MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium bifidum BGN4 chromosome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017999	ACGGC	2	10	16970	16979	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_017999	GCAGT	2	10	17663	17672	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017999	GTGAT	2	10	26040	26049	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017999	CGGGC	2	10	31467	31476	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017999	AAGAA	2	10	31896	31905	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017999	GTCGG	2	10	39615	39624	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017999	AGGGC	2	10	46326	46335	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017999	ATCAG	2	10	53020	53029	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017999	ACAGG	2	10	68231	68240	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017999	CACCG	2	10	68271	68280	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_017999	TGCTG	2	10	71153	71162	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017999	TCTGC	2	10	80121	80130	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017999	AAAGG	2	10	84973	84982	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017999	TGCGA	2	10	85794	85803	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017999	CTTGC	2	10	94486	94495	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017999	ACGAG	2	10	100935	100944	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017999	CGGCG	2	10	121578	121587	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017999	AACGC	2	10	122780	122789	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017999	ACTCT	2	10	128960	128969	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017999	GGCCG	2	10	131814	131823	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017999	CGCGG	2	10	137950	137959	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017999	CCAAT	2	10	138322	138331	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017999	TCATT	2	10	147585	147594	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017999	AAGAG	2	10	162186	162195	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017999	CTCCG	2	10	167160	167169	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_017999	GGGCC	2	10	176202	176211	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017999	TGGCA	2	10	185697	185706	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017999	CACGC	2	10	186861	186870	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_017999	GACGG	2	10	195253	195262	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017999	AAAAG	2	10	200520	200529	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017999	CGGGG	2	10	222554	222563	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017999	GGGAT	2	10	225592	225601	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017999	CCGTC	2	10	225700	225709	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_017999	TCGCA	2	10	226988	226997	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017999	AAAGG	2	10	242034	242043	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017999	GATGT	2	10	245936	245945	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017999	AGCAC	2	10	251033	251042	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017999	CGCTC	2	10	264842	264851	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_017999	CCGGC	2	10	272438	272447	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
40	NC_017999	CTCCC	2	10	273923	273932	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
41	NC_017999	CCGGC	2	10	281158	281167	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_017999	TAGAT	2	10	285906	285915	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017999	CGCAC	2	10	286655	286664	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_017999	CCACC	2	10	286747	286756	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
45	NC_017999	CCACC	2	10	288238	288247	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
46	NC_017999	AAGGT	2	10	288485	288494	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017999	GCGCC	2	10	314985	314994	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_017999	GGCAG	2	10	317033	317042	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017999	CGCTG	2	10	321214	321223	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017999	GTGAG	2	10	321290	321299	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017999	CGTGA	2	10	335172	335181	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017999	CGCAG	2	10	342570	342579	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017999	GGCGC	2	10	345325	345334	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017999	AGGCG	2	10	345370	345379	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017999	CATGG	2	10	346267	346276	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017999	CAGAA	2	10	346310	346319	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017999	ACATG	2	10	347640	347649	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017999	AAGGA	2	10	348927	348936	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017999	TTGTA	2	10	349736	349745	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017999	TTCTG	2	10	353771	353780	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017999	ATCGA	2	10	369289	369298	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017999	CTCGG	2	10	371962	371971	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017999	CGCGA	2	10	386850	386859	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017999	TTGAG	2	10	389922	389931	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017999	TACGA	2	10	392737	392746	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017999	TGTCG	2	10	397960	397969	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017999	TCGCT	2	10	400179	400188	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017999	GTTGT	2	10	400231	400240	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017999	GATCG	2	10	411924	411933	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017999	CGGCG	2	10	417476	417485	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017999	TTCGT	2	10	426994	427003	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017999	CGGTG	2	10	442083	442092	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017999	ACCAC	2	10	450048	450057	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_017999	TGAGC	2	10	456028	456037	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017999	TTGGT	2	10	458802	458811	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017999	TTGTT	2	10	462344	462353	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017999	GCTGA	2	10	465861	465870	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017999	TCCCC	2	10	465961	465970	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
79	NC_017999	TGCCG	2	10	466178	466187	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017999	GAGAA	2	10	469093	469102	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017999	TGCCG	2	10	494149	494158	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017999	GAGCC	2	10	528500	528509	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017999	GTATG	2	10	528882	528891	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017999	TCGGC	2	10	532709	532718	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017999	TACAT	2	10	536549	536558	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017999	CCGAA	2	10	536578	536587	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017999	ATGTT	2	10	549922	549931	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017999	ACCAC	2	10	570551	570560	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
