC_018000	TTCGC	2	10	215518	215527	0 %	40 %	20 %	40 %	398350083
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169	NC_018000	CGATC	2	10	217259	217268	20 %	20 %	20 %	40 %	398350086
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171	NC_018000	CCGAG	3	15	219692	219706	20 %	0 %	40 %	40 %	398350089
172	NC_018000	GCCGG	2	10	219827	219836	0 %	0 %	60 %	40 %	398350089
173	NC_018000	CGATG	2	10	220665	220674	20 %	20 %	40 %	20 %	398350089
174	NC_018000	CGCCC	2	10	223392	223401	0 %	0 %	20 %	80 %	398350091
175	NC_018000	AGCTG	2	10	231525	231534	20 %	20 %	40 %	20 %	398350097
176	NC_018000	TCAGC	2	10	234184	234193	20 %	20 %	20 %	40 %	398350099
177	NC_018000	CGCTG	2	10	234505	234514	0 %	20 %	40 %	40 %	398350099
178	NC_018000	GTCCA	2	10	234740	234749	20 %	20 %	20 %	40 %	398350099
179	NC_018000	AAGGC	2	10	236212	236221	40 %	0 %	40 %	20 %	398350100
180	NC_018000	GACCG	2	10	237505	237514	20 %	0 %	40 %	40 %	398350101
181	NC_018000	GCGCT	2	10	237541	237550	0 %	20 %	40 %	40 %	398350101
182	NC_018000	GCGGT	2	10	238235	238244	0 %	20 %	60 %	20 %	398350102
183	NC_018000	GACGA	2	10	239085	239094	40 %	0 %	40 %	20 %	398350103
184	NC_018000	CGGCG	2	10	239470	239479	0 %	0 %	60 %	40 %	398350103
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195	NC_018000	CGAGC	2	10	257027	257036	20 %	0 %	40 %	40 %	398350120
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201	NC_018000	GGCGG	2	10	270347	270356	0 %	0 %	80 %	20 %	398350132
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213	NC_018000	AGAGA	2	10	297876	297885	60 %	0 %	40 %	0 %	398350154
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242	NC_018000	GATCG	2	10	338949	338958	20 %	20 %	40 %	20 %	398350188
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244	NC_018000	GCCGG	2	10	340307	340316	0 %	0 %	60 %	40 %	398350189
245	NC_018000	CTGCG	2	10	340768	340777	0 %	20 %	40 %	40 %	398350189
246	NC_018000	ACCGG	2	10	341669	341678	20 %	0 %	40 %	40 %	398350191
247	NC_018000	CGATC	2	10	345474	345483	20 %	20 %	20 %	40 %	398350195
248	NC_018000	CCGCC	2	10	345632	345641	0 %	0 %	20 %	80 %	398350195
249	NC_018000	TCGGT	2	10	347056	347065	0 %	40 %	40 %	20 %	398350196
250	NC_018000	TCGCG	2	10	347366	347375	0 %	20 %	40 %	40 %	398350197
251	NC_018000	TCCGC	2	10	348250	348259	0 %	20 %	20 %	60 %	398350199
252	NC_018000	GGCGA	2	10	348355	348364	20 %	0 %	60 %	20 %	398350199
253	NC_018000	GCGAC	2	10	348976	348985	20 %	0 %	40 %	40 %	398350200
254	NC_018000	GATCT	2	10	349185	349194	20 %	40 %	20 %	20 %	398350200
255	NC_018000	CCTCG	2	10	349595	349604	0 %	20 %	20 %	60 %	398350201
256	NC_018000	GCGAC	2	10	350154	350163	20 %	0 %	40 %	40 %	398350202
257	NC_018000	GCTCG	2	10	356787	356796	0 %	20 %	40 %	40 %	398350210
258	NC_018000	GGCGG	2	10	360134	360143	0 %	0 %	80 %	20 %	398350214
259	NC_018000	ATCAG	2	10	360442	360451	40 %	20 %	20 %	20 %	398350214
260	NC_018000	GCCGT	2	10	361463	361472	0 %	20 %	40 %	40 %	398350215
261	NC_018000	ATCCG	2	10	361771	361780	20 %	20 %	20 %	40 %	398350215
262	NC_018000	AGACC	2	10	362202	362211	40 %	0 %	20 %	40 %	398350216
263	NC_018000	CGAGG	2	10	362370	362379	20 %	0 %	60 %	20 %	398350216
264	NC_018000	GACAA	2	10	362491	362500	60 %	0 %	20 %	20 %	398350216
265	NC_018000	AAGGC	2	10	363462	363471	40 %	0 %	40 %	20 %	398350217
266	NC_018000	CGATC	2	10	364713	364722	20 %	20 %	20 %	40 %	398350218
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271	NC_018000	CGTCG	2	10	375543	375552	0 %	20 %	40 %	40 %	398350232
272	NC_018000	GGCAT	2	10	375760	375769	20 %	20 %	40 %	20 %	398350232
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388	NC_018000	GCACG	2	10	555530	555539	20 %	0 %	40 %	40 %	398350398
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392	NC_018000	TGCGG	2	10	558303	558312	0 %	20 %	60 %	20 %	398350400
393	NC_018000	GATCC	2	10	561719	561728	20 %	20 %	20 %	40 %	398350401
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