89	NC_017999	ACCAC	2	10	570720	570729	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_017999	TGCGT	2	10	575384	575393	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017999	CCGGG	2	10	583119	583128	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017999	GATTC	2	10	590418	590427	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017999	CTTGC	2	10	590997	591006	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017999	CGCCC	2	10	596403	596412	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
95	NC_017999	TGACC	2	10	596532	596541	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017999	ATGGC	2	10	603513	603522	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017999	CGCTC	2	10	608486	608495	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_017999	TGCCG	2	10	610243	610252	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017999	AGCGG	2	10	615623	615632	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017999	TCTCC	2	10	619273	619282	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_017999	ATCAT	2	10	619336	619345	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017999	GAAAA	2	10	622184	622193	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017999	TACCA	2	10	622846	622855	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017999	CGTCG	2	10	633551	633560	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017999	GTCGC	2	10	633579	633588	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017999	ATGCG	2	10	642011	642020	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017999	TGGGT	2	10	646224	646233	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017999	ACCCA	2	10	646256	646265	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
109	NC_017999	AACGG	2	10	648283	648292	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017999	AACGG	2	10	648299	648308	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017999	GCGTG	2	10	659902	659911	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017999	TGGAG	2	10	667028	667037	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017999	TTTCC	2	10	671090	671099	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017999	CTCAT	2	10	677100	677109	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017999	GGTCA	2	10	685824	685833	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017999	GGTTT	2	10	709525	709534	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017999	CGGTT	2	10	716662	716671	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017999	CGATC	2	10	725824	725833	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017999	CATTT	2	10	739054	739063	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017999	TTCCT	2	10	741869	741878	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017999	CGTGT	2	10	743143	743152	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017999	GCGAA	2	10	747285	747294	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017999	TGAGA	2	10	749754	749763	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017999	GCCCT	2	10	752335	752344	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_017999	TGCCG	2	10	766459	766468	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017999	GTGTG	2	10	766661	766670	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017999	TGCGG	2	10	773819	773828	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017999	GGCCC	2	10	778461	778470	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
129	NC_017999	CGTGC	2	10	780387	780396	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017999	GGGCA	2	10	792273	792282	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017999	GGCCG	2	10	796974	796983	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017999	CGCCC	2	10	802241	802250	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
133	NC_017999	GGTAG	2	10	808381	808390	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017999	TCGCG	2	10	819803	819812	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017999	ATGGA	2	10	822045	822054	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017999	AATCA	2	10	838106	838115	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017999	GCCGC	2	10	839431	839440	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
138	NC_017999	ACGGC	2	10	854938	854947	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017999	CGGCC	2	10	867086	867095	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
140	NC_017999	GCCAT	2	10	868760	868769	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017999	GGCAT	2	10	868774	868783	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017999	TCATC	2	10	897718	897727	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017999	CGGCG	2	10	904405	904414	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017999	AAGAA	2	10	908374	908383	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017999	CGCTA	2	10	912344	912353	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017999	TGGGC	2	10	914070	914079	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017999	CGTCA	2	10	922790	922799	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017999	CGTGT	2	10	922856	922865	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017999	CGAGA	2	10	926108	926117	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017999	TGTCT	2	10	926760	926769	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017999	ACAAA	2	10	930092	930101	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017999	GCTGT	2	10	935122	935131	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_017999	GCCGG	2	10	951575	951584	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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156	NC_017999	TTCGA	2	10	956700	956709	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_017999	TTCGT	2	10	989238	989247	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_017999	GGCAG	2	10	1046486	1046495	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
172	NC_017999	GCATT	2	10	1073403	1073412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_017999	CGGGG	2	10	1162422	1162431	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_017999	CCCGG	2	10	1247472	1247481	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
196	NC_017999	CATGG	2	10	1250027	1250036	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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199	NC_017999	TGTCT	2	10	1290523	1290532	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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252	NC_017999	CTCTT	2	10	1710194	1710203	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
253	NC_017999	GCAGC	2	10	1735440	1735449	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
254	NC_017999	GCCAC	2	10	1745653	1745662	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
255	NC_017999	TCACA	2	10	1747240	1747249	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
256	NC_017999	CGGCG	2	10	1755241	1755250	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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262	NC_017999	TTGGA	2	10	1786114	1786123	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_017999	GAAGA	2	10	1834652	1834661	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_017999	GCTCT	2	10	1890484	1890493	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
283	NC_017999	CCGCA	2	10	1890498	1890507	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
284	NC_017999	TCGGC	2	10	1896807	1896816	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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286	NC_017999	ACGAA	2	10	1896974	1896983	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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341	NC_017999	AAACG	2	10	2216988	2216997	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
342	NC_017999	CCGAT	2	10	2222766	2222775	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.